|
|
Barcoding společenstva makrozoobentosu Křesánovského potoka
PEJCHAROVÁ, Eliška
Molekulární genetické metody, mezi které se řadí i barcoding, jsou v posledních letech stále častěji a častěji využívány pro analýzu společenstev nejen makrozoobentosu. Morfologická determinace přesných druhů jepic, pošvatek či chrostíků v jejich larválním stádiu je náročná a vyžaduje množství času a znalostí. Analýza pomocí barcodingu může pomoci přesněji zařadit sporné druhy. Cílem této diplomové práce je pomocí metody barcodingu determinovat vybrané zástupce makrozoobentosu a ověřit morfologickou determinaci zástupců makrozoobentosu. Sledovanou lokalitou je Křesánovský potok v jižních Čechách. Z odebraných vzorků byla extrahována dna a s pomocí mitochondriálního genu CO1 a primerových párů LCO1490, HCO2198 a jgLOC1490 a jgHCO2198 byly vytvořeny sekvence které byly testovány v programu BLAST. Byly získány nejpodobnější sekvence z veřejně dostupných databází a následně byl jejich porovnáním určen přesný druh. Celkem bylo studováno 57 vzorků z nichž bylo morfologicky určeno 29 druhů (šest druhů pošvatek osm druhů jepic, sedm druhů chrostíků, tři zástupce brouků, čtyři druhy dvoukřídlých a jeden druh blešivce) a barcodingem 30 druhů (11 druhů jepic, osm druhů pošvatek, pět druhů chrostíků, dva druhy dvoukřídlých, tři druhy brouků a jeden druh blešivce). Morfologická determinace byla úspěšná v 63 % případů. U jepic byla úspěšnost 74 %, u pošvatek 67 %, u chrostíků 33 % a u dvoukřídlých 25 %. Zástupce blešivců byl morfologicky určen správně. Barcoding se jeví jako vhodná metoda pro studium makrozoobentosu a vynikající doplněk k morfologické analýze vzorků. Má však svá omezení a není vhodné jej uvažovat jako jedinou metodu při determinaci vzorků makrozoobentosu.
|
|
|
Barcoding českých denních motýlů
ŠKOPEK, Patrik
Cílem této práce bylo vyizolovat DNA denních motýlů z území ČR a osekvenovat u všech mitochondriální gen cytochrom c oxidázu podjednotku 1 (tzv. barcode), abych zjistil jejich genetickou příbuznost, vnitrodruhové vztahy a geografické odlišnosti. Druhým úkolem bylo porovnat získané sekvence DNA s ostatními státy Evropy. Vyizoloval jsem DNA z noh motýlů, naklonoval vybraný úsek DNA pomocí PCR (polymerázové řetězové reakce) a ověřil kvalitu PCR produktů pomocí elektroforézy. Produkty PCR byly osekvenovány. Celkově bylo v této práci použito 500 sekvencí z 87 druhů (61,7 % fauny). Z těchto sekvencí byl sestaven fylogenetický strom metodami maximální věrohodnosti a Baysovské inference. Za účelem nalezení potencionální kryptické biodiverzity a odlišných linií byly pomocí analýzy GMYC všechny druhy rozděleny do čtyř skupin: 71 druhů (81,6 %) patřící do jedné entity, 4 druhy (4,6 %) sloučené do dvou entit, 10 druhů (11,5 %) rozděleno na více entit (potencionální kryptická diverzita) a 2 druhy (2,3 %) rozdělené a sloučené s jiným druhem. K českým vzorkům 33 druhů z čeledi Lycaenidae byly přidány vzorky pocházející s Rumunska a Německa a jejich příbuznost byla porovnána na základě fylogenetického stromu. Pro 10 druhů (30,3 %) chyběla data pro jednu ze srovnávacích zemí, 19 druhů (57,7 %) bylo příbuzných jak rumunským, tak německým vzorkům, 1 druh (3 %) byl příbuzný rumunským vzorkům, 1 druh (3 %) byl příbuzný německým vzorkům a 2 druhy (6 %) tvořily samostatnou českou větev. Tato práce sloužila jako předběžná studie české motýlí mitochondriální diverzity a účinnosti barcodingu, ale k dokončení studie je potřeba více dat.
|
|
|
Analýza chromosomu W u skvrnopásníka lískového, \kur{Lomaspilis marginata}
DEMKOVÁ, Miriam
The aim of this master thesis was to analyse variability of sex chromosomes in Lomaspilis marginata (Geometridae). Several families of this species were tested for the presence of sex chromatin and also for their variability in the W chromosome composition using comparative genomic hybridization. My results of this study indicated existence of at least three different types of the W chromosome in the investigated species.
