|
| |
|
|
Proteomic analysis of soluble and transmembrane proteins in human lymphoma cells
Vít, Ondřej ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent) ; Lenčo, Juraj (oponent)
V prezentovaných pracích jsme se s využitím proteomiky zabývali molekulárními změnami v buňkách lymfomu z buněk plášťové zóny (mantle cell lymphoma, MCL), souvisejícími s vznikem lékové rezistence. Identifikovali jsme tak kauzální a/nebo sekundární změny v proteinové expresi, spojené s rozvojem rezistence vůči experimentální molekule TRAIL a klinicky používaným antimetabolitům cytarabinu a fludarabinu. Odvozené buňky MCL rezistentní vůči proapoptotickému cytokinu TRAIL se vyznačovaly sníženou expresí klíčových enzymů metabolismu purinů. Tuto metabolickou dráhu tak lze považovat za "slabinu", kterou by bylo možné využít coby terapeutický cíl k selektivní eliminaci takovýchto rezistentních buněk. Rezistence vůči pyrimidinovému analogu cytarabinu se projevila křížovou rezistencí k dalším antinukleosidům. Proteomická a transkriptomická analýza ukázaly výrazně sníženou expresi deoxycytidin kinázy (dCK), jež je nutná k aktivaci purinových i pyrimidinových antinukleosidů. Tato změna vysvětluje křížovou rezistenci a je kauzálním mechanizmem rezistence vůči cytarabinu. Naše výsledky naznačují, že pacienti s MCL, u nichž selhala léčba založená na cytarabinu, by neměli být léčeni antinukleosidovými léčivy. Buňky MCL rezistentní vůči purinovému antinukleosidu fludarabinu vykazovaly křížovou rezistenci vůči...
|
|
|
Identification of potential intraamniotic infection and inflammation biomarkers in amniotic fluid from preterm birth patients
Tambor, Vojtěch ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce)
6 Souhrn V předkládané disertační práci jsme využili moderní proteomické technologie k charakterizaci rozdílů způsobených přítomností intraamniální infekce a zánětu v plodové vodě pacientek s předčasným porodem a k nalezení potenciálních biomarkerů tohoto patologického stavu. Vzhledem k velmi vysoké komplexitě a širokému dynamickému rozsahu proteomu plodové vody jsme nejdříve vyvinuli techniku CysTRAQ, která umožňuje snížení komplexity proteomu a současnou relativní kvantifikaci proteinů napříč čtyřmi vzorky. Tato metoda byla následně aplikována při komparativní proteomické analýze plodových vod. V naší studii byly zahrnuty oba hlavní fenotypy spontánního předčasného porodu - spontánní předčasný porod s intaktními membránami a předčasný odtok plodové vody. Zahrnutí obou fenotypů nám umožnilo získat zajímavý pohled na změny v plodové vodě pacientek s předčasným porodem způsobené infekcí a zánětem. S využitím metody CysTRAQ v kombinaci s dalšími frakcionačními a separačními technikami se nám podařilo popsat vysoký počet proteinů plodové vody. Díky kvantifikační složce metody CysTRAQ jsme popsali kvantitativní rozdíly mezi vzorky, u nichž byla potvrzena přítomnost infekce a zánětu a těmi, u nichž byl nález negativní. Naše výsledky ukázaly, že změny v kohortě pacientek s předčasným odtokem plodové vody byly...
|
|
|
Identifikace purifikovaných biotransformačních enzymů pomocí hmotnostní spektrometrie
Křížová, Andrea ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Řehulka, Pavel (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Andrea Křížová Školitel: PharmDr. Juraj Lenčo, Ph.D. Název diplomové práce: Identifikace purifikovaných biotransformačních enzymů pomocí hmotnostní spektrometrie Biotransformační enzymy se podílejí na metabolismu řady endogenních látek a xenobiotik. Mnoho těchto enzymů nebylo dodnes ve vztahu k metabolismu xenobiotik charakterizováno vůbec nebo jen velmi okrajově. Pro poznání a pochopení, jak působí na sloučeniny ovlivňující chod organismu jako celku, je důležité biotransformační enzymy purifikovat, identifikovat a podrobně charakterizovat. Klasická elektroforéza má stále nezastupitelné místo v oblasti purifikace a charakterizace proteinů a ve spojení s hmotnostní spektrometrií představuje neodmyslitelný tandem k jejich identifikaci. K získaní nezpochybnitelných výsledků z hmotnostně- spektrometrické (MS) identifikace proteinů je zásadní vyvarovat se kontaminaci vzorku během jeho zpracování. Striktním používáním jednorázových pracovních pomůcek, chemikálií v MS čistotě, filtrací roztoků apod. byly na pracovišti Katedry biochemických věd zavedeny zásady pro přípravu vzorků k MS analýze. Data získaná z MS analýz ukázala, že při dodržování těchto zásad lze připravit vzorky v celém rozsahu bez rizika...
