|
|
Vliv způsobu pěstování vinné révy na populaci kvasinek
Jiříková, Ivana ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
V této diplomové práci byl sledován vliv ekologického způsobu pěstování vinné révy na populaci vinných kvasinek. Vinné kvasinky byly izolovány z odrůdy Rulandské modré a pro jejich identifikaci byla využita molekulárně biologická metoda PCR-RFLP. V literární rešerši jsou zpracovány základní informace o kvasinkách, poznatky o výrobě červeného vína a také informace o molekulárně biologických metodách. V experimentální části byl pro analýzu použit specifický úsek 5,8S-ITS rDNA, který byl s využitím primerů ITS1 a ITS4 naamplifikován a následně podroben restrikční analýze. Při restrikční analýze byly využity tyto restrikční endonukleázy – HaeIII, HinfI, Taq?I, AluI a MseI. Pomocí programu BioNumerics byla posouzena genetická podobnost mezi jednotlivými izolovanými kvasinkami a bylo provedeno taxonomické zařazení.
|
|
|
Sledování změn populace kvasinek při výrobě červeného vína
Ducháč, Petr ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce byla identifikace kvasinek izolovaných během kvašení vinného moštu. Vinný mošt byl získán z odrůdy Rulandské modré pěstované v integrované a ekologické produkci. Partnerem této diplomové práce bylo vinařství Holánek. V teoretické části práce byl kladen důraz na informace o determinantech kvality vína, kvasinkách a metodě PCR-RFLP. Byly popsány fyziologické vlastnosti kvasinek a také byly vysvětleny principy polymerázové řetězové reakce (PCR). V experimentální části práce byla pro identifikaci kvasinek použita molekulárně biologická metoda PCR-RFLP. Byl amplifikován specifický úsek DNA (5,8S-ITS rDNA) pomocí primerů ITS1 a ITS4. Amplikony byly následně naštěpeny pomocí restrikčních endonukleáz HaeIII, HinfI a TaqI. Vzniklé restrikční fragmenty byly elektroforeticky analyzovány a izolované kvasinky byly identifikovány a taxonomicky zařazeny na úrovni rodů a druhů.
|
|
|
Taxonomické zařazení kvasinek rodu Saccharomyces
Augustová, Kamila ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
V teoretické části práce je rozebrána problematika kvasinek a jejich taxonomické zařazování pomocí metod tradičních i pomocí metod moderních. Detailněji se pak práce zabývá popisem moderních molekulárně-biologických metod. V praktické části byla provedena analýza DNA pomocí PCR-fingerprintingu (rep-PCR) typových kvasinek, které jsme získaly z CCY a následně i analýza kvasinek získaných z odběrů vinných moštů. Jeden z moštů byl získán v roce 2009 (bílá odrůda hroznů) a druhý v roce 2010 (červená odrůda hroznů). Oba mošty pocházely jak integrované vinice, tak ekologické. Vzorky moštů byly získány z vinařství Holánek z Ivaně. Vzájemným porovnáním obrazu PCR-fingerprintingu typových kvasinek a PCR-fingerprintingu vzorků kvasinek pomocí programu BioNumerics došlo k vyhodnocení výsledků a k vyvození závěru rozmanitosti kvasinkové mikroflóry ve vinném moštu.
|
|
|
Vyšetření polymorfismu genu STAT6 metodou PCR-RFLP
VADLEJCHOVÁ, Markéta
Tato práce se zabývá problematikou alergií, především těch potravinových, které mají negativní dopad na celkovou kvalitu života a jejichž prevalence se ve vyspělých zemích neustále zvyšuje. Reakce na některé potravinové alergeny mohou dokonce ohrožovat život postižených osob. Mezi takové alergeny patří např. ořechy a arašídy. Na vznik alergií mají vliv nejen faktory vnějšího prostředí, ale také individuální genetická výbava konkrétního jedince. Klíčovým regulátorem alergických onemocnění je lidský gen STAT6, který se nachází na 12. chromozomu. V tomto genu již bylo identifikováno mnoho polymorfismů, jedním z nich je SNP G/A na pozici 2964 nacházející se v 3´-netranslatované oblasti (rs324015). Pro vyšetření tohoto polymorfismu byly odebrány vzorky DNA od celkem 25 osob z České republiky, z nichž 16 trpělo alergií na ořechy nebo arašídy. Z těchto vzorků byla provedena izolace DNA a následně PCR-RFLP. Poté byla provedena elektroforéza a byly zjištěny jednotlivé genotypy. Z některých izolátů bylo provedeno také sekvenování, které potvrdilo výsledky získané použitím PCR-RFLP. Genotyp A/A byl zjištěn u 4 %, A/G u 56 % a G/G u 40 % vyšetřených osob, frekvence alel tedy byla 0,32 pro A a 0,68 pro G. Frekvence alely G byla vyšší u osob, u nichž se alergie na ořechy a arašídy nevyskytovala.
