|
|
Geny kodující acetyhydroxy syntázu u Streptomyces cinnamonensis a jejich regulační oblast:Mutace v katalytické podjednotce zjią»ující necitlivost k inhibici konečného produktu
Kyselková, Martina ; Kopecký, Jan ; Šigutová, Lucie ; Pospíšil, Stanislav ; Felsberg, Jürgen ; Spížek, Jaroslav ; Janata, Jiří
Geny ilvB kódující katalytickou podjednotku AHAS u rodičovského kmene S. cinnamonensis a čtyř mutantů s deregulovanou biosyntetickou drahou valinu byly sekvenovány. Mutace byly nalezeny u dvou kmenů, jejichž AHAS byla v hrubém buněčném extraktu zdánlivě aktivována valinem. U kmene BVR-18 byla nalezena mutace C574A vedoucí v proteinu k substituci E139A. U kmene ACB-NLR-2 došlo k deleci tripletu AGC v pozici 805-807, což v proteinu vedlo k deleci Q217. Podle homologního modelu katalytické podjednotky, vytvořeného na základě krystalové struktury dimeru katalytických podjednotek AHAS u Saccharomyces cerevisiae, se substituce E139A vyskytla ve smyčce na rozhraní podjednotek poblíž TPP vazebného místa, zatímco ?Q217 v helixu odlehlém od aktivního místa. Jednotlivé podjednotky byly exprimovány v E. coli za účelem rekonstituce enzymů in vitro, jejichž aktivita v přítomnosti a nepřítomnosti 10 mM valinu byla měřena. Podařilo se prokázat, že substituce E139A je zodpovědná za zdánlivou aktivaci AHAS valinem pozorovanou u kmene BVR-18. U kmenů ACBR-2 a NLR-3 se zvýšenou hladinou aktivity AHAS nebyla zjištěna žádná mutace v katalytické podjednotce. Regulační oblast před genem ilvB těchto dvou kmenů a kmene rodičovského byla sekvenována. V rámci této oblasti byly nalezeny některé prvky atenuátoru, ale sekvence se u kmenů ACBR-2 a NLR-3 shodovala se sekvencí rodičovského kmene. Zdá se tedy, že regulace exprese AHAS je zajištěna ještě jiným mechanismem, než je atenuace.
|
|
|
Analýza genového clusteru anthramycinových a lincosamidových antibiotik
Jelínková, Markéta ; Koběrská, Markéta ; Čermák, Lukáš ; Kopecký, Jan ; Janata, Jiří ; Spížek, Jaroslav
Ve shluku genů kódujících biosyntézu linkomycinu bylo zjištěno 27 otevřených čtecích rámců s biosyntetickou či regulační funkcí a 3 rezistenční geny. Ze srovnání chemické struktury linkomycinu a celesticetinu vyplývá, že v biosyntetické dráze chybí dráha vedoucí k propylprolinu a prolin je přímo substrátem kondenzační reakce. Část biosyntetické dráhy zahrnující přeměnu L-tyrosinu na propyl-L-prolin by měla být přítomna v biosyntetické dráze funkčně odlišných antramycinových antibiotik. Byla zjišťováno rozvržení genu linkomycinového biosyntetického shluku do transkripčních jednotek. Dále byla na základě sekvence tohoto shluku navržena sada sond, pomocí nichž byly vyhlédávány analogy genů v producentech celesticetinu Streptomyces caelestis a antramycinů Streptomyces refuineus, Streptomyces albus and Streptosporangium sibiricum.
|
|
| |
|
|
Antibiotika-mechanismus účinku, rezistence a hledání nových látek
Spížek, Jaroslav
Podle mechanizmu účinku se antibiotika dělí do 4 skupin: 1. Antibiotika inhibující biosyntézu bakteriální buněčné stěny, 2. Antibiotika inhibující syntézu DNA. 3. Antibiotika inhibující syntézu RNA. 4. Antibiotika inhibující protesyntézu. Základní mechanizmy rezistence vůči antibiotikům jsou: 1. Neprůchodnost buněčných obalů. 2. Modifikace zásahového místa. 3. Modifikace nebo degradace antibiotika. 4. Zvýšený eflux antibiotika. Jako zdroj nových antibiotik mohou sloužit: 1. Mikroorganizmy izolované v extrémních podmínkách prostředí. 2. DNA izolované z prostředí (eDNA), v které jsou hledány geny kódující sekundární metabolity. 3. Genomika streptomycetů poskytující informace o genech kódujících biosyntézu nových látek. 4. Znalosti o biosyntéze sekundárních metabolitů využívané při přípravě hybridních antibiotik.
|
|
|
Ivan Málek a československá mikrobiologie
Spížek, Jaroslav
Ivan Málek byl jedním ze zakladatelů československé mikrobiologie. Zabýval se hlavně lékařskou a průmyslovou mikrobiologií. Zavedl termín"fyziologický stav kultury" a byl tvůrcem československé školy kontinuálních kultivací mikroorganizmů.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.