|
Determination of structure and dynamics of biomolecules by theoretical calculations of NMR spectroscopic parameters
Benda, Ladislav ; Sychrovský, Vladimír (vedoucí práce) ; Munzarová, Markéta (oponent) ; Hrabal, Richard (oponent)
iii Abstrakt Název: Určování strukturních a dynamických vlastností biomolekul pomocí teoretických výpočtů parametrů spekter NMR Autor: Ladislav Benda, ladislav.benda@gmail.com Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Dr. Vladimír Sychrovský, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i., vladimir.sychrovsky@uochb.cas.cz Abstrakt: Předkládaná doktorská práce se zaměřuje na teoretické modelování parametrů spekter nukleární magnetické rezonance (NMR) v peptidech a nukleových kyselinách. Mo- delovány byly především závislosti NMR parametrů na molekulární struktuře a solvataci. Velký důraz byl kladen na porovnání vypočtených dat s experimentem. Studovanými modely byly především di-peptid l-alanyl-l-alanin (AA) a fosfátová skupina páteře nuk- leových kyselin. Na základě výpočtů se podařilo určit konformace všech tří nabitých forem AA v roztoku a vysvětlit experimentálně pozorované změny NMR parametrů při změnách pH. Byly kalibrovány závislosti NMR kros-korelovaných relaxačních rychlostí na geometrii molekuly AA. 31 P NMR parametry ve fosfátu nukleových kyselin byly systema- ticky modelovány v závislosti na konformaci a solvataci fosfátu. Navrhli jsme pravidla pro...
|
|
Analýza hlasování v PS parlamentu ČR
Ventruba, Štěpán ; Vrabec, Michal (vedoucí práce) ; Řezanková, Hana (oponent)
Tato bakalářská práce přináší náhled na hlasování poslanců a stran v Poslanecké sněmovně Parlamentu České republiky. Pomocí popisných charakteristik, kontingenční analýzy a chí-kvadrát testů jsou zkoumány existence a intenzita závislostí hlasování poslanců a politických stran, jejich aktivita, shoda uvnitř stran, shoda mezistranická a shoda s hlasováním vládní koalice či opozice. V průběhu práce byl zjištěn velmi významný vliv změny jednacího řádu Poslanecké sněmovny na vnímání aktivity poslanců.
|
|
CO2 efflux in different types of ecosystems
Dařenová, Eva
Ve třech různých ekosystémech byl sledován tok CO2 z půdy (smrkový les, bukový les a mokřad) a na jednom stanovišti tok CO2 z celého ekosystému (louka). Manuální a automatická kontinuální měření byla prováděna během růstové sezóny v letech 2008 -- 2012. Byly sledovány faktory ovlivňující prostorovou variabilitu a časovou dynamiku toku CO2. Časová dynamika byla řízena především teplotou půdy, dále také vlhkosti půdy, která měla i vliv na prostorovou variabilitu toku CO2. Tato prostorová variabilita závisela také například na množství nadzemní biomasy nebo tloušťce opadu. Dále byl sledován rozdíl závislosti toku CO2 z půdy na teplotě v závislosti na denní době, kdy byla měření toku CO2 prováděna. Tyto rozdíly pak následně ovlivňovaly i stanovení množství CO2 uvolněného z půdy za celou sezonu. V poslední části práce byl sledován okamžitý i dlouhodobý vliv změny distribuce srážek a vliv sucha simulovaného v první polovině růstové sezony na tok CO2 z lučního ekosystému.
|
|
Tři příběhy mezi Východem a Západem: "Ctnostný jinoch", "Božský milenec", "Obětování dítěte"
Špicová, Zuzana ; Vojvodík, Josef (vedoucí práce) ; Pokorný, Martin (oponent)
Práce se zabývá realizací tří syžetů - "Ctnostný jinoch", "Božský milenec" a "Obětování dítěte" - v různých literaturách Východu a Západu. U každého syžetu je představena jeho základní podoba, postavy/(arche)typy a motivy a jejich možné varianty v závislosti na kulturním, literárním a náboženském/mytologickém prostředí. S využitím historické a srovnávací poetiky jsou jednotlivé syžety sledovány od prvních dochovaných realizací v literaturách evropských i mimoevropských až po zpracování moderní. Důraz je kladen na konkretizaci a uspořádání jednotlivých motivů, proměny v závislosti na příslušném nábožensko-mytologickém rámci a na napětí mezi stejným a různým, obecným vzorcem a konkrétní realizací, typem a postavou.
