|
|
Posttranslační modifikace adaptorového proteinu DAXX v buněčné odpovědi na genotoxický stres
Bražina, Jan ; Anděra, Ladislav (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent) ; Vodička, Pavel (oponent)
Zachování kontinuity chromozomů a úplné genetické informace v lidských buňkách je rozhodující pro přežití buňky resp. celého organismu a zabraňuje konverzi normálních diploidních buněk v buňky s nestabilním genomem. Buněčná DNA je však vystavována endogennímu i exogennímu stresu, který může vést k poškození její struktury. Během evoluce se ve vyšších eukaryotech vyvinulo několik molekulárních mechanismů, které tato poškození detekují a opravují, a zajišťují tak v buňkách chromosomovou stabilitu. Tato odpověď se nazývá buněčná odpověď na poškození DNA (DDR). Jedním z nejzávažnějších druhů poškození DNA jsou tzv. dvojřetězcové zlomy (DSB), kdy dojde v těsné blízkosti k přerušení kovalentní vazby mezi cukrem a fosfátem. DSB spouští vlnu posttranslačních modifikací, které regulují proteinové interakce, jadernou lokalizaci a katalytickou aktivitu desítek až stovek proteinů. Tyto modifikace zahrnují acetylace, metylace, SUMOylace, ubikvitinylace a zejména pak fosforylace. Mezi nejvýznamnější kinázy účastnící se DDR jsou kinázy ATM, ATR a DNA-PK, jež jsou aktivovány bezprostředně po detekci poškozeného místa. DAXX (death-associated protein 6) je adaptorový, převážně jaderný protein, který se se v buňkách účastní sbalování histonové varianty H3.3, remodelace chromatinu, modulace genové exprese či...
|
|
|
Methylation profile in malignancy
Stojčeva, Nina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrejs, Vladimír (oponent)
Epigenetické změny reprezentují chemické modifikace DNA molekuly a histonových proteinů, které mohou ovlivňovat genovou expresi. Mezi ně patří i DNA metylace představující známý mechanismus umlčení tumor supresorových a DNA reparačních genů při karcinogenezi. Byl proveden velký počet studií za účelem identifikace metylačních profilů těchto genů v různých lidských nádorech. V naši studii, zahrnující 45 pacientů se sporadickým kolorektálním nádorem a 12 pacientů s nádorem hlavy a krku, jsme vyšetřili metylační profil promotorových oblastí osmi "mismatch" reparačních genů (MLH1, MSH2, MSH3, MLH3, PMS1, PMS2, MSH6 a EXO1). Metylace promotorů byla detekována v genech MLH1 a MLH3. Výsledky obou skupin pacientů byly shodné. Na závěr můžeme shrnout, že metylační profily promotorových oblastí genů MLH1 a MLH3 mohou být považovány za potenciální kandidáty epigenetických biomarkerů kolorektálního nádoru, případně i nádoru hlavy a krku. Domníváme se, že by měl být proveden další výzkum, který by potvrdil tuto představu.
|
|
|
Validita a interinstrumentální reliabilita akcelerometru ActiGraph model GT1M
Souček, Filip ; Psotta, Rudolf (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent) ; Buzek, Mario (oponent)
Název práce: Validita a interistrumentálnf reliabilita akcelerometru Actigraph, model GT1M. Cíle práce: Ověřit validitu a interinstrumentálnf reliabilitu nového typu akcelerometru Actigraph, model GT1M v krátkodobé pohybové činnosti. Metoda: Práce se zaměřením na zkoumání : Validity Actigraphu GT1M: Pro odhad energetického výdeje - na základě analýzy vztahů sumy zrychlení (tzv. counts) na straně jedné a srdeční frekvence na straně druhé. Interinstrumentálnf spolehlivosti Actigraphu GT1M. Spolehlivost měření mezi 2 přístroji. Testovaným souborem je 12 hráčů kopané ve věku 7 a 1llet. Výsledky: Platnost odhadu energetického výdeje kritériem srdeční frekvence. Pro toto kritérium byl zjištěn korelační koeficient r = -0,751 až 0,883. Interinstrumentální spolehlivost 2 přístojů kritériem sumy zrychlení a kritériem sumy kroků. Korelační koeficient spolehlivosti sum zrychlení 2 přístrojů se pohyboval v rozmezí 0,984 až 0,997. Pro kritérium kroků byl zjištěn korelační koeficient 0,981 až 0,997. Klíčová slova: Akcelerometr - suma zrychlení - kroky - validita - reliabilita - srdeční frekvence - terénní podmínky
|
|
|
Chromosomal damage and shortening of telomeres in cancer patients and healthy subjects
Kroupa, Michal ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Kmoníčková, Eva (oponent) ; Rössner, Pavel (oponent)
Mezi základní procesy, které mohou ovlivnit míru chromozomálních aberací (CAs) v lymfocytech periferní krve (PBL), patří chybná segregace chromozomů v průběhu mitózy, nepřesná odpověď na poškození DNA a nadměrné zkracování délky telomer. Akumulaci CAs v PBL lze považovat za ukazatel zvýšeného rizika rozvoje maligního onemocnění. Tato disertační práce je zaměřena na studium vlivu jednonukleotidových polymorfismů v genech účastnících se mitotického checkpointu a odpovědi na poškození DNA na inter-individuální rozdíly ve výskytu CAs v PBL. Dále byl zjišťován možný vliv klinicko-patologických a molekulárních charakteristik pacientů s karcinomem tlustého střeva a konečníku (CRC) na délku telomer v nádorové tkáni, jelikož narušená funkce těchto protektivních struktur chromozomů hraje klíčovou úlohu v procesu maligní transformace. Bylo také studováno, zda lze délku telomer a frekvenci CAs považovat za ukazatel celkového přežití pacientů s nádorovým onemocněním. Hlavní poznatky této práce, založené na sedmi přiložených rukopisech, jsou: I) Zvýšený výskyt strukturních CAs a/nebo narušená regulace délky telomer v PBL mohou být považovány za rizikový faktor rozvoje nádorového onemocnění; II) Kratší délka telomer v PBL zdravých osob zvyšuje výskyt strukturních CAs; III) Binární interakce genových variant...
