|
|
Peptidové a aminokyselinové deriváty antimikrobiálně aktivních sloučenin (rešerše)
Šulcová, Kateřina ; Krátký, Martin (vedoucí práce) ; Janďourek, Ondřej (oponent)
Bakalářská práce se zabývá nově syntetizovanými látkami, které mají potenciál sloužit v budoucnu k léčbě mikrobiálních infekcí či přispět k syntéze látek dalších, výhodnějších. Nejprve se zabývá tématem bakteriální rezistence a souvisejícími pojmy, dále se věnuje možnostem modifikace léčiv pro získání dalších aktivních látek nebo s cílem zlepšení vlastností již známých molekul. Práce shrnuje některé aminokyselinové deriváty antimikrobně působících látek. Nejprve se věnuje analogům primachinu, kde se pro antimalarickou aktivitu jeví slibně acylace primární aminoskupiny, dále jsou shrnuty některé slibné antibakteriální látky např. deriváty fluorochinolonů či kurkuminu s fyziologickými i přirozeně se nevyskytujícími aminokyselinami. Nakonec se práce věnuje antimykobakteriálním látkám - salicylanilidovým derivátům pro léčbu tuberkulózy a derivátům antileprotika dapsonu k zvýšení jeho rozpustnosti. Peptidové a aminokyselinové deriváty tak mohou být efektivně využity ke zvýšení aktivity či k modifikací nevýhodných vlastností malých molekul (toxicita, rozpustnost aj.). Klíčová slova Aminokyselinové deriváty, bakteriální rezistence, modifikace léčiv, peptidy, proléčiva
|
|
|
Charakterizace a eliminace obtížně odstranitelných látek při úpravě vody
Čermáková, Lenka
Disertační práce se zabývá charakterizací organických látek produkovaných fytoplanktonem (AOM - Algal Organic Matter), které patří k obtížně odstranitelným látkám při úpravě vody, a na základě charakteru AOM pak posuzuje různé metody jejich eliminace, např. koagulaci, oxidaci s následnou koagulací a adsorpci na aktivním uhlí. Zvláštní důraz je přitom kladen na zjištění optimálních podmínek daných procesů a na popis při nich se uplatňujících mechanismů a interakcí. V rámci druhé skupiny z hlediska úpravy vody problematických látek, antropogenních mikropolutantů, se disertační práce zabývá vysoce aktuální problematikou výskytu mikroplastů ve vodě. Bylo zjištěno, že účinnost odstranění jednotlivých složek AOM se zásadně liší v závislosti na použité eliminační metodě. Velmi se různí i identifikované optimální podmínky jednotlivých metod a především pak mechanismy, které se při odstranění cílových látek uplatňují. Neproteinová složka AOM se konvenční koagulací i za optimalizovaných podmínek (pH 6,6-7,5 pro koagulační činidlo síran hlinitý a pH 7,5-9,0 pro polyaluminium chlorid) odstraňuje s velmi nízkou účinností (max. 25 %), přičemž hlavní příčinou je vysoký obsah obtížně koagulovatelných nízkomolekulárních látek. Jako dominantní se zde uplatňuje mechanismus adsorpce na hydratované oxidy hliníku. Dále...
|
|
|
Příprava peptidů inhibujících interakci PA-BP1 chřipkové RNA polymerasy
Palacková, Miroslava ; Machara, Aleš (vedoucí práce) ; Veselý, Jan (oponent)
Tato bakalářská práce se zabývá přípravou peptidů inhibujících protein-proteinovou interakci PA-PB1 podjednotek vyskytující se v chřipkové RNA polymeráze. Cílem práce bylo provést modifikace objeveného minimálního peptidu na dvou tzv. "hot spotech" - místech, které nejvíce přispívají k interakci tohoto hexapeptid s PA podjednotkou. Nejprve byl modifikován hot spot A, čímž vznikla první řada produktů a následně byl optimalizován i druhý hot spot B. Tímto postupem byly připraveny dvě série peptidů. S ohledem na skutečnost, že jeden z připravených hexapeptidů obsahoval komerčně nedostupnou aminokyselinu, musela tato aminokyselina být připravena. Dále se bakalářská práce zabývá přípravou bicyklického peptidu obsahující sekvenci inhibitoru a zároveň i peptidickou sekvenci, jenž umožňuje průchod peptidu přes buněčnou membránu. Klíčová slova: syntéza, peptidy, inhibitory, chřipka, polymerasa
|
|
|
Charakterizace a eliminace obtížně odstranitelných látek při úpravě vody
Čermáková, Lenka ; Pivokonský, Martin (vedoucí práce) ; Sochorová, Helena (oponent) ; Brányik, Tomáš (oponent)
Disertační práce se zabývá charakterizací organických látek produkovaných fytoplanktonem (AOM - Algal Organic Matter), které patří k obtížně odstranitelným látkám při úpravě vody, a na základě charakteru AOM pak posuzuje různé metody jejich eliminace, např. koagulaci, oxidaci s následnou koagulací a adsorpci na aktivním uhlí. Zvláštní důraz je přitom kladen na zjištění optimálních podmínek daných procesů a na popis při nich se uplatňujících mechanismů a interakcí. V rámci druhé skupiny z hlediska úpravy vody problematických látek, antropogenních mikropolutantů, se disertační práce zabývá vysoce aktuální problematikou výskytu mikroplastů ve vodě. Bylo zjištěno, že účinnost odstranění jednotlivých složek AOM se zásadně liší v závislosti na použité eliminační metodě. Velmi se různí i identifikované optimální podmínky jednotlivých metod a především pak mechanismy, které se při odstranění cílových látek uplatňují. Neproteinová složka AOM se konvenční koagulací i za optimalizovaných podmínek (pH 6,6-7,5 pro koagulační činidlo síran hlinitý a pH 7,5-9,0 pro polyaluminium chlorid) odstraňuje s velmi nízkou účinností (max. 25 %), přičemž hlavní příčinou je vysoký obsah obtížně koagulovatelných nízkomolekulárních látek. Jako dominantní se zde uplatňuje mechanismus adsorpce na hydratované oxidy hliníku. Dále...
