|
|
In silico design and validation of conotoxin-based peptides for neuroblastoma nanotherapy
Mokrý, Michal ; Gumulec, Jaromír (oponent) ; Heger, Zbyněk (vedoucí práce)
This thesis is focused on in silico design and validation of peptides based on -MrIA conotoxin from Conus marmoreus marine snail species, and their possible use in the treatment of neuroblastoma through norepinephrine transporter targeting. Five conotoxin-based peptides were designed using molecular dynamics simulations, and their trajectories were analyzed to determine peptide properties. Two homology models of human norepinephrine transporter were prepared for further analysis of binding properties of the conotoxin-based peptides to norepinephrine transporter. Peptides were synthesized and used to coat apoferritin nanoparticles with cytotoxic agent ellipticine trapped inside apoferritin’s cavity. Created peptides and nanoparticles were analyzed to determine their physico-chemical characteristics. Furthermore, cellular uptake and cytotoxicity towards neuroblastoma and epithelial cell lines were studied. From both in silico and in vitro studies, it appears that YKL-6 peptide is the best candidate for further research.
|
|
|
Modulace aktivit a exprese enzymů metabolisujících ellipticin inhibitorem histondeacetylas trichostatinem A
Kopejtková, Barbora
Inhibitor histondeacetylas trichrostatin A (TSA) zvyšuje toxicitu protinádorového léčiva ellipticinu vůči lidským neuroblastomovým buněčným liniím. Mechanismus tohoto působení však není znám. Jedním z možných mechanismů je rozvolnění struktury chromatinu, a tím zpřístupnění DNA pro modifikaci. Cílem předkládané diplomové práce bylo studium dalšího z možných mechanismů vysvětlujícího tento dříve popsaný jev. Jedná se o odpověď na otázku, zda TSA neovlivňuje cytotoxicitu ellipticinu vůči neuroblastomům modulací aktivity a exprese cytochromů P450 a peroxidas. Tedy enzymů zodpovědných za míru cytotoxicity ellipticinu vůči nádorovým buňkám. Trichostatin A neovlivňuje oxidaci ellipticinu cytochromy P450 ve směru tvorby jak aktivačních, tak detoxikačních metabolitů tohoto protinádorového léčiva. Při oxidaci ellipticinu peroxidasami TSA zvyšuje tvorbu majoritního metabolitu ellipticinu, dimeru ellipticinu, který je metabolitem detoxikačním. TSA neovlivňuje aktivity CYP1A1, CYP1A2, CYP3A, které významně participují na oxidaci ellipticinu. Trichostatin A působí na expresi enzymů oxidujících ellipticin v neuroblastomových buněčných liniích. V kombinaci s ellipticinem v lidských neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-3 a UKF-NB-4 indukuje expresi CYP1A1 a CYP3A4 a naopak inhibuje expresi laktoperoxidasy.
|
|
|
Mechanismus působení protinádorových léčiv v neuroblastomech
Groh, Tomáš
Nádorové buňky se obvykle dokážou dynamicky adaptovat na stresové hypoxické prostředí, které je způsobené nedokonalou vaskularizací nádoru. V disertační práci bylo zjištěno, že neuroblastomové nádorové linie UKF-NB-3 a UKF-NB-4 se na hypoxii adaptují zvýšením acetylace histonů. Zvýšená acetylace je obecně spojována s rozvolněním chromatinové struktury, a tím i s transkripční aktivací genů. Dále bylo zjištěno, že hypoxie v těchto liniích mění expresi proteinu transkripčního faktoru N-myc, který je důležitý pro vývoj neuroblastomů. Zodpovědný je i za metabolickou adaptaci, zvýšenou agresivitu a horší prognózu onemocnění. Inhibitory histondeacetylas (HDAC) jsou slibné látky s protinádorovým účinkem. Mohou indukovat zástavu buněčného cyklu, diferenciaci či programovanou buněčnou smrt v sensitivních nádorech. V práci byl studován vliv inhibitoru HDAC, valproátu, na expresi proteinů transkripčních faktorů N-myc a faktoru 1α indukovaného hypoxií (HIF-1α), důležitých pro proliferaci nádorových buněk. Testovaný inhibitor HDAC způsoboval snížení exprese obou transkripčních faktorů, což potvrzuje jeho protinádorový efekt. Protein CD133 je spojován s fenotypem kmenových nádorových buněk. V disertační práci bylo zjištěno, že zvýšená exprese proteinu CD133 po kultivaci buněk UKF-NB-3 s valproátem je spojená s...
