|
Evoluce eukaryotických ABC transportérů
Žárský, Vojtěch ; Doležal, Pavel (oponent) ; Tachezy, Jan (vedoucí práce)
V posledních dvaceti letech probíhal intenzivní výzkum v oblasti ABC transportérů. Zájem o tyto membránové transportéry je zapříčiněn především tím, že některé ABC transportéry hrají roli v rezistenci rakovinných buněk a patogenů vůči používaným léčivům. Tento lékařský aspekt ABC transportérů byl ve výzkumu pochopitelně výrazně upřednostňován. Z pohledu obecných fyziologických funkcí a evoluce byly pak ABC transportéry přehlíženy. V této práci se proto zaměřuji na evoluci eukaryotických ABC transportérů, přehled ABC transportérů parazitických protist a na mitochondriální ABC transportéry, které jsou nejkonzervativnějšími eukaryotickými ABC transportéry.
|
|
Kinetoplastids biology, from the group phylogeny and evolution into the secrets of the mitochondrion of one representative: \kur{Trypanosoma brucei}, the model organism in which new roles of the evolutionary conserved genes can be explored
TÝČ, Jiří
This thesis is composed of two topics, for which trypanosomatids and evolution are common denominators. First part deals with phylogenetic relationships among monoxenous trypanosomatids, with emphasis on flagellates parasitizing dipteran hosts, analyzed mainly from biogeographical and evolutionary perspectives. Second part focuses on the trypanosomatid Trypanosoma brucei, causative agent of severe diseases, which serves as a model organism for functional studies of evolutionary conserved mitochondrial proteins, in particular those involved in replication, maintenance and expression of the mitochondrial genome, also termed the kinetoplast. This thesis identified the mtHsp70/mtHsp40 chaperone machinery as an essential component of replication and maintenance of the kinetoplast, and also identified numerous conditions under which mtHsp70 has a tendency to aggregate. Moreover, several conserved proteins, previously identified to be part of the mitochondrial ribosome, were shown to be important for translation of the mitochondrial transcripts.
|
|
Evoluce hrabošovitých hlodavců (Mammalia: Cricetidae): fylogenetický přístup
ROBOVSKÝ, Jan
Předkládaná disertační práce se zabývá evolucí hrabošivitých hlodavců (Cricetidae) na základě fylogenetického přístupu. Fylogenetické vztahy hrabošovitých byly analyzovány na základě dvou genů (mitochondriální cytochrome b a jaderný GHR exon 10) a cca 470 morfologických, ontogenetických, ekologických, behaviorálních a karyologických znaků. Práce se skládá ze čtyř hlavních témat: (i) Fylogeneze hrabošovitých (Robovský et al. 2008: Zool. Scr. 37: 571-590); (ii) Postavením fosilních zástupců a morf
|
| |
|
Evoluce mastigontu ve skupině Excavata
Táborský, Petr ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Až v poslední době dochází k odhalení obrovské rozmanitosti eukaryotických organizmů. Jednou z velkých skupin jsou Excavata. Zkoumání organizmů této skupiny je velmi důležité jak z teoretického, tak z praktického hlediska. Mnoho autorů se domnívá, že v této skupině leží kořen eukaryot, a svědčí pro to mnohé studie. Náleží sem i organizmy, které mají nejméně odvozený mitochondriální genom. Několik zástupců ze skupiny Excavata jsou významní lidští patogeni. V první části se práce věnuje historickému přehledu utváření taxonomické skupiny Excavata, včetně pojednání o skupině Archezoa. V další části se soustřeďuje na obecný popis mastigontu (bazální tělíska a s nimi spojený cytoskelet z mikrotubulárních i nemikrotubulárních struktur). V poslední části se práce zabývá popisem mastigontu u různě odvozených organizmů ze skupiny Excavata, které mohou být jak volně žijící, tak endobitické.
