|
|
Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
Krištůfek, Václav ; Kasalický, Vojtěch ; Chroňáková, Alica ; Elhottová, Dana ; Němec, Jan
Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, .i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i.), archaea, actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, sfingobacteria.
|
|
|
Kultivace bakterií z netopýřího guána
Petrásek, Jiří ; Elhottová, Dana ; Krištůfek, Václav ; Kováč, L.
Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano rozkládá velmi pomalu. V průběhu času se v blízkosti netopýřích kolonií vytváří kopy guana staré i několik stovek let. Netopýří guano tak představuje unikátní prostředí, ve kterém panují specifické podmínky a tomu odpovídá také složení bakteriálního společenstva. V rámci této studie byla plotnovou metodou pomocí šesti kultivačních médií sledována bakteriální společenstva guana z jeskyně Domica a z Ardovské jeskyně (NP Slovenský kras). Celkové počty kultivovatelných aerobních bakterií v guanu byly hodnoceny pomocí růstu na zpevněném komplexním médiu TSBA (Becton & Dickinson). Celkové počty kultivovatelných anaerobních bakterií byly sledovány pomocí DifcoTM Anaerobic Agar (Becton & Dickinson) a krevního agarového média (Shadler + 5% beranní krev, Oxoid).
|
|
| |
host ::
RSS.