|
|
Deriváty protilátek využitelné k detekci lidské glutamátkarboxypeptidasy II
Bělousová, Nikola ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Rakovina prostaty je jedním z nejzávažnějších rakovinných onemocnění na světě, a proto je velmi důležitý vývoj vhodných diagnostických a terapeutických postupů. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII) je v současné době posuzována jako jeden z nejzajímavějších markerů rakoviny prostaty díky své tkáňově specifické expresi. Zatímco ve zdravé tkáni prostaty se vyskytuje mizivé množství tohoto proteinu, spolu se vznikem nádoru se výrazně zvyšuje produkce GCPII v transformovaných buňkách. Množství GCPII v rakovinné tkáni dále stoupá spolu se vzrůstající invazivitou nádoru, proto je GCPII vhodný marker pro časná i pokročilá metastazující stadia rakoviny prostaty. Současný výzkum se zaobírá vývojem látek dostatečně citlivých a specifických pro detekci malého množství GCPII, například v počátečních stadiích rakoviny. Deriváty protilátek se ukazují jako molekuly vhodné pro tento účel, neboť vykazují vysokou afinitu a specificitu a minimální nežádoucí vedlejší účinky. Proteinové inženýrství umožňuje přípravu celé řady protilátkových molekul lišících se svou velikostí, vazebnými vlastnostmi, stabilitou a rozpustností a způsobem produkce. Odlišné deriváty jsou vyvíjeny pro účely diagnostické a terapeutické a pro zobrazovací techniky, pro které jsou vhodné molekuly o střední až malé velikosti. Jedním typem těchto...
|
|
|
Never Born Proteins: Occurence and characterization of secondary structure motifs
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Studium náhodných proteinových sekvencí skýtá velký potenciál pro pochopení původu a mechanismu tvorby hydrofobního jádra a uspořádané struktury proteinů. V této práci byla provedena biofyzikální charakterizace pěti proteinových sekvencí bez homologie s dosud známými proteiny. Sekvence byly vybrány na základě bioinformatické analýzy, jenž spočívala ve vyhodnocení 10 0000 náhodných polypeptidových řetězců pomoci prediktorů sekundárních struktur, rozpustnosti a celkové proteinové neuspořádánosti. Charakterizace vedla k potvrzeni přítomnosti sekundárních struktur a v některých případech také k odhalení náznaků nativního uspořádání proteinů - tvorby stabilního hydrofobního jádra a tendenci k specifické oligomerizaci. Přestože uvedená práce je pouze součásti většího projektu, výsledky již teď naznačují, že náhodne proteinové sekvence mají potenciál k tvorbě sekundární i terciární struktury Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Proteiny mimikující epitopy široce neutralizujících protilátek proti viru HIV-1
Zosinčuková, Tereza ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Osička, Radim (oponent)
Virus HIV-1 je nebezpečný retrovirus představující jeden z předních světových zdravotnických problémů. Infekce virem HIV-1 je v současné době nevyléčitelná a bez antiretrovirové terapie v rámci let smrtelná. Navzdory veškeré snaze se zatím nepodařilo připravit účinnou vakcínu proti tomuto patogenu. Ve své práci se proto věnuji zcela novému a unikátnímu přístupu ve vývoji vakcíny, který využívá malých vazebných proteinů (mimotopů) pro vyvolání tvorby ochranných široce neutralizujících protilátek proti viru HIV-1. Stěžejní náplní práce byla identifikace a charakterizace malých vazebných proteinů, které věrně napodobují (mimikují) oblasti povrchových glykoproteinů viru HIV-1, jež jsou rozpoznávány široce neutralizujícími protilátkami PGT121 a PGT126. Mimotopy byly selektovány z vysoce komplexní kombinatoriální proteinové knihovny odvozené od nového typu "scaffoldu" nazvaného Myomedin. Rozsah proteinové knihovny byl prvně zúžen metodou ribozomálního displeje. Pomocí přímé sendvičové ELISA bylo následně provedeno plošné testování vazby jednotlivých variant Myomedinu na cílové protilátky. Celkem bylo otestováno přes 200 variant, ze kterých vzešlo několik nadějných kandidátů. Tyto varianty Myomedinu byly následně purifikovány, biochemicky a biofyzikálně charakterizovány a nejvhodnější z nich využity pro...
