|
|
Příprava a charakterizace hydrogelů na bázi kationaktivního biopolymeru
Tesařová, Barbora ; Mravec, Filip (oponent) ; Smilek, Jiří (vedoucí práce)
Předložená práce se zabývá přípravou a charakterizací hydrogelů na bázi kationaktivního biopolymeru a anionaktivního tenzidu. Jakožto vhodný zástupce kationaktivního polymeru byl zvolen chitosan, díky jeho biokompatibilitě a biodegradabilitě, a N,N,N-trimethylchitosan, který byl v rámci závěrečné práce syntetizován z chitosanu. Výsledný produkt syntézy byl charakterizován pomocí SEC-MALS, elementární analýzy, infračervené spektroskopie a nukleární magnetické rezonance. U tohoto biopolymeru a jeho methylovaného ekvivalentu byly zkoumány jejich interakce se zástupci anionaktivních tenzidů, a to dodecylsulfátu sodného a tetradecylsulfátu sodného. Hlavní metodou této práce byla reologie, pomocí níž byly studovány připravené hydrogely chitosanu s tenzidy i připravené mikrogely N,N,N-trimethylchitosanu s tenzidy. Interakce mezi polymery a tenzidy tedy byly prokázány.
|
|
|
Mutations in MLH1 gene and MSI status as molecular characteristics of sporadic colorectal cancer
Čaja, Fabián ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Kadlecová, Jitka (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je jedním z nejrozšířenějších maligních onemocnění v České republice. Obecně existují dvě molekulární dráhy vedoucí k CRC: první je dráha chromozomální nestability, druhá pak souvisí s poruchou reparace chybně zpárovaných bází DNA (MMR). Gen MutH homologue 1 (MLH1) je jedním z členů genové rodiny opravy chybného párování bazí (MMR) a představuje klíčovou součást systému MMR, zodpovědného ve spolupráci s dalšími významnými proteiny za opravu poruch párování v DNA, vzniklých během replikace. Jak vyplývá z literatury, somatické mutace v MMR genech, včetně genu MLH1, jsou atributem sporadické formy CRC s deficientním MMR systémem. Cílem této práce byla analýza somatických změn v MLH1 genu a stanovení statutu mikrosatelitové nestability (MSI) v souboru 99 DNA vzorků od 96 pacientů s diagnózou sporadické formy CRC. Mutace byly detekovány pomocí HRM techniky. Pozitivní vzorky byly následně ověřovány automatickým sekvenováním. V genu MLH1 byly nalezeny především genové varianty: Identifikovali jsme dvě nové varianty, jednu v exonu 2 na pozici c.. 204 C>G, p. Ile68Met (98 C/C, 1C/G) a druhou v exonu 11 na pozici c. 973 C>T, p. Arg325Trp (98 C/C, 1 C/T). Pouze varianta c.. 204 C>G byla stanovena jako somatická, všechny další varianty byly tzv. "germ line" (varianty zárodečné...
|
|
|
Vliv modifikací rRNA na syntézu proteinů
Kročová, Eliška ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Ribosom je supramolekulární útvar, který zprostředkovává syntézu veškerých buněčných proteinů a je tedy nezbytný pro její život. To, že jsou některé nukleotidy ribosomální RNA modifikovány je známo už čtyřicet let. Teprve v dnešní době se však daří hlouběji studovat, jak jsou jednotlivé modifikace syntetizovány i to, jaký je jejich vliv na vznik a funkci ribosomu. Některé konkrétní nukleotidové modifikace mají význam při vzniku ribosomu (například m1 acp3 Ψ1191 SSU), u některých byl pozorován vliv na správnou funkčnost ribosomu (například Um2921, Gm2922, Ψ2923 LSU, m1 acp3 Ψ1191 SSU). Většina modifikovaných nukleotidů v eukaryotní rRNA je rozpoznávána malými jadérkovými RNA (snoRNA). Několik málo nukleotidů je však rozpoznáváno a následně modifikováno specifickými proteiny. Tyto proteiny hrají i zásadní roli ve zrání ribosomu. Předložená práce přehledně shrnuje současné znalosti o úloze nukleotidových modifikací v ribosomální RNA při vzniku, zrání a funkci ribosomu.
