|
|
Interaction of selected natural substances used in food industry with DNA and its structural motifs
Gardošová, Zuzana ; Pernicová, Iva (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
G-quadruplexes represent secondary DNA structures formed in guanine-rich nucleic acid regions. These structures are involved in many biological processes, including DNA replication, transcription, and telomere maintenance. Several natural substances interacting with G-quadruplex structures have been described. Many of them can be used in the treatment of cancer or other areas of therapeutic practice. G-quadruplexes are dynamic structures whose stability can be affected by a variety of different factors, including chemical modifications to DNA. One of these modifications is DNA methylation, which is an important epigenetic mechanism regulating gene expression. DNA methylation can affect the function and stability of G-quadruplex structures. The theoretical part of the present work focuses on DNA secondary structures, characterization of G-quadruplexes and their ligands and describes the relationship between DNA methylation and G-quadruplex structures. In the experimental part, the binding ability of the natural substances quercetin, berberine, piperine, and caffeine to G-quadruplex structures formed in telomeric oligonucleotide sequences and sequences derived from the proto- oncogene c-Myc was confirmed. Furthermore, the ability of berberine and quercetin was proven to stabilize G-quadruplexes in the aforementioned sequences. Bioinformatics analysis showed that the frequency of G4 is higher in CpG regions than in their surroundings, and the highest frequency of G4 within CpG regions was observed on chromosome 19. Global methylation assays demonstrated that the breast cancer cell line exhibited hypomethylation compared to the non-tumor human dermal fibroblast cell line. After treatment with berberine, the analyzed DNA of both cell lines showed hypermethylation, whereas DNA after interaction with quercetin showed hypomethylation.
|
|
|
Onkogenní promotor c-myc jako cíl pro nový typ heterocyklických dikationtů stabilizujících G-kvadruplex.
Pohlová, Lenka ; Šmídková, Martina (vedoucí práce) ; Hájková, Hana (oponent)
Onkogenní promotor c-myc jako cíl pro nový typ heterocyklických dikationtů stabilizujících G-kvadruplex Lenka Pohlová Abstrakt: Diplomová práce studuje účinek nově syntetizované skupiny látek, helquatů, na expresi jednoho z nejdůležitějších hráčů maligní transformace a tumorigeneze c-myc prostřednictvím stabilizace G-kvadruplexu v c-myc promotoru. Schopnost stabilizace G-kvadruplexu c-myc byla otestována u 101 helquatů za použití duální luciferázové reportérové metody. Takto byla zjištěna schopnost stabilizovat G-kvadruplex c-myc u 13 hequatů. Porovnáním výsledků duální luciferázové reportérové metody a FRET melting assay bylo vybráno 8 úspěšných helquatů, u kterých byl posouzen vliv na buněčnou viabilitu nádorových (HeLa S3) a nenádorových (HUVEC) buněčných liniích. 3 helquaty vykazovaly cytotoxický účinek na nádorových buňkách. Na viabilitu nenádorových buněk nebyl u těchto 3 hequatů pozorován žádný účinek. Dále byl sledován vliv těchto 3 hlequatů na expresi c-myc na úrovni mRNA a proteinu, přičemž výrazný vliv studovaných látek na expresi c-myc mRNA nebyl shledán u většiny inkubačních časů. Snížení hladiny mRNA bylo pozorováno pouze u 24 hod inkubačního času u 2 helquatů (LS702 a MJ656) a to o 30 %. Snížení exprese na úrovni proteinu bylo pozorováno u všech testovaných helquatů, přičemž nejvýraznější...
|
|
|
Onkogenní promotor c-myc jako cíl pro nový typ heterocyklických dikationtů stabilizujících G-kvadruplex.
Pohlová, Lenka ; Šmídková, Martina (vedoucí práce) ; Hájková, Hana (oponent)
Onkogenní promotor c-myc jako cíl pro nový typ heterocyklických dikationtů stabilizujících G-kvadruplex Lenka Pohlová Abstrakt: Diplomová práce studuje účinek nově syntetizované skupiny látek, helquatů, na expresi jednoho z nejdůležitějších hráčů maligní transformace a tumorigeneze c-myc prostřednictvím stabilizace G-kvadruplexu v c-myc promotoru. Schopnost stabilizace G-kvadruplexu c-myc byla otestována u 101 helquatů za použití duální luciferázové reportérové metody. Takto byla zjištěna schopnost stabilizovat G-kvadruplex c-myc u 13 hequatů. Porovnáním výsledků duální luciferázové reportérové metody a FRET melting assay bylo vybráno 8 úspěšných helquatů, u kterých byl posouzen vliv na buněčnou viabilitu nádorových (HeLa S3) a nenádorových (HUVEC) buněčných liniích. 3 helquaty vykazovaly cytotoxický účinek na nádorových buňkách. Na viabilitu nenádorových buněk nebyl u těchto 3 hequatů pozorován žádný účinek. Dále byl sledován vliv těchto 3 hlequatů na expresi c-myc na úrovni mRNA a proteinu, přičemž výrazný vliv studovaných látek na expresi c-myc mRNA nebyl shledán u většiny inkubačních časů. Snížení hladiny mRNA bylo pozorováno pouze u 24 hod inkubačního času u 2 helquatů (LS702 a MJ656) a to o 30 %. Snížení exprese na úrovni proteinu bylo pozorováno u všech testovaných helquatů, přičemž nejvýraznější...
|
host ::
RSS.