|
|
Zavedení diagnostiky nových bakteriálních patogenů Ralstonia a Achromobacter izolovaných od pacientů s cystickou fibrózou a stanovení jejich citlivosti k antibiotikům
Michálková, Alice ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Bébrová, Eliška (oponent)
Cystická fibróza (mucoviscidosis) je nevyléčitelné geneticky podmíněné onemocnění, které je způsobeno mutacemi v genu CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Gene). Mezi nejčastější příčiny zvýšené mortality a morbidity pacientů patří bakteriální infekce dýchacích cest, které mohou být způsobeny i méně častými patogeny. Bakteriální druhy rodů Ralstonia a Achromobacter nejsou pro zdravého člověka patogenní, ale patří mezi patogeny prokázané ve sputu pacientů s CF. Avšak kvůli jejich fenotypové podobnosti s ostatními bakteriálními patogeny vyskytujícími se u pacientů s CF unikají pozornosti mikrobiologa. Cílem práce bylo navržení metod pro identifikaci rodu Ralstonia, stanovení kvantitativní a kvalitativní citlivosti k antibiotikům a zpracování literární rešerše zaměřené na problematiku rodu Achromobacter. Kmeny Ralstonia spp. byly identifikovány pomocí metod fenotypových a genotypových, byla stanovena jejich citlivost k antibiotikům a navržena originální metoda genotypové identifikace R. respiraculi.
|
|
|
Critical sites determining the resistance phenotype of ABC proteins from the ARE subfamily and the molecular mechanism of their function
Lenart, Jakub ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent) ; Branny, Pavel (oponent)
Rezistenční proteiny Vga(A) a Msr(A) patřící do ARE podrodiny ABC-F proteinů udělují rezistenci k antimikrobiálním látkám, k tzv. inhibitorům peptidyltransferázového centra. V minulosti se předpokládalo, že jejich mechanizmus rezistence je založen na interakci s transmembránovým partnerem za vytvoření funkčního transportéru. Prostřednictvím kryoelektronové mikroskopie a mutant neschopných hydrolýzy ATP bylo popsáno jejich působení na ribozomu. I když byla jejich lokalizace popsána, přesný mechanismus působení není do dnešního dne znám. Přípravou mutovaných proteinů kombinujících čtyři aminokyselinové zbytky Vga(A) a Vga(A)LC ve špičce linkeru, jsme jako první popsali vliv substrátové specificity jednotlivých mutant. Aminokyselinová pozice 212 a 220 je důležitá pro rezistenci k linkosamidům a pleuromutilínům, přičemž pozice 219 k streptogramínům A. Povaha jednotlivých aminokyselin hraje zásadní roli v udělování antibiotické specificity, co potvrzuje fakt, že aminokyselinová záměna v pozici K218T na pozadí proteinu Vga(A) způsobila posun rezistence od streptogramínů k linkosamidům a pleuromutilínům. Mechanizmus rezistence u buněk exprimujících vga(A) spočívá v ribozomální ochraně. Tomu také nasvědčuje fakt, že míra akumulace [3H]-linkomycinu u Vga(A) je velmi podobná s kmenem exprimujícím erm(C)....
|
|
|
Výskyt LA-MRSA a CA-MRSA v populaci s vyšším rizikem nosičství
Neradová, Kateřina ; Žemličková, Helena (vedoucí práce) ; Karpíšková, Renáta (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
Výskyt LA-MRSA a CA-MRSA v populaci s vyšším rizikem nosičství Bakteriální rezistence patří k nejzávažnějším fenoménům moderní medicíny. Staphylococcus aureus je jednou z bakterií, u kterých výskyt antibiotické rezistence představuje závažnou komplikaci při účinné léčbě infekčních onemocnění. Klasicky se meticilin-rezistentní Staphylococcus aureus (MRSA, Methicillin-resistant Staphylococcus aureus) vyskytuje v nemocničním prostředí, kde působí infekční komplikace u hospitalizovaných pacientů. Od typických nemocničních kmenů můžeme odlišit kmeny komunitní, které mají odlišnou genetickou charakteristiku. Vyskytují se u mladých lidí bez anamnestické vazby na zdravotnická zařízení. U zvířat byla prokázána třetí, odlišná skupina MRSA, která představuje pro člověka další epidemiologické riziko. Je prokázáno, že MRSA s vyšší frekvencí kolonizuje jisté skupiny obyvatel. Těsný a častý kontakt se zvířaty činí takovou rizikovou skupinou nejen farmáře nebo chovatele zvířat, zaměstnance jatek a řezníky, ale i pracovníky ve veterinárním lékařství. Cílem této studie bylo zjistit prevalenci kolonizace MRSA u veterinárních odborníků. Na přítomnost MRSA bylo testováno celkem 134 nosních výtěrů od zdravých účastníků veterinární konference konané v Hradci Králové v České republice. Získané kmeny byly dále fenotypově a...