|
|
|
Lokalizace metylačních míst transposonů
Kmeť, Miroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.
|
|
|
Využití difuzních technik při studiu reaktivity biokoloidů
Kalina, Michal ; Maršálek, Roman (oponent) ; Mráček, Aleš (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Hlavní náplní této dizertační práce je využití jednoduchých difúzních technik pro studium transportu měďnatých iontů v systémech obsahujících huminové kyseliny s ohledem na další vlivy, které mohou na tento děj působit (struktura difúzního prostředí, interakce mezi transportovanou látkou a difúzním prostředím, selektivní blokace vazebných míst huminových kyselin). V experimentální části práce byly nejprve charakterizovány použité materiály (huminové kyseliny, huminový sol a huminový gel). Klíčovou oblast experimentální části práce představuje výběr a optimalizace jednoduchých laboratorních technik vhodných pro studium problematiky transportu kovových iontů v prostředí obsahující huminové kyseliny, s přihlédnutím na vzájemnou interakci komponent v systému. Získané difúzní charakteristiky byly v práci rovněž srovnány s daty stanovenými jednoduchými sorpčními experimenty. Dílčím úkolem experimentální části práce bylo rovněž posouzení působení základních fyzikálně-chemických parametrů studovaných materiálů na transportní jevy.
|
|
|
Frakční složení kovových iontů v huminových gelech
Potočková, Jana ; Gregorová, Eva (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Práce se zabývá sílou vazby kovových iontů v huminových gelech. Ke studiu bylo použito několik vzorků huminových kyselin tak, aby mohl být posouzen vliv postupu izolace vzorků a jejich výsledných vlastností na sílu vazby kovových iontů v jejich komplexech. U části vzorků byly blokovány některé funkční skupiny pomocí metylace. Množství aktivních funkčních skupin v jednotlivých vzorcích byla stanovena standardními titračními metodami. Kovové ionty vázané v huminových komplexech byly rozděleny do několika frakcí pomocí extrakce různými činidly (destilovaná voda, 1M MgCl2, 1M HCl a 0,025M NH4EDTA). Byly použity dvě extrakční metody: kontinuální a frakční. Při frakční extrakci probíhá vyluhování kovových iontů v jednotlivých činidlech vždy z původního komplexu, zatímco při kontinuální extrakci probíhá vyluhování postupně ve všech extrakčních činidlech v pořadí podle vzrůstající afinity činidla, tj. síly vazby kovových iontů ve vzorcích. Množství kovových iontů ve výluzích po extrakcích bylo stanoveno pomocí UV-VIS spektrometrie.
|
|
|
Vliv reaktivity na transport kovových iontů v huminových gelech
Smitalová, Michaela ; Pabst, Willi (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem difúze měďnatých iontů v huminových hydrogelech. Hydro-gely byly připraveny z několika vzorků huminových kyselin lišících se způsobem a pod-mínkami jejich izolace z původních matric. U vybraných vzorků huminových kyselin byla provedena selektivní blokace reaktivních funkčních skupin (COOH, OH) metylací pomocí trimetylsilyl-diazometanu. Úspěšnost provedené metylace a zablokování funkčních skupin byla ověřeny pomocí FT-IR spektrometrie. Byla provedena sada difúzních experimentů. Experimentální uspořádání bylo voleno tak, aby pro zpracování dat mohl být využit mate-matický aparát okamžitého plošného zdroje. Základem použité metody bylo stanovení roz-ložení koncentrace měďnatých iontů v hydrogelech, jejich plátkováním, extrakcí do roztoku a stanovením koncentrací v extraktech pro jednotlivé plátky pomocí UV-VIS spektro-metrie. Na základě získaných experimentálních dat poté byly určeny efektivní difúzní koe-ficienty. Výsledné hodnoty v sobě zahrnují jak vliv struktury jednotlivých hydrogelů, tak vliv jejich reaktivity vůči měďnatým iontům. U vybraných vzorků byly připraveny gely s definovaným obsahem blokovaných funkčních skupin, což umožnilo prozkoumat vliv reaktivity na difúzi měďnatých iontů bez zásadních změn ve struktuře gelu (pórovitost). Blokace funkčních skupin se projevila v nižších hodnotách difúzních koeficientů v porovnání s gely připravenými z huminových kyselin takto nemodifikovaných. Byl též prokázán vliv postupu izolace huminových kyselin a jejich vlastností na difuzivitu.
