|
The Role of Human Sco1, Sco2, Surf1 and Oxa1l in the Biogenesis of the Mitochondrial Oxidative Phosphorylation System
Stibůrek, Lukáš ; Zeman, Jiří (vedoucí práce) ; Entlicher, Gustav (oponent) ; Pelouch, Václav (oponent)
The thesis was worked out in The laboratory for study of mitochondrial disorders at the Department of Pediatrics, First Faculty of Medicine, Charles University in Prague. The study of human mitochondrial biogenesis, particularly of the oxidative phosphorylation system (OXPHOS), and its pathologies has seen remarkable progress in past decade. The knowledge of the complete sequence of the human genome, together with the results of elegant yeast studies aimed at the identification of respiratory important gene products, enable us to identify and study the molecular and biochemical bases of numerous human mitochondrial pathologies. These studies not only continue to reveal the underlying molecular mechanisms of the disease etiopathogenesis but also shed completely new light on the various processes of mitochondrial assembly and function in humans. The work presented in this thesis was aimed mainly at the understanding of the various roles of mitochondrial assembly factors Sco1, Sco2, Surf1 and Oxa1l in the assembly and/or maintenance of the five multimeric complexes of the OXPHOS system. The presented data indicate that human Sco1 and Sco2 are involved, in a highly tissue-specific manner, in distinct posttranslational steps of maturation of the cytochrome c oxidase (CcO) subunit Cox2. Furthermore, both SCO...
|
|
Vyhledávání homologních genů
Lýčková, Veronika ; Provazník, Ivo (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou homologních genů a popisem molekulárně biologických databází, které slouží k jejich vyhledávání a vzájemnému porovnávání. Mezi nejdůležitější instituce, které se zabývají správou dat a jejich analýzou, patří EBI, NCBI a CIB. Pro vyhledávání homologních genů je nejzásadnější NCBI – Národní centrum pro biotechnologické informace. Bližší pozornost je věnována vyhledávacím algoritmům homologních genů jako jsou například blastn a PatternHunter. Praktická část této diplomové práce je pak realizace algoritmu srovnávajícího dvě sekvence a nacházejícího homologní geny, a to jak na základě sekvence nukleotidů, tak aminokyselin. Výsledky z vytvořeného programu budou dále konfrontovány s výsledky z komerčně dostupných programů.
|
|
Dispersal, distribution and genetic diversity of Melampyrum subalpinum group
CHLUMSKÝ, Jan
This thesis is focused on the dispersal, distribution, and genetic diversity of the taxonomically highly diverse Melampyrum subalpinum group. A complete revision of the localities of M. subalpinum in the Czech Republic and Slovakia is presented. The genetic variation and population structure of the M. subalpinum group across its distribution range is described based on allozymes, nuclear and chloroplast gene sequencing, and genome size. Signs of historical hybridization with M. nemorosum were found in some populations. A comparison of seed dispersal by ants between the co-occurring M. subalpinum and M. pratense and the influence of differences in this process are presented. A new mean of seed dispersal (endozoochory) is introduced for Melampyrum. Myrmecochorous dispersal distances are tested and Holocene migration possibilities are discussed taking into account endozoochory.
|
|
Vyhledávání a charakteristika genů zodpovědných za modré zbarvení obilek pšenice seté (Triticum aestivum L.)
Musilová, Milena
Cílem této práce bylo studium genetické variability genotypů pšenice s modrým zabarvením obilky mikrosatelitními markery. Na tuto analýzu navazovala identifikace a charakteristika kandidátních sekvencí podílejících se na nestandardním modrém zabarvení obilky pšenice, s tím související bioinformatická analýza těchto kandidátních sekvencí a především studium genové exprese vybrané kandidátní sekvence v průběhu zrání obilky. Dále bylo mikroskopicky zkoumáno ukládání modrého pigmentu v aleuronové vrstvě obilky a orientačním "skríningem" vybrané kolekce genotypů s modrým aleuronem byly vytipovány tři nejperspektivnější genotypy z hlediska dobré pekařské kvality, a tím byl dotvořen komplexní náhled na problematiku vybraných genotypů pšenice seté s modrým aleuronem.
