|
|
Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Zezula, Nikodém (oponent) ; Potěšil,, David (vedoucí práce)
Proteomický experiment s využitím kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie je velmi komplexní technika s celou řadou proměnných, které mohou ovlivnit kvalitu výstupních dat. Průběžná kontrola kvality výstupních dat a stavu používané instrumentace je proto klíčová pro získání kvalitních dat. Pro systematickou a automatizovanou kontrolu kvality dat bylo navrženo workflow, které bylo následně implementováno v prostředí KNIME. Workflow umožňuje získat a zaznamenat vybrané metriky pro kontrolu kvality, které je možné využít ke sledování variability v datech a zachytit počínající technické problémy systému.
|
|
|
Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Tauš, Petr (oponent) ; Mgr. David Potěšil, Ph.D (vedoucí práce)
Proteomika je věda, která se zabývá studiem struktur a funkcí proteinů. Proces zpracování proteomickýh dat obsahuje několik sekvenčních kroků, od transformace dat a jejich normalizace až po statistické vyhodnocení dat. Nedílnou součástí zpracování proteomických dat je i jejich vizualizace, která je klíčová např. v kontrole kvality vstupních dat i zhodnocení výstupů statistického vyhodnocení. Ve Výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala používají pro reprodukovatelné zpracování proteomických dat softwarový kontejner s aplikací KNIME. V rámci bakalářské práce byl proveden průzkum požadavků na vývoj nových komponent pro aplikaci KNIME. Z navržených komponent byl vybrán pro implementaci interaktivní Volcano plot. Pro implementaci byl použit programovací jazyk Python s knihovnou Dash. Vytvořenou aplikaci je možné spustit samostatně nebo jako komponentu v prostředí KNIME pro práci s daty v tomto prostředí. Interaktivní aplikace Volcano plot usnadňuje identifikaci a filtrování dat v grafu.
|
|
|
Vývoj workflow pro kontrolu kvality hmotnostně-spektrometrických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Zezula, Nikodém (oponent) ; Potěšil,, David (vedoucí práce)
Proteomický experiment s využitím kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie je velmi komplexní technika s celou řadou proměnných, které mohou ovlivnit kvalitu výstupních dat. Průběžná kontrola kvality výstupních dat a stavu používané instrumentace je proto klíčová pro získání kvalitních dat. Pro systematickou a automatizovanou kontrolu kvality dat bylo navrženo workflow, které bylo následně implementováno v prostředí KNIME. Workflow umožňuje získat a zaznamenat vybrané metriky pro kontrolu kvality, které je možné využít ke sledování variability v datech a zachytit počínající technické problémy systému.
|
|
|
Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME
Schneiderová, Anna ; Tauš, Petr (oponent) ; Mgr. David Potěšil, Ph.D (vedoucí práce)
Proteomika je věda, která se zabývá studiem struktur a funkcí proteinů. Proces zpracování proteomickýh dat obsahuje několik sekvenčních kroků, od transformace dat a jejich normalizace až po statistické vyhodnocení dat. Nedílnou součástí zpracování proteomických dat je i jejich vizualizace, která je klíčová např. v kontrole kvality vstupních dat i zhodnocení výstupů statistického vyhodnocení. Ve Výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala používají pro reprodukovatelné zpracování proteomických dat softwarový kontejner s aplikací KNIME. V rámci bakalářské práce byl proveden průzkum požadavků na vývoj nových komponent pro aplikaci KNIME. Z navržených komponent byl vybrán pro implementaci interaktivní Volcano plot. Pro implementaci byl použit programovací jazyk Python s knihovnou Dash. Vytvořenou aplikaci je možné spustit samostatně nebo jako komponentu v prostředí KNIME pro práci s daty v tomto prostředí. Interaktivní aplikace Volcano plot usnadňuje identifikaci a filtrování dat v grafu.
|
host ::
RSS.