|
|
Intramolecular and intermolecular interactions in proteins
Fačkovec, Boris ; Vondrášek, Jiří (vedoucí práce) ; Berka, Karel (oponent)
česky Volná energie sbalení proteinu představuje pozoruhodnou rovnováhu mezi stabilizujícími a destabilizujícími nekovalentními interakcemi. V této práci stabilizující energii rozkládáme na fyzikálne smysluplné příspěvky, které by jsme následne dokázali složit do konzistentního transferabilního obrazu teplotní stability. Empririckým potenciálem vypočteme interakční energie mezi fragmenty klasifikovanými na základe jejich fyzikálních vlastností na skupine 1200 neredundantních struktur z PDB databáze. Výsledkem práce je lepší pochopení vztahu mezi interakčními energiemi vypočenými metodami teoretické chemie a příspěvkami jednotlivých interakcí na této rovnováze. 1
|
|
|
Spektroskopické studium interakce antibakteriálních peptidů s modelovými membránami
Tesař, Adam ; Kopecký, Vladimír (vedoucí práce) ; Kočišová, Eva (oponent)
Antimikrobiální peptidy (AMP) mají obrovský potenciál užití v medicíně a farmacii. Mechanismus účinku je dán interakcí s buněčnou stěnou, která vede k penetraci membrány. Způsob narušení buněčné membrány však není plně pochopen, proto jsme se v práci zaměřili na interakci AMP HAL-1, izolovaného z jedu vosy Halictus sexctinctus, s modelovou membránou 100nm lipozomů složených z fosfatidylcholinu a fosfatidyl-glycerolu. Cirkulární dichroismus a infračervená spektroskopie (FTIR) prokázaly změnu sekundární struktury z neuspořádané, u volného HAL-1, na -helikální v interakci s membránou. Dalším krokem byla příprava lipidové dvojvrstvy na povrchu ATR hranolu, která by v budoucnu umožňovala užití polarizované FTIR spektroskopie ke studiu interakce AMP s modelovými membránami. Proto jsme pomocí ATR-FTIR spektrokopie, za použití faktorové analýzy, studovali dynamiku vysychání lipozomů a jejich opětovnou hydrataci, a to i za přidání HAL-1. Zaměřili jsme se na stabilizaci systému vzorku. Hydratace lipidové dvojvrstvy 2 µl vzorku vykazovala stabilitu po desítky minut, přičemž ředěním lipozomů stabilita klesá až k minutám. Rovněž jsme pozorovali protektivní vliv peptidu na lipidovou dvojvrstvu a zpomalení vysychání systému, což by mohlo být způsobeno vznikem kobercové struktury na povrchu. Nicméně, systém není zcela...
|
|
|
Raman tweezers in microfluidic systems for automatic analysis and sorting of living cells
Pilát, Zdeněk
We have devised an automatic analytical and sorting system combining optical trapping with Raman spectroscopy in microfluidic environment, together with computerized real time image analysis, spectra processing and micromanipulation. This device serves to identify and sort biological objects, such as living cells of various prokaryotic and eukaryotic organisms based on their Raman spectral properties. This approach allowed us to collect information about the chemical composition of the objects, such as the presence and composition of lipids, proteins, or nucleic acids without using artificial chemical probes such as fluorescent markers. The non-destructive and non-contact nature of this optical analysis and manipulation allowed us to separate individual living cells of our interest in a sterile environment and provided the possibility to cultivate the selected cells for further experiments. The special microfluidic chip uses gravity to move the cells across the sorting area. Our system uses dedicated software to achieve fully automated spectral analysis and sorting. The devised system is a robust and universal platform for non-contact sorting of microobjects based on their chemical properties. It could find its use in many medical, biotechnological, and biological applications.
|
|
| |
|
|
Analýza procesů elektromagnetické emise v živých buňkách pomocí grafů signálových toků
Šrobár, Fedor
Biologické buňky obsahují polární makromolekuly a vyšší agregáty jako mikrotubuly. Při jejich mechanických kmitech vzniká elektromagnetické záření. Fröhlich navrhl kinetické rovnice pro obsazovací čísla vibračních vidů. Grafy signálových toků jsou použity pro reprezentaci kauzálních vztahů v tomto modelu. Analytické prostředky teorie grafů dovolují kvantitativní popis chování systému. Výsledky numerických simulací jsou interpretovány vzhledem k buněčné fyziologii.
|
|
|
Abstract Book URSI International Symposium Endogenous Physical Fields in Biology
Pokorný, Jiří
Book of Abstracts contains 65 abstracts of papers whose majority was presented at the symposium "Endogenous Physical Field in Biology" whose program was focused mainly on: a/ Generation of the endogenous electromagnetic filed by cellular and subcellular protein structures /e.g.microtubules/, b/ Biophysical problems of interaction of biological systems with exogenous electromagnetic fields. Some new methods used in photodynamic and hyperthermic therapy of malignant tumors are described too.
|
|
| |
|
|
Fröhlichův systém s modulovaným přístupem ke zdroji energie
Šrobár, Fedor
Fröhlichův model popisuje koherentní vibrační vidy polárních vnitrobuněčných útvarů jako např. molekul bílkovin nebo mikrotubulů, které jsou čerpány hydrolyzí ATP a vyměňují si energii s okolím. Kinetické rovnice vyjádřující časovou změnu kvantové populace jednotlivých vidů způsobenou lineárními a nelineárními interakcemi s fonony tepelné lázně jsou analyzovány za předpokladu že čerpání vidů je klesající funkcí jejich obsazení.
|
|
| |
host ::
RSS.