|
|
Pokročilé metody perfuzní analýzy v MRI
Macíček, Ondřej ; Frollo, Ivan (oponent) ; Mikl, Michal (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato doktorská práce se zabývá problematikou kvantitativní analýzy pomocí MRI a použití exogenní kontrastní látky. Jedná se o dvě metody, Dynamic contrast-enhanced MRI (DCE-MRI) a Dynamic susceptibility contrast MRI (DSC-MRI), které jsou většinou zpracovávány samostatně. Jedná se o unikátní metody, které poskytují cenné informace, avšak nejsou odbornou veřejností dostatečně přijímány kvůli nespolehlivosti odhadů parametrů a nejsou tak běžně používány ve vyšetřovacích protokolech. Tato dizertační práce si klade za cíl zlepšit spolehlivost metody DCE a odhady parametrů DSC. Práce se zejména zaměřuje na řešení problému kvantifikace při extravazaci kontrastní látky v DSC analýze a dále na nestabilitu DCE odhadů v případě použití pokročilých DCE farmakokinetických modelů s větším počtem parametrů. S použitím nových přístupů zpracování z literatury pro zpracování simultánně měřených DCE a DSC dat je možno odhadnout nové parametry vyšetřované tkáně - relaxivitu vaskulárního a intersticiálního prostoru. Pro tuto metodiku byl původně použit 2CXM model. V této práci je tato metodika testována s dalšími typy modelů, přičemž je kladen důraz na jejich spolehlivost v rámci spojení DCE a DSC. Bylo zjištěno, že model ATH je pro tento účel vhodnější než 2CXM. Metoda byla rozšířena o alternující dekonvoluci a dále na plně simultánní DCE-DSC odhad. Algoritmus byl testován na umělých a reálných datech. Výsledky analýz ukazují, že navržený dekonvoluční postup zlepšuje přesnost odhadu jak DCE, tak i DSC parametrů v porovnání se sekvenčním odhadem a zvyšuje tak významně potenciál a spolehlivost DCE a DSC metod.
|
|
|
MRI potkanů - kvantifikace T1 myokardu
Vitouš, Jiří ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tématikou snímání a kvantifikace relaxačního času T1 u srdce potkanů. Zaměřuje se na prostudování metod této kvantifikace a následnou aplikaci těchto metod při vývoji kvantifikačního nástroje. Se zvláštním zřetelem se věnuje metodám synchronizace akvizice vzhledem k dechu a srdeční aktivitě. Hlavním cílem této práce je vyvinout nástroj pro synchronizaci akvizice retrospektivním způsobem s využitím pouze nasnímaných dat, tedy bez vnějšího měření navigačního signálu získaného například z dechového polštářku či elektrokardiografu. Práce se zabývá jak synchronizací v případě tzv. steady-state akvizice, tak i v případě situací, kdy je rovnovážný stav vyrušen pomocí inverzních pulzů či podáním kontrastní látky.
|
|
|
Multiparametric segmentation of MR images
Chovanec, Ján ; Šmirg, Ondřej (oponent) ; Dvořák, Pavel (vedoucí práce)
The aim of the thesis was familiarity of segmentation methods for automatic segmentation of MR images, using multiparametrical display. The theoretical part focuses on the description of methods of segmentation techniques. In the practical part are implemented K-means and level-set method. The methods are tested on the images of the brain obtained by different sequences (T1, T1c, T2, FLAIR). Segmentation methods are implemented in the program MATLAB. Implemented segmentation accuracy is demonstrated on data which there are reports reference results. Evaluation methods is performed using different classifiers decision. The K-means method is tested different metrics and different combinations of the input image. Finally, both methods are compared with one another and visually evaluated against the reference image.
