|
|
Applications of capillary electrophoresis in life sciences
Křížek, Tomáš ; Coufal, Pavel (vedoucí práce) ; Pacáková, Věra (oponent) ; Tůma, Petr (oponent)
Tomáš Křížek: Využití kapilární elektroforézy ve vědách o životě (Disertační práce) ABSTRAKT Tato práce se zabývá využitím kapilární elektroforézy ve dvou významných oblastech "věd o životě", konkrétně v proteomice a stanovení aktivity enzymů. V první části jsou studovány vlastnosti polymeru Pluronic F-127 jako separačního média v kapilární gelové elektroforéze. Byl zkoumán vliv termoasociace Pluronicu F-127 na selektivitu separace peptidů a aminokyselin, přičemž při teplotách pod, uvnitř a nad oblastí termoasociace žádný rozdíl v selektivitě pozorován nebyl. Funkce Pluronicu F-127 v kapilární gelové elektroforéze byla porovnána s dextranem, jakožto běžně používanou gelovou matricí. Výsledky ukazují, že Pluronic F-127 je výhodnějším médiem pro separace nízkomolekulárních bílkovin, protože poskytuje větší separační sílu při zachování nižší viskozity základního elektrolytu. Tato nižší viskozita usnadňuje výměnu základního elektrolytu po každém měření, což vede k výrazně vyšší opakovatelnosti pokusů. Dextran je na druhé straně díky své vyšší viskozitě vhodnější pro separace peptidových štěpů bílkovin, při kterých je zásadním parametrem vysoká účinnost separace. Druhá část práce je zaměřena na elektroforetická stanovení aktivity enzymů. Byla vyvinuta nová metoda separace N,N',N''-triacetylchitotriosy,...
|
|
|
Enantioselective separation systems in capillary electrophoresis
Svobodová, Jana ; Gaš, Bohuslav (vedoucí práce) ; Foret, František (oponent) ; Kenndler, Ernst (oponent)
Chirálními separačními systémy v kapilární zónové elektroforéze se zabývá řada vědeckých týmů po celém světě. Z tohoto důvodu je nezbytné vyvíjet i vhodné teoretické modely, pomocí kterých by bylo možno vysvětlit jevy spojené s chirální separací, či by umožňovaly optimalizovat separační podmínky. V této dizertační práci je navrženo několik teoretických modelů, které plně splňují tyto požadavky. První část práce je zaměřena na určování rychlostních konstant interkonverze pomocí dynamické kapilární elektroforézy. Byl navržen matematický model, který umožňuje určovat rychlostní konstanty interkonverze v systémech obsahujících směs chirálních selektorů. Takovéto systémy jsou velmi oblíbené, jelikož nabízejí lepší enantioseparační schopnosti. Z toho důvodu byl námi navržený teoretický model použit k objasnění separačního mechanismu v systémech se směsí chirálních selektorů a k ověření zavedených postupů pro optimalizaci chirálních separačních podmínek. Současně byl také ověřen separační mechanismus pro systémy se simultánní komplexací s boráty a cyklodextriny. Na závěr byl představen kompletní matematický model elektromigrace pro systémy s komplexujícími složkami. Tento model byl implementován do našeho simulačního programu Simul 5 Complex. Model byl ověřen experimentálně a použit k objasnění...
|
|
|
Separace a stanovení možných produktů enzymového štěpení 4-nitrofenyl-N,N'-diacetyl-β-D-chitobiosidu pomocí kapilární elektroforézy
Velvarská, Romana ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kalíková, Květa (oponent)
Tato práce se zabývá vývojem a optimalizací podmínek metody, kterou lze využít k porovnání aktivity enzymu β-N-acetylhexosaminidasy při hydrolýze jejího přirozeného substrátu a tvz. chromogenního substrátu, který se často využívá při studiu enzymové kinetiky. Jako substrát pro štěpení byl zvolen 4-nitrofenyl-N,N'-diacetyl-β- D-chitobiosid. Tento oligosacharid obsahuje vazbu, kterou enzym štěpí v přirozeném substrátu, a zároveň také vazbu, která se vyskytuje v substrátu chromogenním. Pro stanovení produktů, jež vznikají při enzymatické hydrolýze 4-nitrofenyl-N,N'-diacetyl- β-D-chitobiosidu byla využita kapilární zónová elektroforéza. Nejprve bylo nutno najít optimální složení základního elektrolytu, tedy jeho hodnotu pH a koncentraci. Optimálním základním elektrolytem byl roztok tetraboritanu sodného o koncentraci 25 mmol/l a hodnotě pH 10,25. Následně byla zjištěna opakovatelnost měření, kalibrační závislosti a linearita, limit detekce a limit kvantifikace. Opakovatelnost migračních časů se pohybovala do 0,6%, opakovatelnost plochy píků pak v rozmezí 2,5 až 6,3%. Limity detekce metody byly v rozmezí 0,005-0,120 mmol/l. Nakonec byla optimalizovaná metoda úspěšně použita ke sledování průběhu skutečného enzymového štěpení.
