|
Probiotics in food products for children
Vozárová, Petra ; Kvasničková, Eva (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Despite of the high level of science and medicine, people are trying to return to the nature and use it for their lives. For example, they are using probiotics, which are live cultures able to reside in the human intestine and there can start their role. The teoretical part of this bachelor thesis deals with probiotic bacteria, their properties and those properties which are important in the food industry and the main part focuses on the probiotics used in baby food. The experimental part of the thesis targets on an analysis of two probiotic supplements for children (BioLac Baby and Probacílium+). There was a DNA isolated from these two products by method of phenol extraction and using magnetic media. The whole DNA isolated from these products was amplificated by genus-specific PCR.
|
|
Město při oceánu
Holcnerová, Lenka ; Kyselka, Igor (oponent) ; Mléčka, Jan (vedoucí práce)
PROJEKTY MEZI MOŘEM A ZEMÍ Pro zabývání se městy ležícími na oceánu v ateliérovém modulu magisterského studia pod vedením Ing. arch. Jana Mléčky pro mě byly zásadní dva podněty: tříletý studijní a pracovní pobyt v Portugalsku, Lisabonu – metropoli na břehu oceánu, který se hluboce propisuje do jejího DNA, světlo, tempo, priority, historie, odvaha, síla, věčnost, jednoduchost, plachetnice, elegance. A workshop pořádaný londýnskou AA v únoru 2011 v Dubrovníku s přednáškami Vedrana Mimici a Johna Palmesina o souvislostech, městech, rozrůstání, kvalitě (městského) života, politice, se studiem teritoria jihochorvatského pobřeží pod dohledem Krunoslava Ivanišina a s navrhováním plovoucí platformy, která simultánně řešila několik úskalí jihochorvatského regionu. Čím více se nořím do oceánů, tím více mě fascinuje pobřežní linie. Na této vzácné, nebezpečné, fraktálové hranici se odehrávají největší změny a dramata ale také, nebo právě proto představuje největší možnosti. (Proto také již sama pro sebe neříkám mojí práci Města při oceánu ale Mezi mořem a zemí.) - Při mapování pobřežní linky jsem narazila na několik faktů: 1. principy stavění na pobřeží jsou velmi podobné po celém světě 2. dají se vystopovat obecně platné evoluční stupně využívání pobřeží. Fyzické i funkční. 3. v mnoha případech se ovšem potenciál oceánu znehodnocuje našimi vlastními zásahy Na základě těchto skutečností jsem hledala další evoluční stupeň využívání pobřeží. - V Lisabonu jsem navštívila výzkumný institut Ocean Energy Systems, kde 30 mladých strojních inženýru intenzivně pracuje na zdokonalovaní principu, strojů na získáváni energie z oceánu. Aby byly tyto jednoduché, brilantní stroje účinné musí byt obří. Okamžitě když jsem spatřila generátor na ostrově Pico, bylo mi jasné, že se podobné principy nemusí respektive nemohou oplocovat (a zabírat tak tuto vzácnou linku/hranici mezi mořem a zemí) ale naopak architektonicky pojmout tak, abychom s nimi žili v symbióze na pobřeží. Navrhuji bodové principy aplikovatelné dle profilu pobřežní linky – jeden lineární princip a projekt maximálního využití. - Vytvořila jsem struktury, které se zasouvají do systému, který funguje na předávání energie.
|
|
Cílení umělých virových partikulí polyomaviru na buňky nádoru prostaty
Suchanová, Jiřina ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent)
Cílem této práce je prozkoumat potenciál, který nabízejí umělé virové částice (virus-like particles, VLPs) odvozené od myšího polyomaviru (MPyV) jako vektory pro řízenou dopravu terapeutických a diagnostických látek do specifických buněk. Hlavní kapsidový protein myšího polyomaviru má schopnost se samovolně uspořádávat do neinfekčních VLPs. Naší snahou je přesměrovat vazbu VLPs z přirozeného receptoru na prostatické nádorové buňky pomocí změny v povrchové smyčce proteinu VP1, která je odpovědná za vazbu na receptor. Do BC smyčky VP1 proteinu jsme inzercí nebo záměnou vložili sekvenci peptidového ligandu CTITSKRTC, který se váže na prostatický specifický membránový antigen (PSMA). Tyto modifikace neměly vliv na stabilitu částic a v případě záměny došlo ke ztrátě schopnosti VP1 proteinu vázat přirozený receptor. Specifická vazba modifikovaných VLPs na PSMA byla testována metodou "pull-down assay" a technologií rezonance povrchových plazmonů. Abychom mohli dále využít tyto VLPs pro dopravu látek do buněk, testovali jsme různé způsoby jejich přípravy. Pomocí metody zabalení DNA do VLPs v přítomnosti jaderných extraktů, která napodobuje in vivo podmínky, se nám sice nepodařilo produkovat pseudokapsidy, ale úspěšně jsme optimalizovali postup pro rozložení a opětovné složení purifikovaných částic. Tento...
