|
|
Vznik krasových kanálů a jeskyní v jizerském souvrství na Turnovsku
Slavík, Martin ; Bruthans, Jiří (vedoucí práce) ; Schweigstillová, Jana (oponent)
Cílem bakalářské práce je rozlišit mechanismy vytvářející otevřené kanály a jeskyně v jizerském souvrství u Turnova, zejména zjistit, zda klíčovou roli hraje rozpouštění, či zda se jedná o erozi slabě cementovaného pískovce nebo slínovce bez účasti rozpouštění. Důležitou částí práce je vysvětlení pojmu sebeorganizace proudění a pórozity. Pomocí zrychlené simulace rozpouštění vzorků hornin v kyselém prostředí, snímků z mikrosondy a použití DR (odporu při vrtání) jsem prokázal, že horniny jizerského souvrství v okolí Turnova jsou tvořeny karbonáty se zrny křemene. Tyto karbonáty se rozpouštějí a umožňují vznik krasových jevů. Pevnost horniny vylučuje přímé rozplavování, které se uplatňuje u vzniku jevů v lomu Střeleč. Z dvaceti zpracovaných vzorků vyplývá, že k rozpouštění hornin dochází v nejbližším okolí jeskyně Bartošova pec, v okolí ponoru poloslepého údolíčka v Podhorčí, pod Drábovnou, na lokalitách "Šetřilovsko" i "U Kačeny" a také v okolí jeskyně Semikraska. V lokalitách z Pojizeří, "Sudoměř - rybník" a "Sudoměř - Skalský potok", naopak k rozpouštění hornin nedochází, stejně jako ani v křemenných pískovcích teplického souvrství nad obcí Podhorčí a v okolí hradu Valdštejn
|
|
|
Krasovění karbonáto-silikátových hornin: rešerše literatury a loužící experimenty
Vojtíšek, Jan ; Bruthans, Jiří (vedoucí práce) ; Kůrková, Iva (oponent)
Proces krasovění není vázán jen na dobře rozpustné horniny, jako jsou vápence a evapority, ale projevuje se i v jiných horninách, jako jsou křemence nebo siliciklastické horniny s karbonátovým tmelem. "Ghost rock" krasovění je, na rozdíl od vzniku klasického krasu, dvoustupňový proces, kdy jsou nejdříve v hornině odstraněny rozpustné složky a následně jsou erodovány a vyplaveny složky nerozpustné. Tyto procesy se uplatňují i v České republice, například v České křídové pánvi (dále ČKP). Součástí této práce byly loužící experimenty se vzorky, které byly odebrány z ČKP. Loužení v kyselině chlorovodíkové je zrychlenou simulací přírodních procesů rozpouštění kyselými roztoky. Loužením vzorků v kyselině došlo ke snížení jejich pevnosti, někdy až k jejich rozpadu. Horniny, které se rozpadly jsou pravděpodobně náchylné ke vzniku krasových kanálů. Loužící experimenty ukázaly, že obsah karbonátů je důležitým, ne však jediným, řídícím faktorem v procesu krasovění.
|
|
|
Detekce genetických modifikací asociovaných s pankreatickým adenokarcinomem
Urbančoková, Alexandra ; Smolková, Katarína (vedoucí práce) ; Alán, Lukáš (oponent)
Pankreatický duktální adenokarcinom (PDAC) patří k nejčastějším důvodům úmrtí na nádorové onemocnění a tento trend se bude v budoucnu zhoršovat. Pěstování buněk v ex- vivo 3D kulturách ve formě organoidů představuje společně s kulturami a xenografty spolehlivý model odrážející morfologii a histologii v samotném nádoru. Nejčastěji mutované geny vyskytující se v PDAC nádorech jsou KRAS, TP53, SMAD4 a CDKN2A. Cílem práce bylo stanovit mutace vyskytující se v primárních organoidech odvozených z lidských PDAC. Za tímto účelem jsme vyhledávali studie v online genomických databázích, které obsahují data z PDAC a stanovili jsme geny a konkrétní mutace vhodné pro další analýzu. Navrhli jsme postup detekce s pomocí Sangerovi metody sekvenování, který byl optimalizovaný na buněčných liniích. S využitím metod PCR a western blotu byly stanoveny alternace v analyzovaných genech ve vzorcích odvozených od tkání pacientů, pěstovaných ex-vivo v 3D kulturách. Následně byla navrhnuta zlepšení, která by vedla k větší citlivosti detekce. Připravená mutační analýza bude využívána při analýze dalších organoidů odvozených ze vzorků PDAC pacientů a získaná data budou sloužit k stratifikaci metabolomických dat získaných z těchto vzorků.
