|
|
Detekce faktorů virulence a genů rezistence bakteriálních patogenů u pacientů s cystickou fibrózou
Jandová, Oldřiška ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Cystická fibróza je autozomálně recesivní genetické onemocnění, které je způsobeno mutacemi v genu CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator). Tento gen kóduje stejnojmenný protein, který pokud je narušena jeho funkce, je odpovědný za patogenezi tohoto onemocnění. Cystická fibróza je charakteristická častými respiračními infekcemi, které vedou k destrukci plicní tkáně. Tyto infekce se vyznačují přítomností typických bakteriálních patogenů např. S. aureus, P. aeruginosa a dalších. Právě S. aureus patří mezi typické oportunní patogeny, které u pacientů s cystickou fibrózou způsobují vážné komplikace. Kmeny S. aureus se vyznačují produkcí mnoha faktorů patogenity a vlivem důrazné léčby antibiotiky také rezistencí k používaným antibiotikům. Jednou z možností, jak mohou bakterie snížit svou citlivost k určitému antibiotiku je tvorba fenotypových variant SCV, které se vyskytují u skupiny pacientů, kteří jsou intenzivně léčeni antibiotiky. Pacienti s cystickou fibrózou touto skupinou bezesporu jsou. Cílem bakalářské práce bylo studium izolátů S. aureus od tří pacientů s cystickou fibrózou, kteří jsou dlouhodobě infikováni tímto patogenem. U těchto izolátů určit zda se mění jejich vlastnosti či rezistence v průběhu chronické infekce. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Bakteriální REP elementy: původ, variabilita a využití.
Nunvář, Jaroslav ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Pačes, Jan (oponent) ; Melter, Oto (oponent)
6 ABSTRAKT (česky) Tato práce shrnuje tři publikace, jejichž jednotícím tématem jsou bakteriální REP (angl. repetitive extragenic palindrome) elementy. REP elementy jsou jednou z nejznámějších a nejlépe charakterizovaných skupin repetitivních DNA sekvencí u bakterií. Jsou známé především u gamaproteobakterií, včetně enterobakterií. Vyskytují se v nekódujících oblastech hostitelských genomů, zpravidla ve stovkách kopií. REP elementy jsou typicky agregovány do repetitivních útvarů vyšších řádů. U gramnegativní modelové bakterie Escherichia coli byly popsány interakce REP elementů s několika důležitými proteiny buněčné fyziologie, svědčící o významné roli těchto sekvencí pro hostitelskou buňku. První studie (Nunvar et al. 2010) prezentuje objev třídy proteinů příbuzných tyrosinovým transponázám ze skupiny IS200/IS605 inzerčních sekvencí. Tyto proteiny, pojmenované RAYT (angl. REP-associated tyrosine transposase), jsou charakteristické přítomností specifických motivů v jejich aminokyselinové sekvenci, nepřítomných u kanonických IS200/IS605 transponáz. Dalším společným znakem je uspořádání genů kódujících RAYT proteiny. Tyto geny se v hostitelském chromozomu vyskytují vždy v jedné kopii a jsou z obou stran ohraničeny alespoň dvěma REP elementy v inverzní orientaci. Na základě podobnosti mezi systémem...
