|
|
Diverzita prasinofytních řas příbuzných plastidu euglen
Lukešová, Soňa ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Horák, Aleš (oponent)
Euglenophyceae představují skupinu jednobuněčných eukaryotických organismů, které v evoluci získaly schopnost fotosyntézy. Jejich plastidy vznikly sekundární endosymbiózou s primární zelenou řasou. Fylogenetické studie pátrající po původu této organely ukázaly na zelenou řasu Pyramimonas parkeae ze skupiny Prasinophyta jako nejbližšího známého příbuzného plastidům euglen. Plastidové genomy Pyramimonas parkeae a Euglena sdílí unikátní pořadí určitých genů sdružených do genových klastrů, což také ukazuje na skupinu Pyramimonadales jako donora plastidu. Není nicméně vyloučené, že se v prostředí vyskytují organismy, které by byly plastidům euglen ještě příbuznější než P. parkeae. Ve své diplomové práci jsem se proto zaměřila na zkoumání diverzity Pyramimonadales a Euglenophyceae v environmentálních vzorcích. Použila jsem k tomu několik přístupů. Pomocí specifické PCR jsem amplifikovala části plastidového genomu v environmentálních vzorcích a určila jsem jejich pozici na fylogenetickém stromu. Provedla jsem také několik rozsáhlých fylogenetických analýz založených na 16S rRNA a 18S rRNA sekvencích z dostupných zástupců Euglenophyceae, Prasinophyta a environmentálních vzorků. Výsledky odhalily přítomnost velkého množství environmentálních sekvencí spadajících mezi Pyramimonadales, organismy příbuznější...
|
|
|
Sekreční systém typu II v mitochondriích Naegleria gruberi.
Krupičková, Alžběta ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
V membránách gramnegativních bakterií se nachází několik typů transportních (sekrečních) systémů, které exportují proteiny do vnějšího prostředí bakterie. Mezi takové sekreční systémy patří i sekreční systém typu II (T2SS), který transportuje sbalené proteiny přes vnější membránu. Klíčové podjednotky T2SS byly objeveny v genomech některých prvoků patřících do skupiny Discoba a Malawimonada, včetně druhů Naegleria gruberi a Malawimonas sp. str. 249. Naše experimenty ukazují, že jsou tyto podjednotky lokalizovány v mitochondrii těchto prvoků. Objev těchto genů u eukaryot je překvapivý, a pokud by v mitochondriích těchto protist fungoval T2SS jako exportní sekreční systém, jednalo by se o mitochondrii na evolučním mezistupni, která je schopna jak proteiny importovat tak exportovat. V experimentální části této práce jsme studovali, jestli a jak spolu proteiny N. gruberi a M. sp. str. 249 interagují. Prokázali jsme četné interakce mezi proteiny, které odpovídají bakteriálnímu uspořádání T2SS. K tomu jsme využili metod kvasinkového dvouhybridního systému a bakteriálního dvouhybridního systému. Dále jsme zkoumali import klíčové podjednotky T2SS, pseudopilinu, N. gruberi do vnitřní membrány mitochondrií a import sekretinu M. sp. str. 249 do vnější membrány mitochondrií.
|
|
|
Analýza regulačních oblastí genů v genomu oxymonády Monocercomonoides
Brzoň, Ondřej ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
iii Abstrakt Regulace genové exprese je klíčovou schopností každé buňky v jejím vývoji, diferenciaci a v udržování homeostázy. Prozatím je ale dostupných poměrně málo informací o regulaci genové exprese u prvoků a naše poznatky o tomto procesu u eukaryot pocházejí pouze z několika modelových organismů. Náš výzkum probíhá na oxymonádách, skupině málo prozkoumaných anaerobních protist, vyskytujících se ve střevech některých živočichů. V této práci se zabýváme rodem Monocercomonoides. Genová exprese je ovlivňována mnoha mechanismy na několika úrovních. My jsme se zaměřili na strukturu promotorových oblastí, 5' nepřekládané oblasti a základní transkripční a translační iniciační faktory. Naše výsledky srovnáváme s nejbližšími prozkoumanými příbuznými rodu Monocercomonoides, kterými jsou Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis. V promotorových oblastech Monocercomonoides jsme identifikovali několik konzervovaných motivů, které se potenciálně podílí na regulaci transkripce, včetně TATA boxu a TATA-like motivu. 5' nepřekládané oblasti jsou poměrně krátké (většinou 20 - 30 nukleotidů) a obsah GC párů v těchto oblastech je nižší, než je obvyklé u modelových organismů. U vybraných genů jsme délky těchto oblastí ověřovali pomocí RACE. V genomu Monocercomonoides jsme anotovali sady základních transkripčních (23...
