|
|
Nuclear transport: its regulation and role in plant cells
Bokvaj, Pavel ; Fišerová, Jindřiška (oponent) ; Schwarzerová, Kateřina (vedoucí práce)
Transport mezi jádrem a cytoplasmou p edstavuje d ležitý regula ní bod všech drah vedoucích k expresi gen , kontrole bun ného cyklu a exportu RNA. Je zprost edkován komplexy jaderného póru (NPC), které jsou ukotvené v dvojité jaderné membrán . Struktura jaderného póru a základní zp soby regulace transportu jsou v eukaryotických organismech evolu n vysoce konzervované, avšak v rostlinných bu kách lze nalézt n které významné rozdíly. V této práci shrnuji sou asné poznatky o regulaci transportu mezi jádrem a cytoplasmou. Zvláštní pozornost v nuji t mto proces m v rostlinných bu kách.
|
|
|
Ovlivnění odpovědi rostlin na teplotní stres modulovanými hladinami cytokininů - fenomická a protemická analýza
Vícha, Daniel
Cytokininy jsou významnou skupinou hormonů, které u rostlin regulují mnoho fyziologických procesů od buněčného dělení až po navozování buněčně smrti. Tato práce byla zaměřena na sledování vlivu modulace hladiny cytokininů na odpověď k teplotnímu stresu u Arabidopsis thaliana. Analýza transgenních rostlin s regulovatelnou expresí genu ipt a HvCKX prokázala, že cytokininy a optimalizace jejich hladiny hraje významnou roli v morfologických změnách spojených s reakcí na teplotní stres. Rostliny se zvýšenými i sníženými hladinami cytokininů vykazovaly obecně inhibici v růstu řapíků, listů a rovněž měly menší plochu listů. Abychom pronikli do mechanismů brzké odpovědi rostlin na teplotní stres a roli cytokininů v této odpovědi, byla provedena analýza proteomu pomocí LC-MS. Analýza odhalila 57 rozdílně regulovaných proteinů v odpovědi na teplotní stres u klíčních rostlin ekotypu Columbia. Většina regulovaných proteinů je na buněčné úrovni lokalizována do cytosolu (47 %) nebo plastidů (32 %). Srovnávací analýza potvrdila 31 rozdílně regulovaných proteinů u rostlin s deficiencí v hladině cytokininů v porovnání s rostlinami divokého typu. Mezi tyto proteiny patří významné proteiny podílející se na reakci rostlin na teplotní stres jako je FAD7.
|
|
|
Techniky pro porovnávání biologických sekvencí
Sladký, Roman ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
V práci se seznámíme se výstavbou a funkcí základních biologických jednotek DNA, RNA a proteinů. Data, která poskytují, se uchovávají v biologických databázích, které jsou celosvětově propojeny pro lepší komunikaci a dostupnost veškerých informací při vědeckém bádání. Tajemství života je skryto v genech. Geny jsou kódovány sekvencemi nukleotidů a dávají vznik proteinům, které jsou tvořeny sekvencemi aminokyselin. Nejrozšířenějšími technikami pro porovnávání sekvencí jsou algoritmy FASTA a BLAST. V práci je popsán program PSProt, který je založen na bázi zmíněných algoritmů. Slouží k porovnávání sekvencí proteinů. Porovnávaný protein se ale nejdříve pomyslně syntetizuje ze zadaného oligonukleotidu DNA, který kóduje potenciální protein. Nejpodobnější proteiny jsou pak vyhledány heuristikou hitbodů a poté algoritmem semiglobálního zarovnání upraveno jejich výsledné skóre rozhodující pro vyhledávání.
|
|
|
Tvorba konstruktů pro studium funkce DRM1 u Arabidopsis thaliana
Veselá, Petra
Cílem práce nazvané Tvorba konstruktů pro studium funkce DRM1 u Arabidopsis thaliana bylo vytvořit konstrukt nesoucí gen zájmu DRM1 (Dormancy-associated protein) a další součásti nezbytné pro úspěšnou transgenozi, kterým budou transformovány rostliny Arabidopsis thaliana, aby bylo možné studovat funkci tohoto genu v rostlinném organizmu. Funkce DRM1 genu nebyla prozatím identifikována, nicméně byl tento gen anotován jako domnělý protein spojený s dormancí. Vytvořená genová kazeta, obsahující gen DRM1 pod promotorem enzymu ribulóza-1,5-bisfosfát karboxyláza/oxygenáza (Rubisco), byla vložena do vektoru pGreen II za vzniku rekombinantího plazmidu pWell17A, jehož úplnost byla ověřena restrikční analýzou. Promotor Rubisco zajistí nadměrnou expresi DRM1 genu v transgenních rostlinách a na základě této zvýšené exprese bude stanovena funkce DRM1 genu.
|
|
|
Vliv strigolaktonu na větvení kořenů u rostlin huseníčku rolního
Macoszek, Ondřej
V této bakalářské práci byl studován vliv koncentrace GR24, syntetického analogu rostlinného hormonu strigolaktonu, na délku primárního kořene rostlin Arabidopsis thaliana. Pro experiment bylo vybráno šest ekotypů A. thaliana a experiment byl proveden na pracovišti Dr. Wolfganga Busche na Institutu Johanna Gregora Mendela ve Vídni. Pro experiment byly vybrány koncentrace GR24 od 12,5 nM do 50 mikroM. Z předchozích prací (Ruyter a Spira 2010, Koltai 2011, Vacková 2013) bylo známo, že GR24 ovlivňuje kořenovou architekturu A. thaliana, avšak jejich výsledky se poněkud lišily. Z výsledků experimentu vyplývá, že vliv koncentrace GR24 na primární kořen A. thaliana závisí na konkrétním genotypu rostliny, ale obecně lze tvrdit, že na při nízkých koncentracích působí strigolakton nejprve inhibičně, následně dochází ke stimulaci růstu primárního kořene a v koncentracích nad 10 mikroM působí vysoce inhibičně u všech vybraných ekotypů. Na základě výsledků byla zvolena koncentrace 100 nM pro následnou Celogenomovou asociační studii (Genome Wide Association Study- GWAS).
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.