|
|
|
Zavedení mikrobiologické diagnostiky původců invazivních infekcí - Bartonella henselae a Bartonella quintana
Nováková, Marie ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Chrenková, Vanda (oponent)
Bartonely jsou původci infekcí s pestrou klinickou symptomalogií, včetně závažných, jako je např. endokarditida. Přímý průkaz bartonel se dosud v České Republice neprovádí a proto je nutné se touto problematikou zabývat. Správná diagnostika těchto infekcí je předpokladem cílené antibiotické léčby pacientů. Do rodu Bartonella dnes patří více než 20 druhů bakterií. Jsou to malé gramnegativní tyčinkovité bakterie, které způsobují nové tzv. emerging infekce, jako je cat scratch disease (CSD), projevující se typickou regionální lymfadenitidou, dále bacilární angiomatózu (BA), jejímiž typickými symptomy jsou kožní a podkožní uzlíky (noduly). Dále také vyvolávají nemoc zvanou zákopová horečka nebo jihoamerická bartonelóza. V experimentální části práce byly provedeny genotypové a fenotypové metody na diagnostiku těchto bakterií, konkrétně na dva druhy bartonel, a to Bartonella henselae a Bartonella quintana. Výsledky ukazují, že vhodnými metodami na diagnostiku bartonel, jsou amplifikace rodově specifických genů ribC a ftsZ, dále provedení metody pulzní elektroforézy (PFGE) jako typizační metody a ze stanovení citlivostí na antibiotika se jako nejvhodnější ukázalo testování E-testy. V této práci byla provedena optimalizace genotypových i fenotypových metod, z nichž se některé ukázaly jako vhodné pro...
|
|
|
Zavedení diagnostiky nových bakteriálních patogenů Inquilinus a Pandoraea izolovaných od pacientů s cystickou fibrózou a stanovení jejich citlivosti k antibiotikům
Šulcová, Romana ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Cystická fibróza patří mezi nejčastěji se vyskytující autozomálně recesivně dědičné onemocnění. V dnešní době mají lidé s tímto onemocněním, díky včasné diagnostice a léčbě dalších přidružených příznaků, lepší prognózu než před několika lety. CF je onemocnění, které je podmíněno mutací genu CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) na chromozomu 7. Defektem proteinu CFTR dochází k poruše resorpce a sekrece elektrolytů v chloridovém kanálu a tím k tvorbě viskózního hlenu v plicích, který je hlavní příčinou chronických bakteriálních infekcí dolních dýchacích cest. Mezi nejčastějšími patogeny, které způsobují závažné infekce dýchacích cest u pacientů s CF patří: Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cepacia komplex. U pacientů s CF se dnes prokazují v dýchacích cestách nové bakteriální druhy, jejichž biologické vlastnosti nejsou dosud známé a jejich role v etiopatogenezi onemocnění a epidemiologii nejsou přesně známé. K jejich detekci se v dnešní době používají specifické metody amplifikace a nebo sekvenace genu pro 16S rRNA. Nově se objevující patogeny patří například do rodu Pandoraea a Inguilinus, které řadíme do skupiny gramnegativních nefermentujících tyčinek, a proto jsou často zaměňovány za jiné jim fenotypově podobné bakteriální druhy, jejichž výskyt je u CF...
|
|
|
Zavedení diagnostiky nových bakteriálních patogenů Ralstonia a Achromobacter izolovaných od pacientů s cystickou fibrózou a stanovení jejich citlivosti k antibiotikům
Michálková, Alice ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Bébrová, Eliška (oponent)
Cystická fibróza (mucoviscidosis) je nevyléčitelné geneticky podmíněné onemocnění, které je způsobeno mutacemi v genu CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Gene). Mezi nejčastější příčiny zvýšené mortality a morbidity pacientů patří bakteriální infekce dýchacích cest, které mohou být způsobeny i méně častými patogeny. Bakteriální druhy rodů Ralstonia a Achromobacter nejsou pro zdravého člověka patogenní, ale patří mezi patogeny prokázané ve sputu pacientů s CF. Avšak kvůli jejich fenotypové podobnosti s ostatními bakteriálními patogeny vyskytujícími se u pacientů s CF unikají pozornosti mikrobiologa. Cílem práce bylo navržení metod pro identifikaci rodu Ralstonia, stanovení kvantitativní a kvalitativní citlivosti k antibiotikům a zpracování literární rešerše zaměřené na problematiku rodu Achromobacter. Kmeny Ralstonia spp. byly identifikovány pomocí metod fenotypových a genotypových, byla stanovena jejich citlivost k antibiotikům a navržena originální metoda genotypové identifikace R. respiraculi.