|
|
|
Diverzita rodu Monocercomonoides
Vlasáková, Jitka ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Oxymonády (Excavata, Preaxostyla) jsou skupinou anaerobních endobiotických bičíkovců žijících především ve střevě xylofágního hmyzu (švábi, termiti). V případě rodu Monocercomonoides náležícího do morfologicky nejjednodušší čeledi Polymastigidae jsou popsány i druhy z obratlovců. Jedná se o skupinu protist, u které dosud nebyla prokázána přítomnost mitochondrie. V této práci jsme osekvenovali gen pro SSU rRNA dvou kmenů rodu Monocercomonoides a provedli fylogenetickou analýzu oxymonád. Pět vybraných kmenů z různých hostitelů, vzájemně poměrně vzdálených na fylogenetickém stromu, jsme studovali morfologicky pomocí světelné (DIC a protargolové barvení) a transmisní elektronové mikroskopie. Cílem morfologického studia bylo najít znaky, ve kterých se kmeny liší. Zaměřili jsme se zejména na morfologii jádra, uspořádání endoplazmatického retikula, strukturu fibrily R1 a rozměry buněk. Vybrané kmeny jsme byli schopni rozlišit podle polohy karyosomu (centrální nebo parietální) a počtu mikrotubulů ve fibrile R1 (6-12) a domníváme se, že představují různé druhy. Kmen NAU3 byl fylogenetickou pozicí a vzhledem buňky natolik odlišný, že se může jednat dokonce o nový rod. V žádném kmeni jsme nepozorovali mitochondrii nebo jí příbuznou organelu.
|
|
|
Výskyt patogenních trichomonád u koček a psů
Vobořilová, Pavlína ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Trichomonády jsou anaerobní bičíkovci zahrnující komenzální a parazitické druhy, kteří se často vyskytují v zažívacím, respiračním a urogenitálním traktu obratlovců včetně psů a koček. U těchto hostitelů byli v ústní dutině popsáni dva komenzálové Tetratrichomonas canistomae a Tetratrichomonas felistomae. V zažívacím traktu psů a koček byl pak popsán komenzál Pentatrichomonas hominis, který se také vyskytuje u jiných savců včetně lidí, a patogen Tritrichomonas foetus způsobující chronické průjmové onemocnění u koček. Ačkoli jsou trichomonády u psů a koček pravděpodobně kosmopolitně rozšířeny, jejich výskyt v České republice není znám. Cílem této studie bylo (i) rozlišit druhy trichomonád přítomných v orální dutině psů a koček a získat předběžná epidemiologická data a (ii) prokázat přítomnost Tritrichomonas foetus u psů a koček v České republice a stanovit potenciální rizikové faktory s nákazou. Přítomnost trichomonád u psů a koček byla diagnostikována kultivací a pomocí "nested" PCR. Určení trichomonád do druhu bylo provedeno na základě sekvenční a fylogenetické analýzy úseku genu ITS1-5.8SrRNA-ITS2. Dodatečně druhová příslušnost byla ověřena morfologicky. Trichomonády byly diagnostikovány u různých populací psů a koček a informace o každém zvířeti včetně zdravotního stavu byla zaznamenána do...
|
|
|
Membránový proteom plastidu euglenidů
Vanclová, Anna ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Füssy, Zoltán (oponent)
Euglenophyta jsou monofyletická podskupina euglenidů vymezená přítomností zeleného, třemi membránami obaleného plastidu nabytého sekundární endosymbiózou s chlorophytní řasou. Mechanismus, jímž jsou do těchto plastidů transportovány jaderně-kódované proteiny, je dosud velmi málo probádán. Bylo zjištěno, že k vnější membráně putují proteiny ve váčcích postupujících z ER přes Golgi, neví se však, na jakém principu tyto rozeznávají cílovou membránu a splývají s ní. Translokační systém vnitřních dvou membrán je zcela neznámý, na základě srovnání s ostatními plastidy se nabízí možnost přítomnosti homologů komplexů TOC a TIC. V rámci této práce byla analyzována sekvenční data z proteomu izolovaných membrán plastidu modelového organismu Euglena gracilis a transkriptomu E. gracilis a jejího vzdáleného příbuzného, Eutreptiella gymnastica. Bylo zkoumáno, zda se v nich nacházejí proteiny potenciálně zapojené do transportu a homology proteinů transportních systémů známých z plastidů jiných organismů (TOC/TIC, "ERAD-like" transport, SNARE). Veškeré naše výsledky jsou však negativní. Je těžké určit, zda toto zjištění naznačuje možnou nepřítomnost komplexů TOC a TIC v plastidu euglenidů, či spíše nedostatečnost použitých dat. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
The complicated evolution of methionine adenosyltransferase in euglenids and eukaryotes in general
Szabová, Jana ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Krajčovič, Juraj (oponent) ; Sanchez-Perez, Gabino (oponent)
Velká část eukaryotických genů se v evoluci nepřenášela výhradně vertikálně z rodičů na potomstvo. V této disertační práci jsme si vybrali jeden z takových genů, a to gen pro methionin adenosyltransferázu (MAT), a pokusili se podrobně zmapovat jeho evoluci. MAT je všudypřítomný esenciální enzym, který se u eukaryot nachází ve formě dvou paralogů: MAT a MATX. Oba paralogy jsou mezi eukaryoty nerovnoměrně rozšířeny a s výjimkou několika málo případů se u daného organismu vyskytuje jen jeden z nich. To ukazuje na komplikovanou evoluční historii tohoto genu, která může zahrnovat takové evoluční procesy jako genové duplikace a následné ztráty nebo horizontální genový přenos (HGT). My jsme se zaměřili zejména na výskyt obou forem tohoto genu u jedné z nejznámějších skupin bičíkovců, skupiny Euglenida. Předpokládalo se totiž, že by tato skupina mohla být kolébkou paralogu MATX, ze které se tento gen následně šířil do dalších eukaryotických linií. Podařilo se nám získat 26 nových sekvencí z 23 linií euglenidů a jedné prasinofytní řasy Pyramimonas parkeae, která představuje nejbližšího známého příbuzného euglenidího plastidu. MATX byl zjištěn pouze u fotoautotrofních euglenidů, přičemž mixotrof Rapaza viridis a P. parkeae vykazovali přítomnost pouze paralogu MAT. Oba typy paralogů byly nalezeny u dvou druhů...
