|
|
Studium velikosti genomu u protist
Lukeš, Jiří ; Čertnerová, Dora (vedoucí práce) ; Veselská, Tereza (oponent)
Tato bakalářská práce představuje současné poznání velikosti genomu u protist se zaměřením na popis a srovnání jednotlivých metod, které byly k řešení dané problematiky použité. Velikost genomu je znak charakteristický pro všechny živé organismy a zmíněny jsou i další fyziologické znaky, které s velikostí genomu souvisí. Z metod je největší důraz kladen na průtokovou cytometrii, která je považována za spolehlivou a v současnosti poskytuje nejvíce dat o velikosti protistních genomů. Krom průtokové cytometrie je zmíněn přínos celogenomového sekvenování k poznání velikosti protistních genomů. Problémy se stanovením velikosti protistních genomů pak vyplývají z heterogenity protist jako studované skupiny a z nesjednocených postupů v rámci jednotlivých metod, které ztěžují případné porovnávání. Protista jsou v rámci práce hodnocené jako nedostatečně prostudovaná skupina, v rámci, které variuje velikost genomu přibližně 200 000×. V závěru práce je věnován prostor pro popis současných poznatků o velikosti genomu relativně prostudovaných skupin portist. Klíčová slova: velikost genomu, C-hodnota, protista, průtoková cytometrie, celogenomové sekvenování, pulzní gelová elektroforéza, Feulgenova denzitometrie, mikrospektrofotometrie
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
|
|
Genome size studies in plants - from intraspecific variation to ecological consequences
Lučanová, Magdalena ; Trávníček, Pavel (vedoucí práce) ; Leitch, Ilia (oponent) ; Šmarda, Petr (oponent)
Velikost genomu je jednou ze základních charakteristik živých organizmů. U krytosemenných rostlin dosahuje rozsahu pěti řádů, což vždy fascinovalo vědce a vyvolávalo mnoho otázek. Tato práce se zabývá různými aspekty velikosti genomu u rostlin. Počínaje detailním studiem na homoploidní vnitrodruhové úrovni, přes studium ploidně variabilních druhů až po srovnávání velikosti genomu mezi druhy, jsme se snažili zjistit, jaký vztah má velikost genomu k biologickým vlastnostem rostlin, stanovit dynamiku a rozsah variability velikosti genomu a detekovat dosah velikosti genomu až do úrovně ekologické a evoluční. Stěžejní metodou stanovení velikosti genomu v celé práci je průtoková cytometrie (FCM). U druhu Taraxacum stenocephalum vykazujícího extrémní variabilitu velikosti genomu jsme provedli opylovací experiment, kde jsme křížili rodiče s různou velikostí genomu. Porovnali jsme velikost genomu rodičů a F1 generace. U potomků jsme také sledovali souvislost velikosti genomu a růstových charakteristik. U ploidně variabilních druhů Galium valdepilosum a Arabidopsis arenosa jsme se zabývali rozšířením zjištěných cytotypů a jejich ekologickými nároky. Na souboru druhů andského rodu Lasiocephalus jsme studovali relativní i absolutní velikost genomu, provedli jsme ITS sekvenování a otestovali možné hlavní...
