|
|
Jaderné receptory v regulaci genové exprese, vývoje a metabolismu Caenorhabditis elegans.
Yilma, Petr ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
4 Abstrakt Genetické regulační mechanismy genové exprese podmiňují správný vývoj, funkci a odpověď na potřeby organismu ve vztahu k proměnlivým životním podmínkám. Jsou však relativně pomalé. Životní procesy vyžadující rychlou odpověď na změny prostředí a metabolismu jsou z velké části prováděny na úrovni proteinů, především jejich posttranslačních modifikací a protein-proteinových interakcí. Cílem experimetnální práce spojené s touto disertací bylo využití modelového systému Caenorhabditis elegans ke studiu regulace genové exprese transkripčními faktory ze skupiny jaderných receptorů. Modelový systém C. elegans nabízí velmi výkonné experimetnální přístupy především v oblasti genetiky, genomiky a funkční fenotypické analýzy. V práci spojené s touto disertací jsem studoval regulaci genové exprese za experimantálních podmínek z hlediska funkční proteomiky a zaměřil jsem se na využití separačních metod a metod pokročilé proteomiky, především hmotnostní spektrometrie. V první části práce jsem charakterizoval jaderný receptor NHR-60 na úrovni proteinu. Tento jaderný receptor je exprimován ve dvou proteinových formách o velikosti 50 kDa a 64 kDa, které jsou s různou intensitou detekovány v materiálu z kultur C. elegans a to přes to, že na úrovni mRNA je nhr-60 exprimován ve formě jediné mRNA odpovídající proteinu...
|
|
|
Evolutionarily conserved mechanisms of gene expression regulation by nuclear receptors.
Chughtai, Ahmed Ali ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Malínský, Jan (oponent) ; Brábek, Jan (oponent)
Transkripční regulace genové exprese eukaryotních organismů se vyvinula během milionů let. Regulační cesta jaderných receptorů představuje evolučně starý, ale zachovalý mechanismus zahrnující asociované akcesorní proteiny, z nichž mnohé tvoří funkční strukturu známou jako Mediátorový komplex, který je účastný v transkripci. Hypotézujeme, že přes universalitu této cesty, v níž vnitřní potenciál NR-Mediátorové cesty zachovalý napříč druhy, přímo překládá regulační signál do biologické odpovědi zapojením nových adaptačních funkcí ve fylogeneticky novějších Metazoidních organizmech a přídavná regulace může být dosažena sekundárními funkcemi základních členů této regulace. Pro podporu této hypotézy jsme studovali schopnost vazby ligandu retinoidního X receptoru ve vločkovci Trichoplax adhaerens a přinesli důkaz podporující koncept, že tato schopnost byla přítomna již na počátku metazoidní evoluce. S ohledem na možné sekundární funkce, majíce inspiraci z našeho předcházejícího výzkumu, jsme identifikovali Mediátorovou podjednotku 28 (MED28) jako jediný známý člen s dokumentovanou duální cytoplasmatickou a jadernou funkcí a mající tedy potenciál přenášet signály z jaderných strukturních stavů do jádra. V důsledku chybění významné zachovalosti sekvence, ale dostupnosti experimentálních přístupů, jsme se...
|
|
|
Conserved Mechanisms of Gene Expression Regulation by Nuclear Receptors.
Novotný, Jan Philipp ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Stopka, Pavel (oponent) ; Lazar, Jozef (oponent)
8 Abstrakt Od samého počátku života na planetě Zemi se organismy, k tomu, aby přežily, musely adaptovat měnícím se podmínkám prostředí. S výskytem metazoické mnohobuněčnosti se skupiny buněk mohly adaptovat k tomu, aby vykonávaly specifickou biologickou funkci, ze které těží celý organismus. To vyžadovalo nejen časoprostorovou regulaci exprese genů během vývoje, ale i integraci specifických požadavků tkání s celkovým stavem organismu. V rámci souboru vývojově zachovaných regulačních systémů vy- čnívá rodina transkripčních faktorů jaderných receptorů (NR). Důvodem je její vysoký stupeň evoluční konzervace, plasticita a jedinečnost ve vztahu k živočišné říši a účast při regulaci exprese genů v odezvě na ligand, či jeho nepřítomnost, genomovými a negenomovými mechanismy. Se zvyšujícím se počtem molekul, které jsou považovány za ligandy těchto receptorů, se dnes předpokládá, že původní receptory byly pravděpo- dobně charakterizovány nízkou specifičností vazby ligandu a eventuálně sloužily jako environmentální senzory, které integrovaly dostupnost živin a expresi genů na samém začátku evoluce Metazoa. Charakteristika sítě NR v jednom z nejjednodušších metazo- ických organismů, Trichoplax adhaerens, odhalila nejen funkční síť a sub-specializaci genové regulace závisející na NR, ale i výjimečnou citlivost na 9-cis...
|
host ::
RSS.