|
|
Genetické faktory v etiologii poruch spánku
Dvořáková, Markéta ; Šolc, Roman (vedoucí práce) ; Červená, Kateřina (oponent)
Spánkové poruchy jsou skupinou obtíží postihující nezanedbatelnou část lidské populace. Jejich etiologie je zpravidla velmi komplexní a zahrnuje enviromentální ale i genetické faktory. Většina spánkových poruch je multifaktoriální povahy. Spánková medicína a pole syntézy jejích poznatků s poznatky moderní či klasické genetiky nabízí stále ještě mnoho prostoru k bádání. Navzdory mnoha otazníkům je ale dnes možné shrnout poznatky o identifikovaných potvrzených anebo suspektních genech, jejichž mutace se na projevu těchto poruch podílí. Lze odhadovat heritabilitu konkrétních poruch na jejich vícečetném výskytu v rodinách, přítomnosti u dvojčat nebo rozšířenosti v populaci v závislosti na etnickém původu. Předložená bakalářská práce se věnuje genetickým aspektům v etiologii spánkových poruch, jejich dědičnosti, síle genetické komponenty a genetickým souvislostem mezi některými poruchami.
|
|
|
Karyotypová evoluce u astrildovitých pěvců rodu Lonchura
Janáková, Šárka ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Augstenová, Barbora (oponent)
Karyotyp, čili soubor všech chromosomů v buňce, je důležitou charakteristikou jednotlivých druhů jak živočichů, tak rostlin. Karyotyp ptáků je typický svou stabilitou co do počtu chromozomů i jejich velikosti a přestavby mezi různými chromozomy jsou vzácné. Změny, které se mezi karyotypy ptačích druhů projevují, jsou častěji intrachromozomální, jako například inverze či duplikace a delece. Stále není jasné, jak často se takové změny vyskytují mezi blízce příbuznými druhy a zda mohou přispět ke speciaci. Tato práce si klade za cíl srovnání karyotypů celkem pěti druhů pěvců rodu Lonchura (panenka), které jsou si blízce příbuzné, a srovnávání chromozomálních změn tak umožňuje pozorovat změny, které by mohly ke speciaci přispívat. Studie je založena na analýze karyotypu metodou imunofluorescenčního barvení synapsovaných pachytenních chromozomů a následného určení a srovnání typů chromozomů. Tato metoda umožnuje dobře určit změny, kterými se projevují pericentrické inverze, kdy dochází ke změně pozice centromery. Výsledky potvrzují všeobecnou představu o ptačích karyotypech jakožto velmi konzervativních co se týká počtu chromozomů a jejich velikosti. Nicméně, u některých chromozomů se mezi zkoumanými druhy lišila pozice centromery, což by mohlo být způsobeno pericentrickými inverzemi. U čtyř z pěti...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Vyšetření polymorfismů v genu IFITM3 pomocí sekvenace a jejich klinický význam pro průběh virových onemocnění
TROJÁKOVÁ, Simona
Interferonem indukovaný transmembránový protein 3 je protizánětlivý cytokin, který patří do skupiny interferonem stimulovaných genů. Topologie genu IFITM3 byla objasněna analýzou elektronové paramagnetické a nukleární magnetické rezonance. Protein kódovaný tímto genem navozuje imunitu proti viru chřipky A a dalším virovým onemocněním. Dále také narušuje homeostázu intracelulárního cholesterolu, inhibuje vstup virů do cytoplazmy hostitelských buněk a inaktivuje nové obalené viry vycházející z infikované buňky. Proteiny IFITM omezují replikaci viru tak, že regulují expresi virového proteinu a snižují infekčnost vznikajících virů. Pro objasnění mechanismu účinku proteinu IFITM3 a jeho vlivu na závažnost průběhu virového onemocnění je analýza jednonukleotidových polymorfismů v genu IFITM3 velmi významná. Teoretická část se zabývá rodinou interferonem indukovaných transmembránových proteinů, dále především popisem a funkcí genu IFITM3 včetně jeho polymorfismů. Tento gen je lokalizován na chromozomu 11 a jeho velikost je přibližně 18 Kb. Genová variabilita IFITM3 může zásadně ovlivnit průběh chřipky i jiných virových onemocnění. Praktická část bakalářské práce je zaměřena na detekci polymorfismů rs12252, rs34481144 a rs1136853 v genu IFITM3 pomocí metody PCR a přímé sekvenace. V rámci této části bylo nutné zvládnout některé základní laboratorní metody jako je izolace DNA z primárních vzorků, metoda PCR, příprava PCR produktu pro sekvenaci, analýza sekvenačních dat, zpracování výsledků a určení konkrétních genotypů u testovaných jedinců.
|
|
|
Klinický význam polymorfismu rs4646994 v genu ACE
BÍCHOVÁ, Simona
Předložená bakalářská práce se zabývá, jak je patrné z názvu, jedním konkrétním polymorfismem rs4646994 v genu ACE a jeho klinickým významem. Gen ACE, složen z 26 exonů, je lokalizován na chromozomu 17q23 a jeho název ACE je zkratkou pro angiotenzin konvertující enzym. Tento enzym je schopen štěpit bílkoviny, přičemž je součástí systému renin-angiotenzin, který reguluje krevní tlak a rovnováhu tekutin a solí v organismu. Principem je štěpení bílkoviny zvané angiotenzin I na angiotenzin II. Ten pak způsobuje zúžení (konstrikci) cév, což vede ke zvýšení krevního tlaku. Tento protein také stimuluje produkci hormonu aldosteronu, který spouští vstřebávání solí a vody ledvinami. Zvýšené množství tekutin v těle následně zvyšuje krevní tlak. Kromě toho může angiotenzin II hrát také roli při vývoji ledvin. Vybraný polymorfismus ACE rs4646994 je velmi zajímavý z hlediska různých onemocnění (např. COVID-19, nefropatie u diabetes mellitus, syndrom polycystických vaječníků atd.) Významnou roli může hrát také u Alzheimerovy choroby, na kterou je zaměřena praktická část této bakalářské práce. Vyšetření polymorfismu rs4646994 v genu ACE bylo v rámci praktické části provedeno ve vybrané skupině 61 seniorských pacientů převážně s diagnózou demence metodou end-point PCR. Získaná data byla následně statisticky zpracována a porovnána s kontrolní skupinou pacientů bez diagnózy demence. Výsledky byly následně porovnány s dostupnými odbornými publikacemi.
