|
|
Populační a ochranářská genetika rysa ostrovida na okraji Západních Karpat
Stehlíková, Monika
Diplomová práce se zabývá populační a ochranářskou genetikou ryse ostrovida na okraji Západních Karpat, zahrnujícím území Chráněné krajinné oblasti Beskydy na české straně a Chráněné krajinné oblasti Kysuce na slovenské straně (celkem ?1500 km2). Cílem práce bylo s využitím především neinvazivních genetických vzorků vyhodnotit trend vývoje genetické diverzity a početnosti této okrajové rysí subpopulace obývající Moravskoslezské Beskydy, Vsetínské Beskydy a Javorníky za období posledních pěti sezón 2016/17 až 2020/21. Vyhodnoceny byly i příbuzenské vztahy a prostorová aktivita vybraných jedinců. Získané genotypy byly doplněny o již dříve genotypované jedince. Celkem tak bylo za období pěti sezón zachyceno 37 jedinců (12 samic a 25 samců). Odhadovaná průměrná početnost populace činila 14 jedinců a efektivní velikost populace kolísala mezi 3,7 – 7 jedinci. Získané výsledky dokládají postupně se snižující genetickou diverzitu populace a zvyšující se příbuzenské páření, kdy koeficient inbreedingu v poslední sezóně 2020/21 zaznamenal nejvyšší hodnotu FIS= 0,169. Výsledky dále ukazují, že se zde jedinci aktivně rozmnožují, bylo zachyceno minimálně 15 potomků v průběhu sledovaného období, z nichž část se v oblasti usadila a rozmnožila. Prostorová aktivita rysů potvrdila propojenost horských celků i napojení na západokarpatskou populaci, kterou dokládá příchod několika nepříbuzných jedinců. Ve sledovaném období byli také zaznamenání čtyři jedinci, jenž migrovali směrem na západ mimo sledované území, ovšem při této cestě všichni až na jednoho zahynuly při střetu s dopravním prostředkem.
|
|
|
Population biology and evolutionary genetics of southern right whale (Eubalaena australis)
Nevečeřalová, Petra ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Galov, Ana (oponent) ; Robovský, Jan (oponent)
Velryba jižní (Eubalaena australis) je druh z čeledi velrybovitých (Balaenidae) s výhradním rozšířením na jižní polokouli, který se vyvinul v souvislosti s neogenními oscilacemi klimatu. Populační biologie tohoto druhu zahrnuje migraci mezi pobřežními vodami jižní Ameriky, jižní Afriky, Austrálie a Nového Zélandu do oblastí s vyšší primární produktivitou ve vysokých zeměpisných šířkách v Jižním oceánu. Intenzivní lov v 18. a 19. století významně ovlivnil populační dynamiku všech kosticovců. Po uvalení moratoria na komerční lov velryb se populace velryby jižní začínají zotavovat, nicméně v poslední době musí čelit antropogenním změnám, jako je změna klimatu. Jihoafrická populace, která je považována za celosvětově největší a která je v posledních desetiletích intenzivně studována, vykazuje od roku 2010 prodloužení intervalu mezi jednotlivými porody, pokles tělesné kondice u samic a dramatické změny v migračních trasách, pravděpodobně v důsledku závažných změn v ekologických sítích. V této práci byly použity metody molekulární ekologie ke sledování populační genetiky a dynamiky nejen v kontextu celosvětové populace, ale také ke srovnání různých časových období - 90. let a období od roku 2010. Většina vzorků byla odebrána neinvazivně ve spolupráci s komerčními společnostmi zabývajícími se pozorováním...
|
|
|
Využití genetické variability pro účely konzervační biologie: příkladové studie populací v lidské péči a přírodě
Opelka Somerová, Barbora ; Frynta, Daniel (vedoucí práce) ; Veselý, Milan (oponent) ; Vojar, Jiří (oponent)
1 Abstrakt V této dizertační práci jsem se věnovala převážně tématu ochrany vzácných druhů a to ve třech projektech realizovaných ve spolupráci se ZOO Praha. Další dva dílčí projekty, které jsou součástí této dizertační práce, se věnují tématu analýzy genetické diverzity v přírodě a vznikly ve spolupráci s institucemi v Indonésii a Arménii. Všechny tyto projekty jsem řešila pomocí obdobné laboratorní a výpočetní metodiky, ačkoliv každý projekt řesil odlišné problémy. Ve stěžejním, a asi i nejdůležitějším projektu jsem zabývala scinky rodu Tiliqua žijícími na Molukách, Nové Guinei (Irian Jaya) a přilehlých ostrovech. Analýzou mitochondriálních a jaderných znaků jsem řešila jejich vzájemné fylogenetické a populační vztahy. Druhá práce byla zaměřená na studium ex situ populace Mauremys annamensis v Evropských chovech, určovala jsem haplotypovou diverzitu a detekovala F1 hybridy v populaci. Ve třetí práci jsem zkoumala genetickou variabilitu pro potřeby organizace ex situ chovů Orlitia borneensis u jedinců chovaných v Evropských zoologických zahradách. Čtvrtá práce se zabývala výzkumem genetické variability populace Chilabothrus angulifer v Evropských chovech, zabývala se otázkou dlouhodobého přežití této populace. V poslední páté práci jsem za použití genetických metod identifikovala druhy,...