|
|
|
Extenzivně rezistentní Acinetobacter baumannii v České republice: populačně genetická struktura a mechanizmy rezistence ke karbapenemům a aminoglykosidům
Švandová, Ladislava ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent)
Práce řeší otázku epidemiologie antibiotické rezistence u Acinetobacter baumannii, dnes jednoho z nejproblematičtějších bakteriálních původců infekcí člověka ve smyslu selhávání antimikrobní terapie. Jejím cílem bylo definovat populačně-genetické vlastnosti, epidemiologii a povahu rezistence u vzorku aktuální populace A. baumannii z České republiky. Studováno bylo 55 multirezistentních izolátů zachycených v osmi zdravotnických zařízeních ve Středočeském kraji a Praze od října 2016 do května 2018. U těchto izolátů byla provedena identifikace na druhové, klonální a kmenové úrovni, určen fenotyp a genotyp rezistence a provedena klasifikace do pěti skupin izolátů s pravděpodobnou epidemiologickou vazbou. Studované izoláty téměř výlučně patřily do globálního klonu ECII; z nich pak 53 % tvořilo geneticky poměrně homogenní skupinu charakterizovanou extenzivní rezistencí k antibiotikům (citlivost pouze ke kolistinu), přítomností genů pro ArmA a OXA-23 (rezistence ke všem aminoglykosidům a karbapenemům) a výskytem na všech lokalitách. Podrobná epidemiologická analýza izolátů z Příbrami a okolí prokázala epidemické šíření dvou kmenů, z nichž jeden patřil k extenzivně rezistentní skupině. Oba tyto kmeny byly izolovány od pacientů hospitalizovaných na chirurgickém oddělení, a to i po jejich propuštění do...
|
|
|
Molekulární interakce Staphylococcus aureus s hostitelem
Cabrnochová, Marie ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Cílem této práce je shrnout mechanizmy interakce Staphylococcus aureus s vybranými složkami vrozené imunity hostitele, z nichž k nejdůležitějším patří kolonizace hostitelské buňky a interakce S. aureus s neutrofily a procesy ovlivňující na bunečné úrovni kolonizaci hostitelské buňky. Povrchové proteiny patogena MSCRAMM interagující s proteiny na povrchu hostitelských buněk jako je například fibrinogen a keratin a tak zprostředkují adhezi k hostitelské buňce, která je podmínkou pro kolonizaci hostitelské buňky. Centrálním mechanizmem vrozené imunity vůči stafylokokové infekci je interakce S. aureus s neutrofily, které pomocí neutrofilové extracelulární pasti a fagocytózy buňky S. aureus likvidují. Zásadní roli při eliminaci bakteriální buňky ve fagozomu neutrofilů je kombinace lytického působení antimikrobiálních peptidů a produkce toxických kyslíkových radikálů. Obranné mechanizmy S. aureus proti působení imunitního systému jsou považované za faktory virulence, neboť přispívají ke vzniku infekce. Tyto mechanizmy jsou založeny na modifikací buněčné stěny, inhibicí chemotaxe neutrofilů a produkcí enzymů, které inhibují účinek antimikrobiálních peptidů, lysozymu, kyslíkových a dusíkových radikálů. Exprese těchto faktorů virulence u konkrétního kmene S. aureus a rizikové faktory na straně hostitele a...
|
|
|
Mechanismy bakteriální perzistence a klinický význam
Smělíková, Eva ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Pinkas, Dominik (oponent)
Perzistentní bakterie, zkráceně perzisteři, jsou buňky význačné především svou odolností k antibiotikům. Nejedná se o rezistentní bakterie, jelikož takové mají svou rezistenci zapsanou v genetickém kódu. Perzisteři jsou geneticky neodlišitelní od jiných buněk, senzitivních k antibiotikům, a jedná se tedy spíše o přechodná fenotypová stádia. Schopnost tvorby perzistentních buněk není druhově limitovaná a perzistence byla popsána u řady bakteriálních druhů. Důvodem vzniku perzisterů může být náhlý stres, kdy jde o indukovaný vznik perzistence, či může jít o stochastickou fenotypovou variabilitu. Při stochastickém vzniku rozlišujeme v rámci geneticky uniformní populace řadu fenotypově odlišných subpopulací lišících se růstovými vlastnostmi a také odolností k antibiotikům. Jak vysvětluje tzv. bet- hedging strategy hypotéza, jedná se o pojištění před nebezpečím fluktuace vnějších podmínek. Při indukovaném vzniku perzistence dochází k hromadění alarmonu guanosintetrafosfátu či guanosinpentafosfátu, který upozorňuje buňku na nepříznivé podmínky a zahajuje přechod do odolnějšího stavu. Existence těchto odolných subpopulací nabývá na významu zejména při rekurentních chorobách, kdy malé subpopulace perzisterů dávají vznik nové stabilní populaci, komplikují léčbu a znemožňují uzdravení. Často se tak děje...
