|
|
Genetická struktura lokálních plemen domestikantů
Neradilová, Silvie ; Baranyiová, Eva (vedoucí práce)
Přechod od výhradně loveckého způsobu života k počátkům zemědělství byl zásadním zlomem pro člověka a vývoj civilizace. Tato doba byla příhodná pro domestikační procesy. Prvními domestikanty vůbec byli psi. Jejich chov je spojován s obranou sídel, ale především dobytka, pomáhají také při pastevectví a lovu potravy, a v některých kulturách jsou dodnes sami zdrojem potravy. Nejnovější trendy vedou k šlechtění nových ras a rozdělování původní genetické rozmanitosti do menších uzavřených skupin, kde následně dochází ke zvyšování homozygotnosti a projevu recesivně podmíněných onemocnění. Nejvýrazněji se tyto efekty uplatňují u malých lokálních plemen, které mají malou populační velikost. Globální ochranou genetické diverzity skotu, drůbeže a prasat se již zabývalo mnoho studií, zřejmě z důvodů vysoké ekonomické hodnoty těchto živočichů. Impakt domestikovaných šelem na člověka je však srovnatelný a vzhledem k rostoucímu trhu v oblasti veterinárních služeb je potřeba ochraňovat dostatečnou genetickou variabilitu různých unikátních ras. Cílem zadané práce je srovnat vybraná lokální plemena psů z různých oblastí původu, vyhodnotit jejich celkovou genetickou diverzitu, zjistit výskyt kandidátních typů onemocnění a porovnat jejich frekvenci u těchto plemen. Ze získaných parametrů doporučit vhodné postupy k ochraně genofondu těchto unikátních ras. Bude vybráno středoevropské plemeno (např. Český fousek), subtropické plemeno (např. šarplaninec), tropické kontinentální plemeno (např. Basenji), tropické ostrovní plemeno (např. Novoguinejský zpívající pes). Materiál bude sbírán na výstavách a ve spolupráci s lokálními chovateli. Vzorky budou zpracovány klasickými postupy populační genetiky v laboratoři molekulární genetiky FTZ ČZU.
|
|
|
Genetická diverzita v populaci západního poddruhu antilopy Derbyho (Taurotragus derbianus derbianus) chované v polozajetí v Senegalu, fylogenetické vztahy mezi západním (T. d. derbianus) a východním poddruhem antilopy Derbyho (T. d. gigas)
Zemanová, Hana ; Lukešová, Daniela (vedoucí práce) ; Jarmila, Jarmila (oponent)
Zástupci čeledi Bovidae jsou předmětem mnoha výzkumů, které se zabývají jejich fylogenezí, taxonomií, časem divergence, nebo genetickou diverzitou. Taxonomie se řeší pomocí srovnání morfologických znaků nebo genetickými metodami, genetická diverzita může být zjištěna analýzou rodokmenu nebo taktéž genetickými analýzami. Tragelaphinae čítají devět druhů v rámci dvou rodů Tragelaphus sp. a Taurotragus sp. Antilopy rodu Taurotragus (T. derbianus and T. oryx) patří mezi největší antilopy světa. Antilopa Derbyho (Taurotragus derbianus) má dva poddruhy, západní (T. d. derbianus) a východní (T. d. gigas), které se rozlišují na základě morfologických znaků. Západní poddruh antilopy Derbyho (T. d. derbianus) patří ke kriticky ohroženým živočichům. Jediná populace tohoto druhu, čítající méně než 200 jedinců, žije národním parku Niokolo Koba v Senegalu. Pro záchranu tohoto poddruhu byl v roce 2000 založen chov v polozajetí. Vznikl za účasti šesti zakladatelů (jednoho samce a pěti samic), u kterých předpokládáme, že nejsou příbuzní. Populace v roce 2013 čítá 95 jedinců, žijících v sedmi stádech v rezervacích Bandia a Fathala v Senegalu. Populace je spravována managementem, který se snaží minimalizovat příbuznost jedinců. V roce 2008 byla vytvořena plemenná kniha antilopy Derbyho (T. d. derbianus), která je každoročně publikována. Jedná se o malou populaci s nízkým počtem zakladatelů a bez genového toku, ohroženou inbreedingem a genetickým driftem. Genetická diverzita této populace byla zhodnocena pomocí mikrosatelitních markerů a výsledky této analýzy byly porovnány s výsledky analýzy rodokmenu. Analýza rodokmenu ukázala největší genetickou diverzitu v generaci zakladatelů (FOUNDERS). V generaci potomků zakladatelů (OFFSPRING 1; narozených v sezóně 2007/2008) genetická diverzita klesla díky tomu, že reprodukce se účastnil jediný samec. V další generaci