|
|
|
Využití environmentálního sekvenování pro studium diverzity eukaryot
Lukešová, Soňa ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na metodu environmentálního sekvenování a její využití při zkoumání diverzity eukaryotických mikrobů. Popisuje samotnou metodu, její mechanismus, možnosti použití i problémy s ní spojené. V práci je popsán současný pohled na fylogenetiku hlavních eukaryotických linií. Není opomenuta ani bližší charakteristika těchto linií. Pozornost je věnována zejména nově objeveným skupinám. Práce řeší příbuzenské vztahy uvnitř těchto skupin, shrnuje poznatky o jejich ekologii, potravních zdrojích a morfologii. Samostatná kapitola je věnována výskytu protistních skupin v extrémních podmínkách prostředí. Klíčová slova: Diverzita eukaryot, environmentální DNA, sekvenace, rRNA, fylogenetika.
|
|
|
Morfologická a fylogenetická charakterizace tetratrichomonád skupiny A
Krížová, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Trichomonády jsou skupina anaerobních jednobuněčných eukaryotických organismů, které se v současné době řadí do říše Excavata (skupina Parabasalia), přestože nesdílí žádný z typicky exkavátních znaků (charakteristické uspořádání cytoskeletu a ventrální potravní rýha). Toto zařazení bylo provedeno pouze na základě molekulárně - fylogenetických metod. Rod Tetratrichomonas obsahuje asi nejvíce známých druhů v rámci skupiny Parabasalia, které mohou infikovat obratlovce a nejen je. Na základě fylogenetických analýz byl celý rod rozdělen na dvě skupiny, A a B. Skupina A, které se tato diplomová práce věnovala, byla do současné doby rozdělena na 12 linií (linie 1 - 10, novel lineage 2, linie LP). Nám se podařilo objevit další linii, patřící do této skupiny, zde nazývaná linie ovce. Její postavení v rámci této skupiny je však zatím nejasné. Postavení ostatních linií, které bylo publikováno již dříve, bylo více či méně potvrzeno. Morfologické odlišnosti jednotlivých linií, které by potvrdily předchozí fylogenetické analýzy, byly do této chvíle pouze předpokládány. V této práci byly tyto rozdíly celkem podrobně popsány. Je zjevné, že téměř všechny linie či skupiny linií jsou od sebe odlišitelné i na základě morfologických znaků (velikost a tvar těla, počet předních bičíků, velikost parabasálního aparátu, výška pelty,...
|
|
|
Pátrání po pozůstatku plastidu v buňce Rhabdomonas sp.
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Kmen Euglenozoa je tvořen čtyřmi skupinami - Euglenoidea (krásnoočka), Kinetoplastea (bičivky), Symbiontida a Diplonemea. Fototrofní krásnoočka, která tvoří dobře podpořenou skupinu, se vyznačují přítomností zeleného plastidu vzniklého sekun- dární endosymbiózou se zelenou řasou příbuznou dnešnímu rodu Pyramimonas. Obecně přijímaná teorie pozdního nabytí plastidu (plastid-late hypothesis) tvrdí, že k této en- dosymbióze došlo po oddělení fototrofních krásnooček od zbytku skupiny Euglenozoa. Endosymbiotická událost je vždy spojena s tokem genů z endosymbionta do jádra hos- titele. I když dojde k úplné ztrátě endosymbionta lze předpokládat, že genom hostitele byl obohacen o geny endosymbiotického původu. Některé současné fylogenetické ana- lýzy odhalily v genomu trypanosom (Kinetoplastea: Trypanosomatida) geny potenciálně plastidového původu. Interpretují to tak, že plastid byl přítomen již u společného předka bičivek a krásnooček a následně došlo k jeho ztrátě u všech bičivek a některých krásno- oček, ke kterým patří i osmotrofní Rhabdomonas costata. Během analýzy transkriptomu R. costata bylo nalezeno 63 genů, u nichž je možné předpokládat, že pocházejí ze ze- lených (14 genů) nebo jiných (49 genů) řas. Při konstrukci fylogenetických stromů byl jeden gen s vysokou podporou sesterský zeleným a...
|
host ::
RSS.