|
|
Vytipování a sledování exprese genů ovlivňujících syntézu kyseliny hyaluronové ve streptococcus equi subsp. zooepidemicus pomocí technologie dna čipů a real time PCR
Hrudíková, Radka ; Šeda,, Ondřej (oponent) ; Bobek,, Jan (oponent) ; Velebný, Vladimír (vedoucí práce)
Kyselina hyaluronová (HA) je biologicky významnou látkou, která je využívána v potravinářském, farmaceutickém a především kosmetickém průmyslu. Jde o glykos- aminoglykan běžně se vyskytující v lidském těle. Jako jeden z virulentních faktorů ji některé bakteriální kmeny produkují ve formě kapsule. Obaluje bakteriální buňku za účelem ochrany před imunitním systémem napadeného organismu. Jedním z hlavních producentů je Streptococcus equi subsp. zooepidemicus. Tato Gram-pozitivní bakterie je využívána ve společnosti Contipro a.s. k výrobě HA. Produkční kmen CO4A byl získán náhodnou fyzikální mutagenezí. Cílem této práce bylo prostudovat změny v genomu a transkriptomu kmene, které vedly k významnému navýšení produkce HA. Genom kmene CO4A byl osekvenován a porovnán s referenčním kmenem ATCC35246 [1]. Velikost genomu je 2 167 251 bp a bylo v něm identifikováno 83 relevantních variant (59 SNV a 34 indelů). Varianty v kódujících oblastech byly anotovány a byly také určeny změny aminokyselinové sekvence. U SNV mutací došlo ke změně aminokyselinové sekvence v 45 případech, u indel mutací byla změna aminokyselinové sekvence identifikována vždy. U obou kmenů byla sledována míra exprese vybraných skupin genů metodou DNA čipů. U kmene CO4A byla pozorována kaskáda zvýšené míry exprese genů metabolismu aminocukrů, vedoucí k syntéze UDP-N-acetylglukosaminu (navýšení exprese u těchto genů v porovnání s ATCC35246 bylo v průměru o 28 %). Následně byla míra exprese vybraných genů ověřována real-time PCR (qPCR). Zde nebyl identifikován signifikantní rozdíl míry exprese u genů has operonu u obou kmenů. Metodou qPCR byl sledován také vliv suplementace kultivačního média N-acetylgukosaminem (GlcNAc), který je jedním z prekurzorů syntézy HA. Byl zaznamenán pozitivní vliv suplementace kultivačního média externím GlcNAc na expresi vybraných skupin genů a také na výtěžek HA z média po ukončení kultivace u kmene CO4A (nárůst výtěžku v průměru o 17 %). U kmene ATCC35246 byl sledován pozitivní vliv na výtěžek HA z kultivací (nárůst výtěžku v průměru o 9 %), ale nebyla zjištěna signifikantní změna míry exprese u vybraných skupin genů.
|
|
|
Reimplementation of the Connectivity Map with Accessibility Enhancements
ARICANLI, Evren
The Connectivity Map (CMap) is a biomedical research tool which leverages modern biotechnology and bioinformatic methods to provide a platform for comparing the a subject gene expression profile against a library of drug-treatment gene expression profiles. This comparison allows for retrieval of drugs from the CMap's library which induce biological activity similar (or dissimilar) to a given subject expression profile -- thereby making it a tool which allows for the finding of repositionable drugs. Herein, a number of adaptations are proposed -- most focally being changes which would enhance the tool's accessibility (e.g. a simplified UI/workflow, expanded queryable gene identifiers). Using the R statistical computing environment and numerous libraries available through it, an adapted CMap tool was created from the publically-accessible CMap data, which housed the proposed adaptations. To evaluate success of the accessibility adaptations, the adapted CMap tool was focus tested on several participants -- which ultimately yielded great favor for the changes made, allowing them to be conclusively suggested for future iterations of the CMap.
