|
| |
|
|
Metody experimentálního určení fází (MIR, MAD,SAD) v krystalografické analýze biologických makromolekul
Brynda, Jiří
Důležitost metod poskytujících nepředpojaté řešení fázového problému se stává vstupem molekulární biologie a biochemie do tzv. post-genomické éry stále významnější. V článku jsou popsány klasické metody experimentálního určení fází:1) Metoda isomorfních derivátů s těžkými atomy 2) Metoda Anomálního rozptylu při různých vlnových délkách 3) Metoda Anomálního rozptylu při jedné vlnové délce Čím lepší jsou vaše první, experimentální mapy, tím více modelu můžete spolehlivě vystavět do nepředpojaté (modelem nezatížené) mapy před sečtením fází (původní + model). MAD fáze pocházejí z perfektně izomorfních dat a tak netrpí disordrem jako je to běžné u MIR map na malém rozlišení. MIR fáze zase na druhou stranu poskytují výtečnou fázovací sílu na nízkém rozlišení a výsledkem je lepší propojení mapy v prostoru. Není proto překvapivé, že nejlepší mapy jsou buď MAD mapy nebo kombinované MIR-MAD mapy.
|
|
| |
|
|
Zpracování difrakčních dat krystalů biologických makromolekul získaných oscilační metodou
Brynda, Jiří
Příspěvek popisuje jednotlivé komponenty monochromatického difraktometru vhodného pro měření krystalů biologických makromolekul a také základní principy rotační metody. Optimální strategie pro měření difrakčních dat na krystalech makromolekul je diskutována. Geometrické faktory ovlivňující kompletnost dat jsou symetrie reciproké mřížky a geometrické uspořádání jednotlivých komponent monochromatického difraktometru, které ovlivňují kvantitativně kompletnost měřených dat.
|
|
|
A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, M. ; Hradílek, M. ; Lepšík, M. ; Konvalinka, J.
The x-ray structure of a complex of HIV-1 protease (PR) with a phenylnorstatine inhibitor Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH2 has been determined at 1.03 A, the highest resolution so far reported for any HIV PR complex. The inhibiot shows subnanomolar Ki values for both the wild-type PR and the variant representing one of the most common mutations linked to resistance developoment. The structure displays a unique pattern of hydrogen bonding to the two catalytic aspartate residues. The high resolution permits to assess the donor/acceptor realtions of this hydrogen bonding and to indicate a proton shared by the two catalytic residues. Structural mechanism for the unimpaired ihnibition of the protease Val82Ala mutant is also suggested, based on energy calculations and analyses.
|
|
|
Structural basis of HIV-1 and HIV-2 protease inhibition bya monoclonal antibody
Řezáčová, Pavlína ; Lescar, J. ; Brynda, Jiří ; Fábry, Milan ; Bentley, G. A. ; Sedláček, Juraj
The murine monoclonal antibody 1696, produced by immunisation with the HIV-1 protease,inhibits the catalytic activity of the enzyme of both the HIV-1 and HIV-2 isolates, with inhibitionconstants in the low nanomolar range. This antibody cross-reacts with peptides that include theN-terminus of the enzyme (residues 1-7), a region which is highly conserved in sequence amongdifferent viral strains and which, furthermore, is crucial for homodimerization to the activeenzymatic form.<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" />We report here two crystal structures of a recombinant single-chain Fv fragment of mAb 1696,expressed in E. coli, as a complex with a cross-reactive peptides from the HIV-1 PR and theHIV-2 PR at 2.7 ? resolution and 1.9 ? resolution respectively. On the basis of the interactionsseen in the complex three-dimensional structures, the cross-reactivity between mAb 1696 withthe HIV-1 and HIV-2 protease and their N-terminal peptides can be explained. In addition, acandidate mechanism of HIV PR inhibition by mAb 1696 is proposed which may help thedesign of alternative HIV protease inhibitors, aimed at dissociating the homodimeric viral enzyme.
|
|
|
Crystallographic study of an anti=carbonic anhydrase IX monoclonal antibody M75
Štouračová, Renata ; Závada, Jan ; Závadová, Zuzana ; Pastoreková, S. ; Brynda, Jiří ; Fábry, Milan ; Král, Vlastimil ; Hořejší, Magdalena ; Sedláček, Juraj
Carbonic anhydrase IX (CA IX) is a cell surface protein, strongly associated with certain types of human carcinomas. Structural study of a CA IX-binding monoclonal antibody (mAb) M75, complexed with its epitope peptide may contribute toward elucidation of the role of CA IX. Monoclonal antibody M75 was obtained and proved to react excellently with native and denaturated CA IX. Using synthetic oligopeptides, the epitope of mAb M75 was localized in the proteoglycan domain of CA IX, in the region of a tandem repeat and identified as amino acids PGEEDLP. The Fab fragment was obtained by papain cleavage. We obtained crystals of free Fab M75 and Fab M75 complexed with two different epitope peptides. The data set for Fab M75 was collected and the structure solving is underway.
|
|
|
Preliminary Crystallographic Study of ç-D-Crystalline Obtained from Patient`s Eye
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Štouračová, Renata ; Ondráček, Jan ; Kmoch, B. ; Asfaw, B. ; Elleder, M. ; Bezouška, K. ; Filipec, M. ; Sedláček, Juraj
|
|
|
Anti-HIV Proteinase Monoclonal Antibody F11.2.32 That Inhibits Enzyme Activity
Štouračová, Renata ; Lescar, J. ; Brynda, Jiří ; RIottot, M. ; Chitarra, V. ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Řezáčová, Pavlína ; Bentley, G. ; Sedláček, Juraj
|
|
|
Vazba fenylnorstatinového inhibitoru na proteázu HIV-1: geometrie, protonace a interakce kapes podřadných míst analyzované při atomovém rozlišení
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, Milan ; Hradilek, Martin ; Lepšík, Martin ; Konvalinka, Jan
Byla určena rentgenová struktura komplexu proteázy HIV-1 (PR) s fenylnorstatinovým inhibitorem Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH(2) při rozlišení 1,03 A, nejvyšším rozlišení, které bylo doposud uvedeno pro kterýkoli komplex HIV PR. Tento inhibitor vykazuje subnanomolární hodnoty K(i) jak pro PR divokého typu, tak pro variantu představující jednu z nejběžnějších mutací spojenou s vývojem rezistence. Struktura obsahující fenylnorstatinovou část chirality (2R,3S) vykazuje jedinečný obraz vazby vodíkových můstků na dva katalytické aspartátové zbytky. Toto vysoké rozlišení umožňuje zjistit donorové a akceptorové vztahy těchto vodíkových můstků a určit proton sdílený oběma katalytickými zbytky. Je také navržen strukturální mechanismus nenarušené inhibice mutanty proteázy Val82Ala založený na energetických výpočtech a analýzách
|
host ::
RSS.