|
|
|
Studium konformačního chování krátkých peptidových fragmentů metodami kvantové chemie
Kalvoda, Tadeáš ; Rulíšek, Lubomír (vedoucí práce) ; Vondrášek, Jiří (oponent)
Do jaké míry konformační preference ukrytá v základních stavebních blocích proteinů určuje jejich trojrozměrnou strukturu? Rozsáhlé kvantové-chemické výpočty spojené s moderními solvatačními metodami představují jedinečnou sadu nástrojů k objasnění klíčových faktorů biomolekulární struktury ab initio. Na modelových systémech představujících krátké peptidové fragmenty byl provedeno úplné konformační vzorkování (sampling). Získané výsledky ukazují, jak tyto konformační preference mohou spoluurčovat tvorbu prostorové struktury proteinů. Zároveň poskytují nesmírně cenná data pro nalezení optimálního algoritmu, který účinně dosáhne pokrytí (ideálně všech) nízkoenergetických konformerů delších a delších peptidových fragmentů. Klíčová slova: Konformační prostor, struktura proteinů, peptidy, solvatační metody, Ramachandranův diagram, DFT-D3 metody
|
|
|
Využití metody phage display při zkoumání povrchových antigenů Leishmania mexicana
Krylová, Anna ; Spitzová, Tatiana (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Leishmania je jednobuněčný parazit obratlovců přenášený krevsajícím hmyzem - flebotomy. U člověka způsobuje onemocnění zvané leishmanióza, které se řadí mezi nejzávažnější opomíjené tropické nemoci. V části životního cyklu leishmanie probíhající ve flebotomovi je z hlediska úspěšnosti vývoje parazita klíčový moment, kdy se bičíkatá stádia (promastigoti) přichycují na epitel mesenteronu flebotoma. U většiny druhů leishmanií není známo, na který receptor flebotoma se vážou, ani které povrchové antigeny k tomu využívají. Pomocí metody phage display byly hledány peptidové ligandy promastigotů Leishmania mexicana, které mohou hrát v této vazbě roli. Inkubací fágů s promastigoty a selekcí navázaných klonů fágů bylo identifikováno 16 unikátních peptidů. Fluorescenční značení fágů zobrazujících vybrané peptidy naznačilo potenciální místa jejich vazby na receptory leishmanií. Na základě hypotézy, že nalezené peptidy mohou představovat části domnělých receptorů mesenteronu flebotoma, byly provedeny experimenty, kde byli flebotomové infikováni promastigoty, jejichž vazebná místa byla zablokovaná navázanými fágy zobrazujícími dva vybrané peptidy. Intenzita infekce se lišila mezi oběma skupinami infikovaných flebotomů. Nebyla však pozorována statisticky významná odlišnost od kontrolní skupiny. Nepovedlo se sice popsat...
|
|
| |
|
|
Charakterizace nových HILIC stacionárních fází
Vaclová, Jana ; Kozlík, Petr (vedoucí práce) ; Kubíčková, Anna (oponent)
Hydrofilní interakční kapalinová chromatografie (HILIC) je často využívanou separační metodou pro analýzu polárních látek. Představuje alternativu k chromatografii na reverzních fázích, kde tyto látky vykazují nedostatečnou či žádnou retenci. V současné době je pro HILIC dostupná řada stacionárních fází a stále se vyvíjejí nové. Cílem této diplomové práce byla charakterizace a vzájemné porovnání stacionárních fází tří relativně nových HILIC kolon obsahujících jako stacionární fázi nemodifikovaný silikagel (HILIC-A), silikagel modifikovaný aminopropylovými skupinami (HILIC-B) a silikagel modifikovaný polyhydroxylovým řetězcem (HILIC-N). Na základě studia vlivu obsahu acetonitrilu v mobilní fázi na retenci modelové sady peptidů byl prokázán multimodální retenční mechanismus. Analýzou 18 modelových analytů s rozdílnými hodnotami pKa bylo zjištěno, že složení vodné složky mobilní fáze (pufru), konkrétně její koncentrace a hodnota pH, má významný dopad na retenci ionizovaných analytů i peptidů na studovaných stacionárních fázích. Významný příspěvek iontových interakcí k retenci byl pozorován na kolonách HILIC-B a HILIC-A. Retence bazických látek na koloně HILIC-B stoupala se zvyšující se iontovou silou, naopak u kolony HILIC-A klesala. S rostoucím pH pufru mobilní fáze výrazně vzrostla retence...
