|
| |
|
|
Vztah mezi mikrobiální biodiverzitou a biodegradací organických polutantů v půdním prostředí
Adámek, Michael ; Svobodová, Kateřina (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Tato práce shrnuje poznatky o nejčastěji studovaných mikroorganismech schopných degradovat organické látky často kontaminující půdní prostředí a o vztahu biodiverzity a biodegradačního potenciálu mikroorganismů. Podle řady studií lze dosáhnout efektivní bioremediace pomocí směsných konsorcií izolovaných z kontaminovaných půd. Použití těchto kultur pro bioaugmentaci ale vyžaduje podrobnější zkoumání jejich vlivu na biodiverzitu autochtonní půdní mikroflóry. Bioaugmentace prokazatelně ovlivňuje výsledky bioremediace, zatím však nebyl nalezen ideální nosič pro vnášení inokul do půdy, který by zajistil přežití bioaugmentačního agens v kompetitivním prostředí. Samotný výběr vhodného inokula by měl být založen na předchozím zkoumání autochtonních mikrobiálních společenstev ve vzorcích půdy z cílové kontaminované oblasti. Jak dále ukazuje tato práce, přítomnost klíčových druhů se zdá být významnější pro účinnost biodegradace než celková biodiverzita půdní mikroflóry. Biodiverzita jako taková souvisí spíše s funkčností půdního ekosystému, kterou může narušit přítomnost kontaminantu, jež vede k pozitivní selekci taxonů schopných degradace znečištění. Studií zkoumajících souvislost biodiverzity a biodegradace kontaminantů je však pouze několik a pro pochopení zmíněného vztahu je zapotřebí dalšího výzkumu....
|
|
|
Struktura a vlastnosti mutanty hPrp31 v Retinitis pigmentosa
Těšina, Petr ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Retinitis pigmentosa je dědičné onemocnění, které způsobuje postupné odumírání světločivných buněk a pigmentového epitelu sítnice oka v degenerativním procesu, který představuje jednu z nejčastějších příčin poškození zraku a slepoty. Jde o geneticky velice heterogenní nemoc. Geny, jejichž mutace ji způsobují, jsou většinou exprimovány pouze v buňkách fotoreceptorů. Výjimkou jsou čtyři geny kódující sestřihové faktory účastnící se pre-mRNA sestřihu, které jsou nezbytné pro přežití všech transkripčně aktivních buněk lidského těla. Je proto překvapivé, že mutantní formy těchto proteinů způsobují onemocnění postihující specificky fotoreceptory. Jedním z těchto sestřihových faktorů je i hPrp31, jehož mutantní forma označovaná jako AD29 je hlavním předmětem této práce. Některé účinky této mutace na buněčné úrovni byly nedávno publikovány. V této práci je prezentována tvorba expresního vektoru, exprese a purifikace úseku AD29 mutantní formy proteinu hPrp31. Purifikovaný produkt byl použit k produkci polyklonální králičí protilátky, jejíž použití pro imunofluorescenční značení a western blot bylo úspěšně testováno. Dále je ukázáno objevení nového účinku AD29 mutace, který je zřejmě zodpovědný za některé její negativní projevy na buněčné úrovni, a srovnání struktur úseků 78-333 wild-type a AD29 forem pomocí...
|
|
|
Mechanismus inducibilní genové exprese rezistenčního proteinu Vga(A)LC ze Staphylococcus haemolyticus
Novotná, Michaela ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Protein VgaA za stafylokoků patří do skupiny ARE ABCF proteinů, které udílejí rezistenci k antibiotikům vázajícím se na 50S ribozomální podjednotku mechanismem ochrany cílového místa. VgaA udílí rezistenci k linkosamidům, streptograminům A a pleuromutilinům a poskytuje tak tzv. LSAP rezistenční fenotyp. Exprese rezistenčních genů v nepřítomnosti antibiotika často snižuje fitness, proto je jejich exprese přísně kontrolována a spouštěna pouze v odpovědi na přítomnost antibiotika, ke kterému daný protein udílí rezistenci. V případě genu vgaA byla inducibilní exprese taktéž pozorována, její mechanismus však nebyl dosud objasněn. V rámci diplomové práce bylo ukázáno, že gen vgaALC ze Staphylococcus haemolyticus je regulován pomocí ribozomem zprostředkované atenuace. Tento mechanismus je založen na detekci inhibitorů translace prostřednictvím ribozomu překládajícího speciální regulační otevřený čtecí rámec (uORF), který je součástí atenuátoru lokalizovaného v 5' nepřekládané oblasti mRNA. Gen vgaALC je regulován na transkripční úrovni v odpovědi na LSAP antibiotika, přičemž antibiotická specificita indukce je ovlivňována nejen charakterem peptidu kódovaného uORF, ale také antibiotickou specificitou rezistenčního proteinu. Technikou fluorescenční mikroskopie bylo ukázáno, že protein kontrolovaný...
