|
|
The Overlooked Fact: the Critical Role of Bioinformatics Pipeline in Microbiome Analysis
Polakovičová, Petra
The research on the human microbiome has gained significant popularity over the past couple of years across both scientific and public communities. This area has revealed considerable knowledge, mainly thanks to next-generation sequencing. Even though technology possibilities evolve faster than ever, and there is an enormous amount of publicly available data, there are not yet precise procedures, methods, and bioinformatics tools to work accurately enough with microbiome data, and there are no standardized recommendations for bioinformatics pipelines to assess the most accurate results. Here, we demonstrate the potential inaccuracies that can arise from various bioinformatics processing of amplicon 16S RNA sequencing data by performing a comparative analysis of diverse pipeline configurations using mock community samples and biological material originating from biopsy samples obtained during regular colonoscopy from patients with primary sclerosing cholangitis.
|
|
|
Dietní opatření při syndromu dráždivého tračníku
Leschinger, Alena ; Maruna, Pavel (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na dietní opatření při syndromu dráždivého tračníku. Cílem práce bylo zjistit stravovací zvyklosti pacientů s tímto onemocněním a vyhodnotit, zda dodržují dietní opatření, která jsou při tomto onemocnění doporučována, zjistit, jaký mají charakter obtíží a kdy se příznaky objevují, a zda jsou pacienti dostatečně edukováni ohledně dietních opatření. Tato práce vychází z hypotézy, že se pacienti nestravují dle dietních opatření, která jsou při tomto onemocnění doporučována, a proto se u nich symptomy vyskytují častěji. Výzkum probíhal pomocí dotazníkového šetření. Pacienti byli dotazováni na nejčastější projevy tohoto onemocnění, četnost symptomů, jejich stravovací zvyklosti, zkušenosti s dietami a také na míru informovanosti ohledně dietních opatření. Celkem bylo vyhodnoceno 32 dotazníků. Výsledky výzkumu ukazují, že se většina pacientů nestravuje podle dietních opatření. Důsledkem je jejich nízká informovanost ohledně dietních postupů. U většiny pacientů se symptomy vyskytují každý den nebo několikrát týdně. I když pacienti cíleně omezili některé potraviny, u kterých je známo, že mohou vyvolávat příznaky, je u nich přesto četnost symptomů vysoká. Klíčová slova: syndrom dráždivého tračníku, mikrobiom, dietní opatření, výživa, stres
|
|
|
Mechanismy stojící za nepoměrem pohlaví v prevalenci autoimunitních onemocnění
Ráček, Vojtěch ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Ciferská, Hana (oponent)
Studie prokázaly, že ženy mají obecně silnější imunitní odpovědi než muži. Na druhou stranu jsou díky tomu náchylnější k autoimunitním onemocněním a tvoří až 80 % pacientů. U žen dochází k procesu zvanému inaktivace chromosomu X, jehož výsledkem je epigenetické umlčení jednoho z chromosomů X. Některé X-vázané geny, například TLR7 a CD40L, tomuto mechanismu však mohou v určitých buňkách či tkáních uniknout. Výsledkem toho je nerovnoměrná exprese těchto genů mezi pohlavími, která napomáhá ke vzniku a náchylnosti k autoimunitním onemocněním, jako například systémovému lupusu erythematosus, revmatoidní artritidě a Sjögrenově syndromu. Dalším zajímavým faktorem vysvětlujícím toto nerovnoměrné zastoupení pohlaví je dlouhá nekódující RNA XIST, která je hlavním regulátorem procesu inaktivace. Tato RNA je klíčová pro vznik lupusu a společně s dalšími proteiny, které se podílí na epigenetickém umlčení jednoho z chromosomů X, tvoří ribonukleoproteinový komplex. Mnohé z proteinů tohoto komplexu jsou autoantigeny u celé řady autoimunitních onemocnění a mohou sloužit jako klinické ukazatele pro diagnózu těchto chorob. Ačkoliv mikrobiom a pohlavní hormony také hrají důležitou roli v rozvoji autoimunitních onemocnění, práce je zaměřena zejména na úlohu RNA XIST a unikajících genů. Klíčová slova: autoimunitní...
