|
|
Identification of new tissue-specific interaction partners of chromatin remodelling ATPase Smarca5
Arishaka, Yuliia ; Kokavec, Juraj (vedoucí práce) ; Děd, Lukáš (oponent)
Regulace struktury chromatinu je zásadní pro širokou škálu buněčných procesů, včetně regulace transkripce, buněčného dělení, diferenciace a opravy poškození DNA, a ATP-závislé remodelační komplexy chromatinu byly identifikovány jako základní složky této regulační sítě. Bylo ukázáno, že Smarca5, jako enzym ATPáza/Helikáza, reguluje strukturu chromatinu v interakci s partnery obsahujícími bromo- a DDT-WHIM domény, což umožňuje kontrolovat vazbu proteinů a transkripčních faktorů na specifické DNA sekvence spojené s chromatinem. V této práci byl identifikován dosud nepopsaný protein s konzervovanou N-terminální bromodoménou a ISWI protein vázající DDT-WHIM doménou pomocí ko-imunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie v buněčných liniích savčího typu. Tento protein byl potvrzen jako nový interakční partner ATPázy pro remodelaci chromatinu, Smarca5. Navíc, byla lokalizována oblast nezbytná pro interakci se Smarca5, která odpovídá oblasti DDT-WHIM domény. Navíc jsme se pokusili identifikovat další interakční partnery, kteří by mohli naznačovat potenciální funkci tohoto nového chromatin remodelačního komplexu, a ověřili jsme jeho expresi v embryonálních a postnatálních tkáních. Tento objev představuje jedinečnou příležitost pro další zkoumání jeho potenciální role v interakci s ATPázou Smarca5 a rozšíření...
|
|
|
Chromatin remodeling during temperature sensing in plants
Šlesingerová, Terezie
Evolučně konzervovaný komplex transkripčního koaktivátoru Spt–Ada–Gcn5 Acetyltransferáza (SAGA) v Arabidopsis thaliana je úzce zapojen do mnoha buněčných procesů pomocí posttranslačních modifikací histonů. GENERAL CONTROL NON-REPRESSIBLE PROTEIN 5 (GCN5), podjednotka komplexu, je histon SAGA acetyltransferáza a přímo ovlivňuje genovou expresi. Mutantní rostliny Arabidopsis postrádající GCN5 jsou citlivé na tepelný stres, ale molekulární mechanismy implikující GCN5 v tepelném stresu jsou v současnosti neznámé. Abychom získali přehled o molekulárních drahách, které jsou základem tepelné citlivosti gcn5, vyhodnotili jsme globální změny proteomu vyvolané tepelným stresem na pozadí gcn5. I když většina identifikovaných proteinů reagovala podobně u gcn5 i u ekotypu Col-0 některé z nich, jako CONSTITUTIVE PHOTOMORPHOGENIC 11 (COP11), nebyly ovlivněny teplem v pozadí mutantní rostliny gcn5, ale u ekotypu Col-0 se drasticky snížily. Dále jsme provedli screening mu-tantů ovlivněných domnělými interaktory GCN5 pod tepelným stresem a identifikovali jsme, že nepřítomnost SAGA COMPLEX SUBUNIT 2A (SCS2A) a INHIBITOR OF GROWTH 1 (ING1) vede k citlivosti na teplo. Celkově vzato, naše výsledky připravují cestu k podrobnějšímu pochopení role GCN5 v reakcích na stres.
|
|
|
Výzkum epigenetických aspektů kmenových buněk krvetvorby a spermatogeneze.
Hybešová, Michaela ; Pimková, Kristýna (vedoucí práce) ; Děd, Lukáš (oponent)
Diferenciace kmenových buněk je řízená koordinovanou regulací genové transkripce. Jedním z regulačních faktorů je rozvolnění chromatinu a zpřístupnění DNA k transkripčním faktorům. Remodelace chromatinu je zajišťována remodelačními komplexy. ISWI chromatin remodelující ATPáza Smarca5 (S5) je významným faktorem remodelačních komplexů. Jedná se o vysoce konzervovaný chromatin-remodelační faktor, který se nachází v několika komplexech oligopodjednotek a tvoří zde katalytickou podjednotku. V těchto komplexech aktivně reguluje strukturu a přestavbu nukleozomu během replikace, oprav a transkripce DNA. Bylo zjištěno, že S5 je klíčový protein pro embryonální vývoj. Jeho nedostatek vede k poruchám krvetvorby a vývoji samčích pohlavních orgánů. V této práci jsme se zaměřili na roli S5 v hematopoéze a spermatogenezi. Pomocí myšího modelu s transgenní expresí S5, ko-imunoprecipitace a hmotnostní spektrometrie jsme identifikovali komplexy, v nichž se S5 nachází v hematopoetických orgánech a v buňkách v testes. Studovali jsme také fenotypové následky deficitu S5 v myších testes a zjistili, že vede k poruše vývoje spermií a samčí sterilitě. Pomocí transkriptomické a proteomické analýzy jsme identifikovali, některé molekulární programy, které by mohly k poruchám reprodukce vést. Naše práce naznačuje, že S5 je...