|
|
|
Molekulární testování nádorů hlavy a krku asociovaných s HPV infekcí
Glendová, Kristýna ; Staněk, Libor (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Nádory hlavy a krku (HNSCC) jsou vysoce heterogenní onemocnění, které je důsledkem dvou hlavních karcinogenů - tabáku a/nebo alkoholu, či infekcí HR HPV. Tato práce vycházela z 60 biopsií nádorů hlavy a krku zalitých do parafínu, po histologické verifikaci. Pomocí multiplex qPCR byla sledována HPV infekce, včetně konkrétních typů, v různých oblastech HNSCC. Následnou IHC se prokazovala exprese p16INK4A a p53 jako možný diagnostický biomarker. Na základě údajů, že pacienti s HNSCC mohou profitovat z antiEGFR terapie pomocí Cetuximabu, avšak doposud bez definovaných prediktorů, byla provedena analýza bodových mutací genů rodiny Ras (Kras, Nras) a Braf. Tyto mutace byly sledovány jako potenciální prediktivní biomarkery, spolu v korelaci s pohlavím, věkem a jinými rizikovými faktory. Pro veškeré statistické zpracování byl použit Chí-x2 test. Klíčová slova: Nádory hlavy a krku, biopsie, typy HPV, PCR, p16INK4A, p53, molekulární prediktory, Kras, Nras, Braf
|
|
|
Možnosti krasovění vápnitých pískovců v jizerské faciální oblasti české křídové pánve a vývoj kanálů v kvádrových pískovcích
Vojtíšek, Jan ; Bruthans, Jiří (vedoucí práce) ; Vysoká, Helena (oponent)
V různých částech České křídové pánve (ČKP) byly pozorovány projevy krasovění jako je rychlé proudění a přítomnost otevřených kanálů, ale vertikální a plošný rozsah krasovějících hornin není dosud dobře znám. U kanálů v kvádrových pískovcích zatím chybí pozorování jejich vzniku v řezu kolmém na průběh kanálu. Na tyto problematiky je zaměřena tato práce. U možností krasovění se práce omezuje na jizerskou faciální oblast ČKP. K tomuto účelu bylo použito loužení v kyselině chlorovodíkové, které bylo zrychlenou simulací rozpouštění hornin kyselými roztoky. Na zkoumaných vzorcích se hodnotila jejich reakce na loužení v kyselině, rozpadavost a obsah vápnité složky. Obsah vápnité složky byl stanoven i nezávisle pomocí kalcimetrie. Horniny, které se loužením rozpadly mohou být vhodným prostředím pro vznik krasových kanálů. Podle litostratigrafických řezů náleží zkoumané lokality jednotkám TUR5 a TUR6 - v těchto jednotkách se tedy v různých částech profilů vyskytují horniny vhodné pro vznik krasových kanálů. Na lokalitě Předměřice se loužením zcela rozpadlo 23 % zkoumaného profilu, v Kosmonosech 8 % a na Turnovsku 36 %. Zhruba jedna desetina až jedna třetina studovaných profilů tedy může podléhat po rozpuštění vápnitého tmelu vyplavení křemitého písku a vzniku krasových kanálů. Možnost krasovění není dána...
|
|
|
Molekulární testování nádorů hlavy a krku asociovaných s HPV infekcí
Glendová, Kristýna ; Staněk, Libor (vedoucí práce) ; Tachezy, Ruth (oponent)
Nádory hlavy a krku (HNSCC) jsou vysoce heterogenní onemocnění, které je důsledkem dvou hlavních karcinogenů - tabáku a/nebo alkoholu, či infekcí HR HPV. Tato práce vycházela z 60 biopsií nádorů hlavy a krku zalitých do parafínu, po histologické verifikaci. Pomocí multiplex qPCR byla sledována HPV infekce, včetně konkrétních typů, v různých oblastech HNSCC. Následnou IHC se prokazovala exprese p16INK4A a p53 jako možný diagnostický biomarker. Na základě údajů, že pacienti s HNSCC mohou profitovat z antiEGFR terapie pomocí Cetuximabu, avšak doposud bez definovaných prediktorů, byla provedena analýza bodových mutací genů rodiny Ras (Kras, Nras) a Braf. Tyto mutace byly sledovány jako potenciální prediktivní biomarkery, spolu v korelaci s pohlavím, věkem a jinými rizikovými faktory. Pro veškeré statistické zpracování byl použit Chí-x2 test. Klíčová slova: Nádory hlavy a krku, biopsie, typy HPV, PCR, p16INK4A, p53, molekulární prediktory, Kras, Nras, Braf
|
|
|
Vývoj a validace nové metodiky pro obohacení a detekci cirkulující nádorové DNA u onkologických pacientů
Pláničková, Lenka ; Minárik, Marek (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Nádorová onemocnění jsou v celosvětovém měřítku jednou z nejčastějších příčin úmrtí, přičemž prognóza je obecně lepší, pokud je onemocnění diagnostikováno a léčeno včas. Protinádorová léčba je postupně posouvána od klasické chemoterapie s omezenou účinností a známými negativními vedlejšími účinky směrem k cílené biologické léčbě, která se používá, jsou-li zjištěny specifické genetické mutace. Součástí léčby nádorového onemocnění je také detekce následné progrese založená zejména na sledování nádorových biomarkerů. V současné době je stále více zkoumána možnost vyšetřování molekulárních markerů metodou tzv. tekuté biopsie, na kterou byla tato práce zaměřena. Hlavním cílem práce byl experimentální vývoj a validace metody záchytu ctDNA ze vzorků krevní plazmy na základě detekce vybraných somatických mutací. Vývoj a optimalizace systému založeného na principu denaturační kapilární elektroforézy probíhaly na vzorcích pozitivních na mutace onkogenu KRAS, následně byla provedena klinická část výzkumu na pilotním souboru 21 vzorků krevní plazmy. Na závěr práce byla metoda optimalizována pro detekci markerů BRAF a EGFR. Dílčím cílem práce bylo ověření klinické využitelnosti zvýšením citlivosti detekce a tím i podílu záchytu pacientů v pokročilém stádiu onemocnění. Výsledky práce naznačují možnost využití...