|
|
|
Vytipování a sledování exprese genů ovlivňujících syntézu kyseliny hyaluronové ve streptococcus equi subsp. zooepidemicus pomocí technologie dna čipů a real time PCR
Hrudíková, Radka ; Šeda,, Ondřej (oponent) ; Bobek,, Jan (oponent) ; Velebný, Vladimír (vedoucí práce)
Kyselina hyaluronová (HA) je biologicky významnou látkou, která je využívána v potravinářském, farmaceutickém a především kosmetickém průmyslu. Jde o glykos- aminoglykan běžně se vyskytující v lidském těle. Jako jeden z virulentních faktorů ji některé bakteriální kmeny produkují ve formě kapsule. Obaluje bakteriální buňku za účelem ochrany před imunitním systémem napadeného organismu. Jedním z hlavních producentů je Streptococcus equi subsp. zooepidemicus. Tato Gram-pozitivní bakterie je využívána ve společnosti Contipro a.s. k výrobě HA. Produkční kmen CO4A byl získán náhodnou fyzikální mutagenezí. Cílem této práce bylo prostudovat změny v genomu a transkriptomu kmene, které vedly k významnému navýšení produkce HA. Genom kmene CO4A byl osekvenován a porovnán s referenčním kmenem ATCC35246 [1]. Velikost genomu je 2 167 251 bp a bylo v něm identifikováno 83 relevantních variant (59 SNV a 34 indelů). Varianty v kódujících oblastech byly anotovány a byly také určeny změny aminokyselinové sekvence. U SNV mutací došlo ke změně aminokyselinové sekvence v 45 případech, u indel mutací byla změna aminokyselinové sekvence identifikována vždy. U obou kmenů byla sledována míra exprese vybraných skupin genů metodou DNA čipů. U kmene CO4A byla pozorována kaskáda zvýšené míry exprese genů metabolismu aminocukrů, vedoucí k syntéze UDP-N-acetylglukosaminu (navýšení exprese u těchto genů v porovnání s ATCC35246 bylo v průměru o 28 %). Následně byla míra exprese vybraných genů ověřována real-time PCR (qPCR). Zde nebyl identifikován signifikantní rozdíl míry exprese u genů has operonu u obou kmenů. Metodou qPCR byl sledován také vliv suplementace kultivačního média N-acetylgukosaminem (GlcNAc), který je jedním z prekurzorů syntézy HA. Byl zaznamenán pozitivní vliv suplementace kultivačního média externím GlcNAc na expresi vybraných skupin genů a také na výtěžek HA z média po ukončení kultivace u kmene CO4A (nárůst výtěžku v průměru o 17 %). U kmene ATCC35246 byl sledován pozitivní vliv na výtěžek HA z kultivací (nárůst výtěžku v průměru o 9 %), ale nebyla zjištěna signifikantní změna míry exprese u vybraných skupin genů.
|
|
|
Studium vzájemných interakcí patogennich kvasinek rodu Candida a bakterie Pseudomonas aeruginosa v průběhu kokultivací
Mynářová, Lenka ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Papoušková, Klára (oponent)
Oportunisticky patogenní druhy kvasinek rodu Candida jsou častým původcem kvasinkových infekcí člověka. Ačkoli se pozornost dnešní medicíny soustředí spíše na vývoj léku proti rakovině, AIDS nebo Alzheimerově chorobě, není možné opominout ani hrozbu systémových kandidóz. Ty představují velké nebezpečí pro jedince se sníženou imunitou a jsou spojeny s vysokou mortalitou, přičemž terapie je finančně náročná a ne vždy účinná. Bakterie Pseudomonas aeruginosa by mohla být jistou inspirací v boji proti patogenním kvasinkám, protože dokáže inhibovat růst nejrozšířenějšího původce rodu Candida, C. albicans. P. aeruginosa jednak produkuje řadu toxických nízkomolekulárních látek a zároveň ne zcela známým mechanismem interaguje s buněčnou stěnou C. albicans a tak podporuje její lyzi. Nicméně, koexistence těchto mikroorganismů je také možná a jejich vzájemný vztah záleží na různých faktorech. Tato skutečnost byla zjištěna díky tomu, že některé nemoci a patologické stavy se vyznačují koinfekcí pacienta vyvolanou jak původcem P. aeruginosa, tak C. albicans. V této práci jsem studovala mechanismy interakce mezi patogenní kvasinkou C. albicans a bakterií P. aeruginosa pomocí a) sledování genové exprese C. albicans v kokultuře C. albicans + P. aeruginosa b) analýzy filtrovaných médií obou mikroorganismů a jejich...
|
|
|
DNA čipy a jejich využití pro molekulární diagnostiku a predikci u onkologických onemocnění
VORÁČKOVÁ, Lucie
Na onkologické onemocnění poukazuje mnoho viditelných faktorů vznikajících při karcinogenezi, např. pozměněná exprese genů, zvýšený počet miRNA atp. Lze ho tedy diagnostikovat pomocí analýzy exprese genů za použití různorodých metod, z nichž je DNA čipová analýza nejvýznamnějším pokrokem genetického výzkumu. Pomocí mikročipů lze detekovat velké množství nukleotidových sekvencí na jednom čipu za relativně krátkou dobu. Zavedení této analýzy do praxe znamená pro diagnostiku a predikci onemocnění pozitivní obrat.
|
host ::
RSS.