|
|
Optic disc segmentation in retinal images
Vymazal, Bronislav ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
The goal of this thesis is to propose a compact algorithm for localizing, segmenting and tracking the optic disk in fundus images. For localizing the optic disk a new technique based on fast radial symmetry transform was used. The segmentation is based on the Chan-Vese model but is also extended about multi feature space and implemented in its localized version that helped to deal with image inhomogeneity. The optical flow approach base on lucas-kanade algorithm is used for tracking of the optic disk through the image sequences. The algorithms are evaluated on two different fundus image databases with different characteristics. First is high resolution databases containing 45 images and the second is noisy low resolution database containing 33 images provided separately for each color plane. The results are then compared to a gold standard reference values.
|
|
| |
|
|
Detekce bifurkací cévního řečiště na sítnici
Baše, Michal ; Zoltán, Szabó (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá detekcí bifurkací cévního systému sítnice a jeho vlastnostmi. Je zde vysvětlen princip snímání fotografií sítnice pomocí fundus kamery, optické koherentní tomografie (CLO) a skenovací laserové oftalmoskopie (SLO). Jsou zde uvedeny vlastnosti obrazů získaných fundus kamerou. V práci je uvedeno několik účinných prahovacích metod a vysvětleny nejdůležitější morfologické operace, jak s binárnímí, tak i s šedotónovými obrazy. Detekované bifurkace pak jsou využity pro registraci snímků metodou kvadratické transformace pomocí nalezených korespondujících bifurkací.
|
|
|
Multimodální registrace obrazů sítnice
Štohanzlová, Petra ; CSc, Tomáš Suk, (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá možnostmi registrace retinálních snímků z různých modalit, konkrétně optické koherentní tomografie (OCT), skenovací laserové oftalmoskopie (SLO) a fundus kamery. V první fázi práce je zájem soustředěn na registraci obrazu SLO na fundus snímek, což slouží k vymezení oblasti zájmu pro následnou registraci dat z OCT. Závěrečná fáze slouží k nalezení správné pozice B-skenů ve fundus snímku. Na základě prostudování různých registračních metod byl pro registraci v obou případech použit postup využívající výpočet korelačního koeficientu. Pro nalezení optimálních parametrů registrace je použito prohledávání celého prostoru parametrů. V dílčích částech práce pak je vytvořen algoritmus pro vyrovnání OCT B-skenů s následnou detekcí cév a také jednoduchý algoritmus pro detekci cév z fundus snímku. Pro zpřehlednění registrace bylo vytvořeno grafické uživatelské rozhraní, které umožňuje načtení vstupních obrazů a přehledné zobrazení výsledku v několika možných formách.
|
|
|
Lícování snímků sítnice pomocí metody fázové korelace
Šikula, Viktor ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá lícováním snímků sítnice pomocí metody fázové korelace. Jsou zde popsány vlastnosti obrazů sítnice a způsob jejich snímání. V práci je vysvětlen postup pro zjištění měřítka, rotace a posunu mezi dvěma obrazy sítnice metodou fázové korelace. K lícování jsou použity snímky z fundus kamery a skenovací laserové oftalmoskopie (SLO). V práci je popsáno vyhledávání korespondujících značek pomocí fázové korelace a registrace kvadratickou transformací. Výsledky registrace jsou objektivně i subjektivně vyhodnoceny.
|
|
|
Software pro zpracování retinálních snímků
Magula, Filip ; Fiala, Jiří (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Práce se zabývá praktickým řešením softwaru pro zpracování retinálních snímku. Teoreticky popisuje lidské oko, glaukomové onemocnění známé také jako zelený zákal. Rozebírá vlastnosti retinálních snímků a možnosti jejich úpravy s důrazem na zvýraznění nervových vláken. Tyto úpravy následně používá pro návrh zautomatizovaného zpracování snímku. Jedna kapitola je také věnována detekci a analýze vrstvy nervových vláken. Praktická část obsahuje uživatelský manuál softwarové realizace aplikace Image Blockz, která vznikla v rámci této diplomové práce. Dále je součástí praktické části příručka programátora, popisující základní strukturu programu a možnosti jejího rozšíření.
