|
| |
|
|
Působení inhibitorů V-ATPasy na chemorezistentní linie neuroblastomu in vitro
Honzejková, Karolína ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Nádorová onemocnění se řadí mezi nejčastější příčiny úmrtí na celém světě a přes velký pokrok v léčebných postupech v posledních padesáti letech se stále jedná o závažný zdravotní problém. Proto je stále soustředěno velké úsilí na vývoj nových protinádorových léků a terapeutických přístupů. Neuroblastom (NBL) je nejčastější nádorové onemocnění u kojenců a čtvrté nejčastější u dětí. Úspěšnou léčbu značně komplikuje jeho heterogenita. Při chemoterapii je nežádoucím jevem léková rezistence. Jedním z mechanismů chemorezistence je akumulace slabě bazických protinádorových léčiv v lysosomech. Tato práce se zabývá měřením lysosomálního "uptaku" těchto látek v neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-4 a této linii rezistentní vůči ellipticinu (UKF-NB-4ELLI ) za různých podmínek. Byla zavedena metoda stanovení kapacity (objemu) buněčných lysosomů pomocí měření intenzity fluorescence barviva specifického pro lysosomy, LysoTracker Red (LTR), a dále byla zkoumána schopnost bafilomycinu A, inhibitoru vakuolární ATPasy (V-ATPasy), potencovat účinky ellipticinu inhibicí jeho lysosomální akumulace. Klíčová slova: neuroblastom, lysosom, vakuolární ATPasa, víceléková rezistence
|
|
| |
|
|
Studie mechanismu tvorby fibrinové sítě
Božíková, Paulína ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Hýsková, Veronika (oponent)
Serinová proteasa trombin hraje důležitou roli v procesu vzniku fibrinové sítě, kdy katalytickým účinkem přeměňuje molekuly fibrinogenu na fibrin monomer, který spontánně polymeruje za vzniku fibrinové sítě. Cílem této práce byla charakterizace interakcí mezi trombinem a povrchově vázaným fibrin(ogen)em nebo fibrinovou sítí, na které se trombin může vázat a tím podpořit nárůst sítě. Aktivita trombinu navázaného na fibrin nebo fibrinovou síť byla určena spektrofotometricky v závislosti na množství štěpeného chromogenního substrátu. S využitím metody resonance povrchových plasmonů byl pozorován vznik fibrinové sítě iniciovaný trombinem vázaným na fibrinogen nebo fibrin. Takto vzniklé sítě byly zobrazeny mikroskopem atomárních sil. Afinitní konstanta KD určena pro interakci fibrinogenu v roztoku s fibrinovou sítí připravenou na povrchu je ve shodě s dřívějším experimentem, ve kterém byla KD stanovena z interakce fibrinogenu, kovalentně vázaného na povrch, s monomery fibrinu v roztoku.
|
|
|
Comparison of adsorption capacity and adsorption efficiency of diosmectite and charcoal on selected compounds that often cause acute intoxication in adult population of the Czech Republic
Mináriková, Michaela ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Mrízová, Iveta (oponent)
Při léčbě akutních intoxikací je jedním z léčebných postupů podání antidota, např. diosmectit a aktivní uhlí, kde antidotum představuje látku, která působí antagonisticky a rušivě na toxický účinek jedovaté látky. Cílem této práce bylo porovnat adsorpční schopnosti diosmectitu a aktivního uhlí u vybraných modelových sloučenin, které jsou nejčastějšími původci akutních intoxikací u dospělé populace České republiky. Samotnému porovnání adsorpčních schopností těchto sorbentů předcházelo rešeršní zpracování problematiky deseti skupin látek způsobujících nejčastější akutní intoxikace a následné otestování navrhnuté metody pro budoucí testování adsorpce a efektivity adsorpce různých sorbentů. Z deseti skupin látek bylo vybráno pět modelových sloučenin: