|
|
Vývoj nových izotopově značených sond pro relativní kvantifikaci proteinů
Procházková, Valérie ; Kukačka, Zdeněk (vedoucí práce) ; Vaňková, Pavla (oponent)
Objasnění struktury proteinů v živých organismech je důležitým krokem pro popis jejich úlohy v organismu. Jednou z metod strukturní biologie je chemické zesítění v kombinaci s hmotnostní spektrometrií, která je běžně používaným nástrojem pro charakterizaci terciální struktury proteinů nebo protein-proteinových interakcí. Tato metoda je založena na reakci síťovacího činidla, složeného ze dvou reaktivních skupin propojených raménkem o definované délce za vzniku kovalentní vazby. Hlavním cílem této práce bylo ověřit, zda je možné využít chemické zesítění v kombinaci s izotopově značenými činidly ke kvantifikaci dvou odlišných strukturních stavů. V práci byla využita činidla DSPU (disukcinimidyldipropionát močovina) a izotopově značená forma DSPUx. Činidla DSPU i DSPUx obsahují ve své struktuře labilní molekulu močoviny, která je při kolizně indukované disociaci štěpena na charakteristické fragmenty, díky kterým lze identifikovat zesítěné peptidy. Přístupy shora dolů a zdola nahoru bylo na vybraných proteinech (insulin, lidská karbonická anhydrasa a hovězí sérový albumin) zjištěno, že činidla DSPU a DSPUx interagují s vybranými peptidy a proteiny a jsou vhodná pro jejich kvantifikaci. Na modelu myoglobinu byly následně sledovány strukturní rozdíly v jeho dvou konformačních stavech, v přítomnosti hemu...
|
|
|
Příprava DNA vazebné domény transkripčního faktoru FOXK1
Procházková, Valérie ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Košek, Dalibor (oponent)
Transkripční faktory jsou proteiny, které regulují expresi genů v různých typech buněk. Hrají tak důležitou roli v mnoha buněčných procesech od regulace buněčného cyklu až po buněčnou diferenciaci. Pomocí DNA vazebné domény rozpoznávají a váží specifické sekvence DNA. Jedním z typů DNA vazebné domény je doména "forkhead", která se skládá ze 100-110 aminokyselinových zbytků. Tato sekvence je označována jako DBD FOX a připomíná tvar "okřídleného helixu". Proteiny z rodiny FOX interagují s dvouvláknovou DNA pomocí α- helixu H3, který je pro tuto rodinu sekvenčně konzervován. Na vazbě s DNA se dále podílejí i další oblasti DBD, které však sekvenčně konzervovány nejsou a odlišné strukturní rysy přispívají k rozdílné afinitě FOX proteinů k DNA. Odlišnosti v trojrozměrné struktuře mohou také mít vliv na různorodost biologických funkcí proteinů FOX v organismu. Proteiny FOX se dělí do 19 podrodin, mezi které patří i podrodina FOXK, kterou tvoří dva členové FOXK1 a FOXK2. Proteiny FOXK regulují aerobní glykolýzu, buněčnou proliferaci a také karcinogenezi. Jejich zvýšená exprese byla popsána v rakovinných buňkách kosterní tkáně, žaludku, tlustého střeva, prsu, plic, vaječníků aj. Funkce proteinů FOXK v různých typech rakoviny však není dosud velmi prozkoumána. Cílem práce bylo připravit nativní protein DBD...
|
host ::
RSS.