|
|
Inverzní FCS ve výzkumu koloidních systémů
Richterová, Veronika ; Venerová, Tereza (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na studium inverzní fluorescenční korelační spektroskopie, a to zejména z hlediska použití různých fluorescenčních sond a sledovaných částic různých velikostí. Nejprve byla stanovena vhodná koncentrace fluorescenční sondy tak, aby byla vnímána jako médium obklopující stanovovanou látku. Na základě této koncentrace, která byla stanovena na 400 µM, bylo poté připraveno několik sad vzorků. Vzorky obsahovaly jak rozdílné polystyrenové částice o velikostech 100 a 500 nm v různých koncentracích, tak i multilamerální liposomy v různých koncentracích a byly proměřeny FCS křivky vzorků s různými druhy fluorescenčních sond, kterými byly fluorescein, rhodamin 6G a Atto 488. Z měření vyplývá, že pomocí žádné z fluorescenčních sond nelze stanovit částice o velikosti 100 nm. Metodu inverzní FCS lze aplikovat na systémy obsahující fluorescein a polystyrenové částice o velikosti 500 nm. Při použití fluorescenční sondy rhodaminu 6G dochází při vysoké koncentraci k dimerizaci a ani 500 nm částice nelze pomocí této sondy stanovit. V případě použití liposomů lze tyto částice stanovit metodou inverzní FCS, ale náhodná distribuce velikostí částic zkresluje výsledky autokorelace.
|
|
|
Influence of particle size on microreology experiments using fluorescence correlation spectroscopy
Valovič, Stela ; Sedláček, Petr (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
This diploma thesis deals with microrheology measured via the fluorescence correlation spectroscopy. As microrheological probes, fluorescently marked nanoparticles of 5 sizes in the range of 10-100 nm, were used. The particles had been immersed in a variety of concentrated glycerol solutions and agarose gels of different concentrations, and the FCS measurement revealed a diffusion coefficient of individual particles in each environment. Based on the coefficient, the viscosity of the glycerol needed to stop the particles could be determined. Particles of 10 nm size were not stopped even by the 100 wt% glycerol. In the case of the agarose gels, a combination of higher agarose concentration and larger particles resulted in an increase in the diffusion coefficient to an unlikely high value. This was caused probably by an agarose autofluorescence and the value indicates stopping of the particles in the given agarose gel. Later, the data acquired by the FCS measurement were converted to MSD curves using MATLAB software. The thesis discusses the influence of the experimental parameters on the shape of the MSD curve. The results showed that the number of particles and autocorrelation function have the most significant effect.
|
|
|
Charakterizace liposomů jako prekurzorů pro přípravu modelů buněčné membrány pomocí rozptylových technik
Gjevik, Alžběta ; Kalina, Michal (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem modelové membrány na bázi lecitinu, cholesterolu a POPG. Shrnuje mechanismy tvorby, faktory ovlivňující tvorbu a metody charakterizace buněčné membrány. Zaměřuje se na tvorbu liposomů o různém obsahu těchto komponent jako prekurzorů pro tvorbu modelové membrány a jejich charakterizaci. Malé unilamelární liposomy byly připravovány odpařením na tenké vrstvě, následnou rehydratací fosfátovým pufrem a sonikací. Byla zjišťována velikost a stabilita (-potenciál) vzniklých liposomů pomocí dynamického rozptylu světla. U poměru komponent vykazujícího nejvyšší stabilitu byla ověřena tvorba dvojvrstvy na hydrofilizovaném krycím sklíčku metodou vezikulární fúze. Vzniklá dvojvrstva byla charakterizována metodou Z-scan fluorescenční korelační spektroskopie.
|
|
|
Molecular mechanisms of the assembly and function of BBSome
Prasai, Avishek ; Huranová, Martina (vedoucí práce) ; Varga, Vladimír (oponent) ; Bosáková, Michaela (oponent)
Bardetův Biedlův syndrom (BBS) je genetická porucha způsobená dysfunkcí BBSomu, což je oktamerický adaptorový proteinový komplex. BBSome transportuje signální receptory dovnitř a ven z cílií, což jsou senzorické buněčné organely vystavěné na V první části práce jsme se zaměřili na objasnění formování BBSomu v živých buňkách. Vytvořili jsme knihovnu lidských a myších buněčných linií, kterým chyběly jednotlivé podjednotky BBSomu a vnesli jsme do nich ostatní podjednotky označené YFP proteinem. K analýze jednotlivých kroků formování BBSomu jsme použili biochemické testy, imunofluorescenci a kvantitativní fluorescenční mikroskopii. Odhalili jsme, že sestavování BBSomu probíhá postupně v různých částech buňky. Ukázali jsme, že BBS4 iniciuje rních satelitech. Přemístění pre bázi a finální zkompletování BBSomu umožňuje BBS1. Odhalili jsme také, že v buňkách, kde chybí BBS12 chaperonin, se formuje malá část BBSomu a/nebo subkomplexů . To naznačuje, že BBS chaperoniny zajištují Ciliární ektocytóza odstraňuje přebytečné ciliární signální receptory prostřednictvím odštěpení apikální části ciliární membrány, což je regulované polymerizací aktinu. Faktory které spouštějí polymerizaci aktinu v místě ektocytózy, zůstávají neznámé. Ve druhé části práce jsme odhalili, že CDC42, člen rodiny RHO GTPáz, spouští polymerizaci...