|
|
|
Využití kapilární elektroforézy v rámci forenzních molekulárně genetických zkoumání
Grafnetterová, Anna ; Doubková, Klára (vedoucí práce) ; Coufalová, Pavla (oponent)
4 Abstrakt Kapilární elektroforéza (CE) je metoda založená na principech tradiční deskové elektroforézy. Díky moderním způsobům fluorescenčního značení a jeho detekce, dosahuje vyšší spolehlivosti analýzy a přesnějších výsledků. Tato metoda je využitelná v mnoha oborech, kde dokonce může nahradit doposud používané metody jako je např. vysokoúčinná kapalinová chromatografie (HPLC). Důležité využití CE je ve forenzním zkoumání, kde se jedná především o identifikaci jedince na základě analýzy DNA i z velmi malého množství materiálu. Tím se zabývá tzv. STR analýza, která pro své účely využívá krátké tandemové repetice (STR) vykazující vysokou variabilitu v populaci. K získání správných dat je důležité odpovídající vybavení, přístroje, softwary, kity, na jejichž vývoji se podílejí i komerční firmy jako je Promega Corporation a Applied Biosystems. Celá analýza vede k získání DNA profilu a jeho vyhodnocení na základě shody vzorků získaných na místě činu a kontrolních (srovnávacích) vzorků. STR analýzu lze využít kromě lidské DNA i u zvířecí DNA zejména v chovu koní, skotu apod., kde napomáhá určení původu jedince a výběru jedince s nejlepšími znaky. Klíčová slova: kapilární elektroforéza fluorescenční značení STR STR analýza DNA profil
|
|
|
Vývoj metody kapilární elektroforézy pro stanovení fosforylovaných složek bakteriálních buněčných membrán
Červinková, Jana ; Čabala, Radomír (vedoucí práce) ; Coufal, Pavel (oponent)
Název práce: Vývoj metody kapilární elektroforézy pro stanovení fosforylovaných složek bakteriálních buněčných membrán Autor: Jana Červinková Katedra (ústav): Katedra analytické chemie Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Radomír Čabala, Dr. Abstrakt: Obsahem práce je provedení úvodní literární rešerše o metodách analýzy a stanovení fosforylovaných látek přítomných v cytoplazmatické membráně bakterií. Jedná se především o majoritní fosfatidylglycerol, kardiolipin a fosfatidylethanolamin a minoritní fosfatidylserin, kyselinu fosfatidovou a lysylfosfatidylglycerol. Tyto látky jsou spolu s mastnými kyselinami hlavní stavební součástí buněčných membrán a lze je do určité míry používat buď na identifikaci druhů bakterií, nebo na studium chování bakterií za různých podmínek. Pro jejich stanovení bude vyvinuta analytická metoda založená na částečně či zcela nevodné kapilární elektroforéze se spektrofotometrickou detekcí. V rámci bakalářské práce by měly být nalezeny optimální experimentální podmínky separace standardů vybraných látek. Klíčová slova: fosforylované látky, bakteriální cytoplazmatická membrána, kapilární elektroforéza, tenkovrstvá chromatografie, Bacillus subtilis.