|
|
|
Charakterizace methylovaných huminových kyselin
Solná, Irena ; Kislinger, Jiří (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Hlavní náplní této bakalářské práce bylo vhodně charakterizovat vlastnosti methylovaných huminových kyselin. Byla provedena rešerše o modifikacích kyselých funkčních skupin huminových látek a byly vybrány vhodné experimentální metody pro posouzení vlivu methylace karboxylových skupin na vlastnosti huminových kyselin, kdy methylací huminových kyselin se snažíme vylepšit jejich stálost při práci s nimi. Vzorek methylovaných huminových kyselin, vyrobený na Université de Poitiers ve Francii, byl zkoumán následujícími metodami: UV-VIS spektrometrie, FT-IR spektrometrie, fluorescenční spektrometrie a termická analýza - TGA, DSC. Stupeň methylace karboxylových funkčních skupin u methylovaných huminových kyselin byl posuzován pomocí nepřímé titrace. Výsledky byly srovnány s původním vzorkem bez methylace. Byl též zkoumán vliv gelace na vlastnosti methylovaných i nemethylovaných huminových kyselin.
|
|
|
One more drop for decreasing reproduction
Dvořáková-Hortová, K. ; Šídlová, A. ; Děd, Lukáš ; Hladovcová, D. ; Vieweg, M. ; Weidner, W. ; Steger, K. ; Stopka, P. ; Paradowska-Dogan, A.
Toxoplasma gondii is a common protozoan parasite that infects warm-blooded animals throughout the world, including mice and humans. During infection, both, the parasite and the host, utilize various mechanisms to maximize their own reproductive success. Mice and humans are both the intermediate hosts for Toxoplasma gondii, which forms specialized vacuoles containing reproductive cysts in the formers’ tissue. As half of the human population is infected, developing a disease called toxoplasmosis, along with an ever-growing number of couples suffering with idiopathic infertility, it is therefore surprising that there is a lack of research on how T.gondii can alter reproductive parameters. In this study, a detailed histometric screening of the testicular function along with the levels of the pituitary luteinizing hormone (LH) were analysed in infected mice. Data on relative testis and epididymis weight, and sperm count were also collected. Based on the results obtained, the level of LH in the urine of Toxoplasma gondii infected mice was lower compared to the control. In direct correlation with the hormone level, testicular function and sperm production was also significantly lower in T. gondii positive group using sperm count and histometric analysis as a marker. Not only were the number of leptotene primary spermatocytes and spermatids lowered, but the number of Sertoli cells and the tubule diameter were elevated. In parallel, a pilot epigenetic study on global testicular methylation, and specific methylation of Crem, Creb1 and Hspa1genes essential for successfully ongoing spermatogenesis was performed. Global methylation was elevated in Toxoplasma infected mice, and differences in the DNA methylation of selected genes were detected between the Toxoplasma positive and control group. These findings demonstrate a direct relation between T. gondii infection and the decrease of male reproductive fitness in mice, which may contribute to an increase of infertility in humans.
|
|
| |
host ::
RSS.