|
|
Procesní lhůty v římském právu
Škeříková, Jana ; Bělovský, Petr (oponent) ; Falada, David (oponent)
- 102 - 10 Závěr V předešlém textu je předložen souhrnný přehled vývoje římského práva v zásadních periodách římských dějin ve vztahu k právním lhůtám. Tak, jako se v různých obdobích měnily a vyvíjely jednotlivé právní instituce a s nimi se přetvářel právní systém, byly inovovány právní normy. Od strnulého, ryze formálního vzoru, se přecházelo k propracovanějším a účinnějším formám práva. Tento vývoj s sebou přinášel i nové právní dokumenty. Jejich společným rysem však vždy bylo (a vždy i bude), že zaváděly časové lhůty. Čas je jednou z mála konstant lidského světa. A i když byl v minulosti počítán a měřen jinak než dnes, jeho tok je po věky neměnný a každému člověku je jej dáno jen omezené množství. Proto i když římské právo za období, které přesahuje celé tisíciletí, přistoupilo a opět upustilo od mnoha právních institucí, zavedlo a opět zrušilo velký počet druhů soudních řízení, lhůty (byť různě dlouhé) byly, jsou a budou používány od počátku právní historie v nezměněné podobě. Moderní právní věda nachází své kořeny v římském právu, a právě lhůty jsou jedním ze svorníků mezi minulostí a současností. Dnes již v některých případech není zcela zřejmé, co mělo po uplynutí té které lhůty nastat a jak dlouhá byla, ale z dochovaných pramenů je patrné, že co se jednotlivých lhůt - časových úseků týká, byly...
|
|
Problematika elektronické komunikace se zaměřením na mládež
MAJEROVÁ, Aneta
Tématem této bakalářské práce je Problematika elektronické komunikace se zaměřením na mládež. Elektronická komunikace je dnes představována informačními a komunikačními technologiemi (ICT), jejichž prudký rozvoj vedl v posledních letech k výrazné proměně způsobů mezilidské komunikace. ICT zahrnují osobní počítač, elektronickou poštu, mobilní telefon, internet, elektronickou výměnu dat nebo elektronické obchodování aj. Kromě mnoha nesporných pozitiv je však třeba vnímat rovněž celou řadu rizikových jevů, které ICT přinesly. Zvláštní pozornost je pak nutné věnovat té části populace, která je těmito riziky nejohroženější - dětem a mladistvým. Bakalářská práce je rozdělena na část teoretickou a praktickou. Teoretická část představuje souhrn informací o současném stavu problematiky. Obsahem současného stavu je elektronická komunikace obecně, její vývoj a její moderní formy, v závěru jsou pak definována specifika a rizika užívání elektronických způsobů komunikace mládeží. Praktická část je vymezena dílčími cíli výzkumu a předem stanovenými hypotézami. Dílčí cíle jsou zvoleny v návaznosti na hlavní cíl celé práce. Hlavním cílem práce je definovat problémy a možná úskalí elektronické komunikace v rámci jejích posledních trendů, a to se zaměřením na mládež. Výzkum byl proveden kvantitativně metodou dotazování technikou anonymního dotazníku. Část otázek mého dotazníku byla použita již dříve v dotazníku Uwe Buermanna, a proto následné vyhodnocení výsledků zahrnovalo nejen komparaci teoretických poznatků s výsledky mého vlastního výzkumu, ale především porovnání mých výsledků s vybranými výsledky Uwe Buermanna. Vyhodnocení probíhalo v kapitole Diskuze. V závěru práce celkově zhodnocuji nejdůležitější výsledky výzkumu a navrhuji opatření, které by snížilo rizikovost některých jevů na internetu. Uvádím zde také možné přínosy mé práce
|
|
Topologie a funkce transmembránové domény kolicinu U, bakterie Shigella boydii
