|
|
Genomic approaches for studying speciation
Vozárová, Zuzana ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Hulva, Pavel (oponent)
Pokrok v oblasti technologií sekvenace DNA spolu se vznikem nových informatických přístupů, vedly ke vzniku nových možností na poli biologie. V této bakalářské práci se zaměřuji na informatické přístupy používané v speciační genomice,což je vědecký obor, který se soustředí na problematiku vzniku nových druhů. Představím statistické metody, které tyto přístupy využívají. Čtyři konkrétní metody, o kterých píšu, jsou Odhad maximální věrohodnosti, Bayesovské modely, Markovovské řetězce Monte Carlo a Iterativní přístup. Přiblížím několik metod používaných v detekci mezidruhových hybridů a určovaní jak nedávného tak historického mezidruhového genového toku. Tyto metody zahrnují program NewHybrids, hybridní index, genomické a prostorové klíny a metody založené na koalescenčních modelech. Tato práce vyzdvihuje prospěšnost propojení aplikované matematiky a genomiky při řešení obecných biologických problémů a speciace konkrétně.
|
|
|
Vznik triploidních hybridů a jejich evoluční potenciál v kontaktní zóně diploidního a tetraploidního cytotypu heřmánkovce nevonného (Tripleurospermum inodorum)
Ryšavá, Hana ; Čertner, Martin (vedoucí práce) ; Chrtek, Jindřich (oponent)
Přítomnosti triploidních jedinců, ať už hybridů vznikajících křížením diploidních a tetraploidních rostlin, nebo spontánně vzniklých triploidních mutantů v diploidních populacích, je dnes v rostlinných populacích přikládán stále větší význam. Možná evoluční role triploidních hybridů je však těsně spjata s frekvencí jejich výskytu, s jejich relativní zdatností (v porovnání s rodičovskými cytotypy) a fertilitou. Ke studiu této problematiky jsem si jako modelovou rostlinu zvolila heřmánkovec nevonný (Tripleurospermum inodorum), u kterého byl ve smíšených populacích diploidů s tetraploidy zdokumentován relativně častý výskyt triploidních hybridů. Tato jednoletá rostlina zároveň dosahuje velmi rychle reprodukční zralosti a je snadno pěstovatelná, což jí činí ideálním modelem pro kultivační a opylovací experimenty. V porovnání s rodičovskými cytotypy vykazují v kultivaci triploidní hybridi T. inodorum přibližně stejné (většinou intermediární) hodnoty zdatnosti. V in vitro podmínkách byla sledována klíčivost cytotypů, klíčení triploidních semen je srovnatelné s diploidním rodičovským cyotypem. V následné srovnávací kultivaci téměř 150 rostlin 2x, 3x, 4x a aneuploidních cytotypů ve skleníku bylo zjištěno, že ve všech zaznamenávaných indikátorech fitness nabývají triploidi intermediálních hodnot svých...
|
|
|
Variabilita alel MHC I a kožní prozánětlivá reaktivita u plemen kura domácího
Pojezdná, Anežka ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Hyršl, Pavel (oponent)
Kur domácí (Gallus Gallus f. domestica) je ekonomicky důležitý modelový druh. Znalost imunitního systému tohoto druhu je tedy klíčová. Inbrední modelové linie Kura domácího, běžně používané ve výzkumu jsou dobrým modelem pro výzkum imunity. Mají však nepřirozenou variabilitu, v důsledku vzniku těchto linií příbuzenským křížením. Jejich genetická i fenotypová variabilita proto redukovaná. Pro mapování variability imunitní odpovědi mohly být dobrým modelem plemena slepic, vyšlechtěná v dobách dávno minulých a nyní udržovaná v zájmových chovech. V této diplomové práci jsem mapovala genetickou variabilitu vazebného místa MHC glykoproteinů I. třídy. U kura domácího je kódováno genem BF, který je v genomu kopírovaný (BF1 a BF2). Tyto geny jsou poměrně dobře známé a byla popsaná značná variabilita i u zmíněných inbredních laboratorních linií. MHC výsledky práce naznačují vysokou genetickou variabilitu MHC I u plemen slepic. Identifikovali jsme 41 haplotypů u 25 jedinů 14 plemen, z toho 7 již známých z literatury. Dále jsem se zaměřila na prozánětlivou aktivitu u plemen kura domácího na příkladu subkutánní stimulace bakteriálním lipopolysacharidem. Sledovala jsem velikost otoku a expresi prozánětlivých cytokinů IL-6 a IL-1 po subkutánní aplikaci lipopolysacharidu. Výsledky naznačují, že velikost otoku po...