|
|
| |
|
|
The source of endogenous DNA damage in neurodegenerative disease
Havelková, Jarmila ; Hanzlíková, Hana (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Jednovláknové zlomy DNA (single-strand breaks, SSBs) patří mezi nejčastější DNA poškození vznikající v buňkách a mohou ohrozit genetickou integritu a přežití buněk, jak ukazuje zvýšená genetická delece, embryonální letalita a neurologické onemocnění vzniklé z důvodu narušení opravné dráhy těchto jednovláknových zlomů (single-strand break repair, SSBR). Jedním z proteinů důležitých pro rychlou opravu jednovláknových zlomů v DNA je XRCC1, molekulární scaffold protein, který v rámci oprav poškozené DNA interaguje s několika enzymy (např. PARP1, PNKP, POLβ, APTX, LIG3), a tak podporuje jejich stabilitu a/nebo funkci. Narušení opravných drah jednovláknových zlomů DNA bylo již v minulosti spojeno s dědičnou neurodegenerací u lidí, cerebelárními ataxiemi a záchvaty. V této práci se zaměřuji na geneticky podmíněné onemocnění autozomálně recesivní spinocerebelární ataxii (spinocerebellar ataxia autosomal recessive-26; SCAR26), u níž bylo prokázáno, že je spojena s mutacemi v. XRCC1 genu Zkoumám množství proteinu XRCC1 v XRCC1-defektivních buňkách, což odhaluje, že buňky pacientů s mutacemi v XRCC1 vykazují velmi nízké hladiny XRCC1 proteinu. Popisuji také, že snížené hladiny proteinu XRCC1 v buňkách korelují s rostoucím počtem endogenních jednovláknových zlomů DNA, měřitelným pomocí kvantifikace ADP-ribózy...
|
|
|
Molecular biomarkers related to DNA damage and repair: their role in carcinogenesis, patients' treatment and monitoring
Vodenková, Soňa ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Anděra, Ladislav (oponent) ; Černá, Marie (oponent)
Shrnutí Nestabilita genomu představuje jednu z předních sil, která řídí vznik a rozvoj nádorového onemocnění. Vzniká v důsledku kombinovaného účinku poškození DNA a chyb způsobených opravným systémem DNA. V mnoha nádorech jsou tolerance k poškození DNA a opravné dráhy DNA narušeny nebo deregulovány, což podporuje jejich progresi. Oprava DNA také hraje významnou roli v odpovědi na léčbu nádorových onemocnění. Tato disertační práce vznikla v reakci na několik nejasných a nevyřešených otázek úlohy poškození DNA a opravy DNA v patogenezi nádorových onemocnění. Cílem práce bylo hledání potenciálních nových biomarkerů a potvrzení platnosti již existujících biomarkerů souvisejících s poškozením DNA a opravou DNA, které mohou být spojeny s náchylností ke vzniku nádorových onemocnění a klinickým výsledkem pacienta. Také byl zkoumán biologický základ různých biomarkerů a jejich vzájemné vztahy. Hlavní výstupy této práce jsou: 1) Zvýšené hladiny chromozomálních aberací (CA) v lymfocytech periferní krve (PBL) mohou sloužit jako biomarker náchylnosti ke vzniku nádorových onemocnění a částečně ovlivňují klinický výsledek pacientů. Zatímco zkracování telomer přispívá k tvorbě CA v PBL pouze u zdravých jedinců, méně účinná oprava dvouřetězcových zlomů DNA v PBL je spojena se zkrácením telomer pouze u pacientů s nádorovým...
|
|
|
Genetic variability in sporadic colorectal cancer: Searching for novel risk, prognostic and predictive biomarkers.