|
|
|
Ekologie lišejníků ve vztahu s funkční diverzitou a velikostí genomu
Konečná, Eliška ; Malíček, Jiří (vedoucí práce) ; Palice, Zdeněk (oponent)
Eliška Konečná Ekologie lišejníků ve vztahu s funkční diverzitou a velikostí genomu Abstrakt Bakalářská práce se v první části věnuje výčtu a charakterizaci funkčních znaků lišejníků a shrnutí známých závislostí konkrétních znaků na ekologických faktorech prostředí. V druhé části práce je rozebrána problematika měření velikosti genomu obecně a souhrn poznatků o velikostech genomů u lišejníků. Součástí druhé části je také nastínění vztahu velikosti genomu s ekologií organismů, který by mohl být v budoucnu zkoumán i u lišejníků. Klíčová slova: funkční znaky, lišejníky, mykobiont, velikost genomu
|
|
|
Orchideje jako model studia ekofyziologických adaptací mykoheterotrofních rostlin
Ponert, Jan ; Lipavská, Helena (vedoucí práce) ; Gryndler, Milan (oponent) ; Chrtek, Jindřich (oponent)
Patrně všechny orchideje jsou mykotrofní v časných fázích svého vývoje, ale později začíná většina druhů fotosyntetizovat a jen zhruba 200 druhů orchidejí zůstává plně mykotrofní po celý život. Mykotrofie ovlivňuje orchideje na mnoha úrovních. V této práci se zaměřuji na čtyři aspekty biologie orchidejí, které mohou být mykotrofií ovlivněny: (i) systematika, (ii) velikost genomu a endoreduplikace, (iii) regulace klíčení semen a (iv) mechanismus přenosu uhlíku a energie z hub do orchidejí. Dnes je známo přes 27 000 druhů orchidejí, ale neustále jsou objevovány další a předchozí taxony jsou revidovány. Zde prezentuji popis nového druhu Cleisostoma yersinii a jeho charakterizaci po morfologické, anatomické, ekologické i systematické stránce. Rekonstrukce fylogeneze potvrdila předpoklad příbuznosti tohoto druhu s C. birmanicum. V subtribu Podochileae jsem předefinoval vymezení rodu Campanulorchis tak, aby vznikla monofyletická a morfologicky charakterizovatelná skupina. Pro oba výše uvedené rody jsem vytvořil klíč k určování druhů. V rodu Dactylorhiza jsem zrevidoval taxony udávané z území ČR a vytvořil klíč k určování, ve kterém z našeho území poprvé uvádím D. maculata subsp. elodes. Druhová diverzita orchidejí se patrně odráží i ve struktuře jejich genomu. Zde prezentované analýzy ukázaly, že po...
|
|
|
Introgresní zóna druhů Arabidopsis lyrata a A. arenosa ve střední Evropě
Hojka, Jakub ; Marhold, Karol (vedoucí práce) ; Španiel, Stanislav (oponent)
Genetické složení hybridních zón velmi často reflektuje geografické a ekologické gradienty. Vhodným modelovým systémem pro testování této hypotézy může být hybridní zóna druhů Arabidopsis lyrata a A. arenosa ve střední Evropě. Jedná se o dva dobře vymezené avšak stale křižitelné druhy, jejichž potomci jsou plně fertilní. Kromě opakovaných hybridizačních událostí situaci komplikuje autopolyploidizace jednoho z rodičů - A. lyrata v oblasti nachází jako diploid nebo tetraploid. Hybridní zóna byla již popsána v předchozích pracích a ty prokázaly jistý gradient introgrese procházející oblastí. Oblast je navíc na přechodu alpského a panonského klimatu, oblastí prochází také výškový gradient (směrem z Předhůří Alp do nížinných oblastí Wienervaldu). Tato práce je nejpodrobnější studií této hybridní zóny, jak co do počtu zastoupených populací, tak do množství získaných genetických dat (pomocí metody RADsekvenování). Jejich analýza ukázala jemný gradient introgrese, kdy na pólech studované oblasti nacházíme čisté rodičovské populace a směrem do středu introgresanty stále vyššího stupně. Uprostřed regionu se potom nachází geneticky intermediární hybridi. Analýza velikosti genomu ukázala, že hybridi mají intermediární velikost genomu oproti tetraploidním rodičům a tetraploidi A. lyrata mají vyšší monoploidní...