|
|
|
Identifikace forenzně významných druhů hmyzu s výskytem v chladných měsících
Skoupá, Kristýna
Identifikace hmyzu obývajícího mrtvá těla je významná obzvláště pro oblast kriminalistiky, především pro určování post-mortem intervalu, jako důkaz posmrtné manipulace s tělem, důkaz přítomnosti toxických látek, atd. Tato práce se zabývá určováním forenzně významného hmyzu vyskytujícího se v chladných měsících a extrémních podmínkách na základě molekulárně-genetických analýz. K tomuto účelu byla založena 3 pokusná pole v okresech Brno-venkov a Blansko a na dně propasti Macochy se specifickým jeskynním mikroklimatem. Bylo zapotřebí provést izolaci DNA, amplifikovat úsek genu cytochromoxidázy I a sekvenovat tuto část mitochondriální DNA vzorků hmyzu. Sekvence byla poté porovnávána s databázemi BLAST a BOLD, přičemž databáze BOLD vykazovala vyšší procento shody. Tímto způsobem bylo identifikováno 24 druhů hmyzu celkem ze 13 různých čeledí, přičemž největší masu zachyceného hmyzu tvořila Calliphora vicina a Calliphora vomitoria, což jsou typičtí zástupci zimní nekrofágní fauny.
|
|
|
Delimitace druhů u lobosních měňavek
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Lobosní měňavky - měňavky vytvářející lobopodie - se vyskytují napříč skupinami Amoebozoa, Excavata, Rhizaria, a v rodu Anaeramoeba s nejasným postavením. Pro jejich druhovou delimitaci (tj. vymezení hranic pro odlišení jednotlivých druhů od sebe) jsou nejčastěji používané morfologické znaky, které bylo možné dokumentovat i v minulosti, jako je velikost a tvar těla, vzhled hyalinní zóny, panožek a subpseudopodií, granuloplazma s cytoplazmatickými inkluzemi, počet a velikost jader, tvar uroidu a podoba případné cysty. Dále jsou používány znaky na ultrastruktuře, kterými jsou ultrastruktura jádra, jadérka, povrchových útvarů a organel. Díky molekulárním metodám se dnes druhy popisují a rozlišují také díky sekvenování genu pro SSU rRNA a aktin, COI barcodingu a sekvencí ITS a je tak možné odhalovat i kryptické druhy. Před sekvenováním se pro molekulární popis druhů využívalo také technik RFLP, RAPD a izozymů. Tato práce hodnotí význam jednotlivých znaků používaných pro druhovou delimitaci lobosních měňavek na příkladu vybraných 125 druhů ze skupiny Amoebozoa (řádů Acanthamoebida, Pellitida, Himatismenida, Dermamoebida, Thecamoebida, Vannellida, Dactylopodida, Squamocutida, Variopodida, Euamoebida, Leptomyxida a Echinamoebida), Heterolobosea a Anaeramoebidae. Klíčová slova: barcoding, druhová...
|
|
|
Fylogeneze, diverzita, distribuce a hostitelská specifita parazitů Haemoproteus spp. (Apicomplexa: Haemosporida: Haemoproteidae) u suchozemských želv Palearktu.
MARŠÍKOVÁ, Aneta
This study provides unique data on distribution, prevalence, host specificity, phylogeny, and intraspecific variability of two Haemoproteus species of Palearctic tortoises. Analyses based on cytochrome b sequences confirm the existence of two monophyletic lineages/species of Haemoproteus infecting Testudo tortoises. Microscopically, the species corresponding to H. anatolicum was revealed in blood smears of T. graeca, and H. caucasica was detected in two tortoise species, T. graeca and T. horsfieldii.
|
|
|
Aplikace barcodingu na rod \kur{Folsomia} (Collembola) a mitochondriální genom \kur{F. candida}
SLÁMOVÁ, Martina
Testovali jsme použití molekulárního markeru COI pro při identifikaci druhů rodu Folsomia (Collembola). Marker byl úspěšně amplifikován a osekvenován. Dendrogram konstruovaný metodou Neighbor-Joining s modelem Kimura-2-Paremeter rozdělil testované jedince do očekávaných skupin a vysoká vnitrodruhová variabilita F. quadriocullatat ukazuje na existenci kryptických druhů. Dále jsme získali 65 % mitochondriálního genomu F. candida, kde jsme identifikovali 16 genů pro tRNA, 9 genů kódujících proteiny a 2 geny pro rRNA. Pozice všech nalezených genů se shodují s pořadím zjištěným u G. hodgsoni, a jejich charakteristika se výrazně neodlišuje od ostatních mitochondriálních genomů zastupců řádu Collembola.
|
host ::
RSS.