|
|
Studium morfologie aneuryzmatu břišní aorty
Eberlová, Lada ; Valenta, Jiří (vedoucí práce) ; Stingl, Josef (oponent) ; Šebesta, Pavel (oponent)
Aneuryzma abdominální aorty (AAA) je závažné onemocnění postihující v rozvinutých zemích asi 3 % mužů nad 65 let. Za aneuryzma je u břišní aorty považována dilatace všech vrstev stěny nad 3 cm. Většina AAA je malých a asymptomatických, a ačkoli riziko jejich ruptury roste s velikostí aneuryzmatického vaku, praskají i malá aneuryzmata. Mortalita ruptur se pohybuje kolem 70 %. Operace je u asymptomatických pacientů indikována u průměru AAA nad 5,5 cm. Jelikož je průměrná rychlost růstu AAA 0,3 cm za rok, vzniká u časně diagnostikovaných pacientů několikaletý interval pro farmakologické ovlivnění progrese tohoto onemocnění. Znalost patogeneze je nezbytná pro každou cílenou farmakoterapii. Základem našich prospektivních nerandomizovaných studií je použití stereologických metod pro histopatologická hodnocení vzorků AAA. Získaná data pak umožňují statistické hodnocení včetně testování hypotéz. Ve studii zaměřené na histopatologii vzorků jsme u 65 pacientů s AAA (65 stěn a 55 trombů) a 6 normálních břišních aort od orgánových dárců hodnotili tyto parametry: délkovou hustotu elastinu, plošný podíl elastinu a kolagenu v intimě a medii, plošný podíl aktinu, desminu a vimentinu ve stejné referenční ploše. V celé stěně jsme odhadovali počet cévních profilů na jednotku plochy, plošný podíl granulocytů a...
|
|
|
Kvantifikace perfuze pomocí MRI metod ASL
Kolajová, Martina ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá kvantifikací perfúze pomocí bezkontrastní MRI techniky „Arterial Spin Labeling“ (ASL). Pro lepší pochopení problematiky je popsán fyzikální princip magnetické rezonance a význam perfúze. Následující kapitoly se zabývají metodou ASL a kvantifikací perfúze pomocí matematických modelů, konkrétně T1 perfúzního a standardního. Analýza je provedena pomocí dodaných skriptů v programovacím prostředí MATLAB, které byly doplněny o načítání, předzpracování a uložení dat. Pro další zpracování byl používán program BASIL. Na závěr jsou vyhodnoceny výstupy zpracování v podobě perfúzních a ATT map a průběhů prokládání dat modelem pomocí různých modelů z obou programových prostředí.
|
|
|
MRI potkanů - kvantifikace T1 myokardu
Vitouš, Jiří ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tématikou snímání a kvantifikace relaxačního času T1 u srdce potkanů. Zaměřuje se na prostudování metod této kvantifikace a následnou aplikaci těchto metod při vývoji kvantifikačního nástroje. Se zvláštním zřetelem se věnuje metodám synchronizace akvizice vzhledem k dechu a srdeční aktivitě. Hlavním cílem této práce je vyvinout nástroj pro synchronizaci akvizice retrospektivním způsobem s využitím pouze nasnímaných dat, tedy bez vnějšího měření navigačního signálu získaného například z dechového polštářku či elektrokardiografu. Práce se zabývá jak synchronizací v případě tzv. steady-state akvizice, tak i v případě situací, kdy je rovnovážný stav vyrušen pomocí inverzních pulzů či podáním kontrastní látky.
