|
|
Diversity of European freshwater cyclopoid species: phylogeny, morphology and ecology
Krajíček, Martin ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Brancelj, Anton (oponent) ; Wyngaard, Grace (oponent)
Buchanky jsou spolu s vznášivkami a plazivkami součástí největší a velmi druhově bohaté skupiny korýšů a patří mezi nejpočetnější živočichy ve světových vodách vůbec. Historie jejich výzkumu sahá až do počátku 19. století, kdy byly popsány první druhy. Od té doby se začala jejich taxonomie pomalu vyvýjet, přibývaly nové metody výzkumu, jakož i taxonomické znaky, které ale mohly být i do jisté míty nejednoznačné či matoucí. Během posledních desetiletí se staly dostupnými molekulárně genetické techniky sekvenování DNA, které nabídly taxonomům novou nezávislou metodu. Tato práce obsahuje studie týkající se morfologie, taxonomie, ekologie, možností kolonizace a rozšíření buchanek, přičemž jednotícím prvkem těchto prací je právě využití molekulárních metod. Kapitola 1 shrnuje základní znalosti o taxonomii, morfologii a biologii buchanek a tvoří tím úvod pro následující části obsahující čtyři studie představené formou samostatných publikací. Taxonomie buchanek rodu Cyclops je založena převážně na morfologických znacích, které však někdy mohou být nejednoznačné. Zároveň se zde vyskytují některé problematické skupiny druhů. Kapitola 2 tak představuje unikátní výsledky první rekonstrukce fylogenetických vztahů patnácti druhů buchanek rodu Cyclops, která ja založena na rozsáhlém souboru sekvenčních dat šesti...
|
|
|
Analýza přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory pomocí sekvenování nové generace.
Hašek, Daniel ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Javorková, Eliška (oponent)
Sekvenování DNA je molekulárně genetická metoda, jejímž výstupem je údaj o pořadí a druhu nukleotidů ve vzorku deoxyribonukleové kyseliny (DNA), molekuly nesoucí genetickou informaci. Tento údaj má často klíčovou hodnotu pro mnoho odvětví; výzkum, zdravotnictví, průmysl, kriminalistiku a další. Dlouhou dobu byla k sekvenování používána téměř výhradně metoda vynalezená Frederickem Sangerem v 70. letech minulého století, která využívá upravené nukleotidy, jejichž zařazení do řetězce DNA brání jeho dalšímu prodloužení. Syntéza DNA v jejich přítomnosti dá vznik směsi různě dlouhých fragmentů, které jsou elektroforeticky rozděleny podle délky a z výsledného gelu je odečtena sekvence. Protože s sebou princip této metody nese jistá omezení (m.j. nízký výkon a malé pokrytí cílové oblasti), je v poslední době vynakládáno značné úsilí na vývoj alternativních metod sekvenování. Tyto metody, souhrnně nazývané sekvenování nové generace ("next-generation sequencing" - NGS), využívají rozličné technologie k překonání limitů Sangerova sekvenování. Tato práce pojednává o nejvýznamějších NGS metodách a zaměřuje se na možnosti jejich využití při sekvenování přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory, což je oblast se značnou klinickou relevancí v oborech jako je imunologie či hematologie. Powered by TCPDF...
|
|
|
Cílené sekvenování nové generace kandidátních genů zodpovědných za poruchu spermatogeneze a neplodnost mužů
Daňková, Michaela ; Liška, František (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Neplodnost je rozšířeným zdravotním problémem, v asi polovině případů trpí neplodností muž a opět asi polovina případů mužské neplodnosti je bez známé příčiny. U významné části těchto mužů se předpokládá genetická etiologie onemocnění. Současné rutinní metody laboratorní diagnostiky, které zahrnují vyšetření karyotypu, vyloučení mutací v CFTR genu a mikrodelecí chromozomu Y často neodhalí příčinu neplodnosti, z toho důvodu je snaha odhalit mutace v dalších genech, které vedou k neplodnosti mužů. V posledních letech bylo s použitím modelových zvířat identifikováno mnoho genů nezbytných pro plodnost. Na základě toho jsme vybrali 12 kandidátních genů (CAPZA3, CDC14B, CDC42, CNTROB, CSNK2A2, GOPC, HOOK1, HRB, OAZ3, ODF1, RIMBP3, SPATA16), které jsou nezbytné pro spermatogenezi. Myší nebo potkaní mutanty v těchto genech jsou spojovány s oligoasthenoteratozoospermií, protože se podílejí na morfogenezi spermií. Nicméně spektrum fenotypů může zahrnovat i azoospermii. Podstatou diplomové práce bylo stanovit sekvence vybraných genů u neplodných mužů s poruchou spermatogeneze a prokázat nález, případně absenci patogenních mutací v těchto genech. Byla použita cDNA a genomická DNA z periferní krve. Dvanáct kandidátních genů bylo amplifikováno pomocí PCR a osekvenováno pomocí sekvenování nové generace na platformě GS...
|
|
|
Detekce genomových variací
Beluský, Tomáš ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Vliv variací v lidském genomu je znatelný již při prvním pohledu na člověka, kde se projevují odlišnosti mezi jedinci i celými populacemi. Rovněž chování, nebo pravděpodobnost výskytu určité choroby jsou do značné míry ovlivněny právě změnami na úrovni genomu. Tato práce se zabývá studiem metod detekujících variace v lidském genomu, které byly vyvinuty po nástupu druhé generace sekvenovacích technologií. V rámci této práce byl dále navržen a implementován nový nástroj kombinující metodu read pair a metodu split read s využitím informace o hloubce pokrytí. Nástroj byl otestován na simulačních i reálných datech a porovnán s referenčními výstupy.
|
|
|
Sekvenování DNA_
Felsberg, Jürgen
Provedení vědecko-technických prací, spočívajících v sekvenování DNA podle zadání objednatele. Dále jsou prováděny všechny potřebné analýzy nukleových kyselin nutné k sekvenování DNA.
|
|
|
Sekvenování DNA
Felsberg, Jürgen
Provedení vědecko-technických prací, spočívajících v sekvenování DNA podle zadání objednatele. Dále jsou prováděny všechny potřebné analýzy nukleových kyselin nutné k sekvenování DNA.
|
|
|
1 Sekvenování DNA
Felsberg, Jürgen
Provedení vědecko-technických prací, spočívajících v sekvenování DNA podle zadání objednatele. Dále jsou prováděny všechny potřebné analýzy nukleových kyselin nutné k sekvenování DNA.
|
|
|
Sekvenování DNA
Felsberg, Jürgen
Provedení vědecko-technických prací, spočívajících v sekvenování DNA podle zadání objednatele. Dále jsou prováděny všechny potřebné analýzy nukleových kyselin nutné k sekvenování DNA.
|
|
|
3 Sekvenování DNA
Felsberg, Jürgen
Provedení vědecko-technických prací, spočívajících v sekvenování DNA podle zadání objednatele. Dále jsou prováděny všechny potřebné analýzy nukleových kyselin nutné k sekvenování DNA.
|
|
|
4 Sekvenování DNA
Felsberg, Jürgen
Provedení vědecko-technických prací, spočívajících v sekvenování DNA podle zadání objednatele. Dále jsou prováděny všechny potřebné analýzy nukleových kyselin nutné k sekvenování DNA.
|
host ::
RSS.