|
|
|
Tvorba databáze krasových jevů na území ŠLP Křtiny z dat leteckého laserového skenování
Balková, Marie
Tato diplomová práce se zabývá popisem krasu a jeho typických jevů s důrazem na povrchové útvary závrty. Dále popisem a technologií leteckého laserového skenování, postupem sběru a zpracování dat a využitím pro účely identifikace terénních depresí na základě výzkumu a postupů zahraničních odborníků. Z těchto dostupných studií je vybrána nejvhodnější metodika, která je aplikována na data digitálního modelu reliéfu 5. generace. Výsledky této aplikace jsou porovnány s dostupnou databází závrtů vedenou na CHKO Moravský kras a vlastním terénním šetřením.
|
|
|
Krasovění karbonáto-silikátových hornin: rešerše literatury a loužící experimenty
Vojtíšek, Jan ; Bruthans, Jiří (vedoucí práce) ; Kůrková, Iva (oponent)
Proces krasovění není vázán jen na dobře rozpustné horniny, jako jsou vápence a evapority, ale projevuje se i v jiných horninách, jako jsou křemence nebo siliciklastické horniny s karbonátovým tmelem. "Ghost rock" krasovění je, na rozdíl od vzniku klasického krasu, dvoustupňový proces, kdy jsou nejdříve v hornině odstraněny rozpustné složky a následně jsou erodovány a vyplaveny složky nerozpustné. Tyto procesy se uplatňují i v České republice, například v České křídové pánvi (dále ČKP). Součástí této práce byly loužící experimenty se vzorky, které byly odebrány z ČKP. Loužení v kyselině chlorovodíkové je zrychlenou simulací přírodních procesů rozpouštění kyselými roztoky. Loužením vzorků v kyselině došlo ke snížení jejich pevnosti, někdy až k jejich rozpadu. Horniny, které se rozpadly jsou pravděpodobně náchylné ke vzniku krasových kanálů. Loužící experimenty ukázaly, že obsah karbonátů je důležitým, ne však jediným, řídícím faktorem v procesu krasovění.
|
|
|
Optimalizace postupů pro kvantifikaci miRNA z tenkojehlových bioptických vzorků karcinomu pankreatu.
Čuperková, Romana ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Karcinom pankreatu (KP) je velmi závažné onemocnění s pětiletým přežitím menším než 5 %. V současné době neexistuje žádný spolehlivý nástroj pro diagnózu KP v jeho časných stádiích. Pacienti v době diagnózy tak bývají často v pokročilém stádiu onemocnění a léčba nemívá výrazný účinek. Z těchto důvodů se klade stále větší důraz na nalezení vhodných molekulárních znaků, a to zejména pro zlepšení diagnózy a odhad prognózy. Jedním z takových nadějných znaků jsou miRNA. Jejich analýza v tkáni pankreatu je ale složitý proces. Hlavním důvodem je velmi malé množství vzorku získaného tenkojehlovou biopsií a dále pak samotný charakter pankreatické tkáně, ze které bývá úspěšnost molekulárně-genetických vyšetření výrazně nižší v porovnání s ostatními tkáněmi. Dalším negativním faktorem je značná heterogenita tkáně, díky které se zastoupení nádorových buněk v různých částech vzorku často liší. A tak vhodná volba postupu izolace nukleových kyselin (NK) a následných analýz včetně kvantifikace nádorových buněk ve vzorku je pro správné stanovení hladin miRNA zcela klíčová. Tato práce je zaměřená na optimalizaci celého postupu stanovení hladin miRNA z bioptických vzorků pankreatické tkáně zahrnující izolaci NK, kvantifikaci nádorových buněk pomocí stanovení mutací v genu KRAS, syntézu cDNA a analýzu hladin...
|
host ::
RSS.