|
|
|
Výskyt laktózové intolerance v české populaci
CHÁNOVÁ, Jiřina
Cílem této diplomové práce je shrnout současné poznatky o problematice velmi časté poruchy gastrointestinálního traktu - laktózové intolerance. V experimentální části byl sledován výskyt genotypových frekvencí v genu MCM6. Konkrétně výskyt dvou jednonukleotidových polymorfismů C/T-13910 a G/A-22018, které jsou spojeny s primární laktózovou intolerancí. Dílčím cílem práce bylo zhodnotit možnou genetickou asociaci mezi intolerancí laktózy a syndromem dráždivého tračníku.
|
|
|
Detekce mutace genu MDR1 u ovčáckých psů metodou loop-mediated isothermal amplification a restrikční analýzou
VYHLÍDALOVÁ, Nikola
Mnohočetná léková rezistence způsobená mutací genu MDR1 je častou geneticky podmíněnou chorobou u ovčáckých psů. Nejvíce jsou touto mutací postiženi zástupci plemene kolie. Popisovaná mutace je způsobena delecí čtyř nukleotidů, které vedou k posunu čtecího rámce a předčasnému ukončení syntézy P-glykoproteinu, což je transportní protein některých léčiv. Vzniklý nefunkční P-glykoprotein není schopný odbourat léčiva z mozku, což vede k neurotoxickým problémům postižených psů. V literárním přehledu je popsána struktura a funkce P-glykoproteinu, a porucha jeho funkce způsobená mutací kódujícího genu MDR1. Také jsou zde popsána nejčastěji postižená plemena a problémová léčiva pro psy s popisovanou mutací. Součástí literárního přehledu je i popis a princip metod použitých k detekci popisované mutace. Cílem diplomové práce byla optimalizace a screening vzorků DNA ovčáckých psů na přítomnost mutace v genu MDR1 metodami LAMP a PCR-RFLP a jejich vzájemné srovnání. V praktické části jsou zpracovány vlastní výsledky práce. Vyšetřovaný soubor tvořilo 140 vzorků DNA ovčáckých psů. Výsledky potvrdili největší výskyt recesivních homozygotů u plemene krátkosrsté kolie (25 %), u které byl také zjištěn největší počet heterozygotních jedinců (50 %). Překvapivý byl počet zdravých přenašečů u plemene německý ovčák, který dosáhl 49 %. Z testovaného souboru bylo celkem 49 % vzorků dominantně homozygotních. Největší množství zdravých jedinců bylo zjištěno u plemene border kolie (65 %).
|
|
| |
|
|
Identifikace pšenice seté a špaldy DNA markery
Smetana, Daniel
Pšenice špalda se v poslední době stává stále oblíbenější a žádanější vzhledem k lepšímu nutričnímu složení potravin ze špaldy oproti klasickým potravinám z pšenice seté. Obě tyto rostliny jsou jedny ze základních obilovin, pěstují se po celém světě a využívají se především v potravinářství a krmivářství. Vzhledem k častému falšování špaldových produktů prostřednictvím příměsí z pšenice seté roste zájem o jejich vzájemné odlišení. Jedním z možných nástrojů pro jejich identifikaci jsou metody molekulární biologie. Tímto směrem byla také zaměřena tato práce s názvem „Identifikace pšenice seté a špaldy DNA markery“. Testovaly a ověřovaly se DNA markery spojené s variabilitou v genu pro γ-gliadiny prostřednictvím PCR reakce a restrikčního štěpení (metoda RFLP). Bylo testováno celkem devět genotypů rodu pšenice a výsledky byly ověřovány na polyakrylamidové elektroforéze a pomocí bioinformatický nástrojů. Z výsledku vyplývá, že uvedený polymorfismus v genu pro γ-gliadiny lze použít jako identifikátor pro rozlišení špaldy a pšenice seté.