dosulepin, acetylsalicylová kyselina, ibuprofen, promethazin a fenobarbital, na kterých byla v experimentální části této bakalářské práce porovnána adsorpce diosmectitu, aktivního uhlí a směsi těchto sorbentů. Toto porovnání adsorpčních schopností daných sorbentů bylo vykonáno nejen v neutrálním prostředí, ale také v alkalickém a kyselém prostředí, která jež simulovala fyziologické podmínky v různých částech gastrointestinálního traktu, kde mohou tyto sorbenty teoreticky působit. Klíčová slova: smecta, diosmectit, aktivní uhlí, otravy
|
|
|
Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Streptococcus pneumoniae
Čížová, Kateřina ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Bakterie Streptococcus pneumoniae je v současnosti jedním ze závažných patogenních mikroorganismů ohrožujících děti do věku 5 let, zejména v rozvojových zemí. Nástrojem v boji s tímto patogenním mikroorganismem je vhodná metoda detekce. Předkládaná bakalářská práce se zabývá porovnáním molekulárně-biologických metod detekce bakterie Streptococcus pneumoniae, konkrétně kvantitativní polymerasovou řetězovou reakcí a izotermální amplifikací DNA pomocí smyček. Byl zaveden standardní protokol pro detekci bakterie Streptococcus pneumoniae pomocí "zlatého standardu" molekulární diagnostiky, tedy kvantitativní polymerasovou řetězovou reakcí. Alternativou detekce pomocí kvantitativní polymerasové řetězové reakce, bylo praktické zavedení metody izotermální amplifikace DNA pomocí smyček využívající publikované "primery". S cílem rozšířit diagnostické okno metody izotermální amplifikace pomocí smyček, a bojovat s falešnou pozitivitou negativní kontroly, byla navržena a testována sada nových "primerů" pro detekci bakterie Streptococcus pneumoniae. Výsledkem práce byl nový, rychlý a spolehlivý protokol detekce bakterie Streptococcus pneumoniae, využívající kombinaci nově navržených a publikovaných "primerů". Novým protokolem detekce jsme optimalizovali diagnostické okno a metoda během několika minut bezpečně...
|
|
|
Studium využití uracil-DNA glykosylasy s cílem zamezit kontaminací testovaných vzorků produkty předchozích DNA amplifikačních reakcí
Zrnová, Adéla ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Prošková, Veronika (oponent)
Amplifikace DNA je velmi důležitý nástroj diagnostiky infekčních nemocí. Nejběžněji používanou metodou v laboratořích je polymerázová řetězová reakce, která však nesplňuje potřebu rychlé a vybavením nenáročné metody. Bylo tedy nutné vyvinout metodu, která bude citlivá, rychlá, specifická a dostupná i například pro rozvojové země s omezeným přístupem k přístrojovému vybavení. Zdá se, že touto metodou by mohla být LAMP. Metoda LAMP se bohužel setkává se značnou falešnou pozitivitou, které je třeba zabránit, aby ji bylo možné využít v praxi. Předmětem předkládané bakalářské práce je zavedení unikátní LAMP metody detekce přítomnosti DNA Streptococcus pneumoniae a dále studium využití uracil-DNA glykosylasy k zamezení kontaminace vzorků pomocí DNA vzniklé v předchozích amplifikačních reakcích. LAMP metoda detekce DNA Streptococcus pneumoniae byla úspěšně zavedena, poté byla metoda optimalizována i v přítomnosti deoxyuridintrifosfátu. Po zjištění vhodné koncentrace deoxyuridintrifosfátu pro LAMP amplifikaci, byly takto vzniklé produkty amplifikace DNA Streptococcus pneumoniae ošetřeny pomocí uracil-DNA glykosylasy. Bylo prokázáno, že tento postup má potenciál zamezit falešné pozitivitě dalších amplifikačních reakcí pro detekci DNA Streptococcus pneumoniae v laboratoři. Klíčová slova: polymerázová...
