|
|
Never Born Proteins: Occurence and characterization of secondary structure motifs
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Studium náhodných proteinových sekvencí skýtá velký potenciál pro pochopení původu a mechanismu tvorby hydrofobního jádra a uspořádané struktury proteinů. V této práci byla provedena biofyzikální charakterizace pěti proteinových sekvencí bez homologie s dosud známými proteiny. Sekvence byly vybrány na základě bioinformatické analýzy, jenž spočívala ve vyhodnocení 10 0000 náhodných polypeptidových řetězců pomoci prediktorů sekundárních struktur, rozpustnosti a celkové proteinové neuspořádánosti. Charakterizace vedla k potvrzeni přítomnosti sekundárních struktur a v některých případech také k odhalení náznaků nativního uspořádání proteinů - tvorby stabilního hydrofobního jádra a tendenci k specifické oligomerizaci. Přestože uvedená práce je pouze součásti většího projektu, výsledky již teď naznačují, že náhodne proteinové sekvence mají potenciál k tvorbě sekundární i terciární struktury Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
The effect of amino acid repertoire on protein structure and function
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Pačes, Jan (oponent)
Porozumění původu prvotních proteinů je pochopením přechodu komplexních chemických směsí k prvním biologickým systémům. Prvotní proteiny byly pravěpodobně strukturně flexibilní, s promiskuitní aktivitou a se sekvencemi představujícími spíše fyzikálně chemické vlastnosti než definované sekvenční motivy. Rané proteiny byly rovněž pravděpodobně složeny pouze z prebioticky dostupných aminokyselin z endogenních a exogenních zdrojů. V této práci jsme se zaměřili jak na studium vlivu nejpozdějších přírůstků aminokyselinového repertoáru na strukturu a funkci proteinů tak na charakterizaci nahodných sekvencí jakožto prekurzorů pro vznik nejranějších tak i současných proteinů generovaných z původně transkripčně/translačně neaktivních oblasti genomu. Výzkum náhodných proteinů je obzvlášt zajimavý z pohledu neprobádáné strany světa proteinových sekvencí. V této práci jsme charakterizovali in silico soubor náhodných proteinových sekvencí s přirozenými výskyty aminokyselin pomocí predikce sekundárních struktur/proteinové nesupořádánosti/agregace a rovněž jsme vybrali 45 sekvencí pro následující in vitro charakterizaci. Pomocí analýzy in silico knihovny jsme mohli konstatovat, že výskyt sekundárních struktur v náhodném sekvenčním prostoru není výrazně odlišný od toho v přírodních proteinech. Na druhou stranu,...
|
|
| |
|
|
Never Born Proteins: Occurence and characterization of secondary structure motifs
Treťjačenko, Vjačeslav ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Kopecký, Vladimír (oponent)
Studium náhodných proteinových sekvencí skýtá velký potenciál pro pochopení původu a mechanismu tvorby hydrofobního jádra a uspořádané struktury proteinů. V této práci byla provedena biofyzikální charakterizace pěti proteinových sekvencí bez homologie s dosud známými proteiny. Sekvence byly vybrány na základě bioinformatické analýzy, jenž spočívala ve vyhodnocení 10 0000 náhodných polypeptidových řetězců pomoci prediktorů sekundárních struktur, rozpustnosti a celkové proteinové neuspořádánosti. Charakterizace vedla k potvrzeni přítomnosti sekundárních struktur a v některých případech také k odhalení náznaků nativního uspořádání proteinů - tvorby stabilního hydrofobního jádra a tendenci k specifické oligomerizaci. Přestože uvedená práce je pouze součásti většího projektu, výsledky již teď naznačují, že náhodne proteinové sekvence mají potenciál k tvorbě sekundární i terciární struktury Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.