Dolejšová, Tereza ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Kolicin U produkovaný kmeny bakterie Shigella boydii je protein, který je schopen působit lyticky na blízké bakteriální kmeny Shigella a Escherichia. Na základě sekvenční podobnosti s koliciny A, B a N se řadí mezi pórotvorné koliciny. Interakce kolicinu s napadenou bakterií je zajištěna třístupňovým mechanizmem:1) Nejdříve interaguje centrální doména kolicinu s receptory vnější membrány OmpA, OmpF. 2) Dále je kolicin prostřednictvím N-terminální domény a její interakce s Tol proteiny přenesen do periplazmy a nakonec 3) C-terminální doména interaguje s vnitřní membránou napadené bakterie a způsobuje její depolarizaci. V předkládané práci byla prokázána pórotvornost kolicinu U a dále podrobně studovány vlastnosti těchto pórů pomocí elektrofyziologických metod (měření na černých lipidových membránách). Byla stanovena vodivost jednotlivých pórů (19 pS), jejich iontová selektivita, byl sledován vliv změny různých podmínek na chování pórů. Tyto poznatky, v mnoha případech, odpovídaly zjištěním o jiných příbuzných kolicinech (koliciny A, B, N). Dále byl určován průměr póru (≈ 0,8 nm). V další části práce byly vytvořeny jednobodové cysteinové mutace v rámci pórotvorné domény kolicinu U, následně bylo vyprodukováno pět mutantních variant kolicinu U a na závěr byla ověřena jejich funkčnost tak, aby mohly...
|
|
Molecular cytogenetics of selected actinopterygian fishes: insight from repetitive sequences to whole genome analyses
Majtánová, Zuzana ; Symonová, Radka (vedoucí práce) ; Marec, František (oponent) ; Šťáhlavský, František (oponent)
Paprskoploutvé ryby, Actinopterygii, skupina s nejvyšší taxonomickou diverzitou mezi všemi obratlovci, představují v posledním období atraktivní objekt evolučních studií. S pokrokem v oblasti molekulární cytogenetiky a cytogenomiky roste i význam těchto metod ve studiu uspořádání a evoluce rybích genomů jako základu této diverzity. Má dizertační práce se zabývá studiem evoluce genomu vybraných skupin ryb, a to jak bazálních linií parskoploutvých (Lepisosteidae a Amiidae) a kostnatých (Pantodontidae), tak i "vyšších" kostnatých ryb z čeledí Cobitidae a Coregonidae. Využila jsem metody konvenční a molekulární cytogenetiky společně s fylogenetickými a statistickými přístupy. V rámci své dizertační práce popisuji cytogenetickou variabilitu blízce příbuzných druhů síhů (Coregonus), a roli repetitivních úseků genomu v ekologické speciaci. V kontrastu s recentní cytotaxonomickou diverzitou síhů, jsme odhalili relativně dlouhodobou karyotypovou stabilitu ve spojení s asexuálním rozmnožováním u sekavců rodu Cobitis. V další publikaci detailně popisujeme překvapivé uspořádání AT/GC bazí na chromozomech a v genomu kostlínů (Atractosteus a Lepisosteus) a bioinformaticky analyzujeme jejich uspořádání v genomu těchto bazálních paprskoploutvých ryb v kontextu hlavních linií obratlovců. V návaznosti na práci o...
|
| |
|
Phenotypic Analyses of the HD transgenic Minipig Model
Motlík, Jan ; Ellederová, Zdeňka
The transgenic model of Huntington’s disease in minipig (TgHD) was created in 2009 and information coding the sequence of N-terminal part of human mutated huntingtin was transferred to subsequent generations from both female and male sides. In each litter, transgenic (TgHD) and wild-type (WT) piglets were born in approximately equal ratio. At present, the Laboratory of Cell Regeneration and Plasticity keeps sets of animals in F2 and F3 generations with identical genetic background and bred in identical conditions of feeding and housing. The present research project was focused on a complex of non-invasive and invasive approaches to WT and TgHD minipigs to achieve the entire phenotypic analysis of HD progression in this large animal model.
|
host ::