|
|
|
Studium biofilmu Pseudomonas aeruginosa a zavedení nových metod pro stanovení citlivosti k antibiotikům
Mošničková, Markéta ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Chrenková, Vanda (oponent)
Thoracic outlet syndrome is a syndrome involving compression at the superior thoracic outlet, wherein excess pressure placed on a neurovascular bundle passing between the anterior scalene and middle scalene muscles. According to the predominant symptoms we can distinguish neurogenic, arterial and venous syndrome. Treatment is either the surgical removal of structures causing compression or conservative measures aimed at decompressing the oppressed structures through functional activation of surrounding area. The thesis presents an overview of available findings on this issue, followed by case report of a patient with venous TOS.
|
|
|
Mechanismy rezistence Staphylococcus aureus k MLSB antibiotikům u pacientů s cystickou fibrózou
Bukáčková, Eva ; Melter, Oto (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Cílem této práce je shrnout mechanismy rezistence Staphylococcus aureus k MLSB antibiotikům (makrolidům, linkosamidům a streptograminům typu B), které se uplatňují při respiračních infekcích u pacientů s cystickou fibrózou. Tento podmíněný patogen si postupně vyvinul mnoho rozličných strategií, jak těmto antimikrobním látkám blokujícím proteosyntézu vzdorovat. Mezi nejčastější mechanismy rezistence patří modifikace cílového místa působení MLSB antibiotik, modifikace struktury samotného antibiotika či jeho eflux z bakteriální buňky. Vedle těchto mechanismů determinovaných přítomností genů rezistence mohou mít podobný účinek také mutace v některých specifických genech. V plicích pacientů s cystickou fibrózou vzniká kvůli defektům jejich imunitní obrany a dlouhodobé antibiotické léčbě unikátní nika. Tu kolonizuje mimo jiné také S. aureus, který se na toto prostředí dobře adaptoval a využívá navíc jiných mechanismů rezistence, jako je hypermutace či konverze k trpasličímu fenotypu umožňujícímu intracelulární perzistenci. MLSB antibiotika jsou vedle beta-laktamů lékem volby při respiračních infekcích u pacientů s cystickou fibrózou, a proto má studium této rezistence mimořádný význam.
|
|
| |
|
|
Studium fenoménu perzistence u Staphylococcus aureus
Kubištová, Lucie ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Melter, Oto (oponent)
Bakterie Staphylococcus aureus jsou lidské patogeny, které způsobují onemocnění různě závažného charakteru od lehkých infekcí kůže po těžké septické stavy. S. aureus často osidluje plíce pacientů s cystickou fibrózou a způsobuje dlouho trvající pneumonie, které pro tyto pacienty mohou být smrtelné. Infekce způsobené bakteriemi S. aureus se jako většina infekcí léčí antibiotiky. Neúspěšnost léčby často způsobuje přítomnost rezistentních kmenů. Bylo ale zjištěno, že na selhávání léčby má podíl i jiný typ odolnosti k antibiotikům - perzistence. Perzisteři jsou fenotypové varianty isogenní bakteriální populace, které jsou odolné k působení antibiotikům, i když nemají genetické determinanty podmiňující rezistenci. Fenomén perzistence u bakterií je zatím poměrně málo prozkoumaný jev. Cílem mé diplomové práce bylo přispět k charakterizaci perzistence u S. aureus. Optimalizovali jsme metodu rychlé identifikace počtu perzisterů v bakteriální populaci po působení antibiotik metodou měření křivek hynutí. Touto metodou jsme dále zjistili, že vystavení osmotickému stresu způsobuje zvýšení počtu perzisterů v populaci o 1 - 2,5 řádu oproti nestresované kultuře. Dále jsme metodou kvantitativní PCR analyzovali expresi alternativního sigma faktoru sigB. Zjistili jsme, že sigB se exprimuje v podmínkách růstu s...
|
|
| |
host ::
RSS.