|
|
Populační genetika vlka obecného (Canis lupus) v Eurasii
Báčová, Alžběta ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Pavel, Pavel (oponent)
Vlk obecný (Canis lupus) je největší psovitou šelmou obývající severní
polokouli Země. Kvůli nadměrnému pronásledování však byl na většině svého území na
přelomu 19. a 20. století téměř vyhuben. Oblasti jeho výskytu se v té době rapidně
zmenšily. Koncem 20. století, zejména díky lepší legislativní ochraně v mnoha státech
Evropy, se jeho stavy začaly zvyšovat a vlk se tak začal pozvolna navracet do svého
původního areálu, který je především v oblasti západní Evropy vysoce fragmentovaný.
Sledováním genového toku mezi populacemi se snažíme odhadnout místa původu
zakladatelů jednotlivých populací či sledovat trasy migrujících jedinců. V posledních
patnácti letech se vlk začal vracet i do české krajiny. Pomocí mikrosatelitových markerů
byla vyhodnocena přítomnost vlka na území České a Slovenské republiky v oblasti
Beskyd. Při porovnání DNA zkoumaných vzorků s DNA karpatských vlků bylo zjištěno,
že obě skupiny patří do jedné subpopulace v rámci Evropy. Při detailnějším rozdělení
byla naznačena strukturovanost i v rámci subpopulace.
|
|
|
Aspekty reprodukční biologie mechu \kur{Helodium blandowii}
BRADÁČOVÁ, Jitka
Byla zkoumána regenerace mechu Helodium blandowii z úlomků lodyžek a větviček v klimaboxu a v terénu. Pokusy zahrnovaly jednocentimetrové konce lodyžek a větviček a půcentimetrové větvičky s koncovou částí a bez ní a regenerace byla pozorována 3 měsíce v klimaboxu a 15 měsíců v terénu. Dva roky byla pozorována dynamika trsů mechu Helodium blandowii v trvalých plochách v NPP Ruda. Dále byla zkoumána genetická struktura všech současných českých populací mechu Helodium blandowii a srovnána s několika menšími sběry z populací ve Skandinávii a Litvě. K tomu byly použity mikrosatelitní markery vyvinuté pro tuto studii.
|
|
|
Vyhledáváni repetitivní DNA z nukleotidových sekvencí
Moskovská, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
V této práci je rozebrána problematika repetitivních DNA a algoritmů pro vyhledávání tandemových repetic. Tandemové repetice hrají důležitou roli v biologickém průmyslu. Slouží jako genetické markery pro tvoření genetických map, profilů DNA pro určování otcovství a ve forenzní oblasti. Dalším důvodem pro jejich vyhledávání je, že mají za následek několik závažných onemocnění člověka. Algoritmy pro jejich vyhledávání jsou proto předmětem mnoha studií. Algoritmy dělíme do dvou hlavních skupin – algoritmy porovnávající řetězce DNA a algoritmy založené na zpracování numericky reprezentované DNA. Úkolem této bakalářské práce je vybrat si zástupce z každé skupiny, navrhnout jejich realizaci a tu poté také předvést v programovém prostředí Matlab. Výsledkem práce by mělo být porovnání obou programů na základě vybraných kritérií s pomocí několika sekvencí. Těchto několik vybraných sekvencí budou mít za úkol tyto programy zpracovat a výsledky z těchto zpracování budou mezi sebou porovnány.
|
|
|
Genetická diverzita plemen skotu v ČR
ČERVINKA, Václav
Bakalářská práce je věnována genetické diverzně skotu v České republice. Nejdříve je popsána samotná domestikace hospodářských zvířat a poté domestikace skotu. Je uvedena historie skotu v ČR, význam chovu skotu v ČR a v neposlední řadě je uveden stav skotu v ČR. Dále je zaměřeno na biodiverzitu, její ohrožení a ochrany a také jsou uvedeny úrovně diverzity. Jsou popsány genetické markery, mikrosatelity, minisatelity, SNP, polymorfní strukturní geny a také jsou popsány mutace. Dále jsou uvedena plemena skotu chovaná v ČR. Je zhodnocen Národní program, genetické zdroje a genetické zdroje v ČR. V závěru práce jsou popsány genetické zdroje česká červinka a český strakatý skot.
|
|
|
Aspekty reprodukční biologie mechu \kur{Helodium blandowii}
BRADÁČOVÁ, Jitka
Byla zkoumána regenerace mechu Helodium blandowii z úlomků lodyžek a větviček v klimaboxu a v terénu. Pokusy zahrnovaly jednocentimetrové konce lodyžek a větviček a půcentimetrové větvičky s koncovou částí a bez ní a regenerace byla pozorována 3 měsíce v klimaboxu a 15 měsíců v terénu. Dva roky byla pozorována dynamika trsů mechu Helodium blandowii v trvalých plochách v NPP Ruda. Dále byla zkoumána genetická struktura všech současných českých populací mechu Helodium blandowii a srovnána s několika menšími sběry z populací ve Skandinávii a Litvě. K tomu byly použity mikrosatelitní markery vyvinuté pro tuto studii.