potomků, tj. mláďat potomků zakladatelů (OFFSPRING 2; narozených v sezóně 2009/2010) diverzita vzrostla díky zapojení více jedinců do reprodukce. Pro genetickou analýzu bylo vybráno patnáct jedinců a pět polymorfních mikrosatelitních lokusů (z celkového počtu třinácti testovaných). Byly hodnoceny parametry genetické diverzity (HE a HO, Ar a odchylky od Hardy-Weinbergovy rovnováhy, a FIS a FST).Nebyly zjištěny žádné odchylky od Hardy-Weinbergovy rovnováhy. Výsledky genetické analýzy potvrdily nejvyšší genetickou diverzitu u zakladatelů (FOUNDERS: Ar = 2.79; HE = 0.664; HO = 0.750; FIS = --0.154). V obou generacích potomků hodnoty alelické bohatosti a pozorované a očekávané heterozygotnosti klesly (Ar = 2.15; HO = 0.580; HE = 0.586 u OFFSPRING 1 a Ar = 2.14; HO = 0.370; HE = 0.480 u OFFSPRING 2). Oproti výsledkům analýzy rodokmenu nebylo pozorováno žádné zlepšení v generaci OFFSPRING 2. Výsledné hodnoty parametrů genetické diverzity byly celkem uspokojivé, navzdory nízkému počtu zakladatelů a páření příbuzných jedinců.
|
|
|
Populační genetika vlka obecného (Canis lupus) v Eurasii
Báčová, Alžběta ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Pavel, Pavel (oponent)
Vlk obecný (Canis lupus) je největší psovitou šelmou obývající severní
polokouli Země. Kvůli nadměrnému pronásledování však byl na většině svého území na
přelomu 19. a 20. století téměř vyhuben. Oblasti jeho výskytu se v té době rapidně
zmenšily. Koncem 20. století, zejména díky lepší legislativní ochraně v mnoha státech
Evropy, se jeho stavy začaly zvyšovat a vlk se tak začal pozvolna navracet do svého
původního areálu, který je především v oblasti západní Evropy vysoce fragmentovaný.
Sledováním genového toku mezi populacemi se snažíme odhadnout místa původu
zakladatelů jednotlivých populací či sledovat trasy migrujících jedinců. V posledních
patnácti letech se vlk začal vracet i do české krajiny. Pomocí mikrosatelitových markerů
byla vyhodnocena přítomnost vlka na území České a Slovenské republiky v oblasti
Beskyd. Při porovnání DNA zkoumaných vzorků s DNA karpatských vlků bylo zjištěno,
že obě skupiny patří do jedné subpopulace v rámci Evropy. Při detailnějším rozdělení
byla naznačena strukturovanost i v rámci subpopulace.
|
|
|
Aspekty reprodukční biologie mechu \kur{Helodium blandowii}
BRADÁČOVÁ, Jitka
Byla zkoumána regenerace mechu Helodium blandowii z úlomků lodyžek a větviček v klimaboxu a v terénu. Pokusy zahrnovaly jednocentimetrové konce lodyžek a větviček a půcentimetrové větvičky s koncovou částí a bez ní a regenerace byla pozorována 3 měsíce v klimaboxu a 15 měsíců v terénu. Dva roky byla pozorována dynamika trsů mechu Helodium blandowii v trvalých plochách v NPP Ruda. Dále byla zkoumána genetická struktura všech současných českých populací mechu Helodium blandowii a srovnána s několika menšími sběry z populací ve Skandinávii a Litvě. K tomu byly použity mikrosatelitní markery vyvinuté pro tuto studii.
|
|
|
Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí
Moskovská, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
V této práci je rozebrána problematika repetitivních DNA a algoritmů pro vyhledávání tandemových repetic. Tandemové repetice hrají důležitou roli v biologickém průmyslu. Slouží jako genetické markery pro tvoření genetických map, profilů DNA pro určování otcovství a ve forenzní oblasti. Dalším důvodem pro jejich vyhledávání je, že mají za následek několik závažných onemocnění člověka. Algoritmy pro jejich vyhledávání jsou proto předmětem mnoha studií. Algoritmy dělíme do dvou hlavních skupin – algoritmy porovnávající řetězce DNA a algoritmy založené na zpracování numericky reprezentované DNA. Úkolem této bakalářské práce je vybrat si zástupce z každé skupiny, navrhnout jejich realizaci a tu poté také předvést v programovém prostředí Matlab. Výsledkem práce by mělo být porovnání obou programů na základě vybraných kritérií s pomocí několika sekvencí. Těchto několik vybraných sekvencí budou mít za úkol tyto programy zpracovat a výsledky z těchto zpracování budou mezi sebou porovnány.