|
| |
|
Stanovení koagulačního faktoru VIII zhodnocení výsledků různých metod v závislosti na typu kauzální mutace v genu pro faktor VIII u pacientů s hemofilií A
HOUSKOVÁ, Kateřina
Hemostáza je pro život nezbytná, jedná se o schopnost organizmu zastavit krvácení a současně udržet tekutost krve v neporušeném cévním řečišti. Faktor VIII je nazýván antihemofilický globulin nebo antihemofilický faktor. Jedná se o plazmatický glykoprotein, tvořený dvěma nekovalentně spojenými řetězci. Z těžkého, složeného z domén A1-A2-B a z lehkého, složeného z domén A3-C1-C2. Aktivita FVIII se měří historicky dvěma způsoby a) jednofázovou metodou, kdy je směs plazmy s deficitem FVIII a pacientské plazmy testována pomocí testu APTT a v případě nedostatku FVIII v pacientské plazmě dochází k prodlužování času měření; b) dvoufázovou metodou, kdy v prvním kroku dochází k tvorbě FVIIIa a FXa a v druhé fázi se tvoří trombin a fibrin. Dvoufázová metoda je náročnější na provedení, a proto se postupně přestala používat. Po vyvinutí chromogenních substrátů byla tato metoda nahrazena metodou chromogenní, kdy v prvním kroku za přítomnosti FIXa, fosfolipidů a Ca2+ dojde k vytvoření FVIIIa a FXa a ve druhém kroku vznikne přidáním chromogenního substrátu žluté zabarvení. Deficit FVIII způsobuje závažné krvácivé onemocnění, hemofilii A. Měření jsem prováděla od května do září 2013 v laboratoři pro poruchy hemostázy v Ústavu hematologie a krevní transfuze v Praze, kde jsem zaměstnaná. Vyšetřila jsem celkem 76 pacientů, hemofiliků A, kteří byli minimálně 8 dní bez jakékoli léčby nebo substituce. Pacientským vzorkům jsem přiřadila čísla, aby byla zajištěna anonymita pacientů. Pracovala jsem na automatickém koagulačním analyzátoru STA-R Evolution? od firmy Diagnostica Stago, a.s.a., který pracuje na principu fotometrie a chronometrie. Stanovovala jsem faktor VIII jednofázovou koagulační a dvoufázovou chromogenní metodou a porovnávala jsem výsledky. Genetická část byla zpracována v genetické laboratoři, která je součástí našeho oddělení. Získané výsledky obou metod u 76 pacientů jsem zpracovala do tabulky i grafu. V souboru bylo 14 (18%) středně těžkých a 56 (74%) lehkých hemofiliků, dále 6 (8%) hemofiliků, kteří nesplňovali kritérium lehké hemofilie A, ale klinicky spadali mezi lehké hemofiliky. Na základě přijatého kritéria jsme zjistili, že 15 (20%) pacientů mělo poměr FVIII:C1st/FVIII:Chr nebo FVIII:Chr/FVIII:C1st 0,6, výrazně se tedy u nich lišili hodnoty FVIII stanovené jednofázově koagulačně a FVIII stanovené dvoufázově chromogenně. Celkem u 11 pacientů byla aktivita FVIII vyšší u jednofázové koagulační metody. Z toho u 3 pacientů FVIII:C1st byl dokonce na hranici normy, zatímco FVIII chromogenně byl v průměru 16%. U 14 pacientů s rozdílnými výsledky se nám podařilo najít kauzální mutaci ve FVIII, u 1 pacienta jsme genetiku nemohli vyšetřit z důvodu chybějícího genetického materiálu. Mutace u pacientů s nižší aktivitou FVIII chromogenní dvoufázovou metodou byly soustředěny převážně do A3 domény, mutace u pacientů s nižší aktivitou FVIII jednofázovou koagulační metodou byly soustředěny v doméně A2. Z prezentovaných výsledků vyplývá, že každý pacient s lehkou a středně těžkou hemofilií A by měl mít stanoven FVIII oběma metodami.
|
|
Structure and evolution of efflux pump in gramnegative bacteria.