|
|
|
Vyšetření polymorfismu genu STAT6 metodou PCR-RFLP
VADLEJCHOVÁ, Markéta
Tato práce se zabývá problematikou alergií, především těch potravinových, které mají negativní dopad na celkovou kvalitu života a jejichž prevalence se ve vyspělých zemích neustále zvyšuje. Reakce na některé potravinové alergeny mohou dokonce ohrožovat život postižených osob. Mezi takové alergeny patří např. ořechy a arašídy. Na vznik alergií mají vliv nejen faktory vnějšího prostředí, ale také individuální genetická výbava konkrétního jedince. Klíčovým regulátorem alergických onemocnění je lidský gen STAT6, který se nachází na 12. chromozomu. V tomto genu již bylo identifikováno mnoho polymorfismů, jedním z nich je SNP G/A na pozici 2964 nacházející se v 3´-netranslatované oblasti (rs324015). Pro vyšetření tohoto polymorfismu byly odebrány vzorky DNA od celkem 25 osob z České republiky, z nichž 16 trpělo alergií na ořechy nebo arašídy. Z těchto vzorků byla provedena izolace DNA a následně PCR-RFLP. Poté byla provedena elektroforéza a byly zjištěny jednotlivé genotypy. Z některých izolátů bylo provedeno také sekvenování, které potvrdilo výsledky získané použitím PCR-RFLP. Genotyp A/A byl zjištěn u 4 %, A/G u 56 % a G/G u 40 % vyšetřených osob, frekvence alel tedy byla 0,32 pro A a 0,68 pro G. Frekvence alely G byla vyšší u osob, u nichž se alergie na ořechy a arašídy nevyskytovala.
|
|
|
Analýza genových polymorfismů v MBL2 genu a její diagnostický význam
PEŠKOVÁ, Jana
Gen MBL2 kóduje protein zvaný manózu vázající lektin, který je složkou imunitního systému. Protein se účastní nespecifické humorální imunitní odpovědi, opsonizuje patogenní mikroorganismy a zajišťuje aktivaci komplementu lektinovou cestou vedoucí k jejich eliminaci a zároveň k indukci zánětu. Deficitní hladiny MBL proteinu jsou široce zkoumány v souvislostech s opakovanými infekcemi, autoimunitními onemocněními i řadou dalších chorob. Sérovou hladinu MBL proteinu ovlivňují polymorfismy v MBL2 genu, které se nacházejí celkem ve třech kodonech označovaných jako 52, 54 a 57. Mutace v kodonu 52 se označuje jako alela D, pro kodon 54 jako alela B a pro kodonu 57 jako alela C. Tyto mutované alely jsou často souhrnně označovány jako alely 0, wild type alela je značena písmenem A. Další polymorfismy se nacházejí v netranslatovaných oblastech. V promotoru 1 se nachází v pozici -550 (varianty H/L), druhý v pozici -221 (varianty X/Y) a jeden je lokalizován v oblasti netranslatovaného 5' konce regulačního lokusu v pozici +4 (varianty P/Q). Praktickou část jsem vykonala v genetické laboratoři GENLABS s.r.o. v Českých Budějovicích. Zaměřila jsem se na analýzu polymorfismů MBL2 genu, které se nacházejí v exonu 1 (alely B, C, D). Vyšetřila jsem celkem 30 vzorků, z nichž 25 pocházelo od pacientů postižených demencí a 5 od pacientů bez známek demence. Analýza zahrnovala izolaci DNA, měření její koncentrace, přípravu a provedení metody PCR s následnou kontrolou produktů pomocí gelové elektroforézy. PCR produkty byly přečištěny a osekvenovány. Přesným popisem analýzy se zabývám v praktické části mé bakalářské práce, včetně přehledu získaných výsledků.
|
|
|
Vyšetření polymorfismů v genu CYP1A2 a jejich klinický význam
KRŮČKOVÁ, Dominika
Bakalářská práce s názvem Vyšetření polymorfismů v genu CYP1A2 a jejich klinický význam se zabývá polymorfismy v genu CYP1A2 a jejich přínosem především pro farmakogenetiku. Gen CYP1A2 je lokalizován na chromozomu 15 a jeho velikost je přibližně 7,8 kb. CYP1A2 kóduje jeden z enzymů cytochromu P450. Enzym CYP1A2 patří k nejvýznamnějším enzymům podílejících se na metabolismu různých druhů léčiv jako jsou antipsychotika, léčiva užívaná při léčbě nádorových onemocnění nebo anestetika. Dále se podílí na metabolismu řady prokarcinogenních a karcinogenních látek, ale také látek endogenních například melatonin nebo estrogen. Polymorfismy, které mohou být v genu přítomny částečně odpovídají za rozdílné reakce na léčiva. Kromě genetických polymorfismů se na interindividuální variabilitě podílejí i negenetické faktory například kouření nebo užívání hormonální antikoncepce.
|
host ::
RSS.