|
|
|
Texturní analýza retinálních snímků
Mikauš, Jakub ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Gazárek, Jiří (vedoucí práce)
Práce se zabývá detekcí výpadku ve vrstvě nervových vláken retinálních snímků. V úvodu je seznámení s fyziologií lidského oka a analýza vstupních obrazových dat. Dále se zabývá práce texturní analýzou pomocí dvou metod. Zatímco metoda přizpůsobených filtrů nevykazuje uspokojivé výsledky, metoda hodnocení jasu dosahuje přijatelných výsledků. V závěru práce je část věnována realizovanému programu pro detekci výpadků ve vrstvě nervových vláken.
|
|
|
Klasifikační metody analýzy vrstvy nervových vláken na sítnici
Zapletal, Petr ; Kolář, Radim (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá klasifikací vrstvy nervových vláken na sínici. Pro klasifikaci jsou použita data získaná šesti různými metodami texturní analýzy. Každá metoda vypočítá ze vstupních obrazů vektor příznaků, který je pro danou skupinu charakteristický. Vlastní třídění je realizováno třemi algoritmy učení s učitelem a jedním algoritmem učení bez učitele. Jako první je otestován algoritmus Ho-Kashyap. Poté Bayessovský klasifikátor NDDF (Normal Density Discriminant Function) a pro třetí klasifikátor je použita metoda nejbližších sousedů (Nearest Neighbors) k-NN. Jako poslední je zde odzkoušen klasifikátor K-means, který pracuje na principu shlukové analýzy. Pro větší kompaktnost jsou použity tři metody výběru testovacích dat pro algoritmy učení s učitelem. Jsou to „Repeated random subsampling cross validation“, „K-fold cross validation“ a „Leave one out cross validation“. Všechny použité třídící algoritmy jsou nakonec porovnány podle výsledné chyby klasifikace.
|
|
|
Detekce nervových vláken v barevných obrazech sítnice
Kunc, Martin ; Szabó, Zoltán (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá detekcí vrstev nervových vláken na barevných oftalmologických obrazech sítnice. Popisuje se zde, k čemu by se dalo hledání vrstev nervových vláken využít a jak se tato problematika řešila dříve. V práci jsou navrženy metody, které pracují na principu zpracování a vyhodnocování frekvenčních spekter jednotlivých vzorků sítnice. Nejdříve jsou zde popsány metody detekce na uměle vytvořených vzorcích, které nervová vlákna pouze simulují. Poté se již práce soustřeďuje na zpracování reálných obrázků sítnice. Kvůli krevnímu řečišti, které znehodnocuje zpracování u reálných obrázků, jsou všechny zkoumané vzorky vybrány ručně. Kromě samotné detekce vrstvy nervových vláken se práce zabývá i určováním směru jejich šíření.
|
|
|
Role sítnice holuba skalního \kur{Columba livia} v magnetorecepci
BAJGAR, Adam
Many animals have ability to percieve the magnetic field of the Earth and use this clue for both orientation and navigation. Yet little is known about physiological mechanism that underlies this sensory ability. Although physiological mechanism still remains unclear, there are three major hypotheses how animals can detect the magnetic field. In this study I focused on the radical pair theory. I analyzed how manipulation of the ambient magnetic field influence the expression of CRY 1, CRY 2 and c-Fos in the pigeon´s retina. I observed in incerased numbers of CRY1, c-Fos and CRY1+c-Fos possitive cells in the ihned nuclear layer (INL) of the retina in animals sbjected to the periodical manipulation of the magnetic field inclination. These data demonstrate that the INL constains a population of neurons that are responsive to magnetic stimuli and strongly suggest that Cry 1 is involved in detection of the Earth magnetic field.
|
host ::
RSS.