|
|
|
Genetická diverzita vybraných plemen koní
JANKOVSKÁ, Tereza
Cílem práce je přinést poznatky o genetické diverzitě koní, hodnocení diverzity, současný stav ochrany genových zdrojů. Nejdříve jsou popisovány historie, domestikace koní, plemena a biodiverzita. Z genetické stránky jsou popisovány genetická diverzita, mikrosatelity, markery, mitochondrie. Dále jsou popisovány genetické zdroje, jejich ochrana, uchování, dnešní stavy koní a jejich vývoj.
|
|
|
Molekulárně-genetická analýza starokladrubských koní
Velebová, Adéla
Diplomová práce se zabývá hodnocením genetické variability a diverzity u plemene starokladrubský kůň. Cílem je zhodnotit variabilitu a diverzitu uvnitř plemene a také mezi otcovskými liniemi a uvnitř těchto linií. Literární přehled obsahuje podrobné informace o plemeni starokladrubský kůň a historii jeho chovu, včetně regeneračního procesu. V další části jsou popsány základní ukazatele genetické variability. Genetická variabilita a diverzita byla hodnocena pomocí 17 mikrosatelitních markerů, následná statistická analýza byla provedena programy GENEPOP verze 4.2 a ARLEQUIN verze 3.5. Byly spočítány frekvence alel a genotypů, počet alel na lokus a populace byla podrobena testu Hardy -- Weinbergovy rovnováhy. Dále byl spočítán polymorfní informační obsah, pozorovaná i očekávaná heterozygotnost a fixační koeficienty. Výsledky poukazují na překvapivě vysoký stupeň genetické variability u starokladrubských koní, zvýšené patrně v důsledku introdukce jiných plemen v období regeneračního procesu.
|
|
|
Mikrosatelity a jejich využití v genetických analýzách
Wijacki, Jan
Mikrosatelity jsou krátké repetitivní sekvence DNA vyskytující se jak v prokaryotickém tak eukaryotickém genomu. Patří do tzv. satelitní DNA a nachází se v kódujících i nekódujících oblastech genetické informace. Jsou tvořeny 1-6 páry bází a počet repetic jednotlivých motivů se může pohybovat až ve stovkách. Testují se pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a polyakrylamidové gelové elektroforézy (PAGE) nebo pomocí kapilární elektroforézy a fragmentační analýzy. V současné době jsou hojně využívány jako molekulární genetické markery a používají se například pro analýzu paternity, genetické mapování nebo studium genetické diverzity populací.
|
|
|
Studium genetické struktury a diverzity různých populací dravců (Falconiformes)
Bryndová, Marta
Hlavním cílem této disertační práce bylo zhodnotit genetickou variabilitu v různých populacích dravců v České republice. Pro izolaci DNA bylo jako alternativní zdroj využito peří. Jako referenční druh byl vybrán sokol stěhovavý (Falco peregrinus) a raroh velký (Falco cherrug), který byl porovnán i se subpopulací žijící na Slovensku. Testování bylo provedeno na základě panelu deseti mikrosatelitů vybraných z literatury. Polymorfnost jednotlivých markerů značně kolísala, lokus NVH fp5 byl nejméně polymorfní (PIC = 0,185 F. p.; PIC = 0,119 F. ch.), v populaci sokola stěhovavého se v tomto lokusu vyskytly nulové alely, proto by bylo vhodné tento lokus pro tento druh z testovaného panelu vyřadit. Mezi jednotlivými subpopulacemi sokola stěhovavého byla genetická diverzita nízká, FST pro populaci žijící v zajetí a ve volné přírodě byl roven 0,025. V případě raroha velkého subpopulace žijící na Slovensku vykazovala průměrnou genetickou diverzitu vyššími hodnotami (0,185 pro subpopulaci žijící v zajetí a 0,126 pro subpopulaci z volné přírody ČR). Všechny subpopulace (kromě muzejních vzorků raroha velkého) byly v Hardy -- Weinbergově rovnováze. Tok genů byl vyšší mezi subpopulacemi sokola stěhovavého než raroha velkého, kde byla zařazena i populace z jiné geografické oblasti. 454 sekvenováním byly získány 3 kompletní sekvence mitochondriální DNA pro sokola stěhovavého, 2 pro raroha velkého a 2 pro raroha loveckého (Falco rusticolus). Nejdelší velikost sekvence mitochondriální DNA pro raroha velkého byla 16 154 bp, pro raroha loveckého 17 239 bp a pro sokola stěhovavého 17 527 bp. Sekvence sokola stěhovavého byla vložena do databáze Genbank pod číslem JX029991. Celomitochondriální sekvence raroha velkého a raroha loveckého nebyly dosud nikde publikovány, proto budou součástí připravovaného rukopisu.
|
|
| |
host ::
RSS.