|
|
|
Synthesis and Study of Nano-Structured Perovskites for Applications in Organic Electronics
Jančík Procházková, Anna ; Kuřitka, Ivo (oponent) ; Částková, Klára (oponent) ; Krajčovič, Jozef (vedoucí práce)
Diversity and unique properties, such as exceptionally high photoluminescence quantum yields (PLQYs), predetermine metal halide perovskite nanoparticles (PNP) to be applied in optoelectronic and photonic devices. In this work, nature-inspired capping agents were employed not only for the PNP stabilization but also for modifying their surface to broaden the functionality of the resulting material. In the very beginning, a ligand-assisted precipitation technique was optimized for the preparation of the PNP. Here, adamantane-1-amine (AdNH2) alongside hexanoic acid (HeA) were chosen as capping agents for nanoparticles stabilization and passivation. It was demonstrated that the choice of the solvent system and the precipitation temperature have a crucial effect on the resulting optical properties of the colloidal solutions. Simultaneously, the influence of concentration of precursor chemicals on the resulting morphology and optical properties was investigated. Also, different carboxylic acids were tested as capping agents among AdNH2 and the colloidal stability of the resulting colloidal solutions was evaluated. To demonstrate the diversity of the ligand-assisted precipitation technique of PNP preparation, L-lysine and L-arginine were employed initially for the surface passivation. As a result, colloidal solutions with emission within a narrow bandwidth of the visible spectrum and remarkable photoluminescence quantum yield (PLQY) close to 100% were obtained. Blocking -amino group of L-lysine by tert-butoxycarbonyl group suggested preferential binding of the side chain of L-lysine to the perovskite core. Furthermore, defined amounts of water were added into the precursor solutions which caused shifts of emission spectra due to quantum confinement effects. Water molecules were assumed to form highly mobile species leading to the enhancement of controlling the perovskite lattice growth. Merging perovskite nanomaterials with peptides are expected to pave a way to the new class of materials possessing exceptional optoelectronic properties alongside self-assembly and sensing abilities. As a proof-of-concept, a cyclic(RGDFK) pentapeptide was used for PNP stabilization. However, peptides are known for their sensitivity to their environment. Therefore, peptide nucleic acid (PNA) was used for PNP stabilization as a robust artificial analogue for deoxyribonucleic acid (DNA). Here, optical properties of thymine-based PNA monomer and trimer stabilized PNP were studied. Additionally, the sensing ability of the PNA ligand for adenine moiety was demonstrated by photoluminescence quenching via charge transfer. We envision that combining the unique tailored structure of PNA and the prospective optical features of PNP could expand the applications especially in the field of optical sensing devices.
|
|
|
Rozlišení zvířecí srsti pomocí hmotnostní spektrometrie
Humpoláková, Karin ; Kučková, Štěpánka (vedoucí práce) ; Kolář, Karel (oponent)
Cílem mé bakalářské práce bylo zjistit, zda je možné pomocí proteinové analýzy zvířecí srsti rozlišit živočišný rod ze třídy savců. Tato informace by mohla napomoci například ve forenzním dokazování v případech pašování exotických druhů zvířat, nebo by mohla být dále využita k řešení kriminalistických případů. Srst je specifickým znakem savců tvořící povrch jejich těla. Je tvořena hlavně keratinem, který je zařazen mezi vláknité proteiny. Tato práce se zabývá proteomickou analýzou zvířecí srsti pomocí hmotnostní spektrometrie pracující na principu MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight). Zkoumaná srst byla odebrána deseti naším místním domácím i divokým zvířatům - daňkovi skrvnitému, jelenovi sika, kočce domácí, koze domácí, koni domácímu, králíkovi domácímu, osmákovi degu, psovi domácímu, srnce obecné a teleti plemena skotu belgického modrého. K analýze vzorků, které jsou bohaté na proteiny, bylo použito specifické štěpení enzymem trypsinem. Proteiny byly rozštěpeny na peptidy, ze kterých byla získána hmotnostní spektra hmotnostní spektrometrií MALDI-TOF. Tato spektra byla následně vyhodnocena metodou hlavních komponent (PCA, Principal Component Analysis). Dále byly prostřednictvím veřejně dostupné proteinové databáze UniProt vyhledány dostupné aminokyselinové...
|
host ::
RSS.