|
|
Rapidly mutating Y-STRs analysis as a tool for forensic investigations, genetic genealogical applications and molecular anthropology
Jakub, David ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Doubková, Klára (oponent)
Ve srovnání se standardními Y-STR markery běžně užívanými ve forenzních oborech a bioarcheologii mají rychle mutující Y-STR markery (RM Y-STR) ve světových populacích podstatně vyšší haplotypovou diverzitu a rozlišovací schopnost. Jedná se o novinku v těchto oborech. Tato práce se pokusí objasnit jejich původ, funkci a efektivnost ve forenzní genetice, genealogii a molekulární antropologii pohledem na Y chromozom a jeho charakteristiky, které umožnují jeho využití při mapování populací, jednotlivých mužských linií, a identifikaci mužských pachatelů sexuálního násilí. Pohledem na ostatní polymorfismy Y chromozomu, především Y-SNP markery, zjistíme, ve kterých studiích je každý typ nejvhodněji využit. Na konci se objasní, jestli je použití RM Y-STR markerů přínosné pro jednotlivé obory, jestli učiní standardní Y-STR markery redundantní, nebo jestli jsou sami v porovnání bez podstatného využití.
|
|
|
SNP polymorphisms of Y chromosome in the population of african fulani people
Bučková, Jana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Markery nerekombinujúcej časti chromozómu Y predstavujú vhodný nástroj na štúdium diverzity jednotlivých populácií. Najbežnejšími polymorfizmami ľudského genómu sú SNPs. Mutačná rýchlosť SNPs je pomerne malá a preto majú svoje využitie ako genetické markery v evolučných a populačných štúdiách. V rámci tejto práce sme analyzovali 205 nepríbuzných mužských vzoriek DNA z 11 subsaharských fulbských subpopulácií z 5 štátov Afrického Sahelu. Fulbovia sú etnickou skupinou, ktorá je rozšírená vo viacerých štátoch, hlavne západnej Afriky. Naše vzorky pochádzajú z oblasti Tindangou, Banfora (Burkina Faso), Bongor, Linia (Čad), Diafarabé (Mali), Tcheboua (Kamerun), Balatungur, Diffa, Zinder, Ader a Abalak (Niger). Vyžitím kitu Signet Y-SNP Identification Systems a prístroja Luminex s LabMAP Luminex technológiou sme detegovali jednotlivé SNPs chromozómu Y. LabMAP Luminexová technológia je univerzálna čipová platforma, ktorá ako sondy využíva fluorescenčne značené polystyrénové mikrosféry. Zaznamenali sme výskyt 12 rôznych haploskupín. Do typický africkej haploskupiny E, ktorá je definovaná prítomnosťou odvodenej alely v polymorfizme M96 patrí 89,3% jedincov. U 7,8% z celkového počtu jedincov sme detegovali haploskupinu R, ktorá je charakteristická pre eurázijskú populáciu. Na vytváraní genofondu populácie...
|
|
|
Populační struktura, migrace a dynamika Afriky a Arábie
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent) ; Zrzavý, Jan (oponent)
Populační historie afrického sahelu a Arábie byla kromě interakce evolučních sil ovlivněna i šířením kulturních inovací neolitu. Odrazem těchto procesů je dnes velmi složitě strukturovaná diverzita současných populací, která je v předkládané práci prezentována prostřednictvím analýz několika genetických markerů. Cílem je podat ucelený pohled na historii demografických procesů v sahelu i Arábii, a to kombinací genetických, jazykových, subsistenčních a geografických dat získaných od lokálních populací. Studie rozsáhlého souboru mtDNA sekvencí ukázala, že Arábie byla významnou křižovatkou genového toku, a ačkoliv byla kolonizována anatomicky moderními lidmi z východní Afriky, dnešní diferenciace mezi oběma regiony je vyšší než diferenciace mezi jejich lokálními populacemi. I sahel byl v minulosti významným biokoridorem. Setkáváme se zde s populacemi různých subsistenčních strategií (kočovní pastevci a usedlí zemědělci), mezi nimiž byl genový tok značně omezen. Porovnání uniparentálně děděných lokusů u obou skupin poukazuje na odlišnou migrační aktivitu východní a západní části sahelu. Ke komplexnějšímu obrazu populační historie této oblasti přispěly také analýzy Alu elementů, které naznačily inklinaci západoafrických pastevců (Fulbů) k populacím východní Afriky. Práce ukazuje, že subsistenční...
|
|
|
SNP polymorphisms of Y chromosome in the population of african fulani people
Bučková, Jana ; Šimková, Halina (oponent) ; Černý, Viktor (vedoucí práce)
Markery nerekombinujúcej časti chromozómu Y predstavujú vhodný nástroj na štúdium diverzity jednotlivých populácií. Najbežnejšími polymorfizmami ľudského genómu sú SNPs. Mutačná rýchlosť SNPs je pomerne malá a preto majú svoje využitie ako genetické markery v evolučných a populačných štúdiách. V rámci tejto práce sme analyzovali 205 nepríbuzných mužských vzoriek DNA z 11 subsaharských fulbských subpopulácií z 5 štátov Afrického Sahelu. Fulbovia sú etnickou skupinou, ktorá je rozšírená vo viacerých štátoch, hlavne západnej Afriky. Naše vzorky pochádzajú z oblasti Tindangou, Banfora (Burkina Faso), Bongor, Linia (Čad), Diafarabé (Mali), Tcheboua (Kamerun), Balatungur, Diffa, Zinder, Ader a Abalak (Niger). Vyžitím kitu Signet Y-SNP Identification Systems a prístroja Luminex s LabMAP Luminex technológiou sme detegovali jednotlivé SNPs chromozómu Y. LabMAP Luminexová technológia je univerzálna čipová platforma, ktorá ako sondy využíva fluorescenčne značené polystyrénové mikrosféry. Zaznamenali sme výskyt 12 rôznych haploskupín. Do typický africkej haploskupiny E, ktorá je definovaná prítomnosťou odvodenej alely v polymorfizme M96 patrí 89,3% jedincov. U 7,8% z celkového počtu jedincov sme detegovali haploskupinu R, ktorá je charakteristická pre eurázijskú populáciu. Na vytváraní genofondu populácie...
|
host ::
RSS.