|
|
|
The influence of roots on the chemical properties of the apoplast and the rhizosphere
Puldová, Kristýna ; Fendrych, Matyáš (vedoucí práce) ; Šámalová, Markéta (oponent)
Chemické vlastnosti apoplastu a rhizosféry jsou zásadní pro vývoj a celkové zdraví rostliny. Apoplast zahrnuje prostor mimo plazmatickou membránu, včetně jeho obsahu jako je plyn, voda a rozpuštěné látky. Změny v jeho vlastnostech výrazně ovlivňují různé procesy. Jedním z nich je buněčný růst - prodloužení buněčných stěn závislé na pH. Rhizosféra je prostředí půdy v blízkosti a pod vlivem kořene. Je charakterizována abiotickými faktory, jako je přítomnost živin a toxických sloučenin. Také se jedná o prostor s vysokým zastoupením mikroorganismů. Rostliny mohou chemické vlastnosti apoplastu i rhizosféry výrazně ovlivňovat, aby zlepšily své podmínky pro růst. Tato práce shrnuje nejdůležitější mechanismy kořenů rostlin, které tyto chemické vlastnosti mění, se zaměřením na modelovou rostlinu Arabidopsis thaliana. Ukazuje, jak a kde jsou tyto mechanismy propojeny a jakým způsobem se vzájemně ovlivňují. Důraz je kladen na proces kořenového růstu a mechanismy zvyšování dostupnosti živin. Klíčová slova: apoplast, rhizosféra, H+ ATPáza, růst kořene, rhizodepozice, kořenové exsudáty, živiny, mikrobiom
|
|
|
Blechy jako hostitelé a přenašeči bakterií
Hovorková, Jana ; Hammerbauerová, Iva (vedoucí práce) ; Myslivcová Fučíková, Alena (oponent)
Blechy (Siphonaptera) jsou celosvětově významnými ektoparazity a přenašeči mnoha lidských patogenů. Mezi původce nejzávažnějších infekcí přenášené blechami patří Yersinia pestis, Rickettsia spp. a Bartonella spp. způsobující mor, rickettsiózy a bartonellózy. V této práci jsem se zaměřila na mikrobiom blech s důrazem na vzájemné interakce bakterií, které jsou blechami přenášeny nebo jsou ve vztahu ke svému blešímu hostiteli patogenní, mutualistické či komenzální. Složení blešího mikrobiomu může být ovlivňováno jak vzájemnými interakcemi jednotlivých bakterií, tak mnoha různými faktory, mezi které patří například druh a pohlaví blechy či jejího hostitele, vlhkost a teplota vnějšího prostředí či geografická lokalita.
|
|
|
Forenzní mikrobiologie
Stejskalová, Pavlína ; Vaněk, Daniel (vedoucí práce) ; Šneberger, Jiří (oponent)
Forenzní mikrobiologie je mladý obor, jenž vznikl v reakci na antraxové útoky ze září a října 2001, později známé jako Amerithrax. Tehdy bylo cílem forenzní mikrobiologie analyzovat mikrobiální důkazní materiál asociovaný s bioterorismem a biozločinem. S nástupem metabarkódování a nástupem sekvenování nové generace bylo možné rozšířit pole působnosti forenzní mikrobiologie. V současnosti se tento obor uplatňuje v monitorování životního prostředí, využití personalizovaného mikrobiomu pro účely forenzní identifikace, ve studiu vlivu mikroorganismů na rozkladné procesy, ve vyšetřování sexuálně motivované trestné činnosti, při archeologických a antropologických výzkumech, interpretaci výsledků forenzní toxikologické analýzy nebo objasnění příčiny v případech náhlého úmrtí. Klíčová slova: bioterorismus, bakteriologické zbraně, monitoring životního prostředí, mikrobiom, identifikace, PMI, stabilita forenzních vzorků, sexom, SIDS
|
|
|
Dashboard pro hodnocení výsledků metatranskriptomické analýzy nástroji bioBakery
Hýl, Jan ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Metatranskriptomická analýza poskytuje informaci o právě exprimovaných genech organismu v době odebrání analyzovaného vzorku. Rozmach zkoumání genů přišel s vývojem sekvenačních technologií a technologickým pokrokem. Tato práce pojednává o nukleových kyselinách a jejich významu v genetice. Zabývá se pojmy metatranskriptom, metagenom a mikrobiom. Popisuje metodu sekvenování od značky Illumina a představuje software vhodný pro metatranskriptomickou analýzu. Následně práce zahrnuje vytvoření testovacího datasetu, vytvoření dashboardu pro vizualizaci dat a vyzkoušení tohoto dashboardu na testovacím datasetu.