|
|
|
Působení kyseliny valproové a její účinek v kombinaci s cytostatiky na nádorové buňky in- vitro
Hinďoš Hřebačková, Jana ; Dyr, Jan (vedoucí práce) ; Vávrová, Jiřina (oponent) ; Entlicher, Gustav (oponent)
Nádorová onemocnění představují v dnešní společnosti jeden z nejzávažnějších problémů moderní medicíny. Jejich zvyšující se incidence a velká variabilita nádorových buněk jsou hlavními důvody pro zlepšování diagnostických a terapeutických postupů. Perspektivní skupinou látek zesilujících účinky konvenční chemoterapie jsou inhibitory histondeacetylas, které lze zařadit mezi epigenetická chemoterapeutika. Nejdéle používanou látkou z této skupiny je antiepileptikum kyselina valproová, která má navíc protinádorové účinky a podporuje působení řady chemoterapeutik. Významným se jeví zejména její účinek na růst a buněčnou smrt nádorových buněk za hypoxických podmínek (<1% O2). Tato práce je zaměřena na sledování účinků kyseliny valproové na neuroblastomové buněčné linie in vitro v normoxii a hypoxii. V hypoxii vykazovala významně vyšší účinek než v normoxii. Spouštěcím mechanismem apoptotické buněčné smrti je narušení rovnovážného stavu pro- a anti apoptotických proteinů. Vnitřní apoptotická dráha je pravděpodobně zahájena narušením mitochondriální membrány 19kDa variantou proapoptotického proteinu Bax. V dalších experimentech jsme testovali účinek kombinace kyseliny valproové a DNA- poškozujících chemoterapeutik - cisplatiny a ellipticinu - na neuroblastomové buňky. Kombinace s cisplatinou vykazovala...
|
|
|
Exprese V-ATPázy v hypoxii u buněk neuroblastomu
Kittlerová, Kateřina ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Moserová, Michaela (oponent)
Nádorová onemocnění se v dnešní době řadí mezi nejčastější příčiny smrti na celém světě, proto se stále pracuje na nových protinádorových léčivech a terapeutických přístupech. U dětí a mladistvých jsou nádorová onemocnění druhou nejčastější příčinou smrti. Mezi jeden z často diagnostikovaných nádorů u dětí a mladistvých patří neuroblastom. Jedná se o maligní embryonální nádor periferního nervového systému. K léčbě nádorových onemocnění se s dalšími terapeutickými postupy jako je chirurgické odstranění a ozáření nádoru používá léčba cytostatiky - chemoterapie. Cisplatina je jedno z nejpoužívanějších cytostatik, její účinnost je ale ztěžována vznikem rezistence v průběhu léčby. Vakuolární ATPáza (V-ATPáza) acidifikuje některé buněčné organely včetně lysozomů, což může vést k lysozomální sekvestraci některých látek včetně cytostatik a tím tedy zabránění léčivu dostat se k terapeutickému cíli. Klíčovou roli v regulaci lysozomální aktivity hraje transkripční faktor EB (TFEB). Tato práce se zabývá expresí d podjednotky vakuolární ATPázy (ATP6V0D1) a TFEB u neuroblastomové buněčné linie senzitivní UFK-NB-4 a rezistentní vůči cisplatině UKF-NB-4CDDP v normoxii a hypoxii. Po vystavení neuroblastomových buněk rezistentních vůči cisplatině UKF-NB-4CDDP došlo ke zvýšení exprese genu ATP6V0D1 vůči normoxii. V...