|
|
Charakter proudění a šíření hydraulické odezvy ve vybraných jeskyních Moravského krasu
Kůrková, Iva ; Bruthans, Jiří (vedoucí práce) ; Knížek, Martin (oponent)
Tato práce je rozdělena do dvou částí. V první části se zabývám stopovacími zkouškami provedenými na několika lokalitách v Moravském krasu. V případě, že na stejném místě je k dispozici více stopovacích zkoušek provedených za různých průtoků, je možné zjistit závislosti rychlosti proudění, průměrné plochy průtočného řezu, podélné disperzivity a Pecletova čísla na průtoku. Z tohoto srovnání jsem interpretovala vlastnosti krasových kanálů, například, zda se jedná o plně zaplavený kanál, kanál s volnou hladinou nebo se v úseku nacházejí paralelní kanály. Dále jsem se zaměřila na srovnání mých výsledků s odbornými články věnujícími se stejné problematice jinde ve světě. V druhé části se věnuji záznamu hladiny a teploty vody ze tří čidel umístěných na různých místech jeskynního systému. Cílem bylo zjistit závislost rychlosti šíření hydraulické odezvy na průtoku. Bohužel výsledky tuto závislost nepotvrzují, rychlost šíření hydraulické odezvy pravděpodobně ovlivňuje řada dalších parametrů, např. změna délky plně zaplavených úseků.
|
|
Molekulárně genetická a klinicko-neurologická vyšetření u autozomálně recesivních forem dědičných neropatií Charcot-Marie-Tooth
Baránková, Lucia ; Bojar, Martin (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Voháňka, Stanislav (oponent)
Onemocnění Charcot-Marie-Tooth (CMT) neboli dědičná motorická a senzitivní neuropatie (HMSN) je klinicky a geneticky různorodá skupina periferních neuropatií. Je to nejčastější dědičné nervosvalové onemocnění, jehož prevalence se odhaduje na 1:2500- 1:10 000 (Skre, 1974; Berger et al., 2002). CMT se projevuje progresivní distální svalovou slabostí, atrofiemi a poruchou citlivosti, dříve a výrazněji vyjádřenými na dolních končetinách, deformitami nohou a sníženými až vymizelými myotatickými reflexy. Současná klasifikace CMT se opírá o elektrofyziologický typ neuropatie, typ dědičnosti a genetickou příčinu (Reilly, 2000). Na základě rychlosti vedení motorickými vlákny n.medianus je odlišován demyelinizační CMT 1 typ od axonálního CMT 2 typu (MNCV n.medianus, CMT1<38 m/s> CMT2) (Dyck a Lambert, 1968; Harding a Thomas, 1980). Někteří autoři definují i tzv. intermediární typ (MNCV n.medianus 30 - 40 m/s) (Davis et al., 1978). CMT se dědí všemi typy dědičnosti a v současnosti je známo přes 39 odpovědných genů (www.molgen.ua.ac.be/CMTMutations/). Výskyt AR forem se pohybuje mezi 10% až 60% v závislosti na frekvenci příbuzenských sňatků v dané populaci (Martin et al., 1999; Bouhouche et al., 2007). AR CMT mají často dřívější začátek a většinou rychlý a závažný průběh. Dosud je známých osm genů a dva lokusy...
|
|
Epistemic and root possibility meanings of can and may in written English
Remešová, Petra ; Dušková, Libuše (vedoucí práce) ; Hornová, Magdalena (oponent) ; Klégr, Aleš (oponent)
Práce se zaměřuje na možnostní významy anglických modálních sloves CAN a MAY a jejich préteritních tvarů MIGHT a COULD. Cílem práce je popsat užití těchto sloves, a to jak z hlediska vzájemné zaměnitelnosti, tak z hlediska výskytů v různých stylech. Práce je rozvržena do tří hlavních částí: teoretického úvodu (kapitoly 2 a 3), který představuje širší kontext zkoumané problematiky, tj. zejména oblast modality, a podává přehled přístupů ke studiu anglických modálních sloves popsaných v literatuře. Druhá část (kapitoly 5 - 8) prezentuje zjištěné výsledky týkající se výskytů jednotlivých sloves, se zaměřením na diskusi faktorů a kritérií, na jejichž základě lze epistemické a neepistemické možnostní významy odlišit. Tato dílčí zjištění jsou následně v závěrečné části (kapitoly 9 -12) shrnuta a porovnávána s ohledem na synonymní výskyty, hlavní odlišnosti v užití zkoumaných sloves, frekvenci užití nejen jednotlivých forem ale i významů v závislosti na stylistické diferenciaci a na možnosti užití analyzovaných modálních sloves jako prostředků atenuace (oslabení výpovědní síly, tj. 'hedging'). Kapitola 2, která definuje modalitu jako sémantickou kategorii reflektující vztah původce sdělení k jeho obsahu a pojednává o přístupech ke studiu anglických modálních sloves, představuje nezbytný teoretický základ pro...