|
|
|
Měření relaxací gelových struktur technikami magnetické rezonance
Jehličková, Lenka ; Kadlec, Radim (oponent) ; Kubásek, Radek (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je změření relaxací gelových struktur technikami magnetické rezonance. V první části je podrobně popsána teorie potřebná k následnému měření. Je zde vysvětlen základní fyzikální princip NMR, zavedeny pojmy jako precese, Larmorova frekvence a RF pulzy. Zjednodušeně je uveden i samotný měřicí přístroj, jeho základní části a rozdělení z hlediska magnetických polí. Nejdůležitější částí je vysvětlení a pochopení relaxačních dějů, které při NMR nastávají. Jednotlivé sekvence, které se k jejich měření používají, jsou vysvětleny na metodě spin echo, jenž je stavebním kamenem všech dalších metod. Druhou částí je zpracování naměřených výsledků. Měření poklesu i spektra daných gelových vzorků je vyjádřeno v závislosti času T2 na době tuhnutí vzorku.
|
|
|
Kvantifikace relaxačního času T1 v DCE-MRI
Vitouš, Jiří ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá metodami kvantifikace relaxačního času T1 a korekce nehomogenity magnetického pole B1. Pro účely měření je vytvořen fantom pomocí 3D tisku. Nejprve je provedena rešerše na dané téma, následně je provedena analýza dat z měření standardními metodami kvantifikace relaxačního času T1. Tyto metody jsou následně mezi sebou porovnány. Další část bakalářské práce se věnuje korekci nehomogenity magnetického pole B1 a využití této korekce pro kvantifikaci T1 pomocí rychlých metod založených na proměnném sklápěcím úhlu. Pro korekci nehomogenity jsou zpracovány dva postupy a to korekce přímým mapováním relativní mapy B1 metodou double angle a mapování B1 na základě referenční metody. Pro účely výběru referenční metody je vytvořena jednoduchá simulace, která ukazuje náchylnosti jednotlivých referenčních metod na nepříznivé vlivy při akvizici. Na závěr jsou stanoveny výhody a nevýhody jednotlivých metod korekce nehomogenity B1 a srovnání přesnosti metod založených na proměnném sklápěcím úhlu s referenčními metodami.
|
|
|
MRI potkanů - kvantifikace T1 myokardu
Vitouš, Jiří ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tématikou snímání a kvantifikace relaxačního času T1 u srdce potkanů. Zaměřuje se na prostudování metod této kvantifikace a následnou aplikaci těchto metod při vývoji kvantifikačního nástroje. Se zvláštním zřetelem se věnuje metodám synchronizace akvizice vzhledem k dechu a srdeční aktivitě. Hlavním cílem této práce je vyvinout nástroj pro synchronizaci akvizice retrospektivním způsobem s využitím pouze nasnímaných dat, tedy bez vnějšího měření navigačního signálu získaného například z dechového polštářku či elektrokardiografu. Práce se zabývá jak synchronizací v případě tzv. steady-state akvizice, tak i v případě situací, kdy je rovnovážný stav vyrušen pomocí inverzních pulzů či podáním kontrastní látky.
|
|
|
Pokročilé metody perfuzní analýzy v MRI
Macíček, Ondřej ; Frollo, Ivan (oponent) ; Mikl, Michal (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato doktorská práce se zabývá problematikou kvantitativní analýzy pomocí MRI a použití exogenní kontrastní látky. Jedná se o dvě metody, Dynamic contrast-enhanced MRI (DCE-MRI) a Dynamic susceptibility contrast MRI (DSC-MRI), které jsou většinou zpracovávány samostatně. Jedná se o unikátní metody, které poskytují cenné informace, avšak nejsou odbornou veřejností dostatečně přijímány kvůli nespolehlivosti odhadů parametrů a nejsou tak běžně používány ve vyšetřovacích protokolech. Tato dizertační práce si klade za cíl zlepšit spolehlivost metody DCE a odhady parametrů DSC. Práce se zejména zaměřuje na řešení problému kvantifikace při extravazaci kontrastní látky v DSC analýze a dále na nestabilitu DCE odhadů v případě použití pokročilých DCE farmakokinetických modelů s větším počtem parametrů. S použitím nových přístupů zpracování z literatury pro zpracování simultánně měřených DCE a DSC dat je možno odhadnout nové parametry vyšetřované tkáně - relaxivitu vaskulárního a intersticiálního prostoru. Pro tuto metodiku byl původně použit 2CXM model. V této práci je tato metodika testována s dalšími typy modelů, přičemž je kladen důraz na jejich spolehlivost v rámci spojení DCE a DSC. Bylo zjištěno, že model ATH je pro tento účel vhodnější než 2CXM. Metoda byla rozšířena o alternující dekonvoluci a dále na plně simultánní DCE-DSC odhad. Algoritmus byl testován na umělých a reálných datech. Výsledky analýz ukazují, že navržený dekonvoluční postup zlepšuje přesnost odhadu jak DCE, tak i DSC parametrů v porovnání se sekvenčním odhadem a zvyšuje tak významně potenciál a spolehlivost DCE a DSC metod.
