|
|
Detekce toku s využitím optické koherentní tomografie
Pšurný, Michal ; Štohanzlová, Petra (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí toku založené na analýze textury šedotónových snímků z Optické koherentní tomografie (OCT). Přesněji se zabývá metodou založenou na detekci změn ve rozložení speklí (Specle variance, SV). Byla nasnímána data na dynamickém fantomu na která se aplikovala právě tato metoda. Poté se vyhodnocoval vliv parametrů na kvalitu této metody.
|
|
|
Hodnocení migrace značených buněk v tkáni
Solař, Jan ; Skopalík, Josef (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem moderních detekčních metod vizualizace, sledování a kvantifikace buněk v 3D prostoru. První část práce se zabývá optickými metodami detekce buněk. Je zde detailní rozbor problematiky fluorescenčního značení buněk a jejich detekce na konfokálním mikroskopu. Je zde popis vyvinutého algoritmu pro kvantifikaci celého buněčného objemu z mikroskopického obrazu. Díky tomu se porovnal signál fluorescence buněk v čase a podle jejich tvaru. Dále došlo k optimalizaci vizualizace vyvinutých tkáňových fantomů. Porovnaly se možnosti detekce buněk v těchto fantomech pomocí konfokální mikroskopie a OCT. Byl rovněž implementován algoritmus pro kvantifikaci buněk z OCT obrazů. Kromě konfokálního mikroskopu a OCT se buňky rovněž analyzovaly dalšími metodami. V poslední části je konkluze výsledků a srovnání jednotlivých použitých metod.
|
|
|
Image database system for glaucoma diagnosis support
Peter, Roman ; Roleček, Jiří (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
This master thesis describes a conception of standard and advanced eye examination methods used for glaucoma diagnosis in its early stage. According to the theoretical knowledge, a web based information system for ophthalmologists with three main aims is implemented. The first aim is the possibility to share medical data of a concrete patient without sending his personal data through the Internet. The second aim is to create a patient account based on a complete eye examination procedure. The last aim is to improve the HRT diagnostic method with an image registration algorithm for the fundus and intensity images and create an optic nerve head web based 3D visualization. This master thesis is a part of project based on DAAD co-operation between Department of Biomedical Engineering, Brno University of Technology, Eye Clinic in Erlangen and Department of Computer Science, Friedrich-Alexander University, Erlangen-Nurnberg.
|
|
|
Multimodal Registration of Fundus Camera and OCT Retinal Images
Běťák, Ondřej ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Gazárek, Jiří (vedoucí práce)
This thesis is dealing with multimodal registration of retina from different scanning devices. With this multimodal registration is possible to enhance some details on the images which are crucial to detect different types of eye diseases (such as glaucoma, nerve fibre layer degradation, vessel degradation, etc.). The theoretical background of this thesis is followed by practical application which describes different types of registration of fundus, SLO and OCT images. Registration of fundus and SLO images is processed with spatial transformation. This thesis works with three different kinds of fundus and SLO image registration. First is the manual registration, which is the simplest one. The second one is automatic registration which is based on correlation. The results of these methods are discussed in conclusion. The third type – semi-automatic uses qualities of both previous methods and makes a compromise between accuracy and speed. Registration of fundus image and OCT B-scans is provided by two different methods. First is correlation-based registration, and second spatial-transformation-based method. All of the registration methods are provided with practical examples (algorithms) designed in Matlab.
|
|
|
Segmentace vrstev sítnice ve snímcích optické koherentní tomografie
Zlotý, Petr ; Kolář, Radim (oponent) ; Gazárek, Jiří (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na seznámení s diagnostickou modalitou OCT a detekci vnitřních vrstev sítnice. V první kapitole je úvod do problematiky této modality a dále jsou uvedeny a rozebrány různé přístupy k segmentaci vnitřních vrstev. Dále je v práci na základě těchto metod navržen algoritmus pro detekci 4 rozhraní metodou prahování a algoritmus pro rozpoznání 7 vrstev metodou prohledávání grafu. V závěru je shrnuta přesnost oproti ručně segmentovaným rozhraním vrstev sítnice a návrhy na možná řešení problematických oblastí.
|
|
|
Deep Convolutional Networks For Oct Image Classification
Hesko, Branislav
In this work, OCT (optical coherence tomography) images are classified according to the present pathology into four distinct categories. Three different neural network models are used to classify images, each model is recent and we are achieving exceptional results on the testing dataset, which was unknown to the network during the training. Accuracy on the testing set is higher than 98% and only a few of images are classified into the wrong category. This makes our approach perspective for future automatic use. To further improve results, all three models are using transfer learning.
|
|
|
Detekce toku s využitím optické koherentní tomografie
Pšurný, Michal ; Štohanzlová, Petra (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá detekcí toku založené na analýze textury šedotónových snímků z Optické koherentní tomografie (OCT). Přesněji se zabývá metodou založenou na detekci změn ve rozložení speklí (Specle variance, SV). Byla nasnímána data na dynamickém fantomu na která se aplikovala právě tato metoda. Poté se vyhodnocoval vliv parametrů na kvalitu této metody.
|
|
|
Hodnocení migrace značených buněk v tkáni
Solař, Jan ; Skopalík, Josef (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem moderních detekčních metod vizualizace, sledování a kvantifikace buněk v 3D prostoru. První část práce se zabývá optickými metodami detekce buněk. Je zde detailní rozbor problematiky fluorescenčního značení buněk a jejich detekce na konfokálním mikroskopu. Je zde popis vyvinutého algoritmu pro kvantifikaci celého buněčného objemu z mikroskopického obrazu. Díky tomu se porovnal signál fluorescence buněk v čase a podle jejich tvaru. Dále došlo k optimalizaci vizualizace vyvinutých tkáňových fantomů. Porovnaly se možnosti detekce buněk v těchto fantomech pomocí konfokální mikroskopie a OCT. Byl rovněž implementován algoritmus pro kvantifikaci buněk z OCT obrazů. Kromě konfokálního mikroskopu a OCT se buňky rovněž analyzovaly dalšími metodami. V poslední části je konkluze výsledků a srovnání jednotlivých použitých metod.
|
|
| |
|
|
Multimodal Registration of Fundus Camera and OCT Retinal Images
Běťák, Ondřej ; Čmiel, Vratislav (oponent) ; Gazárek, Jiří (vedoucí práce)
This thesis is dealing with multimodal registration of retina from different scanning devices. With this multimodal registration is possible to enhance some details on the images which are crucial to detect different types of eye diseases (such as glaucoma, nerve fibre layer degradation, vessel degradation, etc.). The theoretical background of this thesis is followed by practical application which describes different types of registration of fundus, SLO and OCT images. Registration of fundus and SLO images is processed with spatial transformation. This thesis works with three different kinds of fundus and SLO image registration. First is the manual registration, which is the simplest one. The second one is automatic registration which is based on correlation. The results of these methods are discussed in conclusion. The third type – semi-automatic uses qualities of both previous methods and makes a compromise between accuracy and speed. Registration of fundus image and OCT B-scans is provided by two different methods. First is correlation-based registration, and second spatial-transformation-based method. All of the registration methods are provided with practical examples (algorithms) designed in Matlab.
|
host ::
RSS.