|
|
|
Quantitative properties of Banach spaces
Krulišová, Hana ; Kalenda, Ondřej (vedoucí práce)
Tato dizertační práce sestává ze čtyř odborných článků. Každý z nich se zabývá kvantifikacemi určitých vlastností Banachových prostorů. První článek je věnován Grothendieckově vlastnosti. Hlavním výsledkem je, že prostor ∞ má její kvan- titativní verzi. Druhý článek zkoumá kvantifikace Banachovy-Saksovy a slabé Banachovy-Saksovy vlastnosti. Je zde kvantifikován vztah kompaktních, slabě kompaktních, Banachových-Saksových a slabě Banachových-Saksových množin, jakož i některé charakterizace slabě Banachových-Saksových množin. Ve třetím článku studujeme možné kvantifikace Pelczy'nského vlastnosti (V), jejich charak- terizace a vztahy ke kvantitativním verzím dalších vlastností Banachových pros- torů. Poslední článek navazuje na třetí. Je v něm dokázáno, že C∗ -algebry mají kvantitativní verzi vlastnosti (V), což zobecňuje jeden z výsledků dosažených v předchozím článku. Navíc zde popisujeme vztah mezi kvantitativními verzemi vlastnosti (V) a Grothendieckovy vlastnosti v duálních Banachových prostorech. 1
|
|
|
Otěrové částice polyethylenu v okolí kloubních náhrad - jejich vlastnosti, distribuce a možný mechanizmus jejich nežádoucího biologického působení
Zolotarevová, Eva
Tato dizertační práce v podstatě uzavírá okruh otázek, který vznikl zadáním problému před více lety (Doc. RNDr. Zdeněk Horák, CSc., soukromé sdělení). Podařilo se optimalizovat původní izolační postup vyvinutý v naší laboratoři pro polyethylenové otěrové částice, přizpůsobit ho pro izolace ve velkém měřítku, poznat jejich fyzikálně- chemické vlastnosti a podle toho s nimi zacházet. Umožnilo to mimo jiné kvantifikovat otěrové částice nejen relativně, ale i absolutně. Bylo také třeba vyvrátit názor některých pracovníků, kteří nemají zkušenosti s centrifugací, že použití centrifugace může ovlivňovat morfologii izolovaných částic. Otázka distribuce polyethylenových částic v okolí endoprotéz kyčelního kloubu byla vlastně řešena na dvou úrovních. Na "makroskopické" úrovni bylo ukázáno, ve kterých zónách okolo endoprotézy se vyskytuje nejvíce otěrových částic (tyto výsledky nejsou součástí dizertace). Dále se na "mikroskopické" úrovni sledovala jejich distribuce v granulomové tkáni ze zón v okolí endoprotéz, kde částic bylo nejvíce. Proto tam granulomová tkáň vznikala. Ukázalo se, že mezi ortopedy běžný výraz "osteoagresivní granulom" je poněkud zavádějící. Granulom není vůči kostní tkáni agresivní. Naopak, vznik granulomu snižuje efektivní množství otěrových částic s negativními biologickými vlastnostmi....
|
|
|
Kvantifikace prokalcitoninu v lidském séru pomocí afinitních nosičů a hmotnostní spektrometrie
Dvořák, Josef ; Pompach, Petr (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Sepse je celosvětově rozsáhlé akutní onemocnění vyvolané nepřiměřenou reakcí imunitního systému na přítomnost patogenu v těle pacienta. Rychlá a správná diagnostika sepse umožňuje lékařům nasadit vhodnou léčbu, na kreré závisí pacientův život. Jako její specifický ukazatel se v klinické diagnostice používá protein prokalcitonin (PCT). Koncentrace PCT v krevním oběhu se při sepsi zvýší až tisícinásobně během krátkého časového úseku. Míra závažnosti sepse koreluje se zvyšující se koncentrací PCT. Všechny metody detekce prokalcitoninu v klinických laboratořích vycházejí z měření interakce PCT s protilátkou. Koncentrace prokalcitoninu je následně stanovena metodou kalibrační křivky. U metod využívaných v klinické praxi může dojít k nespecifickým interakcím použité protilátky s biomolekulami přítomnými ve vzorku. Nespecifické interakce mohou zkreslovat laboratorní výsledky. Další nevýhodou je potřeba specializovaných přístrojů pro detekci prokalcitoninu. Díky svým vlastnostem by mohla hmotnostní spektrometrie představovat vhodnou alternativní nebo doplňkovou metodu při kvantifikaci PCT. Cílem této diplomové práce bylo in situ nabohacení PCT na povrchově upravených afinitních nosičích s imobilizovanou protilátkou, které jsou kompatibilní s hmotnostní spektrometrií s laserovou ionizací/desorpcí za...
|
|
|
Vliv mírného teplotního stresu na expresi genů metabolismu cytokininů a kinetiku růstu klíčních rostlin Arabidopsis thaliana
Truong, Thanh Huong
Vzhledem ke klimatickým změnám, které negativně dopadají na výnosy hospodářsky významných plodin, představuje teplotní stres hrozbu pro udržitelné zemědělství. Studium adaptace a aklimace rostlin vůči zvyšené teplotě proto patří mezi současné výzvy věděckého úsilí. Rostliny jsou během svého života vystaveny různým teplotním podmínkám. Odpověď na nepříznivé teploty zahrnuje řadu signálních drah, které regulují mnoho dalších vývojových a buněčných procesů. Koordinace vývojových procesů za podmínek zvýšené teploty nebo jiných vnějších faktorů je primárně řízena rostlinnými hormony. Tato práce se věnovala studiu interakce mírně zvýšené teploty (29 °C) a rostlinných hormonů cytokininů u modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Pro sledování vlivu cytokininů za zvýšené teploty byly provedeny experimenty sledující morfologii rostlin, kinetiku růstu, genovou expresi a kvantifikaci cytokininů. Sledováním elongace embryonálního stonku (hypokotylu), která představuje charakteristickou odpověď rostlin na zvýšenou teplotu, bylo prokázáno, že cytokininy mají významnou úlohu při regulaci odpovědi na zvýšenou teplotu. Analýzou genové exprese a přímým stanovením hladin endogenních cytokininů jsme zjistili, že hladina cytokininů je snížena v odpovědi na mírně zvýšenou teplotu, což dále ukazuje na význam cytokininů při adaptaci na teplotní stres.