|
|
|
Molekulárně genetické příčiny vývojových onemocnění předního segmentu oka
Moravíková, Jana ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Krulová, Magdaléna (oponent)
V průběhu vývoje oka je klíčová exprese a regulace mnoha genů, přičemž úloha řady z nich, nebyla doposud zcela objasněna. Dysgeneze předního segmentu (DPS) oka jsou geneticky vysoce heterogenní skupinou onemocnění vykazující všechny typy Mendelovské dědičnosti, které se projevují jako variabilní kombinace vrozeného postižení rohovky, duhovky, komorového úhlu anebo čočky. Běžně prováděné testování kódujících úseků známých genů asociovaných s DPS, nevede k nalezení kauzální mutace u více než poloviny probandů. Lze se tedy domnívat, že existují dosud nepopsané příčinné varianty anebo geny. Molekulárně genetické vyšetření 12 českých probandů s DPS oka zahrnovalo analýzu přímým a celoexomovým sekvenováním. U mutací potenciálně narušující sestřih jsme provedli funkční analýzy pomocí metody Exon trappingu. U 4 probandů jsme nalezli v heterozygotním stavu 4 mutace v genu PAX6 c.183C˃G; p.(Tyr61*), c.1032+1G>A, c.1183+1G>T a c.622C>T; p.(Arg208Trp). Další probandka byla složeným heterozygotem v genu FOXE3 pro mutace c.244A>G; p.(Met82Val) a c.541delG; p.(Glu181Lysfs*26). U 7 probandů nebyly ve známých genech asociovaných s výskytem DPS detekovány žádné potenciálně patogenní varianty. Metodou Exon trappingu jsme prokázali, že mutace c.1032+1G>A a c.1183+1G>T narušují sestřih PAX6. Podrobná molekulárně...
|
|
|
Significance of protein phosphorylation for bacterial cell
Gregorová, Michaela ; Branny, Pavel (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Fosforylácia - najčastejšie sa vyskytujúca posttranslačná úprava, plní významnú úlohu v mnohých bunkových procesoch baktérií. Baktérie obsahujú enzýmy, ktoré majú na starosti pripojenie fosfátovej skupiny (kinázy) aj enzýmy s reciprokou aktivitou (fosfatázy). Reverzibilná fosforylácia a defosforylácia proteínov sú základom prenosu signálov z okolia do vnútra bunky. Modifikácia špecifických aminokyselín má za následok zmenu aktivity cieľového proteínu, jeho stability či lokalizácie v rámci bunky, alebo môže ovplyvniť jeho interakciu s ďalším partnerom. Bakteriálne bunky sú vďaka komplexnému systému týchto fosforylačných kaskád, schopné sa veľmi efektívne prispôsobovať meniacim sa podmienkam prostredia.
|
|
|
Bakteriální RTX proteiny a jejich vazebná místa pro vápník.
Lišková, Petra
Protein FrpC je produkovaný bakterií Neisseria meningitidis v lidském hostiteli. Tento protein je charakteristický přítomností RTX domény, která jej řadí do stejnojmenné rodiny bakteriálních toxinů. Protein FrpC vykazuje unikátní autokatalytickou štěpící aktivitu, kterou zajišťuje 177 aminokyselin dlouhá část (SPM, Self-Processing Module). Bez navázaného Ca2+ zaujímá SPM neuspořádanou strukturu. Po vazbě iontu se protein sbalí a je schopen vykonat enzymatickou aktivitu. Analýza struktury sbaleného SPM by mohla odhalit funkční souvislosti vazby iontu a autokatalytického sestřihu. Bohužel řešení struktury SPM pomocí NMR se ukázalo být velmi obtížné kvůli dlouhé nestrukturované části sekvence uvnitř SPM. Předmětem této práce se tedy stal popis SPM pomocí fluorescenčních metod, charakterizace vazby iontu do SPM, tak i strukturních změn, které se v průběhu vazby Ca2+ odehrávají. Byla stanovena disociační konstanta vazby kovového iontu do SPM, kD~17 µM, která se nachází v koncentračním rozmezí Ca2+, kdy dochází ke sbalování SPM proteinu (1-20 µM). Součástí pochopení struktury SPM bylo zjištění, že obě tryptofanová rezidua Trp451 a Trp519 v SPM interagují jak s navázanými ionty, tak spolu navzájem. Pro tento účel byly použity plně funkční varianty SPM s jedním tryptofanem, W451F a W519F, a luminiscenční...