|
|
|
Ochranářská genetika vlka obecného a levharta sněžného: vliv krajiny na mikroevoluci populační struktury
Benešová, Markéta ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Kreisinger, Jakub (oponent)
Přístupy krajinné genetiky umožňují zkoumat vliv krajiny na mikroevoluci populací. Krajina může ovlivňovat genový tok i u velkých šelem s dobrými disperzními schopnosti. Pochopení vlivu krajiny na genový tok mezi populacemi je zásadní pro ochranu druhů, obzvlášť jedná-li se o druhy s nízkou populační hustotou. Cílem práce bylo popsat genetickou strukturu populací vlka obecného (Canis lupus) a levharta sněžného (Panthera uncia) ve vybraných územích a zjistit, jaký vliv mají na pozorovanou strukturu vlastnosti krajiny. Byly analyzovány neinvazivní genetické vzorky levhartů sněžných z Nepálu a neinvazivní i invazivní vzorky vlků obecných ze střední Evropy. Populační struktura byla určena a posteriori pomocí Bayesiánských přístupů, které integrují genetická a geografická data, a srovnána s modely konektivity krajiny. Populační struktura sněžných levhartů je nejvíce ovlivněna přítomností lidí a frekventovaných cest, které pro ně představují disperzní bariéru. Habitat vhodný pro tento druh je výrazně omezen nadmořskou výškou, přesto jsou během disperze schopni překonat i oblasti s vyšší nadmořskou výškou, než jaká je pro ně optimální. Byla nalezena výrazná genetická odlišnost mezi vlky ze středoevropské nížinné a z karpatské populace, přestože mezi nimi není přímá bariéra genového toku. Tuto roli hraje...
|
|
|
Neinvazivní ochranářská genetika medvědovitých
Šrutová, Jana ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Tato bakalářská práce se věnuje neinvazivní genetice a molekulární ekologii jednotlivých druhů z čeledi medvědovitých (Ursidae). Tato linie šelem je poměrně diverzifikovaná, jednotlivé druhy obývají různá prostředí od arktických oblastí po tropické deštné lesy a liší se i v případě trofických nik, které využívají. Jakožto pozůstatky megafaunových společenstev, které zaujímají důležité místo v ekologických sítích, bývají často označovány za druhy klíčové, deštníkové a vlajkové, které jsou důležité z pohledu ochranářské biologie. V Antropocénu je existence jednotlivých druhů čeledi Ursidae menší či větší měrou ovlivněná lidskou činností nebo jejími dopady a ačkoli se díky ochraně přírody podařilo početnosti některých druhů stabilizovat, kvůli zvětšující se lidské populaci stále častěji dochází ke ztrátě habitatů a konfliktům mezi lidmi a medvědy. Cílem práce bylo shrnout u jednotlivých druhů úroveň výzkumu populační struktury a demografie zejména s použitím neinvazivních genetických metod se záměrem získané poznatky v budoucnu implementovat do výzkumu medvěda hnědého v Západních Karpatech. Tomuto modelovému druhu je také věnována kapitola o neinvazivním vzorkování. Neinvazivní genetika je důležitým nástrojem pro výzkum zejména velkých, vzácných, vysoce mobilních a skrytě žijících druhů a je využívána...