|
|
|
Elektroforéza v krátkých kapilárách
Podhorná, Petra ; Opekar, František (vedoucí práce) ; Samcová, Eva (oponent)
V laboratoři sestrojená aparatura byla použita k elektroforetické separaci v krátké kapiláře. K ověření základních funkcí aparatury byl použit vzorek K+ a Na+ iontu. Z naměřených elektroferogramů byly vypočítany základní parametry (separační účinnost, rozlišení, migrační čas). Dále byla na aparatuře separována a detegována uměle připravená směs bazických aminokyselin (arginin, lysin, histidin a jeho deriváty 3-metylhistidin a 1-metylhistidin). Poslední fází bylo stanovení histidinu v reálném vzorku - moči. Klíčová slova: kapilární elektroforéza, krátká kapilára, bazické aminokyseliny
|
|
|
Studium β-N-acetylhexosaminidasy v rostlinách tabáku
Valenta, Robert ; Tichá, Marie (oponent) ; Ryšlavá, Helena (vedoucí práce)
β-N-acetylhexosaminidasy jsou přítomny ve všech živých organismech, avšak informací o tomto enzymu v rostlinách a především listech je známo málo. V případě rostlinných β-N-acetylhexosaminidas se spekuluje o možné obranné funkci proti houbovým i jiným patogenům a také o degradaci zásobních glykoproteinů. Z listů tabáku (Nicotiana tabacum L.) byla precipitací síranem amonným, gelovou chromatografií na koloně Sephacrylu S-300 a afinitní chromatografií na koloně Con A-Sepharosy připravena β-N- acetylhexosaminidasa o specifické aktivitě 190 nmol min-1 mg-1 pro substrát p-NP-GlcNAc. Byla stanovena Michaelisova konstanta a maximální rychlost reakce β-N- acetylhexosaminidasy pro substrát p-NP-GlcNAc (Km = 0,33 mM a Vmax = 414 nmol min-1 mg-1 ). Pomocí kapilární elektroforézy bylo studováno štěpení diacetylchitobiosy β-N- acetylhexosaminidasou. Stanovená aktivita β-N-acetylhexosaminidasy pro diacetylchitobiosu byla více než jedenáctkrát nižší než v případě aktivity β-N-acetylhexosaminidasy pro substrát p-NP-GlcNAc. Z těchto výsledků lze usoudit, že chitobiosa, a pravděpodobně ani další chitooligomery, nejsou přirozeným substrátem β-N-acetylhexosaminidasy a tedy neslouží primárně k ochraně před houbovými patogeny. Přirozeným substrátem by mohly být spíše oligosacharidové řetězce glykoproteinů.
|
|
|
Quantum dots and their interaction with biomolecules
Stanisavljević, Maja
V této práci byly syntetizovány kvantové tečky pomocí mikrovlnné syntézy a povrchově modifikovány různými způsoby pro umožnění interakce s vybranými biomolekulami. Mezi použité konjugační způsoby patří nespecifická interakce, streptavidin-biotin konjugace a vazba pomocí syntetického peptidu. Kvantové tečky pokryté glutathionem o velikosti 2 nm umožnily interakci s velkým žlábkem DNA, zatímco kvantové tečky pokryté streptavidinem specificky interagovaly s biotinylovaným oligonukleotidem. Nakonec, streptavidin-biotin interakce bylo využito i pro vazbu apoferitinu s magnetickými částicemi.
|
|
| |
|
|
Čipová a kapilární elektroforéza pro výzkum rakoviny
Hájková, Tereza ; Babula, Petr (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou nádorového onemocnění a jeho vznikem. Karcinom prostaty je druhý nejzávažnější karcinom u mužů, je důležité zaměřit se na včasnou detekci. Tato práce pojednává o proteinech, které jsou nebo by mohly být využity jako potenciální nádorové markery. Například v současnosti běžně používaný prostatický specifický antigen, ale nově i metalothionein. Metalothionein je protein vyskytující se v rostlinné i v živočišné říši ve čtyřech základních isoformách. Existuje předpoklad, že obsah jednotlivých isoforem, případně jejich vzájemný poměr, má určitý diagnostický potenciál, který by mohl být využitelný v praxi. Z tohoto důvodu jsou vyvíjeny a studovány metody pro specifickou a citlivou analýzu jednotlivých isoforem. V této práci je pro separaci isoforem využita kapilární elektroforéza a jsou diskutovány vlivy jednotlivých parametrů (druh základního elektrolytu, jeho pH, velikost separačního napětí a tak dále) na výslednou separaci.
|
host ::
RSS.