|
|
|
Epidemiologie a preventivní opatření u dědičných dystrofií sítnice v České republice
Kousal, Bohdan ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Vlková, Eva (oponent) ; Mahelková, Gabriela (oponent)
Úvod: Dědičná onemocnění sítnice jsou jednou z nejčastějších příčin neléčitelné slepoty u dětí a mladších dospělých. V České republice nebyla tato onemocnění dosud předmětem systematického výzkumu. Cílem této práce bylo identifikovat, klinicky charakterizovat a molekulárně geneticky analyzovat pacienty s monogenně podmíněnými dědičnými chorobami sítnice a následně implementovat do klinické praxe preventivní a léčebná opatření. Materiál a metody: U pacientů s různými geneticky podmíněnými chorobami sítnice a jejich rodinných příslušníků jsme provedli komplexní klinické vyšetření, genealogický rozbor a molekulárně genetickou analýzu. Detailní oční vyšetření zahrnovalo optickou koherenční tomografii se spektrální doménou a fotodokumentaci včetně autofluorescence fundu. DNA byla izolována ze vzorků venózní krve, popř. buněk bukální sliznice. Příčinné varianty byly hledány pomocí Sangerova a masivně paralelního sekvenování a jejich patogenita prokazována v kontextu dříve publikovaných poznatků, pomocí bioinformatické analýzy a sledováním segregace u rodinných příslušníků. Výsledky: Ve formě publikačních výstupů bylo charakterizováno 103 jedinců ze 76 českých rodin se známkami monogenně dědičných dystrofií sítnice. Konkrétně jsme popsali klinické a molekulárně genetické nálezy u pacientů s retinitis...
|
|
|
Geneticky podmíněná onemocnění rohovky: možnosti včasné detekce, ovlivnění vzniku a progrese.
Skalická, Pavlína ; Lišková, Petra (vedoucí práce) ; Netuková, Magdaléna (oponent) ; Vlková, Eva (oponent)
SOUHRN Úvod: Rozvoj molekulárně genetických metod vyvolal v řadě oborů potřebu jejich zařazení do běžné klinické praxe, oftalmologii nevyjímaje. Hlavním cílem této disertační práce byla detailní klinická charakterizace českých pacientů s podezřením na dědičná onemocnění rohovky, využití genetického testování ke stanovení nebo upřesnění jejich diagnózy a následně pak i v klinickém a genetickém poradenství, v konečném důsledku vedoucí k preventivním opatřením bránícím ztrátě zrakové ostrosti. Materiál a metody: Jedinci zařazeni do výzkumu byli buď dlouhodobě sledováni, nebo nově odesláni oftalmology ke konziliárnímu vyšetření na Rohovkovou ambulanci Oční kliniky 1. LF UK a VFN v Praze. Detailní klinické vyšetření zahrnovalo rohovkovou tomografii, zrcadlovou mikroskopii, optickou koherenční tomografii se spektrální doménou, biometrii a genealogickou analýzu. DNA byla izolována z leukocytů venózní krve, popř. buněk bukální sliznice. Příčinné varianty byly hledány pomocí Sangerova a masivně paralelního sekvenování a jejich patogenita prokazována pomocí různých algoritmů, sledováním segregace u rodinných příslušníků. V některých případech bylo přistoupeno i k funkčním studiím, např. analýze sestřihu. U pacientů s Fuchsovou endotelovou dystrofií rohovky (FECD) bylo provedeno genotypování trinukleotidové repetice v...
|
|
|
Funkce ABCF proteinů u bakterií
Mičke, Bianka ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Translace je jedním z nejzákladnějších procesů odehrávajících se v živých buňkách. Jedná se přepis nukleotidové sekvence mRNA do proteinu, který probíhá na ribozomech. Během evoluce si organismy vyvinuly nepřeberné množství mechanizmů, kterými dokáží flexibilně reagovat na své potřeby. Jedním z těchto mechanizmů jsou i ABCF proteiny, které náleží do superrodiny ABC transportérů, ale na rozdíl od nich jim chybí transmembránová doména a neúčastní se transportních procesů. V buňkách se ABCF proteiny nacházejí volně v cytosolu nebo interagují s ribozomy. Dnes rozlišujeme dvě skupiny ABCF proteinů: antibioticko-rezistenční a proteiny, které regulují translaci. Ovšem tato funkce byla s jistotou potvrzena pouze u proteinu Etta. Antibioticko-rezistenční ABCF proteiny (ARE) se vážou na ribozom a ochraňují ho před působením antibiotik navazujících se na 50S ribozomální podjednotku. Regulační ABCF proteiny reagují na vnitřní a vnější buněčné podmínky. V případě neobvyklých podmínek se navazují na ribozomy a jsou stěžejní pro jejich správnou funkci. Dnes je známo 45 podrodin ABCF proteinů, ale struktura a přesný mechanizmus působení těchto proteinů je stále zahalen tajemstvím. Ve své práci shrnuji dostupné informace o bakteriálních ABCF proteinech. Klíčová slova: ABCF proteiny, antibiotická rezistence, ARE,...
|
host ::
RSS.