|
|
|
Studium exprese genů v živočišných tkáních metodou real-time PCR
Valentová, Šárka
Studium genové exprese v živočišných tkáních umožňuje lepší porozumění fyziologie živočichů, díky kterému pak můžeme expresi genů kontrolovat či regulovat. Kvantitativní polymerázová reakce v reálném čase (real-time PCR), která studium genové exprese umožňuje, je vysoce flexibilní metodou. V současné době je k dispozici celá řada variant této technologie dle použité chemie a instrumentace. Optimální výsledky studií genové exprese vyžadují jasné pochopení této metody a přehled dostupných variant. Předkládaná bakalářská práce stručně popisuje metodu real-time PCR a jednotlivé varianty pro jejich následné srovnání z hlediska vhodnosti pro jednotlivé typy analýz a shrnuje význam studií exprese genů v biotechnologiích i klinické praxi. Dále je prakticky srovnána citlivost a zároveň výkonnost kvantifikačních přístrojů 7500 Real-Time PCR SYSTEM a Rotor-Gene Q. Porovnávány byly střední hodnoty naměřených Ct hodnot pomocí párového t-testu. Na základě výsledných dat je možné říci, že mezi přístroji není statisticky významný rozdíl, co se týče citlivosti a výkonnosti.
|
|
|
Pokročilé metody perfuzní analýzy v MRI
Macíček, Ondřej ; Frollo, Ivan (oponent) ; Mikl, Michal (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato doktorská práce se zabývá problematikou kvantitativní analýzy pomocí MRI a použití exogenní kontrastní látky. Jedná se o dvě metody, Dynamic contrast-enhanced MRI (DCE-MRI) a Dynamic susceptibility contrast MRI (DSC-MRI), které jsou většinou zpracovávány samostatně. Jedná se o unikátní metody, které poskytují cenné informace, avšak nejsou odbornou veřejností dostatečně přijímány kvůli nespolehlivosti odhadů parametrů a nejsou tak běžně používány ve vyšetřovacích protokolech. Tato dizertační práce si klade za cíl zlepšit spolehlivost metody DCE a odhady parametrů DSC. Práce se zejména zaměřuje na řešení problému kvantifikace při extravazaci kontrastní látky v DSC analýze a dále na nestabilitu DCE odhadů v případě použití pokročilých DCE farmakokinetických modelů s větším počtem parametrů. S použitím nových přístupů zpracování z literatury pro zpracování simultánně měřených DCE a DSC dat je možno odhadnout nové parametry vyšetřované tkáně - relaxivitu vaskulárního a intersticiálního prostoru. Pro tuto metodiku byl původně použit 2CXM model. V této práci je tato metodika testována s dalšími typy modelů, přičemž je kladen důraz na jejich spolehlivost v rámci spojení DCE a DSC. Bylo zjištěno, že model ATH je pro tento účel vhodnější než 2CXM. Metoda byla rozšířena o alternující dekonvoluci a dále na plně simultánní DCE-DSC odhad. Algoritmus byl testován na umělých a reálných datech. Výsledky analýz ukazují, že navržený dekonvoluční postup zlepšuje přesnost odhadu jak DCE, tak i DSC parametrů v porovnání se sekvenčním odhadem a zvyšuje tak významně potenciál a spolehlivost DCE a DSC metod.
|
|
|
Kvantitativní analýza matricových prvků metodami SIMS a LEIS
Staněk, Jan ; Šik, Ondřej (oponent) ; Bábor, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá porovnáváním a propojením dvou spektrometrických metod – spektrometrie rozptylu nízkoenergiových iontů (LEIS) a hmotnostní spektrometrie sekundárních iontů (SIMS). Metoda SIMS totiž, přes mnoho pozitivních vlastností, nedokáže potlačit tzv. matricový efekt, který činí kvantifikaci dat velice obtížnou. Vůči tomuto efektu je naopak imunní metoda LEIS, proto je vhodným doplněním metody SIMS. Jako vyhovující vzorek k porovnání byly vybrány vzorky AlGaN o různých koncentracích galia a hliníku. V první části práce je představena fyzikální podstata obou metod, experimentální sestavy a zkoumané vzorky. Ve vlastní části práce jsou pak popsána jednotlivá měření, porovnány data získaná výše zmíněnými metodami.
|
host ::
RSS.