|
|
|
Kvantifikace relaxačního času T1 v DCE-MRI
Vitouš, Jiří ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá metodami kvantifikace relaxačního času T1 a korekce nehomogenity magnetického pole B1. Pro účely měření je vytvořen fantom pomocí 3D tisku. Nejprve je provedena rešerše na dané téma, následně je provedena analýza dat z měření standardními metodami kvantifikace relaxačního času T1. Tyto metody jsou následně mezi sebou porovnány. Další část bakalářské práce se věnuje korekci nehomogenity magnetického pole B1 a využití této korekce pro kvantifikaci T1 pomocí rychlých metod založených na proměnném sklápěcím úhlu. Pro korekci nehomogenity jsou zpracovány dva postupy a to korekce přímým mapováním relativní mapy B1 metodou double angle a mapování B1 na základě referenční metody. Pro účely výběru referenční metody je vytvořena jednoduchá simulace, která ukazuje náchylnosti jednotlivých referenčních metod na nepříznivé vlivy při akvizici. Na závěr jsou stanoveny výhody a nevýhody jednotlivých metod korekce nehomogenity B1 a srovnání přesnosti metod založených na proměnném sklápěcím úhlu s referenčními metodami.
|
|
|
Měření relaxací gelových struktur technikami magnetické rezonance
Jehličková, Lenka ; Kadlec, Radim (oponent) ; Kubásek, Radek (vedoucí práce)
Cílem bakalářské práce je změření relaxací gelových struktur technikami magnetické rezonance. V první části je podrobně popsána teorie potřebná k následnému měření. Je zde vysvětlen základní fyzikální princip NMR, zavedeny pojmy jako precese, Larmorova frekvence a RF pulzy. Zjednodušeně je uveden i samotný měřicí přístroj, jeho základní části a rozdělení z hlediska magnetických polí. Nejdůležitější částí je vysvětlení a pochopení relaxačních dějů, které při NMR nastávají. Jednotlivé sekvence, které se k jejich měření používají, jsou vysvětleny na metodě spin echo, jenž je stavebním kamenem všech dalších metod. Druhou částí je zpracování naměřených výsledků. Měření poklesu i spektra daných gelových vzorků je vyjádřeno v závislosti času T2 na době tuhnutí vzorku.
|
|
|
Multiparametric segmentation of MR images
Chovanec, Ján ; Šmirg, Ondřej (oponent) ; Dvořák, Pavel (vedoucí práce)
The aim of the thesis was familiarity of segmentation methods for automatic segmentation of MR images, using multiparametrical display. The theoretical part focuses on the description of methods of segmentation techniques. In the practical part are implemented K-means and level-set method. The methods are tested on the images of the brain obtained by different sequences (T1, T1c, T2, FLAIR). Segmentation methods are implemented in the program MATLAB. Implemented segmentation accuracy is demonstrated on data which there are reports reference results. Evaluation methods is performed using different classifiers decision. The K-means method is tested different metrics and different combinations of the input image. Finally, both methods are compared with one another and visually evaluated against the reference image.
|
host ::
RSS.