|
|
Stanovení velikosti genomu jeseterů 2-D a 3-D obrazovou cytometrií.
SRP, Jiří
Velikost genomu evolučně polyploidních, neopolyploidních a hybridních jeseterů se vyznačuje velmi vysokou variabilitou. Cílem této práce bylo stanovit 1) velikost genomu evolučně polyploidních a neopolyploidních jeseterů metodami počítačové analýzy 2-D a 3-D obrazu specificky barvených buněčných jader s 2) hodnocením vzorků populací pro účely cytogenetických analýz a 3) vzájemným hodnocením metod stanovení velikosti genomu a následným zaprotokolováním získaných údajů, ať za účelem dalšího zkoumání či například vyřazení z generačního hejna. Pokus probíhal na FROV JU ve Vodňanech, na všech zde dostupných jeseterovitých rybách i na vzorcích odebraných z jeseterovitých farem v zahraničí, se kterými FROV JU spolupracuje. Jednalo se o Acipenser ruthenus, A. baerii, A. stellatus, A. gueldenstaedtii a Huso huso. Dále pokus probíhal na záměrně vytvořených hybridech A. gueldenstaedtii (8n) x A. baerii (12n), A. baerii (8n) x A. ruthenus (4n), A. gueldenstaedtii (8n) x A. baerii (10n) a A. gueldenstaedtii (8n) x A. ruthenus (4n). Metodami měření byly zvoleny obrazová cytometrie a konfokální mikroskopie, při nichž je využíváno digitalizace obrazu s následnou počítačovou analýzou. Velikost genomu byla měřena ze specificky barvených jader červených krvinek (erytrocytů) vybraných jedinců. Výsledkem práce bylo naměření velikosti genomu studovaných jedinců různými metodami pozorování, zaprotokolování získaných údajů, popsání změn prostorové konformace buněčného jádra se zvětšující se ploidií a odvozením dopadů na jejich fyziologii a vzájemné porovnání metod pozorování mezi sebou. Závěrem práce je nutnost dalších stanovení velikosti genomu u jeseterů, výběr nejvhodnějších metod pozorování velikosti genomu, tak aby bylo možné efektivnější vyhledávání či zkoumání nestandardních (polyploidních) jedinců a následné zkoumání jejich fyziologických odlišností.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků
Čapek, Martin ; Janáček, Jiří ; Kubínová, Lucie ; Smrčka, P. ; Hána, K.
Objemová rekonstrukce slouží k trojrozměrné vizualizaci biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je zorné pole snímacího systému (laserového konfokálního mikroskopu).Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Následně se snímají všechny sousedící objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole).První krok objemové rekonstrukce představuje složení překrývajících se sousedních zorných polí téhož fyzického řezu. Složené objemové obrazy fyzických řezů je pak nutno složit ve výsledný objemový obraz reprezentující celý biologický vzorek. Výsledný digitální objem jsem vizualizovali s využitím karty VolumePro nabízející 3D zobrazení rastrových dat v reálném čase
|
|
|
Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků
Čapek, Martin ; Kubínová, Lucie ; Janáček, Jiří ; Hána, K. ; Smrčka, P.
Objemová vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků se skládá z následujících kroků: nařezání preparátu na tenké fyzické řezy, nasnímání překrývajících se obrazových dat z fyzických řezů, horizontální skládání překrývajících se obrazových dat s použitím registrace do 3D sub-obrazu reprezentující jeden fyzický řez, vertikální skládání sub-obrazů fyzických řezů s použitím elastické registrace do výsledné 3D reprezentace biologického preparátu a vizualizace 3D obrazu s využitím VolumePro hardware
|
|
|
Vizualizace velkých biologických tkáňových vzorků s použitím laserové konfokální mikroskopie
Čapek, Martin ; Kubínová, Lucie ; Hána, K. ; Smrčka, P.
Objemová rekonstrukce je metoda sloužící k vizualizaci trojrozměrné struktury biologických vzorků, jejichž velikost může být větší než je horizontální či axiální zorné pole snímacího systému (v našem případě laserového konfokálního mikroskopu). Velké vzorky je nutné nařezat na tenké fyzické řezy. Pak se snímají všechny sousedící a překrývající se objemové obrazy v rámci jednotlivých fyzických řezů (kompenzace omezeného horizontálního zorného pole). Takové sousedící obrazy se dále získají pro všechny sériové fyzické řezy (kompenzace omezeného axiálního zorného pole)
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.