|
|
Využití deep-sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity.
Zelníková, Jana ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Jana Zelníková Využití deep sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce bylo zjistit za použití modelu SIV infekce u makaků, tedy jediném současném modelu HIV infekce u lidí, jak se liší dvě skupiny makaků rhesus infikovaných virem SIV239, nebo SHIV clade C s odlišnou virovou náloží, v expresi haplotypů MHC molekul I. třídy pomocí nové metody pyrosekvenování. Metody: Pomocí reverzní transkriptázy jsme vzorky RNA z leukocytů makaků převedli na cDNA a provedli jsme PCR pro úsek 190 bp MHC I. třídy s fúzními primery s identifikátory MID pomocí FastStart High Fidelity Taq DNA polymerázy. Dále jsme postupovali dle protokolu od GS Junior System a vzorky jsme pyrosekvenovali na přístroji GS Junior System (Roche). Získaná data jsme analyzovali sadou skriptů v jazyce Python použitím řady filtračních kroků a pomocí softwaru DNA Star LaserGene 11. Alely jsme identifikovali pomocí programu ncbi-blast+ 2.2.25. Výsledky: Nalezli jsme 98 známých a 11 nových alel MHC I. třídy. Analýzou jsme nalezli alely, u kterých předpokládáme rychlý, nebo pomalý průběh onemocnění SIV. Alely s pomalým průběhem onemocnění: Mamu - A1*004, A1*007, A1*019,...
|
|
|
Využití deep-sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity.
Zelníková, Jana ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Červený, Lukáš (oponent)
Jana Zelníková Využití deep sequencing při studiu závislostí průběhu lentivirové infekce na variabilitě receptorů přirozené imunity Diplomová práce Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce bylo zjistit za použití modelu SIV infekce u makaků, tedy jediném současném modelu HIV infekce u lidí, jak se liší dvě skupiny makaků rhesus infikovaných virem SIV239, nebo SHIV clade C s odlišnou virovou náloží, v expresi haplotypů MHC molekul I. třídy pomocí nové metody pyrosekvenování. Metody: Pomocí reverzní transkriptázy jsme vzorky RNA z leukocytů makaků převedli na cDNA a provedli jsme PCR pro úsek 190 bp MHC I. třídy s fúzními primery s identifikátory MID pomocí FastStart High Fidelity Taq DNA polymerázy. Dále jsme postupovali dle protokolu od GS Junior System a vzorky jsme pyrosekvenovali na přístroji GS Junior System (Roche). Získaná data jsme analyzovali sadou skriptů v jazyce Python použitím řady filtračních kroků a pomocí softwaru DNA Star LaserGene 11. Alely jsme identifikovali pomocí programu ncbi-blast+ 2.2.25. Výsledky: Nalezli jsme 98 známých a 11 nových alel MHC I. třídy. Analýzou jsme nalezli alely, u kterých předpokládáme rychlý, nebo pomalý průběh onemocnění SIV. Alely s pomalým průběhem onemocnění: Mamu - A1*004, A1*007, A1*019,...
|
host ::
RSS.