|
|
Faktory interagující s bakteriální RNA polymerázou
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Bakteriální buňka musí umět rychle měnit svou genovou expresi, aby přežila nestálé okolní podmínky. Nejvýznamnější úrovní, na které dochází ke změnám genové exprese, je transkripce. Klíčovým enzymem transkripce je RNA polymeráza (RNAP), která je regulována transkripčními faktory (TF). Tyto faktory působí na RNAP různými způsoby. V této práci je vytvořen přehled různých bílkovin a jiných faktorů, vlivu jejich funkce na transkripci a mechanismy jejich účinku. Faktory se dají rozdělit podle mnoha kritérií. Hlavním kritériem, podle kterého je sepsána i tato práce, je způsob interakce s RNAP: TF dělíme podle toho, zda se vážou jen na RNAP, nebo vážou DNA a RNAP, nebo interagují s RNA a RNAP. Tato práce přináší ucelený pohled na různé TF, kombinací jejichž působení může bakteriální buňka vytvářet přesnou a žádoucí odpověď genové exprese na změny vyvolané vnějším prostředím.
|
|
Změny proteomu maligních buněk navozené krátkodobým působením valproové kyseliny
Kostrouchová, Markéta ; Mandys, Václav (vedoucí práce)
Nádory jsou klonální onemocnění mnohobuněčných organismů, které vznikají akumulací genetických mutací a postupnou indukcí epigenetických jevů jež mají za následek transkripční útlum tumor supresorových genů a naopak aktivací exprese tumor propagujících genů. Toto umožňuje nádorovým buňkám, v kombinaci se změněnou odpovědí hostitelského organismu, aby překonaly regulační kaskády, které řídí správnou kooperaci buněk v mnohobuněčném organismu. Epigenetická regulace se uskutečňuje na úrovni DNA metylací CpG ostrůvků a na úrovni post-translační modifikace chromatinových proteinů, histonů na prvním místě. Post-translační modifikace histonů zahrnuje fosforylaci, acetylaci, metylaci, biotinylaci, poly(ADP ribosylaci), ubiqvitinaci a sumoylaci. Histonová acetylace je spojena s transkripční aktivací neboli "otevřeností" chromatinu k regulaci transkripčními faktory. Histony jsou acetylované histon acetyltransferásami (HATs, histone acetyltransferases). Histonová acetylace je dynamický proces, který je zvrátitelný histon deacetylásami (HDACs, histone deacetylases), což jsou enzymy odstraňující acetylový zbytek z acetylovaných histonů. Snížená genová exprese navozená nízkou acetylací histonů je součástí nádorově specifického transkripčního profilu, který je charakterizován utlumenou expresí nebo kompletní eliminací...