|
|
|
SWI2/SNF2 ATPázy se zaměřením na podrodinu ISWI: proteinové komplexy a myší modely pro jejich studium
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Janoštiak, Radoslav (oponent)
DNA je v buněčném jádře sbalena spolu s proteiny do dynamické struktury zvané chromatin. Během buněčného cyklu podléhá struktura chromatinu výrazným změnám. V interfázi jsou některé jeho části rozvolněny a během buněčného dělení se pak dostává do podoby velmi kondenzovaných mitotických chromozomů. Struktura chromatinu má vliv na genovou expresi. Pro její průběh je nutná vazba proteinů na DNA. Aby byl umožněn přístup DNA vazebným faktorům, chromatin musí být v rozvolněné podobě. Pokud by však byla struktura kondenzovaná, byla by pro DNA vazebné proteiny prakticky nepřístupná. Remodelace struktury chromatinu je tedy jedním z nástrojů ovlivňujících genovou expresi a enzymy, které remodelaci zajišťují, jsou pro buňku velmi důležité. Jedním z nich je ATPáza Smarca5 patřící do proteinové podrodiny ISWI, která tvoří katalytickou podjednotku několika odlišných komplexů remodelujících chromatin v závislosti na ATP. Bylo zjištěno, že mutace ve členech těchto komplexů mají vliv na regulaci transkripce a diferenciace buněk. V některých případech může nesprávná funkce těchto komplexů vést k nádorové transformaci. Tato bakalářská práce je zaměřena na popis funkce jednotlivých komplexů remodelujících chromatin, jejichž podjednotkou je ATPáza Smarca5. Dále jsou zde shrnuty současné myší modely užívané pro výzkum...
|
|
|
Vývoj myšího modelu pro studium chromatin remodelačního genu Smarca5 (Snf2h)
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Dobeš, Jan (oponent)
Chromatinová struktura, tvořená DNA a histonovými proteiny, prochází během buněčného cyklu a při diferenciaci buněk dynamickými změnami. Pouze pokud se DNA nachází v rozvolněné podobě, může být přístupná transkripčnímu a replikačnímu aparátu, zatímco její kondenzace umožňuje účinně nevyužitou DNA skladovat. Remodelace chromatinové struktury je proto jedním z nástrojů regulace genové exprese. Faktory remodelující chromatin dokáží různě specificky rozpoznávat chromatin a ovlivnit tak interakce mezi DNA a histony. Jedním z nich je i námi studovaný protein Smarca5. Cílem této práce je studovat funkci proteinu Smarca5 a pro tento účel vytvořit myší model, u kterého bude možné tkáňově specificky indukovat nadprodukci proteinu Smarca5. Model bude sloužit ke studiu alterace fyziologických funkcí proteinu vysokou neregulovanou dávkou Smarca5. V předešlých studiích bylo pozorováno, že nefyziologická exprese chromatin remodelačního faktoru může vést k nádorové transformaci buněk, k pochopení tohoto procesu může také přispět vyvíjený model pro protein Smarca5. Dalším cílem této práce je prozkoumat některé aspekty fenotypu myšího modelu s kondicionální delecí proteinu Smarca5 v T a B- lymfocytech, konkrétně vliv delece tohoto proteinu na diferenciaci progenitorových buněk. Výsledky práce dokazují, že protein...
|
|
|
SWI2/SNF2 ATPázy se zaměřením na podrodinu ISWI: proteinové komplexy a myší modely pro jejich studium
Turková, Tereza ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Janoštiak, Radoslav (oponent)
DNA je v buněčném jádře sbalena spolu s proteiny do dynamické struktury zvané chromatin. Během buněčného cyklu podléhá struktura chromatinu výrazným změnám. V interfázi jsou některé jeho části rozvolněny a během buněčného dělení se pak dostává do podoby velmi kondenzovaných mitotických chromozomů. Struktura chromatinu má vliv na genovou expresi. Pro její průběh je nutná vazba proteinů na DNA. Aby byl umožněn přístup DNA vazebným faktorům, chromatin musí být v rozvolněné podobě. Pokud by však byla struktura kondenzovaná, byla by pro DNA vazebné proteiny prakticky nepřístupná. Remodelace struktury chromatinu je tedy jedním z nástrojů ovlivňujících genovou expresi a enzymy, které remodelaci zajišťují, jsou pro buňku velmi důležité. Jedním z nich je ATPáza Smarca5 patřící do proteinové podrodiny ISWI, která tvoří katalytickou podjednotku několika odlišných komplexů remodelujících chromatin v závislosti na ATP. Bylo zjištěno, že mutace ve členech těchto komplexů mají vliv na regulaci transkripce a diferenciace buněk. V některých případech může nesprávná funkce těchto komplexů vést k nádorové transformaci. Tato bakalářská práce je zaměřena na popis funkce jednotlivých komplexů remodelujících chromatin, jejichž podjednotkou je ATPáza Smarca5. Dále jsou zde shrnuty současné myší modely užívané pro výzkum...
|
host ::
RSS.