|
|
|
Mechanismus působení protinádorových léčiv v neuroblastomech
Groh, Tomáš
Nádorové buňky se obvykle dokážou dynamicky adaptovat na stresové hypoxické prostředí, které je způsobené nedokonalou vaskularizací nádoru. V disertační práci bylo zjištěno, že neuroblastomové nádorové linie UKF-NB-3 a UKF-NB-4 se na hypoxii adaptují zvýšením acetylace histonů. Zvýšená acetylace je obecně spojována s rozvolněním chromatinové struktury, a tím i s transkripční aktivací genů. Dále bylo zjištěno, že hypoxie v těchto liniích mění expresi proteinu transkripčního faktoru N-myc, který je důležitý pro vývoj neuroblastomů. Zodpovědný je i za metabolickou adaptaci, zvýšenou agresivitu a horší prognózu onemocnění. Inhibitory histondeacetylas (HDAC) jsou slibné látky s protinádorovým účinkem. Mohou indukovat zástavu buněčného cyklu, diferenciaci či programovanou buněčnou smrt v sensitivních nádorech. V práci byl studován vliv inhibitoru HDAC, valproátu, na expresi proteinů transkripčních faktorů N-myc a faktoru 1α indukovaného hypoxií (HIF-1α), důležitých pro proliferaci nádorových buněk. Testovaný inhibitor HDAC způsoboval snížení exprese obou transkripčních faktorů, což potvrzuje jeho protinádorový efekt. Protein CD133 je spojován s fenotypem kmenových nádorových buněk. V disertační práci bylo zjištěno, že zvýšená exprese proteinu CD133 po kultivaci buněk UKF-NB-3 s valproátem je spojená s...
|
|
|
Studium mechanismu účinku protinádorových léčiv na neuroblastomy
Černá, Tereza ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Souček, Pavel (oponent) ; Mrízová, Iveta (oponent)
Nádorová onemocnění jsou i přes veškeré pokroky v onkologické diagnostice a terapii druhou nejčastější příčinou úmrtnosti. Proto je naší snahou přispět ke zlepšení této situace. Cílem disertační práce bylo studium vlivu dvou protinádorových léčiv ellipticinu (Elli) a doxorubicinu (DOX) na vybrané nádorové i zdravé buněčné linie. Zvláštní zřetel byl kladen na rozšíření současných znalostí o metabolismu a cytostatických účincích Elli v neuroblastomových buněčných liniích. Jednalo se také o objasnění mechanismu vzniku resistence nádorových buněk vůči Elli a vysvětlení, jaký vliv na protinádorovou léčbu mohou vykazovat inhibitory histondeacetylas. V neposlední řadě bylo cílem vyvinout apoferritinový (Apo) nanotransportér, který by byl vhodný pro transport cytostatik do nádorových buněk. V disertační práci bylo zjištěno několik zásadních poznatků. Cytochrom P450 (CYP) 3A4 oxiduje Elli na metabolity, jež tvoří dva kovalentní adukty s DNA. Tvorba aduktů byla pozorována také v případě, kdy byl CYP3A4 enkapsulován do nanočásticových systému, konkrétně systémů liposomů či SupersomůTM . Množství aduktů bylo závislé na koncentraci enkapsulovaného CYP3A4. SupersomálníTM CYP3A4, ve srovnání s liposomálním CYP3A4, generuje větší množství aduktů s DNA díky přítomnost určitých typů lipidů a proteinů nebo cytochromu...
|
|
|
Epigeneticky podmíněná chemorezistence nádorových buněk
Feriančiková, Barbara ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Šácha, Pavel (oponent)
Nádorová onemocnění jsou i přes významné pokroky v diagnostice a léčbě druhou nejčastější příčinou úmrtí v ekonomicky vyspělých státech. Hlavním důvodem selhání proti- nádorové terapie je rozvoj chemorezistence, která může být buď vnitřní, nebo získaná, a je primárně zprostředkovaná aktivací různých klíčových regulátorů (např. MDR, PI3K/Akt apod.). Na aktivaci těchto drah se podílejí genetické a epigenetické mechanismy. Mezi vý- znamné epigenetické mechanismy, které se mohou účastnit na vzniku chemorezistence, patří regulace genové exprese prostřednictvím mikroRNA (miRNA) a dlouhých nekódujících RNA (lncRNA). Deregulovaná exprese těchto nekódujících RNA byla pozorována v mnoha one- mocněních a byl prokázán jejich podíl na vzniku a progresi zhoubných nádorů. V práci jsme sledovali expresi dlouhé nekódující RNA MIAT v hypoxii (1% O2) u chemosenzitivních a chemorezistentních buněčných linií neuroblastomu (NBL), neboť hy- poxie je významným negativním prognostickým faktorem řady nádorů a podílí se právě na chemorezistenci. Relativní exprese MIAT byla ovlivněna počtem kultivovaných buněk, kdy se zvyšovala její exprese s kultivací většího počtu buněk. Exprese MIAT byla také signi- fikantně zvýšena již po 6 h kultivace NBL linie UKF-NB-4 v hypoxických podmínkách a maxima dosahovala po 48 h s následným...