|
|
|
In vitro test buněčné imunitní odpovědi pro diagnostiku Lymeské boreliózy
Prokopová, Tereza ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent)
Lymeská borelióza je multisystémové onemocnění postihující kůži, klouby, srdce a centrální nervovou soustavu. Onemocnění způsobují spirochéty patřící do komplexu Borrelia burgdorferi sensu lato. Tyto bakterie jsou přenášené klíšťaty rodu Ixodes. V roce 2016 bylo v České republice evidováno téměř 4000 nově nakažených osob. Současná sérologická diagnostika Lymeské boreliózy není dostatečně senzitivní ani specifická a nekoreluje s patologií onemocnění v časné ani v pozdní fázi. Pro správnou diagnostiku onemocnění je nezbytné detekovat patogena spolu s jeho genotypem. Z tohoto důvodu jsme se zaměřili na dva cíle. Metodou digital droplet PCR (ddPCR) jsme detekovali boreliovou DNA spolu s boreliovým genotypem. Byl stanoven detekční limit detekce boreliové DNA ve vzorcích gDNA izolovaných z klíšťat. Detekční limit se při počátečním množství 1 ng gDNA v reakci pohybuje v řádu 10-17 g specifické boreliální DNA. Boreliová koinfekce byla detekována v 5 z 12 testovaných vzorků. Nejvíce zastoupeným druhem byla B. garinii, jejíž přítomnost jsme detekovali v 5 vzorcích. Na základě publikovaných sekvencí genů pro virulentní faktory byly navrženy specifické primery do konzervovaných úseků genů pro PCR tak, abychom amplifikovali jejich variabilní segmenty. Genová variabilita bude následně monitorována pomocí...
|
|
| |
|
|
Molekulární charakterizace rezistence k MLSb antibiotikům u kmenů Staphylococcus aureus a SCV Staphylococcus aureus od pacientů s cystickou fibrózou
Vařeková, Eva ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Cystická fibróza (CF) je nejčastější autozomálně recesivní onemocnění v kavkazské populaci. Kolonizace dolních cest dýchacích (DCD) bakteriemi vede u pacientů s CF z důvodu narušených procesů přirozené slizniční imunity k chronické infekci a nevratnému poškození plic. V této práci bylo charakterizováno 338 kmenů S. aureus izolovaných v letech 2011-2013 z DCD 92 českých pacientů s CF. Metodou spa typizace a makrorestrikční analýzou pomocí PFGE byla zjištěna vysoká klonální heterogenita souboru. Výjimku tvořily klonálně téměř totožné kmeny MRSA (rezistentní k oxacilinu; 5% prevalence). Prevalence rezistence kmenů S. aureus k MLSB antibiotikům dosáhla v našem souboru 69 % a představuje závažný problém vzhledem ke klinickému použití této skupiny léčiv. U poloviny MLSB rezistentních kmenů nebyla detekována žádná determinanta rezistence (ermA, ermC, ermT, msrA). Sekvenováním ribozomálních genů byl v našem souboru prokázán neobvykle vysoký podíl kmenů s mutacemi v zásahových místech MLSB antibiotik (u 37 % pacientů), což je nová zásadní informace z analýzy kmenů od pacientů s chronickou stafylokokovou infekcí v ČR. Proto byla ověřena mutabilita těchto kmenů. Prozatím se podařilo detekovat u několika kmenů bodové mutace i delece v mutátorových genech mutS a mutL. Hypermutabilita by mohla vysvětlovat vysoký podíl...
|
|
|
Molekulární epidemiologie a vlastnosti bakteriálních původců infekcí plic u pacientů s cystickou fibrózou
Vošahlíková, Šárka ; Nemec, Alexandr (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent) ; Osička, Radim (oponent)
Univerzita Karlova v Praze 2. lékařská fakulta Autoreferát dizertační práce Molekulární epidemiologie a vlastnosti bakteriálních původců infekcí plic u pacientů s cystickou fibrózou RNDr. Šárka Vošahlíková Praha (2014) 2 Vnitřní strana obálky: Doktorské studijní programy v biomedicíně Univerzita Karlova v Praze a Akademie věd České republiky Obor: Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Předseda oborové rady: Prof. RNDr. Stanislav Zadražil, DrSc. Školicí pracoviště: Laboratoř molekulární genetiky, 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze Laboratoř bakteriální genetiky, Centrum epidemiologie a mikrobiologie, Státní Zdravotní Ústav, Praha Autor: RNDr. Šárka Vošahlíková Školitel: Doc. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. Oponenti: Autoreferát byl rozeslán dne: Obhajoba se koná dne: ……………..v ………..hod. kde: …………………… S dizertační prací je možno se seznámit na děkanátu 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze. 3 Obsah 2. ABSTRAKT................................................................................................................................... 4 3. ABSTRACT ................................................................................................................................... 5 4. ÚVOD...
|
host ::
RSS.