|
|
|
Konstrukce mutantních enzymů pro degradaci antropogenních polutantů
Kratochvíl, Jakub
Enzymy jsou přírodní katalyzátory obrovské škály chemických reakcí a jsou vyhledávány jako ekologičtější a ekonomicky méně nákladné alternativy k běžným katalyzátorům používaným v průmyslových odvětvích od bioremediací až po aplikace v lékařství a farmacii. Mezi takovéto enzymy patří i halogenalkandehalogenázy, které katalyzují hydrolýzu halogenovaných sloučenin na odpovídající alkoholy, halogenidové ionty a protony. Přirozeně se vyskytující halogenalkandehalogenázy však mají funkční omezení a pro průmyslové aplikace nejsou dosud vhodné. Zde se dostávají ke slovu metody řízené evoluce nebo racionálního designu jako efektivní strategie pro vytváření ge-netické rozmanitosti a získání nových variant enzymů s požadovanými vlastnostmi. V této práci byla metodami proteinového inženýrství modifikována halogenalkandehalogenáza DhaA31 s cílem vylepšit její katalytické parametry vůči antropogennímu polutantu 1,2,3-trichlorpropanu.Právní doložka:Prosím o odložení zveřejnění materiálů a metod, výsledků a závěrů diplomové práce na dobu 3 let. Tyto výsledky jsou součástí projektu, který ještě nebyl publikován.
|
|
|
Vývoj webového nástroje pro analýzu kalorimetrických dat
Nedeljković, Sava ; Musil, Miloš (oponent) ; Sumbalová, Lenka (vedoucí práce)
Proteiny jsou organické molekuly složené z aminokyselin, které jsou přítomny ve všech živých organizmech. Jsou to hlavní stavební prvky života. Zkoumání stability proteinů má velké uplatnění ve farmaceutickém, biochemickém a zdravotnickém průmyslu, proto je o něj velký zájem. Stabilitu proteinu a mnoho dalších vlastností lze stanovit pozorováním jeho mechanismu rozkládání. Diferenciální skenovací kalorimetrie (DSC) se ukázala jako velmi přesná metoda pro tento úkol. Cílem této práce je zlepšit funkce softwaru CalFitter, který analyzuje data získaná z experimentů DSC. Nové funkce softwaru umožňují automaticky vypočítat počáteční parametry, které jsou potřebné pro úspěšnou analýzu.
|
|
|
Deriváty protilátek využitelné k detekci lidské glutamátkarboxypeptidasy II
Bělousová, Nikola ; Bařinka, Cyril (vedoucí práce) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Rakovina prostaty je jedním z nejzávažnějších rakovinných onemocnění na světě, a proto je velmi důležitý vývoj vhodných diagnostických a terapeutických postupů. Glutamátkarboxypeptidasa II (GCPII) je v současné době posuzována jako jeden z nejzajímavějších markerů rakoviny prostaty díky své tkáňově specifické expresi. Zatímco ve zdravé tkáni prostaty se vyskytuje mizivé množství tohoto proteinu, spolu se vznikem nádoru se výrazně zvyšuje produkce GCPII v transformovaných buňkách. Množství GCPII v rakovinné tkáni dále stoupá spolu se vzrůstající invazivitou nádoru, proto je GCPII vhodný marker pro časná i pokročilá metastazující stadia rakoviny prostaty. Současný výzkum se zaobírá vývojem látek dostatečně citlivých a specifických pro detekci malého množství GCPII, například v počátečních stadiích rakoviny. Deriváty protilátek se ukazují jako molekuly vhodné pro tento účel, neboť vykazují vysokou afinitu a specificitu a minimální nežádoucí vedlejší účinky. Proteinové inženýrství umožňuje přípravu celé řady protilátkových molekul lišících se svou velikostí, vazebnými vlastnostmi, stabilitou a rozpustností a způsobem produkce. Odlišné deriváty jsou vyvíjeny pro účely diagnostické a terapeutické a pro zobrazovací techniky, pro které jsou vhodné molekuly o střední až malé velikosti. Jedním typem těchto...
