|
|
Knihovna pro konečné automaty a převodníky
Bieliková, Michaela ; Lengál, Ondřej (oponent) ; Hruška, Martin (vedoucí práce)
Konečné automaty majú široké uplatnenie v informatike, okrem iných vo formálnej verifikácii, modelovaní systémov a spracovaní prirodzeného jazyka. Avšak modely skutočne reprezentujúce realitu bývajú veľmi komplikované a môžu byť definované nad veľkými, v niektorých prípadoch až nekonečnými, abecedami, a teda môžu obsahovať veľký počet prechodov. V týchto prípadoch nemusí byť je použitie algoritmov na prácu s konečnými automatmi efektívne. Symbolické automaty poskytujú stručnejší zápis tak, že namiesto symbolov v prechodoch používajú predikáty. Konečné prevodníky tiež majú široké uplatnenie, od ligvistiky až po formálnu verifikáciu. Symbolické prevodníky nahradzujú symboly dvojicou predikátov - jeden predikát pre vstupné symboly a jeden pre výstupné. Cieľom tejto práce je návrh knižnice pre klasické a symbolické automaty a prevodníky, ktorá bude vhodná na rýchle prototypovanie nových algoritmov.
|
|
|
Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data
Bieliková, Michaela ; Hon, Jiří (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Humans are host to an enormous variety of microbes, bacterial, archaeal, fungal, and viral. Some of these can cause serious diseases, but others, particularly gut microbiome, are essential to human life. Unfortunately, gut microbiome is not well documented, since it contains thousands of different kinds of bacteria most of which cannot be cultivated in laboratories, and we do not know all of its functions. The recent solution to this problem seems to be high-throughput sequencing in combination with bioinformatics tools for functional profile prediction. In this thesis, bioinformatics tools for functional profile prediction will be introduces, along with their advantages and disadvantages. The goal of this thesis is to create a new tool for functional profile prediction, which can either employ a consensus of the existing tools, or can be a brand new tool inspired by these.
|
|
|
Bioinformatic Tool for Estimation of Abundances of Bacterial Functional Molecules in Biological Samples Based on 16S rRNA Metagenomic Data
Bieliková, Michaela ; Hon, Jiří (oponent) ; Smatana, Stanislav (vedoucí práce)
Humans are host to an enormous variety of microbes, bacterial, archaeal, fungal, and viral. Some of these can cause serious diseases, but others, particularly gut microbiome, are essential to human life. Unfortunately, gut microbiome is not well documented, since it contains thousands of different kinds of bacteria most of which cannot be cultivated in laboratories, and we do not know all of its functions. The recent solution to this problem seems to be high-throughput sequencing in combination with bioinformatics tools for functional profile prediction. In this thesis, bioinformatics tools for functional profile prediction will be introduces, along with their advantages and disadvantages. The goal of this thesis is to create a new tool for functional profile prediction, which can either employ a consensus of the existing tools, or can be a brand new tool inspired by these.
|
|
|
Knihovna pro konečné automaty a převodníky
Bieliková, Michaela ; Lengál, Ondřej (oponent) ; Hruška, Martin (vedoucí práce)
Konečné automaty majú široké uplatnenie v informatike, okrem iných vo formálnej verifikácii, modelovaní systémov a spracovaní prirodzeného jazyka. Avšak modely skutočne reprezentujúce realitu bývajú veľmi komplikované a môžu byť definované nad veľkými, v niektorých prípadoch až nekonečnými, abecedami, a teda môžu obsahovať veľký počet prechodov. V týchto prípadoch nemusí byť je použitie algoritmov na prácu s konečnými automatmi efektívne. Symbolické automaty poskytujú stručnejší zápis tak, že namiesto symbolov v prechodoch používajú predikáty. Konečné prevodníky tiež majú široké uplatnenie, od ligvistiky až po formálnu verifikáciu. Symbolické prevodníky nahradzujú symboly dvojicou predikátov - jeden predikát pre vstupné symboly a jeden pre výstupné. Cieľom tejto práce je návrh knižnice pre klasické a symbolické automaty a prevodníky, ktorá bude vhodná na rýchle prototypovanie nových algoritmov.
|
host ::
RSS.