|
|
|
Populační genetika včel
Beranová, Tereza ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Včely jsou jednou z hospodářsky nejdůležitějších skupin hmyzu, která se podílí na opylování zemědělských plodin. Tato bakalářská práce je rešerší článků, které se zabývají genetickou rozmanitostí včel (Apoidea, Anthophila) a faktory, které tuto genetickou diverzitu ovlivňují. Představuje vlivy jak antropogenních faktorů, jako je urbanizace, intenzifikace zemědělství, fragmentace krajiny, tak neantropogenních faktorů, které zahrnují změny klimatu a přirozených podmínek, dopady napadení parazity a patogeny na populace včel. Část bakalářské práce tvoří všeobecný přehled o životě včel a uvedení do základů populační genetiky. Hlavním cílem bakalářské práce je zjistit, jak rozsáhlá je problematika úbytku opylovačů, zejména volně žijících včel s předložením základního přehledu metod, které se v těchto studiích využívají. Klíčová slova: populace, DNA analýza, ohrožení, zachování genetické rozmanitosti, včely, biogeografie
|
|
|
Variabilita molekulární diversity a proteinové struktury Toll-like receptorů v populacích galapážských drozdců
MILÁČEK, Matěj
Fragmentace a zmenšování populací ztrátou habitatů je typickým znakem probíhajícího 6. masové vymírání druhů, z hlediska ochranářské genetiky je nutné porozumět změnám, které s sebou přináší. Pro budoucí rozhonutí v ochranářské genetice je podstatné porozumět vlivu velikosti populace na variabilitu imunitních genů. Abychom lépe porozuměli genetické variabilitě nestačí analyzovat pouze sekvence DNA, ale je potřeba zaměřit se na funkční proteinovou variabilitu. Tato práce zkoumá fyziochemické vlastnosti a struktury jednotlivých haplotypů Toll-like receptorů v alopatrických populacích galapážských drozdců (Mimus sp.). Toll-like receptory hrají klíčovou roli v imunitním systému, kde tvoří můstek mezi vrozenou a adaptivní imunitní odpovědí, detekcí patogenů. Data v této práci odhalují variabilitu jejich diversity napříč malými galapážskými populacemi a velkou kontinentální populací drozdce mnohohlasého (M. polyglottos). Porovnání heterozygotnosti populací přineslo zjištění, že míra zastoupení heterozygotů je menší v galapážských populacích než v kontinentální populaci. To naznačuje větší vliv diversifikující selekce v kontinentální populaci, nebo redukci genetické variability v galapážských populacích vlivem efektu zakladatele a menší populační velikosti. Kromě popisu genetické diversity byly popsány fyziochemické vlastnosti objevených haplotypů, vymodelovány a porovnány struktury všech haplotypů TLR1B, TLR4 a TLR15.
|
|
|
Ochranářská genetika vlka obecného a levharta sněžného: vliv krajiny na mikroevoluci populační struktury
Benešová, Markéta ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Kreisinger, Jakub (oponent)
Přístupy krajinné genetiky umožňují zkoumat vliv krajiny na mikroevoluci populací. Krajina může ovlivňovat genový tok i u velkých šelem s dobrými disperzními schopnosti. Pochopení vlivu krajiny na genový tok mezi populacemi je zásadní pro ochranu druhů, obzvlášť jedná-li se o druhy s nízkou populační hustotou. Cílem práce bylo popsat genetickou strukturu populací vlka obecného (Canis lupus) a levharta sněžného (Panthera uncia) ve vybraných územích a zjistit, jaký vliv mají na pozorovanou strukturu vlastnosti krajiny. Byly analyzovány neinvazivní genetické vzorky levhartů sněžných z Nepálu a neinvazivní i invazivní vzorky vlků obecných ze střední Evropy. Populační struktura byla určena a posteriori pomocí Bayesiánských přístupů, které integrují genetická a geografická data, a srovnána s modely konektivity krajiny. Populační struktura sněžných levhartů je nejvíce ovlivněna přítomností lidí a frekventovaných cest, které pro ně představují disperzní bariéru. Habitat vhodný pro tento druh je výrazně omezen nadmořskou výškou, přesto jsou během disperze schopni překonat i oblasti s vyšší nadmořskou výškou, než jaká je pro ně optimální. Byla nalezena výrazná genetická odlišnost mezi vlky ze středoevropské nížinné a z karpatské populace, přestože mezi nimi není přímá bariéra genového toku. Tuto roli hraje...
|
|
|
Variability of MHC class II \recke{beta} gene in Galápagos mockingbirds
VLČEK, Jakub
Understanding the dynamics of functional genetic variability in small populations can have important implications in their conservation. I screened the variation of MHC II gene in Galapagos mockingbirds to evaluate the evolutionary forces that shaped the genetic variation. I found out that genetic drift affected the MHC variation together with a specific form of natural selection. Although the MHC is supposed to be under a pathogen-mediated selection I found no evidence for this theory in the mockingbird study system.
|
|
|
Využití neinvazivních genetických metod k studiu populačních parametrů vrubozobých ptáků
Kreisinger, J. ; Albrecht, Tomáš ; Čížková, Dagmar ; Javůrková, V. ; Munclinger, P. ; Stopka, P.
Tato publikace představuje metodiku založenou na neinvazivním sběru genetického materiálu z hnízd vrubozobých ptáků (Anseriformes). Pilotní projekt provedený na kachně divoké (Anas platyrhynchos) potvrdil, že tento přístup je vhodný ke stanovení některých parametrů hnízdních populací vrubozobých ptáků jako je například frekvence náhradního hnízdění, míra filopatrie a meziroční disperze. Výhodou oproti klasickým přístupům založeným na přímém odchytu, individuálním značení a cíleném sledování následných reprodukčních pokusů je menší časová a technická náročnost, což vede k podstatně efektivnějšímu samplování cílové populace. Nezanedbatelná není ani nižší disturbance hnízdících ptáků.
|
host ::
RSS.