|
|
|
Metody sledování buněčných procesů v reálném čase
Švecová, Iva ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Groušl, Tomáš (oponent)
Cílem této práce je poskytnout přehled metod využívaných ke sledování procesů v živých buňkách v reálném čase se zaměřením na sledování signálních drah. První, neobsáhlejší část práce se zabývá metodami využívajícími fluorescenci, poté se zmíníme také o bioluminiscenčních metodách a metodách nevyžadujících značení. V sekci o fluorescenčních metodách si nejprve představíme typy fluoroforů a příslušné způsoby značení. Následně se podíváme na jednotlivé přístupy. Začneme dvěma způsoby designu biosenzorů, následovat budou tři metody umožňující sledování kinetiky molekul, poté se seznámíme s metodou FLIM využívanou ke sledování prostředí kolem fluoroforu a skončíme s dvěma technikami vylepšujícími rozlišení. U každé techniky si vysvětlíme její princip a uvedeme si příklady využití. Na závěr se podíváme na příklad sledování signální dráhy.
|
|
|
Influence of particle size on microreology experiments using fluorescence correlation spectroscopy
Valovič, Stela ; Sedláček, Petr (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
This diploma thesis deals with microrheology measured via the fluorescence correlation spectroscopy. As microrheological probes, fluorescently marked nanoparticles of 5 sizes in the range of 10-100 nm, were used. The particles had been immersed in a variety of concentrated glycerol solutions and agarose gels of different concentrations, and the FCS measurement revealed a diffusion coefficient of individual particles in each environment. Based on the coefficient, the viscosity of the glycerol needed to stop the particles could be determined. Particles of 10 nm size were not stopped even by the 100 wt% glycerol. In the case of the agarose gels, a combination of higher agarose concentration and larger particles resulted in an increase in the diffusion coefficient to an unlikely high value. This was caused probably by an agarose autofluorescence and the value indicates stopping of the particles in the given agarose gel. Later, the data acquired by the FCS measurement were converted to MSD curves using MATLAB software. The thesis discusses the influence of the experimental parameters on the shape of the MSD curve. The results showed that the number of particles and autocorrelation function have the most significant effect.
|
|
|
Inverzní FCS ve výzkumu koloidních systémů
Richterová, Veronika ; Venerová, Tereza (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na studium inverzní fluorescenční korelační spektroskopie, a to zejména z hlediska použití různých fluorescenčních sond a sledovaných částic různých velikostí. Nejprve byla stanovena vhodná koncentrace fluorescenční sondy tak, aby byla vnímána jako médium obklopující stanovovanou látku. Na základě této koncentrace, která byla stanovena na 400 µM, bylo poté připraveno několik sad vzorků. Vzorky obsahovaly jak rozdílné polystyrenové částice o velikostech 100 a 500 nm v různých koncentracích, tak i multilamerální liposomy v různých koncentracích a byly proměřeny FCS křivky vzorků s různými druhy fluorescenčních sond, kterými byly fluorescein, rhodamin 6G a Atto 488. Z měření vyplývá, že pomocí žádné z fluorescenčních sond nelze stanovit částice o velikosti 100 nm. Metodu inverzní FCS lze aplikovat na systémy obsahující fluorescein a polystyrenové částice o velikosti 500 nm. Při použití fluorescenční sondy rhodaminu 6G dochází při vysoké koncentraci k dimerizaci a ani 500 nm částice nelze pomocí této sondy stanovit. V případě použití liposomů lze tyto částice stanovit metodou inverzní FCS, ale náhodná distribuce velikostí částic zkresluje výsledky autokorelace.
|
|
|
Využití simulace jako komplementární metody pro interpretaci experimentálních dat ve výzkumu fluorescence jednotlivých molekul
CARDA, Zdeněk
Jedno-molekulární metody pro zkoumání fluorescence jsou silným nástrojem pro výzkum zejména ve strukturní a molekulární biologii. Tyto metody přinášejí výhody oproti statistickému zpracování dat souboru mnoha molekul, poskytují kvalitativně nové informace o sledovaných vzorcích. Můžeme tak přímo charakterizovat statistické distribuce a jejich kinetiky. Mezi metody, které toto umožňují, patří fluorescenční korelační spektroskopie, FRET a analýza variance záblesků. S pokračujícím výzkumem v této oblasti jsou získávány nové poznatky a metody, pro jejichž interpretaci zatím neexistují analytické vztahy a ne vždy jsou zpočátku známy jejich limity. Zde s výhodou nastupují počítačové simulace, které šetří nejen finanční náklady při definici limit, ale zároveň pomáhají s interpretací výsledků, a na jejichž základě lze následně formulovat nové teoretické modely.
|
|
|
Charakterizace liposomů jako prekurzorů pro přípravu modelů buněčné membrány pomocí rozptylových technik
Gjevik, Alžběta ; Kalina, Michal (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem modelové membrány na bázi lecitinu, cholesterolu a POPG. Shrnuje mechanismy tvorby, faktory ovlivňující tvorbu a metody charakterizace buněčné membrány. Zaměřuje se na tvorbu liposomů o různém obsahu těchto komponent jako prekurzorů pro tvorbu modelové membrány a jejich charakterizaci. Malé unilamelární liposomy byly připravovány odpařením na tenké vrstvě, následnou rehydratací fosfátovým pufrem a sonikací. Byla zjišťována velikost a stabilita (-potenciál) vzniklých liposomů pomocí dynamického rozptylu světla. U poměru komponent vykazujícího nejvyšší stabilitu byla ověřena tvorba dvojvrstvy na hydrofilizovaném krycím sklíčku metodou vezikulární fúze. Vzniklá dvojvrstva byla charakterizována metodou Z-scan fluorescenční korelační spektroskopie.
|
host ::
RSS.