Jirásková, Kateřina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Machoň, Ondřej (oponent) ; Eckschlager, Tomáš (oponent)
SOUHRN Rakovina tlustého střeva a konečníku (kolorektální karcinom, KRK) představuje celosvětově závažný zdravotní problém. I přes pokroky v diagnostice a v léčebných metodách zůstává prognóza onemocnění špatná. Pro zlepšení celkové míry přežívání je důležité umět rozpoznat jedince s vyšším rizikem vzniku KRK a odhalit onemocnění v rané potenciálně léčitelné fázi. Současně identifikace pacientů, kteří budou reagovat negativně na konkrétní léčbu, by přispěla ke snížení nadbytečné chemoterapie a k minimalizaci toxicity související s léčbou. Cílem této práce bylo hledání nových diagnostických, prognostických a prediktivních DNA-biomarkerů pro sporadickou formu KRK. Každý člověk je geneticky jedinečný a nalezení těchto biomarkerů by lékařům usnadnilo diagnózu a výběr optimální terapie pro každého pacienta s KRK na základě jejich molekulárního profilu. Pro dosažení tohoto cíle jsme zkoumali několik kandidátních genů u zdravých jedinců i u nově diagnostikovaných pacientů se sporadickou formou KRK. Výsledky této PhD práce byly shrnuty v sedmi impaktovaných publikacích. Hlavními závěry jsou: 1) Genetické varianty v cílových oblastech pro vazbu microRNA (miRSNPs) v genech opravy dvouřetězcových zlomů, genech důležitých pro etiologii KRK a mucinových genech souvisí buď s rizikem KRK nebo s odpovědí na léčbu, 2)...
|
|
|
Otázka nástupnictví Jakuba, vévody z Yorku, za vlády Karla II. Stuarta
Chmelíková, Pavla ; Valkoun, Jaroslav (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Tato diplomová práce se bude zabývat především 70. a 80. léty 17. století v Anglii. V tomto období vlády Karla II. Stuarta se dostává do popředí otázka nástupnictví, která vyvrcholila až v tzv. Vylučovací krizi v letech 1679-1681. Diplomová práce se pokusí nastínit v sedmi kapitolách, zahrnujících úvod a závěr, vývoj nástupnické krize spojené s osobou Jakuba, vévody z Yorku. První část práce se zaměří na období před Vylučovací krizí a vyzdvihne především důležité momenty, jako bylo schválení Zákona o zkoušce či Papeženecké spiknutí. Další část diplomové práce se bude zabývat samotným obdobím krize až do rozpuštění posledního vylučovacího parlamentu v Oxfordu v roce 1681 a porážky whigovské strany. Poslední kapitola poté celou problematiku uzavře rokem 1685, tedy smrtí Karla II. Stuarta a nástupem Jakuba II. na anglický trůn.
|
|
|
Klinická klasifikace sekvenčních variant v nekódujících regulačních oblastech genů predisponujících ke vzniku karcinomu prsu.
Bubáková, Eliška ; Ševčík, Jan (vedoucí práce) ; Vodička, Pavel (oponent)
Inaktivace tumor supresorového genu BRCA1 příčinou vysokého celoživotního rizika vzniku karcinomu prsu a dalších malignit. Plošný genetický skríning indikovaných jedinců z vysoce rizikových rodin dovoluje identifikovat množství sekvenčních variant v dosud známých predispozičních genech. Většina nově nalezených variant dosud nemá jasný klinický význam a představuje tak z hlediska diagnostiky závažný problém. Část těchto variant se nachází i v nekódujících regulačních oblastech genů. Součástí procesu klinické klasifikace variant je jejich funkční charakterizace. Cílem této práce bylo vytvořit modelový systém pro funkční charakterizaci variant v nekódujících oblastech a následně ověřit jeho funkčnost. Modelový systém byl založen na cílené genové manipulaci pomocí ko-transfekce CRISPR- Cas9 a donorového konstruktu s částí sekvence genu BRCA1, ve které byly zavedeny analyzované modifikace, do U2 OS buněk. Tyto buňky v sobě mají stabilně vložený DR-GFP systém dovolující stanovit aktivitu homologní rekombinace (HR). Do U2 OS buněk se nakonec podařilo zavést monoalelické modifikace. Tyto modifikace se nacházely v oblasti sekvence Kozakové genu BRCA1. Nejdříve byla pomocí qRT-PCR stanovena exprese na úrovni mRNA BRCA1, která byla u všech buněk s analyzovanými alteracemi stejná. Dále byla stanovena exprese...
|
host ::
RSS.