|
|
State Space Symmetry Reduction for TBP Analysis
Černý, Ondřej ; Šerý, Ondřej (vedoucí práce) ; Poch, Tomáš (oponent)
Threaded Behavior Protocols (TBP) je specifikační jazyk pro modelování chování softwarových komponent. Tato práce se zaměřuje na analýzu TBP specifikací v rámci prostředí, která obsahují neomezené množšví replikovaných vláken. Takové specifikace spolu s modely možných prostředí způsobí nekonečnost stavového prostoru analýzy, který obsahuje velké množství symetrií, způsobených replikací vláken. V práci je navžena technika analýzy takových modelů, která redukuje symetrie s použitím abstrakce zvané Symbolic Counter Abstraction. Pro její použití je však nutné převést vlastnosti modelu na problém dosažitelnosti stavů vláken. Navrhovaná technika je bezpečná ve smyslu odhalení všech chyb v modelu. Na druhou stranu může způsobovat tzv. spurious erros, tj. chyby které neodpovídají skutečným chybám v modelu. Tyto chyby jsou v práci dobře identifikovány a dále jsou nastíněny způsoby jejich redukce. Práce navíc může představovat malý krok směrem k podpoře dynamického vytváření vláken v TBP specifikacích.
|
|
|
Barack Obama a Blízký východ
Černý, Ondřej ; Anděl, Petr (vedoucí práce) ; Raška, Francis (oponent)
Bakalářská práce Barack Obama a Blízký východ zkoumá americkou zahraniční politi-ku vůči regionu Blízkého východu, konkrétně Iráku, Íránu a Izraeli. Po dvou prezi-dentských obdobích George W. Bushe přichází s prezidentem Obamou nová politika a Blízký východ v ní stále hraje důležitou roli. Bakalářská práce odpovídá na tři zá-kladní otázky - jakou politiku chtěl Barack Obama na Blízkém východě praktikovat, v jakých aspektech se lišila od politiky jeho předchůdce, a konečně jestli praktické kroky Obamovy administrativy v prvních letech odpovídají předvolebním slibům. Závazky jsou vybrány především z projevů a článků samotného prezidentského kan-didáta a také z doporučení jeho blízkých poradců. V každé části práce jsou dále shrnu-ty hlavní rozdíly mezi politikou republikánského prezidenta George Bushe a sliby demokratického kandidáta. Následuje shrnutí zahraniční politiky Obamovy adminis-trativy v regionu během prvních několika let a zhodnocení, zda se mu podařilo závaz-ky stanovené ještě před zvolením naplnit.
|
|
|
Signalizace adenylátcyklázového toxinu bakterie Bordetella pertussis v makrofázích.
Černý, Ondřej ; Kamanová, Jana (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Souhrn Adenylátcyklázový toxin je klíčovým faktorem virulence bakterie Bordetella pertussis, která způsobuje onemocnění černý kašel. Primárním cílem tohoto toxinu v hostitelském organismu jsou myeloidní fagocytické buňky nesoucí integrin CD11b/CD18 (αMβ2, CR3, Mac-1). Již dříve bylo ukázáno, že CyaA inhibuje zvýšením hladiny cytozolického cAMP schopnost makropinocytózy a fagocytózy v buňkách. Tato práce se zabývá studiem signální dráhy, která je zodpovědná za inhibici makropinocytózy právě přes zvýšenou vnitrobuněčnou koncentraci cAMP. Pomocí specifických aktivátorů proteinové kinázy A (PKA) a proteinu Epac jsme ukázali, že za inhibici makropinocytózy v buňkách je zodpovědná zvýšená vnitrobuněčná hladina cAMP, která dále vedla k aktivaci proteinu Epac. Dále jsme prokázali, že transfekce makrofágů konstitutivně aktivní variantou proteinu Rap1 (efektorem proteinu Epac) vedla k inhibici makropinocytózy. Naopak, exprese dominantně negativní varianty Rap1 vyvolala zvýšení makropinocytózy. Dále jsme ukázali, že inhibice jak tyrozínových fosfatáz, tak proteinové fosfatázy 2A (PP2A) vedla k obnově makropinocytózy, která byla před tím inhibovaná zvýšenou hladinou cAMP v buňkách. Získané výsledky naznačují, že signalizace cAMP přes proteiny Epac/Rap1, případně přes proteinovou fosfatázu 2A a tyrozínové fosfatázy vede...