|
|
|
Mikrobiom sýru zrajícího pod mazem a jeho proměna v závislosti na jednotlivých fázích výroby
Jandová, Karolína ; Mikešová,, Martina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Teoretická část popisuje sýry zrající pod mazem, dále se věnuje technologii výroby těchto sýrů s důrazem na vývoj mikrobiomu a popisuje jejich nejčastější žádoucí mikroorganismy a kontaminanty. Krátce se také věnuje legislativním požadavkům na mikrobiální nezávadnost těchto sýrů. V experimentální části je zkoumán vývoj mikrobiomu a kontaminace plísní sýru zrajícího pod mazem. Nejdříve byly ve výrobním závodu odebrány vzorky z jednotlivých kroků výroby. V první části bylo provedeno kultivační a mikroskopické vyšetření. V druhé části bylo ze vzorků izolováno DNA pomocí komerčního kitu a fenol-chloroformové extrakce. Spektrofotometricky byla stanovena koncentrace a čistota izolátů. Izoláty DNA byly použity jako matrice pro qPCR pro zkoumání stěžejního mikrobiomu a kontaminace plísněmi. V rámci kultivačního a mikroskopického vyšetření byly stanoveny očekávané bakterie, kvasinek bylo nalezeno několik druhů, oproti očekávaného jednoho. Byly nalezeny také kontaminace plísní. Pomocí molekulárních diagnostických technik byla prokázána přítomnost bakterií, kvasinek, plísní a rodů Brevibacterium a Candida.
|
|
|
Metagenomic analysis of animal gut microbioma based on diet
Spanakis, Martin Nikolaos ; Čejková, Darina (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis deals with the sequencing of the microbiome and its composi- tion. It focuses on the gut microbiome of animals, which differs among animals with different diets. The work describes theoretical knowledge about metagenomic analysis of the microbiome, such as sampling procedures, various sequencing methods and data processing. The practical part of the work includes the preparation of the dataset, which includes the collection of data and their preparation for the following metagenomic anal- ysis. The result of the work is the taxonomic classification of bacterial species in the samples and the analysis of their diversity according to the type of diet of individual animals.
|
|
|
Střevní mikrobiom a jeho změny ve vztahu k léčbě chronických onemocnění
Hurych, Jakub ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Falt, Přemysl (oponent)
Práce se zabývá reakcí střevního mikrobiomu na terapeutické intervence ve třech longitudinálních studiích u chronických onemocnění gastrointestinálního traktu: Crohnovy choroby, celiakální autoimunity a syndromu dráždivého tračníku. K tomu byly využity četné metody mikrobiomové analýzy stolice (zejména masivně paralelní sekvenování 16S rDNA či 18S rDNA a metagenomické sekvenování) s následnou bionformatickou a statistickou analýzou. U Crohnovy choroby jsme detekovali dosud nepopsanou sekundární povahu změn střevního bakteriomu po léčbě anti-TNF. U celiakální autoimunity, kde byl v předchozích pracích popsán efekt intervence probiotik na serologické markery nemoci, střevní bakteriom i metabolom, jsme popsali absenci významných změn na prospěšné střevní prvoky. U syndromu dráždivého tračníku jsme po podání čtyř dávek transplantace směsné mikrobioty pozorovali významnou reakci bakteriomu, avšak bez odpovědi na redukci klinických obtíží. Výsledky studií by mohly přispět k lepšímu poznání role střevního mikrobiomu v patogenezi těchto závažných onemocnění. Klíčová slova: mikrobiom, Crohnova choroba, celiakie, syndrom dráždivého tračníku
|
host ::
RSS.