|
|
|
Působení inhibitorů V-ATPasy na chemorezistentní linie neuroblastomu in vitro
Honzejková, Karolína ; Eckschlager, Tomáš (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Nádorová onemocnění se řadí mezi nejčastější příčiny úmrtí na celém světě a přes velký pokrok v léčebných postupech v posledních padesáti letech se stále jedná o závažný zdravotní problém. Proto je stále soustředěno velké úsilí na vývoj nových protinádorových léků a terapeutických přístupů. Neuroblastom (NBL) je nejčastější nádorové onemocnění u kojenců a čtvrté nejčastější u dětí. Úspěšnou léčbu značně komplikuje jeho heterogenita. Při chemoterapii je nežádoucím jevem léková rezistence. Jedním z mechanismů chemorezistence je akumulace slabě bazických protinádorových léčiv v lysosomech. Tato práce se zabývá měřením lysosomálního "uptaku" těchto látek v neuroblastomových buněčných liniích UKF-NB-4 a této linii rezistentní vůči ellipticinu (UKF-NB-4ELLI ) za různých podmínek. Byla zavedena metoda stanovení kapacity (objemu) buněčných lysosomů pomocí měření intenzity fluorescence barviva specifického pro lysosomy, LysoTracker Red (LTR), a dále byla zkoumána schopnost bafilomycinu A, inhibitoru vakuolární ATPasy (V-ATPasy), potencovat účinky ellipticinu inhibicí jeho lysosomální akumulace. Klíčová slova: neuroblastom, lysosom, vakuolární ATPasa, víceléková rezistence
|
|
|
The use of molecular-biology methods (QRT-PCR) and immunocytological methods (flow cytometry and immunocytochemistry) for the detection of minimal residual disease in neuroblastoma
Grüncveigová, Veronika ; Vícha, Aleš (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
S rozvojem molekulárn -biologických metod se pozornost soust e uje na možnosti detekce minimální reziduální nemoci (minimal residual disease, MRD) u solidních nádor . V naší práci se soust edíme na d kaz p ítomnosti MRD u neuroblastom . Neuroblastom je nádor periferního sympatického nervového systému, který zahrnuje až desetinu všech d tských solidních nádor . Otázkou z stává, zda p ítomnost MRD v kostní d eni bude možné využít jako nezávislý prognostický znak. S tím je spojena i další otázka, jakou techniku je k jejímu prokázání nejvhodn jší použít, p ípadn jaký znak vyšet ovat. K detekci MRD u neuroblastom je možné využít n kolik metodických p ístup , které se odlišují nejen nákladností a pracností, ale zejména senzitivitou a specificitou. Detekují se nádorové bu ky v periferní krvi nebo v kostní d eni. Kostní d e je velmi astým místem metastatického postižení u neuroblastomu. P i vstupním vyšet ení kostní d en pomocí standardního cytomorfologického vyšet ení je pozitivita zachycena u více než 85 % p ípad neuroblastom vysokého rizika. Koncentrace nádorových bun k je však asto v kostní d eni nebo periferní krvi v hodnotách (p edevším v pr b hu terapie nebo po jejím ukon ení), které jsou hluboko pod detek ním limitem standardních vyšet ovacích metod: cytomorfologické vyšet ení, zobrazovací metody...
|
host ::
RSS.