|
|
|
Fyziologie metabolismu karotenoidů a její vliv na ornamentální signalisaci živočichů
Gabrielová, Barbora ; Albrecht, Tomáš (vedoucí práce) ; Černý, Ondřej (oponent)
Předmětem této bakalářské práce je význam a využití karotenoidů v signální ornamentaci především u ptáků. Karotenoidy zastávají několik významných funkcí v těle, přičemž čestnost signální role ornamentů založených na karotenoidních barvivech, byla tradičně přisuzována antioxidační funkci karotenoidů. V poslední době se však objevují názory, že příjem nadměrného množství karotenoidů pro vytvoření nejbarevnějšího ornamentu může organismu spíše uškodit. Deposice karotenoidů do ornamentu není ovládána jen příjmem z potravy, ale i fyziologickými faktory uvnitř organismu. Důležité je, že za neoptimálních podmínek vnitřního prostředí organismu (zvýšený oxidativní stres), tak mohou karotenoidy vytvářet nebarevné deriváty, které jsou velmi reaktivní a pro organismus toxické, karotenoidní barviva v těle pak mohou fungovat jako klasický handicap a signalizovat stav organismu. Cílem této práce je shrnout poznatky o fyziologických funkcích karotenoidů v různých podmínkách prostředí a jejich vliv na expresi ornamentu. Práce je členěna do tří kapitol. První kapitola se věnuje základnímu popisu karotenoidů, jejich klasifikaci a vlastnostem, které vycházejí ze struktury těchto molekul. Druhá kapitola se zabývá fyziologickými aspekty, které vedou k příjmu, metabolizaci a vystavení karotenoidů do ornamentů a dále hypotézami...
|
|
|
Stabilitu indikující HPLC metoda pro hodnocení fluoxetinu
Černý, Ondřej ; Kastner, Petr (vedoucí práce) ; Pilařová, Pavla (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmaceutické chemie a kontroly léčiv Kandidát: Ondřej Černý Školitel: PharmDr. Petr Kastner, Ph.D. Název diplomové práce: Stabilitu indikující HPLC metoda pro hodnocení fluoxetinu Tato diplomová práce měla za cíl vyvinout a validovat stabilitu indikující HPLC metodu pro hodnocení fluoxetin-hydrochloridu. Fluoxetin-hydrochlorid je léčivo ze skupiny SSRI používané při léčbě deprese různé etiologie. Základ metody byl převzat z Českého lékopisu 2009. Uvedená lékopisná metoda nebyla dostačující, protože pík rozkladného produktu fluoxetin-hydrochloridu zasahoval do tzv. mrtvého retenčního času použité kolony. Z tohoto důvodu nebylo možné provést jeho kvantitativní stanovení. Vývoj metody spočíval v úpravě mobilní fáze s využitím gradientové eluce. Mobilní fáze byla složena ze směsi methanolu, tetrahydrofuranu, roztoku triethylaminu a rozdělena do dvou zásobníků. Zásobník A představoval směs (MeOH : THF) : roztok TEA - 70 : 30 (v/v), zásobník B pak směs (MeOH : THF) : roztok TEA - 5 : 95 (v/v). Směs (MeOH : THF) byla připravena v poměru 8 : 30 (v/v). Chromatografické podmínky byly nastaveny následovně: průtoková rychlost 1,0 ml/min, teplota kolony 24 řC, nástřik 10 a 50 µl, detekce probíhala pomocí spektrofotometrického detektoru...
|
|
|
Konopí pro léčebné použití v lékárně
Černý, Ondřej ; Kostřiba, Jan (vedoucí práce) ; Smejkalová, Lenka (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra sociální a klinické farmacie Kandidát: Mgr. Ondřej Černý Školitel: PharmDr. Jan Kostřiba, Ph.D. Název rigorózní práce: Konopí pro léčebné použití v lékárně Klíčová slova: kanabinoidy, individuální příprava, konopí pro léčebné použití v České republice Tato rigorózní práce je zaměřena na problematiku konopí pro léčebné použití (KLP). Cílem bylo nejprve v teoretické části seznámit čtenáře s popisem obsahových látek a účinky rostlinného konopí na lidský organismus. Dále uvést současnou pozici KLP v ČR. Cílem experimentální části bylo uvést aspekty implementace léčby KLP v lékárně na základě výkladu legislativy. Dále statisticky vyhodnotit vývoj této léčby v rámci nemocniční lékárny v Českých Budějovicích. Podkladem pro tuto statistickou analýzu byly použity záznamy o výdejích KLP z evidenční knihy návykových látek z let 2019 až 2020. Cílem bylo také zhodnotit vývoj léčby KLP na celém území ČR. Zde byla použita data uvedená na webových stránkách Státní agentury pro konopí pro léčebné použití (SAKL) a Státního ústavu pro kontrolu léčiv (SÚKL) z let 2015 až 2020. Výsledky práce naznačují, že zavedení KLP do praxe není zcela jednoduchý proces, který oproti jiným léčivům přináší více administrativní zátěže. Navíc je zde velmi důležitá...
|
|
|
Rozvoj algoritmického myšlení na střední škole pomocí programovatelných robotických systémů
Černý, Ondřej ; Jeřábek, Tomáš (vedoucí práce) ; Štípek, Jiří (oponent)
This thesis explores the use of educational robots in algorithmic thinking development on a high school student level. In the first part of this thesis the foundational materials from various authors are examined. The approaches to the teaching of algorithmic thinking are analysed, current positions are defined, and possible future developments are proposed in accordance with the requirements of the curricular documents. The work first defines the general theoretic concepts and then moves on to specific technical solutions of the individual robotic systems. The aim is to identify the most effective robotic system for our specific teaching purposes. The second part of the paper presents 8 teaching lessons employing the robotic system EDISON. These lessons were carried out in a high school in Usti nad Labem. The lessons were analysed, and the effectiveness was verified using the action research methodology. The summary of the methodological notes could be the necessary sources for another teacher using this educational tool. KEYWORDS algorithmic thinking, algorithmic structures, computer science, educational robotics, educational coding
|
|
|
Heterogeneity of expression of virulence factors of Salmonella.
