|
|
Aplication of explicitly correlated multi-reference coupled cluster methods
Lang, Jakub ; Pittner, Jiří (vedoucí práce) ; Fišer, Jiří (oponent)
*Abstrakt Metody Coupled cluster patří v současnosti mezi standardní kvan- tově-chemické metody. Tyhle metody však nejsou schopny kvali- tativně popsat systémy s kvazidegenerovanými orbitaly, kde je jed- norefereční přístup klasických coupled cluster metod nedostatečný. Tyhle systémy se vyznačují příspěvky statické korelace, na popis které je potřeba využít multireferenční přístup. Multireferenční cou- pled cluster metody vyvinuté v naší skupině jsou schopny popsat jak statickou, tak i dynamickou korelaci a dovolují tak počítat dřív prob- lematické systémy. Ve spojení s explicitní korelací, která je schopna zlepšit popis elektronického cuspu, je možné dosáhnout vynikající výsledky zkonvergované do úplné báze a s méně nasycenými bázemi. Takhle urychlená konvergence je následně uplatněna ve výpočtu do- posud výpočetně náročných systémů. V téhle práci jsou prezen- továny multireferenční coupled cluster výpočty tranzitních stavů izomerizace bicyklobutánu a explicitně korelované výpočty molekuly tetrametylénetánu. 1
|
|
|
Ab initio study of {101-2} twinning transition in magnesium
Káňa, Tomáš ; Ostapovets, Andriy
Twinning is an important deformation mode in materials with the hexagonal close-packed (hcp) structures. The shear deformation combined with shuffling of atomic planes can lead to a transition between the Mg hcp structure and a twinned hcp structure. Studying such a transition by means of ab initio methods should bring more insight into the twinning mechanism in magnesium where the {1012} planes are the twinning planes. Comparison of ab initio results with those obtained using the semi-empirical embedded atom method is provided. It can help improve the fitted parameters of the embedded atom method.
|
|
|
Webový server pro predikci 3D struktury proteinu
Votroubek, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá proteiny, především jejich strukturou a způsoby predikce terciární, neboli 3D, struktury. Predikce terciární struktury je důležitá pro zjištění funkce těchto životně důležitých látek. Využití metod bioinformatiky velice zefektivňuje a zrychluje predikci, protože klasické metody přímého zjišťování struktury z molekuly jsou drahé a pomalé. Na druhou stranu jsou zatím mnohem přesnější. Cílem práce je přiblížit metody používané pro predikci terciární struktury, popsat nástroje, které se používají a možnosti automatické komunikace s nimi. Dále je cílem popsat implementaci serveru, který bude sloužit proteinovým inženýrům pro efektivnější zjišťování informací o terciární struktuře z více nástrojů, aniž by museli zadávat požadavek na každý zvlášť. Také zde budou popsány výsledky testování.
|
|
|
Modelling of Chemical Processes
Al Mahmoud Alsheikh, Amer ; Bártlová,, Milada (oponent) ; Urban,, Ján (oponent) ; Žídek, Jan (vedoucí práce)
In this thesis the study of the fragmentation process of certain molecule is presented and it has been used to know the nature of fragmentation products. This work is concentrated to the calculation of fragmentation energy of the molecule using ab initio quantum chemistry methods and density functional theory (DFT) calculations and with a support by experiment. The influence of the computational method, basis set, and the geometry of molecule on simulation has been presented. It was compared the fragmentaion of methylphenylsilane (MPS), dimethylphenylsilane (DMPS) and trimethylphenylsilane (TMPS). The fragmentation was initiated by electron impact ionization (EII). The mass spectrometry technique was used to the analysis of the composition of fragmentation products from MPS and TMPS. The fragmentation products measured in this work were interpreted with respect to the ionization energy, appearance energies of fragments and bond dissociation energy of selected bonds. The results for MPS and TMPS were completed with DMPS previously published experimental data in order to have the series of similar compounds, which differ only by number of CH3 groups. Even the structurally similar molecules have significantly different fragmentation behavior. Comparison with the theoretical bond dissociation energies calculated using the DFT calculations has been presented. Using the combined experimental and theoretical approaches we have focused our recent studies to the common features as well as basic differences of the fragmentation schemes of all the three molecules. We proposed subtraction of two hydrogen atoms during plasma induced fragmentation process. The subtraction of H2 molecule, specific for MPS but rarely observed also in the other two compounds was also of high interest in our studies. It can run in two mechanisms: i. subtraction of two hydrogens one-by-one and ii. dissociation of H2 in one step. We can predict which mechanism is more probable according to the DFT calculated energy profile of reaction. The calculated predictions were in correlation with the composition of fragmentation products from experimental mass spectra.
|
|
|
Prvoprincipiální studium stability krystalů pevných látek
Pleskot, Ondřej ; Šesták, Petr (oponent) ; Černý, Miroslav (vedoucí práce)
Práce se zabývá modelováním elektronové struktury v krystalech pevných látek. Konkrétně jsou prvoprincipiálním kódem VASP spočteny hustoty valenčních elektronů a hustoty stavů tří krystalů, reprezentující tři typy vazeb. Jedná se o vazbu kovovou v krystalu hliníku, o vazbu kovalentní v krystalu diamantu a o vazbu iontovou v krystalu soli kamenné. Z vypočtených hodnot napětí a energie jsou následně určeny některé makroskopické parametry krystalů, jako jsou rovnovážný mřížkový parametr, modul objemové pružnosti a mez pevnosti při izotropním tahu.
|
|
|
Strength and magnetism of Mn-Pt nanocomposites
Káňa, Tomáš ; Šob, Mojmír
Using ab initio electronic structure calculations, we have analysed Mn atoms dissolved in a platinum matrix, forming thus intermetallics MnPt3, MnPt7 and MnPt15 that can be considered as prototypes of natural Mn–Pt nanocomposites. On the whole, manganese addition makes the resulting Mn–Pt compound softer but increases its resistance to shape deformation. With increasing Mn content, both tensile and compressive theoretical strength is enhanced. In agreement with experiment, our calculations confirm the antiferromagnetic (AFM) ground state of the MnPt7 structure with spins directions altering along the [100] crystallographic direction (AFM [100]). In addition, we have proposed and studied three prototypes of linear MnPt15 nanocomposites consisting of Mn nanochains in the Pt matrix. Again, AFM [100] ordering was found in the ground state of MnPt15.
|
|
| |
|
| |
|
|
Ab initio studium fázové stability kovů z prvních principů
Káňa, Tomáš ; Hüger, E. ; Šob, Mojmír
Pomocí ab initio výpočtů jsme studovali průběh totální energie podél transformační dráhy mezi strukturami hexagonální těsně uspořádanou (hcp) a kubickou plošně centrovanou (fcc) pro Al, Co, Ni, Cu a Pd. Našli jsme jednu transformační dráhu s velmi nízkou energiovou bariérou mezi oběma strukturami, konkrétně 0.010 eV/atom pro Al, 0.020 eV/atom pro Pd, 0.030 eV/atom pro Cu, 0.033 eV/atom pro Ni a 0.050 eV/atom pro Co.
|
|
| |
host ::
RSS.