Gálová, Diana ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Matyska Lišková, Petra (oponent)
Rezistencia mikroorganizmov na antibiotiká je významným problémom a neustále pribúda prípadov patogénnych baktérií rezistentných na bežne užívané antibiotiká. K jedným z hlavných mechanizmov rezistencie u gramnegatívnych baktérií patrí aktívny eflux, schopný udržovať intracelulárnu koncentráciu noxy pod toxickou úrovňou. Efluxné pumpy radíme do piatich rodín transportérov, fungujúcich prevažne na princípe transportu drogy voči protónu, v menšom zastúpení na hydrolýze ATP. U patogénov sú hlavnou príčinou rezistencie pumpy so širokou substrátovou špecifitou, tzv. MDR (multidrug resistance) pumpy, zastúpené hlavne RND nadrodinou. Pôvodcom efluxných púmp sú pravdepodobne producenti antibiotík a organizmy vystavené vo svojom prirodzenom prostredí toxickým látkam. K šíreniu do iných baktérií potom dochádza horizontálnym génovým transférom. Usudzuje sa, že efluxné pumpy sa vyvinuli z transportérov pôvodne zaobstarávajúcich fyziologické funkcie ako transport endogénnych substrátov.
|
|
Protein import into mitochondria and peroxisomes of parasitic protists
Žárský, Vojtěch ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Předkládaná práce vychází ze tří projektů, kterým je společný zájem o evoluci eukaryotických organel a molekulárních systémů importu proteinů. První projekt poukazuje na možnost, že se peroxisomy (typické organely aerobních eukaryot) zachovaly u anaerobní skupiny Archamoebae, která zahrnuje parazita Entamoeba histolytica a volně žijícího prvoka Mastigamoeba balamuthi. Nejsilnějším vodítkem byl nález proteinů homologních ke známým komponentám peroxisomálního importu proteinů. Cílem druhého projektu je charakterizovat neznámou proteinovou translokázu vnitřní membrány mitosomů (redukovaných mitochondrií) u anaerobního prvoka Giardia intestinalis, kde se podařilo objevit podjednotku Tim44 této translokázy. Poslední projekt ukazuje, že translokáza vnější mitochondriální membrány trypanosomatid je příbuzná typické eukaryotické translokáze Tom40. Toto zjištění je důležité, neboť nepřítomnost Tom40 byla dříve považována za jeden z ancestrálních znaků trypanosomatid.
|
|
Regulation of pre-mRNA splicing in S. cerevisiae: where RNA cooperates with proteins.
Gahura, Ondřej ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pospíšek, Martin (oponent) ; Staněk, David (oponent)
Ondřej Gahura, Dizertační práce 2011 Regulace sestřihu pre-mRNA v S. cerevisiae: kooperace RNA a proteinů Abstrakt Odstraňování intronů z transkriptů probíhá prostřednictvím sestřihu v reakci katalyzované velkým jaderným komplexem - spliceosomem. Sestřih je nesmírně komplikovaný a dynamický proces, v němž koordinované fungování pěti malých molekul RNA a řady proteinů zajišťuje splnění požadavků na extrémní přesnost a flexibilitu. Pro důkladné pochopení sestřihu pre-mRNA je nezbytné rozklíčovat role jednotlivých komponent spliceosomu a porozumět všem dílčím mechanismům. První část práce se zabývá rolí sestřihového faktoru Prp45 v kvasince Saccharomyces cerevisiae. Mapování genetických interakcí alely prp45(1-169) ukazuje na vztah mezi Prp45, NTC komplexem a druhým sestřihovým krokem. Analýza interakcí pomocí dvouhybridního systému a purifikace sestřihových komplexů dokladuje roli C-koncové části Prp45 v regulaci a/nebo vyvazování helikázy Prp22 do spliceosomu. Experimenty s reportérovými substráty prokazují, že Prp45 je vyžadován pro efektivní sestřih určité skupiny intronů. Naše pozorování podporují hypotézu, že role Prp45 v sestřihu je konzervována v evoluci. Druhá část práce je věnována studiu vlivusekundárních struktur intronů na identifikaci 3' sestřihových míst (3' splice site; 3'ss). Ukázali jsme, že...
|
host ::