|
|
|
Role triploidních hybridů v cytotypově smíšených populacích heřmánkovce nevonného (Tripleurospermum inodorum)
Jirsáková, Hana ; Čertner, Martin (vedoucí práce) ; Kolář, Filip (oponent)
Zdvojení jaderného genomu je považováno za jeden z hlavních způsobů, jak mohou u rostlin vznikat v sympatrii nové druhy. Polyploidizace je také zpravidla významným zdrojem nových evolučně výhodných vlastností. Nicméně není tomu tak ale vždy, polyploidi s lichým počtem chromozómových sad často trpí omezenou životaschopností a fertilitou. V cytotypově smíšených populacích diploidů s tetraploidy, nebo i v diploidních populacích za přispění vysoké tvorby neredukovaných gamet mohou vznikat triploidní hybridi. V některých případech je jejich vitalita dokonce srovnatelná s rodičovskými cytotypy, ale produkují jen malé množství potomstva a to navíc o různých ploidních úrovních. Ačkoliv se dříve myslelo, že žádný evoluční význam nemají, dnes již na základě mnoha experimentálních prací s jistotou víme, že se mohou značně podílet na vzniku nových polyploidů. Pokud se triploidi vyskytují v populaci s dostatečnou frekvencí, mohou sehrát roli i při stabilizaci společné koexistence diploidního a tetraploidního cytotypu. Triploidní hybridi mohou i se svou omezenou fertilitou přispívat k obousměrnému toku genů mezi rodiči, a překonat tak bariéru jejich odlišných ploidních úrovní. Vhodným modelem pro studium úlohy, jakou mohou hrát triploidní hybridi v přirozených smíšených populacích diploidů s tetraploidy, je...
|
|
|
Dynamics of rare and threatened species on local and regional scale- from theory to practice
Lampei Bucharová, Anna ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Tichý, Lubomír (oponent) ; Jiménez, Ares (oponent)
Ke správnému zhodnocení stavu vzácných druhů je nutné nejprve porozumět faktorům které ovlivňují velikost populací a jejich počet. V této práci jsem studovala procesy působící na úrovni populací jednotlivých druhů (článek 1), faktory ovlivňující rozšíření druhů v krajině a schopnost obsazení nových stanovišť (článek 2) a vlastnosti druhů zodpovědné za genový tok mezi existujícími populacemi (článek 3). Jelikož pracuji se vzácnými druhy, soustředila jsem se také na převedení vědeckých teoretických poznatků do praxe ochrany přírody (článek 4), abych tak napomohla efektivní druhové ochraně. V prvních 3 článcích jsem pracovala se 2 vzácnými druhy kapradin vázanými striktně na hadcové skalky, Asplenium adulterinum a A. cuneifolium, v modelovém území o velikosti 10 × 10 km. Zjistila jsem, že oba druhy jsou dlouhověké (několik desítek let) a ve studovaném regionu jsou populace v dobrém stavu a mírně rostou. Dokonce velmi malé populace (ca 10 jedinců) mají relativně dobrou šanci přežít (článek 1). U obou druhů jsem zjistila, že jsou ve svém rozšíření omezeny schopností šíření, což může být u kapradin překvapivé (článek 2). Studované druhy se liší ploidní úrovní a tudíž také systémem reprodukce. A. adulterinum je allotetraploid jeho hlavním systémem reprodukce je vnitrogametofytické samooplození....
|
|
|
Mezidruhová hybridizace u rákosníků rodu Acrocephalus
Majerová, Veronika ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Rákosníci rodu Acrocephalus prodělali během posledních několika milionů letadaptivní radiaci, která dala vzniknout třiceti jedna druhům obývajících předevšímEurasii, Afriku a Austrálii. Většina druhů je morfologicky velmi podobná, liší sevšak ekologickými nároky, migrační strategií a zpěvem. Mezi jednotlivými druhydochází v přírodě k hybridizaci a to nejen mezi sesterskými druhy, ale i mezifylogeneticky relativně vzdálenými. Hlavním cílem této studie bylo zjistit, jestlitato hybridizace vede ke genovému toku mezi druhy a jaké faktory míru genovéhotoku ovliňují. Za tímto účelem jsme provedli detailní populačně genetickou analýzuu tří evropských druhů rákosníků rodu Acrocephalus, podrodu Notiocichla:rákosníka obecného (A. scirpaceus), rákosníka zpěvného (A. palustris) a rákosníkapokřovního (A. dumetorum). Naše výsledky založené na analýze sekvenčních datz osmi jaderných lokusů ukazují, že ke genovému toku mezi studovanými druhydochází, ale vždy jen v jednom směru. Genový tok je vyšší mezi genetickypříbuznějšími druhy než mezi ekologicky podobnějšími druhy, kteří mají vícepříležitostí k hybridizaci. Odhadli jsem také, že rákosník obecný a rákosník zpěvnýdivergovali zhruba před 1,1 milionem let a rákosník pokřovní a předek rákosníkaobecného a rákosníka zpěvného zhruba před 2,5 miliony let. U dvou lokusů...
|
host ::
RSS.