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci rozpustnosti proteinů
Čermák, Jiří ; Hon, Jiří (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Abychom dosáhli levnější a efektivnější výroby proteinů, musíme být schopni predikovat, zda budou proteiny rozpustné. V této práci se zabýváme vytvořením bioinformatických datových sad na základě databází Target Track a eSol, testováním příznaků používaných v existujících nástrojích zabývajících se rozpustností proteinů a tvorbou nového prediktoru. Přestože se nám nedaří vytvořit efektivní nástroj na predikci rozpustnosti proteinů, zjišťujeme, že ve většině případů staré příznaky na nové datové sadě nekorelují s rozpustností proteinů tak silně, jako tomu je u starších a menších datových sad.
|
|
|
Never Born Proteins: Occurence and characterization of secondary structure motifs
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Studium náhodných proteinových sekvencí skýtá velký potenciál pro pochopení původu a mechanismu tvorby hydrofobního jádra a uspořádané struktury proteinů. V této práci byla provedena biofyzikální charakterizace pěti proteinových sekvencí bez homologie s dosud známými proteiny. Sekvence byly vybrány na základě bioinformatické analýzy, jenž spočívala ve vyhodnocení 10 0000 náhodných polypeptidových řetězců pomoci prediktorů sekundárních struktur, rozpustnosti a celkové proteinové neuspořádánosti. Charakterizace vedla k potvrzeni přítomnosti sekundárních struktur a v některých případech také k odhalení náznaků nativního uspořádání proteinů - tvorby stabilního hydrofobního jádra a tendenci k specifické oligomerizaci. Přestože uvedená práce je pouze součásti většího projektu, výsledky již teď naznačují, že náhodne proteinové sekvence mají potenciál k tvorbě sekundární i terciární struktury Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Predikce škodlivosti aminokyselinových mutací s využitím metody MAPP
Pelikán, Ondřej ; Vogel, Ivan (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou predikce škodlivosti aminokyselinových mutací pomocí metody MAPP. Tato metoda pro svoji činnost potřebuje vícenásobné zarovnání a fylogenetický strom vytvořený pomocí nástrojů třetích stran. Hlavním cílem této práce je vybrat suboptimální parametry a nástroje třetích stran pro metodu MAPP s využitím jednoho silně promutovaného proteinu. Poté je metoda MAPP s vybranými programy a parametry otestována na dvou nezávislých datasetech a její výkon je srovnán s ostatními nástroji určenými pro predikci vlivu mutací. Dalším cílem je vytvořit pro metodu MAPP webové rozhraní, které umožní pracovat s touto metodou bez instalace databáze proteinů, programů třetích stran i samotného nástroje MAPP.
|
|
|
Prediktor vlivu aminokyselinových substitucí na funkci proteinů
Musil, Miloš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zaobírá problematikou predikce škodlivosti aminokyselinových substitucí pomocí metody fylogenetické analýzy, inspirované nástrojem MAPP. Nezanedbatelné množství genetických onemocnění je způsobeno nesynonymními SNPs, projevujícími se jako jednobodové mutace na úrovni proteinů. Schopnost identifikovat tyto škodlivé substituce by mohla být užitečná v oblasti proteinového inženýrství pro testování, zda navržená mutace nepoškodí funkci proteinu a stejně tak k identifikaci choroby způsobujících škodlivých mutací. Experimentální ohodnocení navržených mutací je však nákladné a vyvstala tak potřeba pro predikci vlivu aminokyselinových substitucí počítačovými metodami. Tato práce popisuje návrh a implementaci nového predikčního nástroje, založeného na principech evoluční analýzy a studiu rozdílnosti fyzikálně-chemických vlastností mezi původní a substituovanou aminokyselinou. Vyvinutý algoritmus byl otestován na čtyř datasetech, čítajících celkem 74 192 mutací na 16 256 proteinových sekvencích. Prediktor dosáhl až 72 % přesnosti a ve srovnání s většinou v současné době existujících nástrojů je jeho výpočet výrazně méně náročný na počítačový čas. Ve snaze dosáhnout maximální možnou efektivitu nástroje byl optimalizační proces zaměřen na výběr nejvhodnějších (a) nástrojů třetích stran, (b) rozhodovacího prahu a (c) sady fyzikálně-chemických vlastností.
|
host ::
RSS.