|
|
Diverzita řas z červeného sněhu v Evropě: kombinace molekulárních a morfologických dat
Křížková, Heda ; Nedbalová, Linda (vedoucí práce) ; Šabacká, Marie (oponent)
Ve sněhu se vyskytuje mnoho mikroorganismů. Patří mezi ně i psychrofilní sněžné řasy z řádu Chlamydomonadales (Chlorophyta), které se přizpůsobily extrémním podmínkám v tomto habitatu a tvoří tzv. barevné sněhy. Druh Chlamydomonas nivalis (Bauer) Wille je považován za kosmopolitního původce červeného sněhu, který se vyskytuje během letního období ve vysokohorských a polárních oblastech. Ve vzorcích můžeme pozorovat červené kulovité buňky bez bičíků a bez jasných morfologických znaků použitelných pro determinaci. Dosud neexistuje laboratorní kultura a životní cyklus tohoto druhu není vyjasněný. Navíc se ukazuje, že červené zbarvení sněhu způsobuje více druhů dříve určovaných jako Chlamydomonas nivalis. Cílem této práce bylo odebrat vzorky červeného sněhu v rámci Evropy, popsat variabilitu v morfologii sněžných řas typu Chlamydomonas nivalis v závislosti na lokalitě, pokusit se vyizolovat laboratorní kulturu původce červeného sněhu a popsat jeho postavení a rozšíření na základě fylogenetických analýz kultur i terénních vzorků. Podařilo se získat vzorky červeně zbarveného sněhu z 30 evropských lokalit ve slovinských Alpách, Rumunsku, Dolomitech, Ötztalských, Walliských a Sarntalských Alpách, Vysokých Taurách, v masivu Ortleru, v Norsku, Turecku a na Svalbardu. Pomocí světelné a skenovací elektronové...
|
|
|
Determinace plžů rodu Radix, mezihostitelů motolic
Mikešová, Kateřina ; Beran, Luboš (oponent)
Plži rodu Radix (Lymnaeidae) jsou běžnými sladkovodními měkkýši Evropy. V minulosti byly v ČR rozlišovány podle morfologie ulity druhy R. auricularia, R. peregra, R. ovata a R. ampla. Nicméně, současné studie zahrnující molekulární data odhalily, že determinace druhů založená na tradičních postupech využívajících morfologii ulit a gonád může být komplikovaná, matoucí a ne plně spolehlivá. Tvar ulity je ovlivněn konkrétními životními podmínkami plžů a ukazuje se jako velmi variabilní. Znaky na pohlavní soustavě závisí na fázi reprodukce plže, popřípadě na přítomnosti vývojových stádií motolic, která mohou způsobit parazitární kastraci. V současnosti je nejspolehlivějším přístupem molekulární taxonomie, především s využitím kombinací sekvencí DNA vybraných jaderných a mitochondriálních genů. Vzhledem k poměrné finanční i časové náročnosti molekulárních analýz se různí autoři snaží nalézt další morfologické znaky, které by mohly být použity při určování radixů v terénu, bez požadavku na náročné vybavení. Problémy v taxonomii a systematice zástupců rodu Radix mají i svůj praktický dopad při studiu životních cyklů motolic. Z pohledu humánní a veterinárními medicíny jsou nejdůležitějšími parazity spojovanými s těmito plži motolice čeledí Schistosomatidae (rody Trichobilharzia a Schistosoma) a Fasciolidae...
|
|
|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
|
|
Molecular phylogeny and taxonomic revision of chaetophoralean algae (Chlorophyta)
CAISOVÁ, Lenka
Since the human inclination to estimate and trace natural diversity, usable species definitions as well as taxonomical systems are required. As a consequence, the first proposed classification schemes assigned the filamentous and parenchymatous taxa to the green algal order Chaetophorales sensu Wille. The introduction of ultrastructural and molecular methods provided novel insight into algal evolution and generated taxonomic revisions based on phylogenetic inference. However, until now, the number of molecular phylogenetic studies focusing on the Chaetophorales s.s. is surprisingly low. To enhance knowledge about phylogenetic relationships among taxa within the order, the nuclear?encoded SSU rDNA sequences from 30 strains covering all three chaetophoralean families have been investigated. All revealed monophyletic groupings were further screened for molecular non-homoplasious synapomorphies within the Viridiplantae. To address the question of the correspondence between morphological characters traditionally used for taxonomical delimitation of the Chaetophorales and the tree topology favored by molecular data, the list of morphological/ ultrastructural/ecological characters was elaborated and further analyzed. In addition, to obtain a close-up view into the evolution of Compensatory Base Changes (CBCs) of the second internal transcribed spacer (ITS2) which is currently often used to delimit putative biological species, 86 newly obtained/published sequences of ITS2 for five families of the order Ulvales were analyzed. Furthermore, a detailed comparative study of all ITS2 substitutions has been done. Subsequently all revealed CBCs and hemi- CBCs have been mapped upon the ITS2 phylogenetic tree topology. Finally, CBCs/hCBCs taxonomic inference in the Ulvales has been discussed.
|
host ::
RSS.