|
|
Epistemic and root possibility meanings of can and may in written English
Huschová, Petra ; Dušková, Libuše (vedoucí práce) ; Hornová, Magdalena (oponent) ; Klégr, Aleš (oponent)
Práce se zaměřuje na možnostní významy anglických modálních sloves CAN a MAY a jejich préteritních tvarů MIGHT a COULD. Cílem práce je popsat užití těchto sloves, a to jak z hlediska vzájemné zaměnitelnosti, tak z hlediska výskytů v různých stylech. Práce je rozvržena do tří hlavních částí: teoretického úvodu (kapitoly 2 a 3), který představuje širší kontext zkoumané problematiky, tj. zejména oblast modality, a podává přehled přístupů ke studiu anglických modálních sloves popsaných v literatuře. Druhá část (kapitoly 5 - 8) prezentuje zjištěné výsledky týkající se výskytů jednotlivých sloves, se zaměřením na diskusi faktorů a kritérií, na jejichž základě lze epistemické a neepistemické možnostní významy odlišit. Tato dílčí zjištění jsou následně v závěrečné části (kapitoly 9 -12) shrnuta a porovnávána s ohledem na synonymní výskyty, hlavní odlišnosti v užití zkoumaných sloves, frekvenci užití nejen jednotlivých forem ale i významů v závislosti na stylistické diferenciaci a na možnosti užití analyzovaných modálních sloves jako prostředků atenuace (oslabení výpovědní síly, tj. 'hedging'). Kapitola 2, která definuje modalitu jako sémantickou kategorii reflektující vztah původce sdělení k jeho obsahu a pojednává o přístupech ke studiu anglických modálních sloves, představuje nezbytný teoretický základ pro...
|
|
Procedura SDKL - Miner pro dobývání znalostí z databází
Tegze, Miron ; Lín, Václav (oponent) ; Rauch, Jan (vedoucí práce)
SDKL-Miner je nová GUHA procedura pro dobývání znalostí z databází. Rozšiřuje systém LISp-Miner, který je vyvíjen na VŠE Praha. SDKL-Miner hledá nové potencionálně zajímavé hypotézy pomocí dvojice kontingenčních tabulek. Do procedury SDKL-Miner byl implementován jednoduchý kvantifikátor. Diplomová práce obsahuje testy a nalezené zajímavé hypotézy pro jednoduchý kvantifikátor společně s příklady užití kvantifikátoru. V práci jsou navrženy směry dalšího vývoje, jak pro proceduru SDKL-Miner, tak i pro celý systém LISp-Miner. Použití statistických testů závislosti a použití vektorové i maticové majorizace je podrobně rozebráno. Procedura je výsledkem kontinuálního vývoje akademického systému LISp-Miner pro dobývání znalostí z databází.
|
|
Studium nových typů nanotrubek Ti-NT, které lze použít jako plnivo do polymerní matrice
Brunátová, Tereza ; Kužel, Radomír (vedoucí práce) ; Valvoda, Václav (oponent)
Název práce: Studium nových typů nanotrubek Ti-NT, které lze použít jako plnivo do polymerní matrice Autor: Tereza Brunátová Katedra (ústav): Katedra fyziky kondenzovaných látek Vedoucí diplomové práce: doc. RNDr. Radomír Kužel, CSc. Abstrakt: Tato diplomová práce se snaží objasnit strukturu titanátových nanotrubek připravených pomocí hydrothermální syntézy TiO2 prášku v roztoku NaOH. Struktura titanátových nanotrubek byla zkoumána pomocí dvou komplementárních metod - rentgenové difrakce a transmisní elektronové mikroskopie. Také byla studována změna struktury v závislosti na změně velikosti a krystalové struktury výchozího TiO2 prášku. Byly vytvořeny tři různé modely pro dvě různé serie vzorků. Tyto modely byly následně použity pro výpočet práškového difrakčního záznamu, který byl následně porovnán se změřeným. Klíčová slova: titanátové nanotrubky, počítačové simulace práškových rengenový difrakční záznamů, rengenová difrakce, elektronová mikroskopie
|
host ::