|
| |
|
Molecular-genetic Study of Polygenic Diseases with a Special Focus on Diabetes Mellitus
Čejková, Pavlína
Mgr. Pavlína Čejková MOLEKULÁRNĚ GENETICKÁ STUDIE POLYGENNÍCH ONEMOCNĚNÍ SE ZVLÁŠTNÍM ZAMĚŘENÍM NA DIABETES MELLITUS Abstrakt Polygenní onemocnění s komplexní dědičností představují vzrůstající zdravotnický problém a zátěž. Cílem této práce bylo přispět ke stávajícím znalostem genetického pozadí některých komplexních chorob, konkrétně T-buněčného lymfomu střeva (ETL), typu 1 a 2 diabetes mellitus (T1D a T2D), systémového lupus erytematosus, revmatoidní artritidy a psoriatické artritidy, díky čemuž by bylo možné lépe porozumět patogenezi těchto onemocnění a zlepšit jejich diagnózu, prognózu i léčbu. U ETL byla doposud známá amplifikace na chromosomu 9q zpřesněna mikrosatelitní analýzou a zúžena na oblast 9q34, kde byla pomocí kvantifikace genomické DNA metodou kvantitativní PCR potvrzena amplifikace obou kandidátních genů, ABL1 a NOTCH1. HLA typizace T1D pacientů manifestujících své onemocnění v dětském a v dospělém věku a pacientů LADA odhalila částečně rozdílné genetické predispozice, což zřejmě svědčí o odlišném působení environmentálních faktorů, jež s věkem narůstá, a alespoň částečně rozdílné imunogenetické etiologii u autoimunitního diabetes mellitus manifestovaného v dětství vs. v dospělosti. Dále, odlišné frekvence genových polymorfismů HLA a NFKBIA genů naznačují, že existují rozdíly ve vnímavosti...
|
|
Molekulárně-dynamické simulace komplexů nukleových kyselin enzymu RNase H
Bartek, Tomáš ; Burda, Jaroslav (oponent) ; Barvík, Ivan (vedoucí práce)
The aim of this diploma thesis was to study interactions between human Rase H enzyme and a natural and modified substrate using molecular dynamics simulations (altogether 9 MD runs ere produced). Conformational preferences of internucleotide linkages (undergoing contacts with the RNase H enzyme) were studied using several versions of the AMBER force field. Either one or two copies of RNase H were included into the simulated system. As the most important DNA-binding residues were recognized Trp93 and Ser101 in the first DNA binding site and Thr49 and Arg47 in the second DNA binding site. Further, the AMBER force field was re-parameterized slightly using ab initio calculations to produce force constants for the modified phosphonate internucleotide linkage. Biologically active version of the modified internucleotide linkage C3-O3-P-C-O5-C5 was able to bind Arg47 using two hydrogen bonds within the 10 ns MD run (even more effciently than in the case of MD runs with natural internucleotide linkages). On the other hand, the biologically inactive C3-O3-C-P-O5-C5 internucleotide linkage lose contacts with Arg47 quickly.
|
|
Non-invasive prenatal diagnosis based on the presence of extracellular fetal nucleic acids in maternal circulation
Vullum, Kristin ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce)
Prenatal diagnosis is now part of established obstetric practice in many countries. However, conventional methods of obtaining fetal tissues for genetic analysis, including amniocentesis and chorionic villus sampling, are invasive and constitute a finite risk to the unborn fetus. Approximately one procent end with abortion because of the procedure, even though the fetus is healthy. Other methods also exist, that without risks, can give information about certain conditions that the fetus might have. But a certain diagnosis can not be given without several different examination methods by a specialist. It has been a long-sought goal in human genetics to develop methods of obtaining fetal genetic materials for analysis, without putting a risk on the mother and fetus. Research in this field have been intensified the last years, mostly because of technologically improvements that have given us new techniques and new valuable information. Based on analysis of fetal nucleic-DNA in maternal blood, pregnant women are able to get a diagnosis that is totally risk free for the fetus. Unfortunately, with new technology there will always be new problems that need to be discussed and solved before they can be used in clinical practice. The ideal situation would be that there was some kind of world wide policy for the...
|
|
Vztahy vektor - patogen - hostitel na příkladu spirochét lymeské boreliózy (a viru klíšťové encefalitidy)
VAVRUŠKOVÁ, Zuzana
Tato práce byla zaměřena na studium vztahů mezi vektory, patogeny a hostiteli. Klíšťata hledající hostitele byla sbírána metodou vlajkování a testována na přítomnost DNA hostitelů klíšťat a DNA borélií v klíšťatech. Odchycení drobní savci byly vyšetřeni na přítomnost klíšťat a byla zjišťována intenzita infestace jedincův závislosti na stadiích klíšťat, pohlaví a velikosti těla hostitele. Získaná klíšťata byla vyšetřena na přítomnost DNA borélií a RNA viru klíšťové encefalitidy. Výsledky z identifikace hostitele a detekce patogenů byly porovnány a byly studovány vztahy mezi hostitelem, vektorem a patogenem.
|
host ::