|
|
|
Vyšetření laktózové intolerance metodou sekvenování
JAVŮRKOVÁ, Petra
Laktózová intolerance patří mezi nejčastější potravinové intolerance. Je způsobena úbytkem enzymu laktázy v epitelu tenkého střeva, což vede k nedostatečnému zpracování laktózy přijaté potravou a jejímu hromadění. Úbytek laktázy může být buď vrozený, primární nebo sekundární. První dva zmíněné typy jsou podmíněny geneticky. Velký zájem o tuto problematiku v posledních letech vedl k identifikaci polymorfismů, které jsou za laktózovou intoleranci zodpovědné. V evropské populaci se vyskytují dva nejvýznamnější polymorfismy asociované s laktózovou intolerancí: C/T-13910 a G/A-22018. Patří tedy k prakticky jediným vyšetřovaným polymorfismům v naší populaci. Každý známý SNP je označen dle NCBI identifikačním číslem (ID), podle kterého může být identifikován a dohledán v genových databázích, odborných publikacích apod. Polymorfismus C/T-13910 je dle NCBI označován kódem rs4988235 a G/A-22018 kódem rs182549. Zatímco ale o dopadu homozygotního i heterozygotního genotypu na jedince v obou polymorfismech víme, v odborné literatuře se téměř nelze dočíst o kombinovaném genotypu. V praktické části této bakalářské práce jsem se proto zaměřila mimo jiné na jedince, kteří jsou homozygotní pouze v jednom z polymorfismů. Všichni pacienti byli vybráni na základě předběžných výsledků získaných pomocí metody PCR-RFLP a byli znovu vyšetřeni druhou nezávislou metodou, sekvenováním. Soubor tvořilo celkem 20 vzorků s různým genotypy, z nichž poloviční zastoupení měl právě genotyp kombinovaný. Na základě porovnání výsledků získaných metodou sekvenování a metodou PCR-RFLP byly zjištěny neshody u 20 % vzorků. Po porovnání obou výše zmíněných diagnostických přístupů v diskusi jsem zhodnotila metodu sekvenování jako spolehlivější, na straně druhé je tato metoda náročnější na technické vybavení laboratoře a je také nákladnější než metoda PCR-RFLP. Také z tohoto důvodu se sekvenování pro rutinní diagnostiku laktózové intolerance nepoužívá.
|
|
|
Laktózová intolerance a její genetická vyšetření
VYHLÍDALOVÁ, Nikola
Intolerance laktózy bývá jednou z nejčastějších příčin zdravotních problémů souvisejících s konzumací mléka. Základní příčinou této malabsorpce je nedostatečná tvorba enzymu laktáza v tenkém střevě, což vede k neschopnosti štěpit mléčný cukr, tedy laktózu. Nedostatečná tvorba laktázy může být geneticky podmíněná. V Evropské populaci byly nalezeny dva jednonukleotidové polymorfismy odpovědné za přetrvávání laktázové aktivity v dospělosti. Cílem bakalářské práce bylo vyšetření těchto dvou polymorfismů dvěma molekulárně biologickými metodami a jejich vzájemné srovnání. Konkrétně se jednalo o techniku reverzní hybridizace na stripech a metodu PCR-RFLP. V teoretické části práce je charakterizována laktózová intolerance, popsána je například základní patofyziologie, typy hypolaktázie, mechanismus a hypotézy vzniku laktózové intolerance. Také je zde uvedena genetická podstata vzniku hypolaktázie. Součástí teoretické části jsou i možnosti diagnostiky laktózové intolerance. V praktické části jsou zpracovány vlastní výsledky práce. Vyšetřovaný soubor tvořilo 20 vzorků získaných od dobrovolníků s podezřením na laktózovou intoleranci. U 39 % vzorků se vyskytoval výsledný genotyp CC/GG, který souvisí s laktózovou intolerancí. Genotyp TT/AA, související s tolerancí laktózy, se ve vyšetřovaném souboru nacházel v 28 %. Heterozygotní genotyp CT/AG se vyskytoval ve 22 %. U zbylých 11 % byly prokázány jiné varianty. Pro stanovení diagnózy laktózové intolerance jsou vhodné obě z použitých metod. Ačkoliv metoda reverzní hybridizace není standardně využívána pro stanovení diagnózy hypolaktázie, osvědčila se jako spolehlivější. Výsledky získané touto technikou vycházely přesněji než rutinně využívanou metodou PCR-RFLP.
|
host ::
RSS.