Mathéová, Paulína ; Černý, Ondřej (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Vznik fenotypovo heterogénnych jedincov v rámci izogénnej bakteriálnej populácie sa považuje za významnú adaptáciu na prostredie v hostiteľskom organizme. Umožňuje prežitie niektorých bakteriálnych subpopulácií pod rôznorodým tlakom hostiteľského imunitného systému, vznik "deľby práce" a kooperáciu medzi jednotlivými baktériami. Baktérie rodu Salmonela sú významným patogénom ľudí, aj hospodárskych zvierat. Veľká časť kľúčových faktorov virulencie baktérií rodu Salmonela je heterogénne exprimovaná. Fenotypová diverzita jednotlivých baktérií tak umožňuje určitým jedincom unikať imunitnému systému hostiteľa a zabezpečiť zachovanie genofondu do ďalších generácií. V prípade, keď zmena podmienok spôsobí úplné vymiznutie časti populácie Salmonely z prostredia, dokážu zvyšní jedinci, po prekonaní nepriaznivých podmienok, obnoviť veľkosť populácie a aj fenotypovú diverzitu. Táto práca zhŕňa poznatky o heterogenite v expresii faktorov virulencie Salmonely a vlastnosti jednotlivých subpopulácií v rôznych environmentálnych podmienkach. Kľúčové slová: Salmonela, heterogenita, faktory virulencie, zaistenie stávky, deľba práce, bakteriálne subpopulácie.
|
|
|
Regulace virulenčních faktorů u Staphylococcus aureus
Šaňková, Michaela ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Černý, Ondřej (oponent)
Staphylococcus aureus je grampozitivní patogenní bakterie, která reguluje produkci svých virulenčních faktorů v závislosti na měnících se podmínkách vnějšího prostředí. Pro tuto regulaci existuje v buňkách S. aureus složitá regulační síť, jejíž součástí je řada regulačních proteinů, transkripčních faktorů a dvoukomponentních systémů. Jedním z nejdůležitějších regulačních systémů bakterie S. aureus je Agr systém (Accessory gene regulator), který vnímá hustotu své vlastní populace prostřednictvím snímání tzv. quorum-sensing signálu v podobě autoindukujícího peptidu (AIP). Agr systém kóduje globální regulační RNAIII, která následně reguluje expresi cílových virulenčních faktorů, mezi které patří jak povrchové proteiny, tak řada extracelulárních toxinů a enzymů. Na regulaci virulence S. aureus se významně podílí také rodina globálních proteinových regulátorů SarA a transkripční sigma faktor B. Produkce virulenčních faktorů je regulována také v reakci na specifické signály z vnějšího prostředí a to prostřednictvím dvoukomponentních systémů, mezi které se řadí regulátor produkce exoproteinů SaeRS, regulátor autolýzy ArlRS a regulátor respirační odpovědi SrrAB. Klíčová slova: Staphylococcus aureus, virulenční faktory, Agr, quorum-sensing, RNAIII, SarA, SigB
|
|
|
Signaling effects of adenylate cyclase toxin action on phagocytes
Černý, Ondřej
Adenylát-cyklázový toxin (CyaA) je klíčovým faktorem virulence bakterie Bordetella pertussis. CyaA se váže na fagocyty produkující komplementový receptor 3 (CR3) a následně katalyzuje přeměnu vnitrobuněčného ATP na významného "druhého posla" cAMP. Tímto paralyzuje schopnost neutrofilů a makrofágů zabíjet bakterie pomocí oxidativního vzplanutí a mechanismů závislých na fagocytóze. V této práci analyzujeme mechanismus, kterým CyaA blokuje produkci baktericidních reaktivních kyslíkových a dusíkových radikálů neutrofily a makrofágy. CyaA potlačuje produkci reaktivních kyslíkových radikálů (ROS, z angl. "reactive oxygen species") jednak prostřednictvím inhibice PLC přes PKA a dále nejspíše ovlivněním skládání komplexu NADPH oxidázy prostřednictvím aktivace proteinu Epac. Selektivní aktivace PKA nebo Epac blokovala produkci ROS indukovanou fMLP. Inhibice PKA pomocí specifických inhibitorů navíc vedla jen k částečnému obnovení produkce ROS u neutrofilů vystavených CyaA. Signalizace CyaA/cAMP následně omezila tvorbu DAG, zatímco tvorba PIP3 zůstala neovlivněna. Tyto výsledky naznačují, že působení CyaA může ovlivnit lipidické složení membrány fagocytů. Dále jsme ukázali, že aktivace PKA pomocí cAMP vyvolává aktivaci tyrozínové fosfatázy SHP-1. To v makrofázích způsobí potlačení produkce reaktivních...
|
host ::
RSS.