|
|
|
Využití proteomické analýzy pro identifikaci potenciálních biomarkerů u onemocnění kardiovaskulárního systému
Fučíková, Alena ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Hernychová, Lenka (oponent) ; Pudil, Radek (oponent)
SOUHRN Hypertrofická kardiomyopatie se řadí mezi nejčastější geneticky podmíněná onemocnění kardiovaskulárního systému. Ačkoliv je toto onemocnění známé dlouhou dobu, zatím neexistují snadno použitelné diagnostické postupy, které by odhalily chorobu v raných stádiích, což je zásadní zejména u jedinců s negativní nebo neznámou rodinnou anamnézou. Tvorba metody cílené proteomické analýzy spolu s kvantifikací vybraných potenciálních markerů hypertrofické kardiomyopatie pomocí izotopicky značených standardů byla hlavním cílem předkládané dizertační práce. Touto metodou lze odhalit již velmi malá množství hledaných potenciálních markerů v minimálním množství biologického materiálu. V kombinaci s vhodně použitými standardy navíc umožňuje přesnou kvantifikaci velkého počtu analytů v relativně krátkém čase. Pomocí cíleného proteomického přístupu bylo kvantifikováno několik proteinových markerů hypertrofické kardiomyopatie, které byly již dříve uvedeny v literatuře. Zároveň byl v rámci dizertační práce popsán plazmatický fibronektin jako nový potenciální marker tohoto onemocnění. Koncentrace několika vybraných proteinů byly závěrem stanoveny pomocí enzymoimunoanalytické metody a porovnány s výsledky cílené proteomické analýzy. V rámci předkládané dizertační práce byla vytvořena a ověřena metoda cílené proteomické...
|
|
| |
|
|
Analýza expresse intracelulárního patogena Francisella tularensis kultivovaného za stresových podmínek a v průběhu interakce s hostitelskou buňkou
Lenčo, Juraj ; Stulík, Jiří (vedoucí práce) ; Rychlík, Ivan (oponent) ; Weiser, Jaroslav (oponent)
Studium patogeneze bakteriálních infekcí v současné době patří mezi oblasti biomedicínského výzkumu, kterým je věnována značná pozornost. Tento stav je zapříčiněn zejména stále se rozšiřující rezistencí na antibiotika a antimikrobiální chemoterapeutika, v druhé řadě se tak děje v důsledku reálné hrozby zneužití vysoce patogenních bakteriálních kmenů jako teroristických prostředků. Urychlení výzkumu patogeneze infekčních onemocnění spolu s vývojem účinnějších vakcín a pokrokem v oblasti rychlých detekčních a typizačních technologií jsou logickou odpovědí států západního světa na události z 11. září 2001. Poznatky o molekulární patogenezi infekčních chorob mohou vést k objevu nových farmakologických cílů nebo ke konstrukci účinnějších a bezpečnějších vakcín pro aktivní či pasivní imunizaci. Významným zdrojem informací o molekulární patogenezi bakteriálních infekcí je mimo jiné studium reakcí mikroba na prostředí, se kterým se setkává v průběhu interakce s hostitelským organizmem. Evoluce této interakce se z pohledu hostitelských organizmů nesla ve znamení neustálého zdokonalování strategií, jak se účinně bránit vzniku bakteriální infekce, nebo strategií, které vedou k eliminaci infekce. Na straně mikroorganizmů mezitím docházelo ke zdokonalování nástrojů, jak zmiňované mechanizmy přežít či obejít....
|
|
|
Transgenní myši: Experimentální model pro studium akutní lymfoblastické leukemie
Kozáková, Jana ; Semecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Lenčo, Juraj (oponent)
SOUHRN Geny TEL a AML1 se vyskytují v nápadně vysokém počtu různých aberací provázejících hematologické malignity. Tato práce se zaměřuje na studium hybridního genu TEL/AML1 na modelu transgenní myši. Translokace t(12;21)(p13;q22), odpovídající genu TEL/AML1, byla metodou PCR hledána u 76 jedinců. Tyto myši byly dále testovány na přítomnost mRNA fúzního genu TEL/AML1 použitím metody RQ-RT-PCR. Analýzou krevního obrazu byly hledány rozdíly v počtu bílých a červených krvinek, krevních destiček a procentuálním zastoupení lymfocytů v periferní krvi transgenních a netransgenních myší. TEL/AML1 pozitivní Akutní lymfoblastická leukémie vzniká z prekursorů B lymfocytů, proto byly cytofluorometrickou metodou sledovány možné změny v procentuálním zastoupení B lymfocytů v periferní krvi transgenních a netransgenních myší. Dále byl sledován marker pre-B lymfocytů (B220+ /CD43+ ). Přítomnost pre-B lymfocytů v periferní krvi značí nedostatečnou proliferaci a diferenciaci těchto buněk a tudíž leukemogenezi.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.