|
|
|
Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Haemophilus influenzae
Smrčka, Tomáš ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Haemophilus influenzae patří mezi hlavní původce meningitidy a zápalu plic u dětí. Zavedení rychlé, levné a přístrojově nenáročné metody detekce tohoto patogenu by zásadní měrou přispělo k včasné a cílené léčbě pacientů. Rozvoj amplifikačních metod v posledních dekádách umožňuje, krom běžně používané metody PCR, aplikaci alternativních přístupů, mezi něž patří i metoda LAMP. Předmětem zájmu této bakalářské práce proto bylo studium alternativní metody LAMP jakožto nástroje pro detekci Haemophilus influenzae. LAMP metoda byla pro Haemophilus influenzae úspěšně zavedena, nicméně se potýkala s falešnou pozitivitou negativní kontroly v případě delších inkubačních časů. Byla proto navržena optimalizovaná metoda LAMP v přítomnosti deoxyuridintrifosfátu a uracil-DNA glykosylasy. Jejím cílem bylo za pomocí inkorporace uracilů do amplifikovaných úseků DNA a následného odštěpení uracilů působením uracil-DNA glykosylasy pozměnit strukturu amplifikačních produktů, zabránit tak jejich replikaci při případné kontaminaci reakčních směsí při dalších stanoveních a tím snížit riziko falešné pozitivity negativních kontrol na minimum. Byla optimalizována koncentrace deoxyuridintrifosfátu v reakční směsi pro výše uvedené účely. Zásadním přispěním předkládané bakalářské práce k optimalizaci LAMP metody pro detekci...
|
|
|
Příprava a základní charakterizace eukaryotického iniciačního faktoru 2α a jeho hemem regulované kinasy
Ovad, Tomáš ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Stráňava, Martin (oponent)
Hemové senzorové proteiny se podílejí na řadě významných funkcí v prokaryotických i eukaryotických organismech. Příkladem eukaryotického hemového senzorového proteinu je hemem regulovaný inhibitor (HRI), který katalyzuje fosforylaci α-podjednotky eukaryotického iniciačního faktoru 2 (eIF2α). V rámci této bakalářské práce byl nejprve amplifikován plasmid pET-21c(+)/eIF2α a jeho vhodnost pro expresi proteinu eIF2α byla ověřena pomocí dvou nezávislých metod. Následně byly připraveny proteiny HRI a eIF2α rekombinantní expresí v buňkách E. coli BL-21(DE3) transformovaných plasmidem pET-21c(+)/eIF2α, resp. HRI. Oba proteiny byly z buněčných preparátů izolovány a purifikovány pomocí afinitní a gelové permeační chromatografie. Protein eIF2α byl získán v dostatečně vysokém výtěžku (560 μg z 1 l TB média) i čistotě (90 %). Nižšího výtěžku (25 μg z 1 l TB média) i čistoty (20 %) bylo dosaženo v případě proteinu HRI, autenticita získaného preparátu byla nicméně potvrzena spektrofotometrickou charakterizací a ověřením jeho enzymové aktivity. V rámci pilotních experimentů bylo dálo zjištěno, že GTP může nahradit ATP při fosforylaci eIF2α, zatímco UTP a CTP nikoli.
|
|
|
Hemové senzorové proteiny detekující hem a zároveň CO
Andrlová, Dominika ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Libus, Jiří (oponent)
Hem, komplex protoporfyrinu IX s iontem železa, je důležitou součástí mnoha proteinů, které jej využívají pro přenos, uskladnění a aktivaci kyslíku nebo pro přenos elektronů. Jinou skupinu hemových proteinů tvoří hemové senzorové proteiny. Ty jsou buď schopné detekovat hem, který svou interakcí přímo reguluje funkci proteinu (senzory hemu) a/nebo hem tvoří vazebné místo pro malé plynné molekuly (O2, CO a NO) a teprve tyto molekuly řídí funkci daných senzorů (senzory plynů). V případě některých konkrétních proteinů se však ukazuje, že je můžeme současně zařadit do obou těchto podskupin, neboť je jejich funkce regulována navázáním samotného hemu, a zároveň dochází k dalšímu pozměnění funkce po navázání molekuly plynu na hem. Tato souhrnná rešerše je zaměřená na konkrétní zástupce hemových senzorových proteinů (jejichž funkce je regulována navázáním hemu), v jejichž případě byl v poslední době zaznamenán vliv molekuly CO na jejich funkci. V práci jsou shrnuty nejdůležitější objevené poznatky o těchto hemoproteinech a na jejich příkladu je diskutováno, zda se v případě některých senzorů hemu jedná zároveň i o hemové senzory plynu detekující CO. Klíčová slova: hem, hemové senzorové proteiny, hemové senzory plynu, CO senzory, senzory hemu, hemové redoxní senzory
|
host ::
RSS.