|
|
| |
|
|
Průtoková cytometrie a její využití ke studiu hmyzu
Stuchlíková, Magdalena ; Janšta, Petr (vedoucí práce) ; Sadílek, David (oponent)
Průtoková cytometrie je moderní metoda, která hraje nepopiratelnou roli zejména v biomedicínském a botanickém výzkumu. Přes všechny své výhody (rychlost, jednoduchost, nízká finanční náročnost) není dosud hromadně využívána ke studiu hmyzu. Tato práce poskytuje základní vhled do problematiky použití průtokové cytometrie u hmyzu a shrnuje entomologické poznatky získané na základě této metody. Jedná se především o výzkum velikosti genomu a jeho souvislostí s dalšími znaky. Méně zastoupené je pak například studium ploidní úrovně nebo poměru párů bází. Klíčová slova: průtoková cytometrie, využití ke studiu hmyzu, velikost genomu, ploidie, bezobratlí
|
|
|
Kritické zhodnocení hybridizace mezi zástupci rodu Nymphaea pomocí cytometrických a morfometrických metod
Kabátová, Klára
Přestože rod Nymphaea (leknín) zahrnuje ve střední Evropě pouze dva původní druhy (N. alba a alopolyploidní N. candida), představuje velkou výzvu moderní taxonomii a biosystematice. Určování těchto druhů je totiž vzhledem k celkové fenotypové podobnosti obtížné, navíc jsou možná hranice druhů stírány i mezidruhovou hybridizací. Situaci ještě dále komplikují nepůvodní kultivary nejrůznějšího původu, které zplaňují na přírodních stanovištích (ať už omylem či jsou přímo vysazovány) a interagují zde s původními druhy. Pro zmapování karyologické a fenotypové variability byla použita průtoková cytometrie a klasická i geometrická morfometrika. Sběry z přírodních lokalit odhalily přítomnost dvou skupin s odlišnými intenzitami fluorescence, odpovídajících N. alba a N. candida. Navíc byly na několika místech v jižních Čechách nalezeny rostliny s intermediární hodnotou velikosti genomu, která poukazuje na jejich hybridní původ. Morfologicky měly tyto rostliny jak znaky na pomezí morfologie původních druhů, tak vlastní trendy, mezi nimiž byl nejnápadnější abnormální vzrůst. Překvapivě bylo zjištěno, že naprostou většinu kulturních leknínů lze rozpoznat díky nízkému obsahu DNA, což ještě více potvrdilo taxonomický význam tohoto markeru. Takto cytometricky ověření jedinci byli podrobeni mnohorozměrné...
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Costaceae
Böhmová, Alžběta ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Rybka, Vlastimil (oponent)
Variabilita ve velikosti genomu dosahuje u rostlin velkého rozpětí; u krytosemenných rostlin může být toto rozpětí až 2400-násobné. Proto častým předmětem studia je snaha vysvětlit tyto rozdíly v mnoha kontextech. Jedním z nich je i fylogenetické hledisko, kdy se studuje vztah velikosti genomu k jednotlivým taxonomickým skupinám. Doposud bylo publikováno mnoho prací zabývající se rostlinami temperátního pásu. Prací, které reflektují velikost genomu u tropických rostlin, je však velmi málo. Proto byla předmětem této práce analýza velikosti genomu u pantropicky rozšířené čeledi Costaceae Nakai. Tato čeleď v současnosti zahrnuje sedm rodů: Monocostus K.Schum., Dimerocostus Kuntze, Costus L., Paracostus C.D.Specht, Chamaecostus C.D.Specht & D.W.Stev., Hellenia Retz. a Tapeinochilos Miq., které dohromady čítají přibližně 300 druhů. Čeleď je sesterská k čeledi Zingiberaceae, která je díky svému ekonomickému významu výrazně lépe prozkoumána. Cílem této práce byla částečná revize fylogeneze, kterou publikovala Specht (2006). K analýze fylogenetických vztahů byly použity molekulární metody, a to jednak klasické sekvenování úseku trnL-F, jednak next-generation sequencing - konkrétně metoda HybSeq, kdy byly použity předem designované proby pro zisk cílových genů. Dalším z cílů této práce bylo srovnat...
|
host ::
RSS.