|
|
|
Genetická diverzita plemen skotu v ČR
ČERVINKA, Václav
Bakalářská práce je věnována genetické diverzně skotu v České republice. Nejdříve je popsána samotná domestikace hospodářských zvířat a poté domestikace skotu. Je uvedena historie skotu v ČR, význam chovu skotu v ČR a v neposlední řadě je uveden stav skotu v ČR. Dále je zaměřeno na biodiverzitu, její ohrožení a ochrany a také jsou uvedeny úrovně diverzity. Jsou popsány genetické markery, mikrosatelity, minisatelity, SNP, polymorfní strukturní geny a také jsou popsány mutace. Dále jsou uvedena plemena skotu chovaná v ČR. Je zhodnocen Národní program, genetické zdroje a genetické zdroje v ČR. V závěru práce jsou popsány genetické zdroje česká červinka a český strakatý skot.
|
|
|
Aspekty reprodukční biologie mechu \kur{Helodium blandowii}
BRADÁČOVÁ, Jitka
Byla zkoumána regenerace mechu Helodium blandowii z úlomků lodyžek a větviček v klimaboxu a v terénu. Pokusy zahrnovaly jednocentimetrové konce lodyžek a větviček a půcentimetrové větvičky s koncovou částí a bez ní a regenerace byla pozorována 3 měsíce v klimaboxu a 15 měsíců v terénu. Dva roky byla pozorována dynamika trsů mechu Helodium blandowii v trvalých plochách v NPP Ruda. Dále byla zkoumána genetická struktura všech současných českých populací mechu Helodium blandowii a srovnána s několika menšími sběry z populací ve Skandinávii a Litvě. K tomu byly použity mikrosatelitní markery vyvinuté pro tuto studii.
|
|
|
Genetická diverzita vybraných plemen koní
JANKOVSKÁ, Tereza
Cílem práce je přinést poznatky o genetické diverzitě koní, hodnocení diverzity, současný stav ochrany genových zdrojů. Nejdříve jsou popisovány historie, domestikace koní, plemena a biodiverzita. Z genetické stránky jsou popisovány genetická diverzita, mikrosatelity, markery, mitochondrie. Dále jsou popisovány genetické zdroje, jejich ochrana, uchování, dnešní stavy koní a jejich vývoj.
|
|
|
Molekulárně-genetická analýza starokladrubských koní
Velebová, Adéla
Diplomová práce se zabývá hodnocením genetické variability a diverzity u plemene starokladrubský kůň. Cílem je zhodnotit variabilitu a diverzitu uvnitř plemene a také mezi otcovskými liniemi a uvnitř těchto linií. Literární přehled obsahuje podrobné informace o plemeni starokladrubský kůň a historii jeho chovu, včetně regeneračního procesu. V další části jsou popsány základní ukazatele genetické variability. Genetická variabilita a diverzita byla hodnocena pomocí 17 mikrosatelitních markerů, následná statistická analýza byla provedena programy GENEPOP verze 4.2 a ARLEQUIN verze 3.5. Byly spočítány frekvence alel a genotypů, počet alel na lokus a populace byla podrobena testu Hardy -- Weinbergovy rovnováhy. Dále byl spočítán polymorfní informační obsah, pozorovaná i očekávaná heterozygotnost a fixační koeficienty. Výsledky poukazují na překvapivě vysoký stupeň genetické variability u starokladrubských koní, zvýšené patrně v důsledku introdukce jiných plemen v období regeneračního procesu.
|
|
|
Mikrosatelity a jejich využití v genetických analýzách
Wijacki, Jan
Mikrosatelity jsou krátké repetitivní sekvence DNA vyskytující se jak v prokaryotickém tak eukaryotickém genomu. Patří do tzv. satelitní DNA a nachází se v kódujících i nekódujících oblastech genetické informace. Jsou tvořeny 1-6 páry bází a počet repetic jednotlivých motivů se může pohybovat až ve stovkách. Testují se pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a polyakrylamidové gelové elektroforézy (PAGE) nebo pomocí kapilární elektroforézy a fragmentační analýzy. V současné době jsou hojně využívány jako molekulární genetické markery a používají se například pro analýzu paternity, genetické mapování nebo studium genetické diverzity populací.
|
host ::
RSS.